# TARGET T0338 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 989 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.875 0.093 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 2 S 0.729 0.179 0.059 0.023 0.008 0.002 0.001 3 S 0.499 0.177 0.136 0.127 0.050 0.011 0.001 4 R 0.403 0.264 0.180 0.107 0.037 0.008 0.001 5 W 0.430 0.316 0.168 0.064 0.018 0.003 0.001 6 F 0.206 0.190 0.235 0.223 0.121 0.024 0.001 7 F 0.075 0.073 0.139 0.272 0.316 0.121 0.005 8 T 0.293 0.301 0.218 0.130 0.047 0.010 0.001 9 R 0.494 0.361 0.114 0.027 0.004 0.001 0.001 10 E 0.486 0.332 0.126 0.045 0.009 0.001 0.001 11 Q 0.306 0.288 0.196 0.146 0.054 0.010 0.001 12 L 0.208 0.238 0.264 0.207 0.074 0.009 0.001 13 E 0.635 0.256 0.077 0.025 0.005 0.001 0.001 14 N 0.290 0.305 0.232 0.130 0.036 0.007 0.001 15 T 0.312 0.291 0.191 0.133 0.056 0.015 0.001 16 P 0.330 0.216 0.189 0.162 0.083 0.019 0.001 17 S 0.579 0.242 0.107 0.049 0.018 0.005 0.001 18 R 0.449 0.284 0.159 0.076 0.025 0.006 0.001 19 R 0.319 0.249 0.193 0.151 0.071 0.017 0.001 20 C 0.270 0.193 0.206 0.196 0.107 0.027 0.002 21 G 0.364 0.293 0.185 0.104 0.041 0.011 0.001 22 V 0.207 0.203 0.203 0.208 0.127 0.047 0.005 23 E 0.244 0.278 0.217 0.159 0.077 0.023 0.002 24 A 0.336 0.315 0.187 0.106 0.043 0.013 0.001 25 D 0.550 0.231 0.100 0.061 0.038 0.018 0.003 26 K 0.215 0.302 0.249 0.148 0.063 0.020 0.003 27 E 0.197 0.225 0.203 0.203 0.120 0.047 0.005 28 L 0.127 0.259 0.299 0.218 0.080 0.016 0.001 29 S 0.242 0.382 0.233 0.096 0.036 0.010 0.001 30 C 0.020 0.043 0.107 0.260 0.352 0.202 0.016 31 R 0.008 0.019 0.033 0.127 0.324 0.427 0.062 32 Q 0.008 0.087 0.265 0.358 0.216 0.064 0.003 33 Q 0.006 0.018 0.103 0.354 0.394 0.120 0.006 34 A 0.002 0.003 0.002 0.004 0.033 0.517 0.439 35 A 0.001 0.004 0.014 0.109 0.345 0.470 0.057 36 N 0.001 0.030 0.264 0.417 0.236 0.046 0.006 37 L 0.001 0.001 0.004 0.059 0.378 0.511 0.047 38 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.598 0.360 39 Q 0.003 0.048 0.225 0.403 0.250 0.068 0.002 40 E 0.005 0.091 0.337 0.409 0.145 0.013 0.001 41 M 0.002 0.006 0.016 0.090 0.334 0.498 0.053 42 G 0.004 0.025 0.089 0.309 0.415 0.152 0.005 43 Q 0.137 0.442 0.268 0.108 0.036 0.008 0.001 44 R 0.085 0.276 0.340 0.223 0.062 0.012 0.001 45 L 0.019 0.043 0.098 0.271 0.363 0.189 0.018 46 N 0.157 0.423 0.257 0.105 0.040 0.016 0.003 47 V 0.026 0.045 0.102 0.239 0.365 0.203 0.020 48 S 0.133 0.243 0.255 0.210 0.113 0.039 0.007 