# TARGET T0338 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 989 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 S 0.015 0.017 0.019 0.151 0.007 0.025 0.766 3 S 0.029 0.016 0.068 0.388 0.104 0.103 0.292 4 R 0.030 0.004 0.157 0.291 0.106 0.156 0.256 5 W 0.029 0.003 0.098 0.473 0.111 0.126 0.160 6 F 0.038 0.008 0.045 0.549 0.086 0.075 0.198 7 F 0.040 0.016 0.014 0.419 0.064 0.024 0.423 8 T 0.019 0.005 0.007 0.502 0.023 0.023 0.419 9 R 0.006 0.001 0.010 0.919 0.014 0.021 0.028 10 E 0.003 0.001 0.017 0.939 0.007 0.019 0.015 11 Q 0.004 0.001 0.026 0.924 0.006 0.022 0.016 12 L 0.005 0.003 0.026 0.902 0.009 0.040 0.014 13 E 0.005 0.002 0.024 0.788 0.017 0.144 0.021 14 N 0.004 0.003 0.012 0.579 0.068 0.273 0.061 15 T 0.009 0.009 0.002 0.029 0.325 0.023 0.603 16 P 0.019 0.023 0.016 0.039 0.133 0.153 0.617 17 S 0.028 0.024 0.039 0.022 0.177 0.145 0.565 18 R 0.017 0.009 0.174 0.069 0.227 0.277 0.227 19 R 0.022 0.014 0.179 0.103 0.107 0.340 0.235 20 C 0.030 0.024 0.133 0.092 0.139 0.306 0.275 21 G 0.037 0.018 0.046 0.051 0.151 0.280 0.417 22 V 0.065 0.045 0.030 0.067 0.193 0.064 0.535 23 E 0.051 0.026 0.025 0.077 0.118 0.042 0.661 24 A 0.029 0.010 0.057 0.224 0.100 0.169 0.411 25 D 0.022 0.009 0.059 0.236 0.082 0.143 0.449 26 K 0.022 0.018 0.059 0.387 0.099 0.074 0.341 27 E 0.011 0.006 0.026 0.485 0.045 0.051 0.376 28 L 0.002 0.001 0.019 0.880 0.016 0.049 0.033 29 S 0.001 0.001 0.013 0.918 0.009 0.039 0.019 30 C 0.002 0.001 0.013 0.943 0.006 0.018 0.018 31 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.005 0.006 32 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 41 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 43 Q 0.001 0.001 0.004 0.973 0.003 0.017 0.003 44 R 0.001 0.001 0.008 0.925 0.006 0.056 0.004 45 L 0.001 0.001 0.007 0.578 0.018 0.382 0.012 46 N 0.002 0.002 0.006 0.126 0.052 0.689 0.123 47 V 0.007 0.009 0.005 0.052 0.092 0.023 0.811 48 S 0.012 0.005 0.012 0.113 0.054 0.017 0.788 49 Q 0.001 0.001 0.021 0.918 0.018 0.030 0.011 50 L 0.001 0.001 0.014 0.955 0.004 0.018 0.007 51 T 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.006 0.008 52 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 53 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.963 0.001 0.034 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.971 0.002 0.019 0.005 60 H 0.003 0.001 0.005 0.969 0.004 0.012 0.007 61 R 0.003 0.001 0.010 0.957 0.003 0.022 0.004 62 F 0.009 0.001 0.009 0.929 0.003 0.044 0.005 63 Y 0.025 0.004 0.018 0.840 0.007 0.092 0.014 64 M 0.046 0.003 0.021 0.624 0.031 0.223 0.052 65 H 0.035 0.003 0.029 0.466 0.082 0.285 0.100 66 H 0.060 0.008 0.016 0.199 0.318 0.172 0.228 67 S 0.132 0.023 0.017 0.079 0.157 0.115 0.477 68 F 0.178 0.028 0.017 0.060 0.106 0.030 0.581 69 T 0.176 0.018 0.047 0.091 0.067 0.053 0.548 70 K 0.089 0.010 0.154 0.264 0.119 0.180 0.184 71 F 0.053 0.008 0.106 0.249 0.091 0.262 0.231 72 N 0.041 0.006 0.047 0.191 0.095 0.100 0.520 73 K 0.014 0.002 0.047 0.759 0.023 0.078 0.077 74 N 0.022 0.002 0.017 0.867 0.021 0.040 0.030 75 I 0.018 0.002 0.004 0.945 0.006 0.013 0.012 76 I 0.011 0.001 0.001 0.980 0.001 0.003 0.003 77 S 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.017 0.001 84 A 0.001 0.001 0.002 0.971 0.001 0.024 0.002 85 A 0.001 0.001 0.002 0.951 0.002 0.040 0.004 86 K 0.002 0.001 0.006 0.923 0.006 0.048 0.014 87 V 0.005 0.002 0.012 0.895 0.010 0.054 0.021 88 E 0.010 0.003 0.020 0.814 0.021 0.096 0.036 89 E 0.027 0.005 0.035 0.640 0.081 0.082 0.129 90 Q 0.047 0.006 0.040 0.518 0.108 0.112 0.169 91 A 0.036 0.007 0.067 0.570 0.068 0.119 0.133 92 R 0.038 0.008 0.048 0.597 0.111 0.093 0.105 93 K 0.050 0.009 0.048 0.388 0.068 0.120 0.318 94 L 0.020 