49 Q 0.208 0.311 0.225 0.162 0.070 0.022 0.002 50 L 0.098 0.134 0.218 0.252 0.200 0.084 0.012 51 T 0.039 0.048 0.064 0.135 0.246 0.372 0.095 52 I 0.025 0.061 0.119 0.227 0.265 0.233 0.071 53 N 0.041 0.127 0.189 0.228 0.201 0.165 0.049 54 T 0.021 0.029 0.061 0.140 0.271 0.347 0.132 55 A 0.012 0.013 0.015 0.032 0.106 0.433 0.389 56 I 0.016 0.039 0.101 0.239 0.263 0.232 0.111 57 V 0.022 0.059 0.121 0.187 0.207 0.258 0.147 58 Y 0.014 0.023 0.044 0.100 0.182 0.360 0.276 59 M 0.013 0.016 0.021 0.057 0.121 0.421 0.351 60 H 0.029 0.088 0.147 0.258 0.241 0.178 0.058 61 R 0.018 0.061 0.134 0.245 0.271 0.227 0.043 62 F 0.010 0.021 0.037 0.097 0.255 0.479 0.101 63 Y 0.020 0.061 0.108 0.209 0.304 0.259 0.038 64 M 0.054 0.093 0.159 0.249 0.271 0.155 0.018 65 H 0.094 0.238 0.298 0.232 0.106 0.029 0.003 66 H 0.133 0.223 0.251 0.239 0.120 0.033 0.002 67 S 0.281 0.336 0.193 0.111 0.055 0.021 0.003 68 F 0.048 0.063 0.121 0.266 0.308 0.178 0.016 69 T 0.293 0.330 0.203 0.108 0.045 0.017 0.004 70 K 0.274 0.338 0.203 0.116 0.050 0.016 0.003 71 F 0.090 0.143 0.196 0.252 0.208 0.095 0.015 72 N 0.094 0.274 0.256 0.192 0.111 0.059 0.013 73 K 0.016 0.080 0.160 0.254 0.282 0.176 0.032 74 N 0.004 0.016 0.051 0.171 0.362 0.320 0.076 75 I 0.001 0.003 0.008 0.029 0.128 0.473 0.359 76 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.053 0.316 0.616 77 S 0.001 0.001 0.003 0.008 0.026 0.150 0.811 78 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.102 0.878 79 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.104 0.880 80 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.139 0.827 81 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.023 0.148 0.816 82 F 0.001 0.002 0.004 0.014 0.048 0.209 0.722 83 L 0.001 0.004 0.009 0.027 0.058 0.256 0.645 84 A 0.003 0.009 0.026 0.089 0.155 0.355 0.362 85 A 0.006 0.021 0.034 0.074 0.137 0.425 0.302 86 K 0.010 0.036 0.082 0.190 0.266 0.306 0.109 87 V 0.013 0.067 0.124 0.214 0.259 0.281 0.042 88 E 0.042 0.147 0.205 0.271 0.219 0.101 0.016 89 E 0.155 0.254 0.221 0.166 0.123 0.071 0.011 90 Q 0.125 0.210 0.262 0.238 0.123 0.038 0.004 91 A 0.266 0.263 0.223 0.163 0.066 0.017 0.002 92 R 0.294 0.283 0.213 0.136 0.059 0.014 0.002 93 K 0.385 0.292 0.166 0.099 0.044 0.012 0.002 94 L 0.099 0.089 0.141 0.263 0.259 0.133 0.016 95 E 0.303 0.340 0.201 0.103 0.040 0.012 0.002 96 H 0.180 0.272 0.272 0.183 0.072 0.018 0.003 97 V 0.054 0.052 0.070 0.150 0.266 0.330 0.078 98 I 0.041 0.062 0.091 0.161 0.243 0.306 0.097 99 K 0.097 0.202 0.234 0.224 0.140 0.082 0.022 100 V 0.055 0.082 0.135 0.221 0.241 0.199 0.068 101 A 0.027 0.028 0.044 0.093 0.204 0.418 0.186 102 H 0.038 0.071 0.126 0.204 0.250 0.235 0.076 103 A 0.134 0.190 0.182 0.186 0.156 0.107 0.045 104 C 0.048 0.089 0.125 0.193 0.245 0.236 0.063 105 L 0.040 0.085 0.140 0.224 0.255 0.217 0.039 106 H 0.112 0.187 0.216 0.226 0.163 0.079 0.017 107 P 0.306 0.356 0.191 0.093 0.038 0.012 0.003 108 L 0.067 0.088 0.167 0.307 0.257 0.104 0.010 109 E 0.361 0.363 0.174 0.074 0.022 0.006 0.001 110 P 0.266 0.322 0.230 0.119 0.046 0.015 0.002 111 L 0.057 0.085 0.140 0.264 0.275 0.159 0.018 112 L 0.081 0.116 0.170 0.246 0.227 0.140 0.021 113 D 0.278 0.272 0.197 0.142 0.071 0.035 0.006 114 T 0.230 0.192 0.180 0.190 0.136 0.063 0.010 115 K 0.283 0.240 0.190 0.148 0.087 0.044 0.008 116 C 0.326 0.221 0.177 0.138 0.087 0.044 0.007 117 D 0.433 0.278 0.151 0.083 0.038 0.015 0.002 118 A 0.399 0.258 0.148 0.106 0.059 0.026 0.004 119 Y 0.098 0.129 0.179 0.264 0.219 0.100 0.011 120 L 0.228 0.242 0.228 0.178 0.091 0.030 0.003 121 Q 0.260 0.346 0.229 0.112 0.041 0.011 0.002 122 Q 0.181 0.256 0.209 0.185 0.116 0.047 0.006 123 T 0.041 0.107 0.220 0.330 0.242 0.057 0.003 124 R 0.354 0.389 0.164 0.066 0.021 0.006 0.001 125 E 0.047 0.220 0.378 0.257 0.080 0.016 0.001 126 L 0.010 0.012 0.028 0.136 0.381 0.399 0.035 127 V 0.015 0.105 0.233 0.373 0.214 0.058 0.003 128 I 0.040 0.241 0.318 0.249 0.112 0.037 0.003 129 L 0.003 0.008 0.035 0.138 0.364 0.408 0.044 130 E 0.004 0.008 0.012 0.040 0.184 0.561 0.192 131 T 0.034 0.144 0.268 0.311 0.168 0.070 0.005 132 I 0.008 0.054 0.234 0.397 0.259 0.046 0.002 133 M 0.005 0.006 0.012 0.049 0.227 0.624 0.077 134 L 0.007 0.022 0.052 0.187 0.400 0.313 0.019 135 Q 0.131 0.418 0.282 0.123 0.038 0.008 0.001 136 T 0.077 0.242 0.326 0.276 0.070 0.008 0.001 137 L 0.010 0.027 0.057 0.206 0.409 0.270 0.021 138 G 0.118 0.471 0.286 0.101 0.021 0.003 0.001 139 F 0.041 0.115 0.186 0.305 0.269 0.080 0.003 140 E 0.032 0.208 0.404 0.270 0.076 0.010 0.001 141 I 0.010 0.014 0.035 0.167 0.401 0.346 0.025 142 T 0.062 0.244 0.319 0.241 0.105 0.027 0.003 143 I 0.072 0.140 0.159 0.239 0.245 0.131 0.013 144 E 0.156 0.272 0.242 0.186 0.090 0.044 0.010 145 H 0.047 0.118 0.202 0.290 0.217 0.107 0.018 146 P 0.053 0.090 0.117 0.175 0.248 0.250 0.067 147 H 0.029 0.123 0.223 0.308 0.219 0.086 0.012 148 T 0.081 