0.004 0.086 0.681 0.020 0.107 0.081 95 E 0.026 0.002 0.116 0.645 0.040 0.119 0.052 96 H 0.054 0.005 0.109 0.633 0.056 0.086 0.058 97 V 0.083 0.008 0.040 0.749 0.020 0.055 0.045 98 I 0.153 0.011 0.034 0.666 0.024 0.060 0.053 99 K 0.209 0.006 0.047 0.557 0.031 0.084 0.066 100 V 0.162 0.004 0.074 0.561 0.042 0.106 0.052 101 A 0.195 0.007 0.067 0.473 0.039 0.159 0.060 102 H 0.256 0.012 0.078 0.249 0.064 0.238 0.103 103 A 0.364 0.015 0.037 0.109 0.085 0.117 0.272 104 C 0.387 0.043 0.021 0.060 0.091 0.104 0.294 105 L 0.231 0.036 0.011 0.027 0.108 0.048 0.538 106 H 0.128 0.023 0.009 0.016 0.165 0.034 0.624 107 P 0.101 0.044 0.019 0.032 0.172 0.071 0.560 108 L 0.050 0.014 0.135 0.309 0.071 0.093 0.328 109 E 0.030 0.003 0.272 0.333 0.129 0.047 0.186 110 P 0.043 0.004 0.285 0.403 0.051 0.079 0.135 111 L 0.082 0.012 0.299 0.405 0.037 0.091 0.074 112 L 0.168 0.023 0.125 0.373 0.071 0.121 0.120 113 D 0.167 0.008 0.063 0.368 0.079 0.166 0.149 114 T 0.173 0.015 0.028 0.350 0.109 0.070 0.256 115 K 0.123 0.020 0.022 0.299 0.087 0.101 0.346 116 C 0.039 0.008 0.028 0.391 0.117 0.168 0.250 117 D 0.027 0.004 0.053 0.456 0.128 0.166 0.165 118 A 0.045 0.007 0.069 0.543 0.105 0.113 0.118 119 Y 0.074 0.011 0.050 0.620 0.052 0.097 0.097 120 L 0.067 0.018 0.027 0.607 0.059 0.117 0.105 121 Q 0.039 0.007 0.013 0.555 0.103 0.122 0.161 122 Q 0.022 0.008 0.004 0.396 0.153 0.037 0.381 123 T 0.001 0.001 0.002 0.976 0.003 0.007 0.011 124 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.002 125 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 126 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 133 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 135 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 136 T 0.001 0.001 0.002 0.935 0.006 0.054 0.002 137 L 0.004 0.002 0.004 0.532 0.018 0.422 0.018 138 G 0.016 0.002 0.004 0.055 0.071 0.671 0.182 139 F 0.246 0.008 0.004 0.014 0.067 0.018 0.643 140 E 0.642 0.015 0.003 0.016 0.026 0.010 0.288 141 I 0.738 0.009 0.002 0.006 0.019 0.006 0.221 142 T 0.763 0.011 0.002 0.007 0.029 0.005 0.185 143 I 0.640 0.012 0.002 0.006 0.053 0.010 0.277 144 E 0.183 0.012 0.002 0.008 0.265 0.035 0.494 145 H 0.051 0.014 0.001 0.005 0.366 0.015 0.548 146 P 0.018 0.005 0.019 0.083 0.167 0.354 0.354 147 H 0.015 0.009 0.034 0.289 0.158 0.266 0.229 148 T 0.015 0.005 0.031 0.671 0.147 0.052 0.079 149 D 0.016 0.005 0.011 0.882 0.020 0.024 0.043 150 V 0.008 0.001 0.004 0.971 0.003 0.004 0.009 151 V 0.005 0.001 0.003 0.983 0.002 0.003 0.003 152 K 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.002 153 C 0.004 0.001 0.004 0.977 0.001 0.011 0.003 154 T 0.007 0.001 0.010 0.961 0.003 0.015 0.004 155 Q 0.008 0.001 0.017 0.915 0.006 0.048 0.007 156 L 0.006 0.001 0.025 0.864 0.007 0.084 0.013 157 V 0.013 0.006 0.024 0.697 0.041 0.165 0.054 158 R 0.010 0.005 0.023 0.493 0.040 0.277 0.152 159 A 0.014 0.007 0.019 0.322 0.133 0.146 0.359 160 S 0.007 0.003 0.011 0.332 0.101 0.053 0.493 161 K 0.001 0.001 0.012 0.828 0.049 0.074 0.035 162 D 0.002 0.001 0.014 0.864 0.021 0.060 0.038 163 L 0.001 0.001 0.008 0.953 0.004 0.013 0.020 164 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.003 0.006 0.010 165 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.003 166 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.002 167 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 169 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 170 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 171 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.002 172 T 0.002 0.001 0.010 0.928 0.005 0.049 0.005 173 N 0.003 0.001 0.022 0.831 0.009 0.122 0.013 174 S 0.007 0.003 0.036 0.744 0.021 0.154 0.035 175 L 0.014 0.003 0.060 0.603 0.042 0.220 0.058 176 H 0.032 0.004 0.076 0.425 0.073 0.259 0.131 177 L 0.077 0.011 0.058 0.318 0.111 0.185 0.239 178 T 0.122 0.011 0.042 0.139 0.159 0.145 0.383 179 T 0.195 0.010 0.084 0.097 0.212 0.202 0.199 180 F 0.317 0.015 0.085 0.131 0.125 0.144 0.184 181 C 0.447 0.021 0.092 0.120 0.076 0.095 0.148 182 L 0.473 0.015 0.057 0.102 0.070 0.125 0.159 183 Q 0.365 0.016 0.030 0.108 0.119 0.185 0.178 184 Y 0.233 0.025 0.005 0.071 0.163 0.028 0.475 185 K 0.067 0.009 0.004 0.101 0.048 0.023 0.749 186 P 0.006 0.001 0.022 0.878 0.011 0.031 0.051 187 T 0.003 0.001 0.010 0.950 0.008 0.021 0.007 188 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 191 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 198 C 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 199 K 0.001 0.001 0.003 0.957 0.002 0.034 0.003 200 W 0.001 0.001 0.009 0.856 0.009 0.108 0.016 201 S 0.002 0.002 0.010 0.367 0.031 0.553 0.035 202 N 0.004 0.002 0.019 0.056 0.118 0.630 0.171 203 W 0.022 0.008 0.013 0.014 0.296 0.094 0.554 204 E 0.051 0.020 0.016 0.008 0.189 0.070 0.646 205 I 0.065 0.023 0.005 0.005 0.219 0.009 0.675 206 P 0.066 0.026 0.006 0.006 0.044 0.026 0.825 207 V 0.086 0.051 0.016 0.019 0.098 0.061 0.668 208 S 0.066 0.015 0.018 0.029 0.100 0.039 0.733 209 T 0.029 0.005 0.122 0.156 0.214 0.246 0.227 210 D 0.046 0.013 0.105 0.225 0.107 0.331 0.172 211 G 0.092 0.015 0.114 0.325 0.081 0.133 0.241 212 K 0.151 0.016 0.068 0.342 0.081 0.076 0.265 213 H 0.226 0.024 0.090 0.362 0.060 0.070 0.167 214 W 0.132 0.014 0.132 0.510 0.034 0.087 0.091 215 W 0.109 0.010 0.218 0.397 0.042 0.126 0.097 216 E 0.094 0.004 0.226 0.274 0.076 0.231 0.094 217 Y 0.106 0.008 0.179 0.252 0.100 0.238 0.118 218 V 0.112 0.061 0.023 0.082 0.364 0.072 0.285 219 D 0.024 0.006 0.010 0.007 0.106 0.022 0.826 220 P 0.009 0.002 0.060 0.022 0.102 0.747 0.058 221 T 0.018 0.008 0.042 0.015 0.093 0.725 0.098 222 V 0.050 0.053 0.005 0.007 0.123 0.008 0.754 223 T 0.018 0.021 0.001 0.008 0.010 0.002 0.941 224 L 0.001 0.001 0.045 0.929 0.002 0.020 0.004 225 E 0.001 0.001 0.048 0.932 0.002 0.016 0.002 226 L 0.001 0.001 0.080 0.904 0.001 0.012 0.003 227 L 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.006 0.003 228 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 229 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 230 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.003 231 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 232 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 234 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 235 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 236 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 237 I 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.017 0.001 238 L 0.001 0.001 0.021 0.898 0.008 0.065 0.006 239 E 0.002 0.003 0.026 0.636 0.018 0.295 0.019 240 K 0.003 0.003 0.019 0.462 0.104 0.312 0.098 241 T 0.005 0.003 0.004 0.048 0.193 0.020 0.726 242 P 0.002 0.003 0.099 0.487 0.037 0.243 0.129 243 N 0.005 0.003 0.127 0.468 0.058 0.281 0.059 244 R 0.014 0.008 0.164 0.524 0.045 0.141 0.105 245 L 0.020 0.005 0.067 0.712 0.021 0.057 0.118 246 K 0.035 0.004 0.055 0.754 0.023 0.050 0.080 247 K 0.036 0.005 0.048 0.785 0.018 0.050 0.058 248 I 0.029 0.004 0.023 0.786 0.015 0.041 0.102 249 R 0.040 0.007 0.014 0.748 0.021 0.066 0.106 250 N 0.039 0.004 0.022 0.663 0.039 0.105 0.128 251 W 0.039 0.004 0.036 0.576 0.054 0.124 0.167 252 R 0.034 0.006 0.035 0.528 0.062 0.105 0.230 253 A 0.029 0.013 0.071 0.359 0.100 0.129 0.298 254 N 0.019 0.006 0.050 0.199 0.139 0.275 0.311 255 Q 0.014 0.010 0.019 0.077 0.034 0.167 0.678 256 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994