0.302 0.308 0.181 0.087 0.035 0.007 149 D 0.004 0.019 0.070 0.204 0.386 0.282 0.034 150 V 0.001 0.002 0.004 0.020 0.137 0.615 0.221 151 V 0.004 0.052 0.206 0.399 0.249 0.085 0.005 152 K 0.006 0.048 0.201 0.368 0.282 0.089 0.006 153 C 0.002 0.006 0.011 0.038 0.169 0.630 0.143 154 T 0.002 0.005 0.015 0.094 0.345 0.480 0.057 155 Q 0.038 0.240 0.341 0.246 0.105 0.027 0.003 156 L 0.020 0.107 0.251 0.376 0.198 0.045 0.002 157 V 0.009 0.023 0.057 0.213 0.431 0.252 0.015 158 R 0.098 0.332 0.305 0.184 0.067 0.013 0.001 159 A 0.269 0.336 0.214 0.127 0.046 0.008 0.001 160 S 0.270 0.350 0.235 0.107 0.031 0.007 0.001 161 K 0.524 0.287 0.118 0.052 0.015 0.003 0.001 162 D 0.313 0.381 0.186 0.080 0.031 0.008 0.001 163 L 0.022 0.050 0.107 0.258 0.350 0.195 0.018 164 A 0.027 0.153 0.260 0.311 0.175 0.068 0.007 165 Q 0.034 0.194 0.299 0.271 0.151 0.048 0.004 166 T 0.004 0.021 0.089 0.231 0.364 0.257 0.034 167 S 0.001 0.002 0.005 0.030 0.169 0.576 0.217 168 Y 0.001 0.023 0.123 0.349 0.341 0.146 0.016 169 F 0.007 0.035 0.107 0.247 0.341 0.225 0.036 170 M 0.001 0.003 0.006 0.014 0.067 0.448 0.461 171 A 0.001 0.003 0.006 0.030 0.119 0.436 0.404 172 T 0.006 0.047 0.143 0.258 0.268 0.187 0.091 173 N 0.002 0.014 0.053 0.196 0.344 0.299 0.091 174 S 0.002 0.004 0.006 0.022 0.103 0.510 0.353 175 L 0.007 0.031 0.073 0.205 0.343 0.281 0.061 176 H 0.074 0.195 0.233 0.207 0.162 0.098 0.032 177 L 0.034 0.076 0.149 0.264 0.259 0.171 0.047 178 T 0.092 0.166 0.194 0.209 0.169 0.131 0.039 179 T 0.076 0.150 0.191 0.216 0.201 0.130 0.037 180 F 0.048 0.070 0.112 0.184 0.261 0.258 0.066 181 C 0.022 0.037 0.059 0.109 0.217 0.369 0.187 182 L 0.017 0.031 0.059 0.132 0.229 0.371 0.162 183 Q 0.034 0.103 0.194 0.271 0.228 0.137 0.033 184 Y 0.028 0.059 0.108 0.198 0.312 0.233 0.061 185 K 0.113 0.268 0.250 0.187 0.108 0.056 0.019 186 P 0.013 0.031 0.068 0.174 0.282 0.339 0.093 187 T 0.009 0.037 0.094 0.202 0.308 0.271 0.080 188 V 0.002 0.008 0.038 0.130 0.290 0.370 0.162 189 I 0.001 0.002 0.004 0.013 0.049 0.308 0.624 190 A 0.001 0.002 0.003 0.011 0.049 0.254 0.681 191 C 0.001 0.002 0.005 0.016 0.049 0.190 0.738 192 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.166 0.797 193 C 0.001 0.002 0.003 0.009 0.024 0.149 0.813 194 I 0.001 0.002 0.006 0.020 0.046 0.196 0.730 195 H 0.002 0.005 0.017 0.055 0.126 0.330 0.466 196 L 0.003 0.007 0.015 0.045 0.110 0.398 0.422 197 A 0.003 0.008 0.018 0.060 0.159 0.471 0.280 198 C 0.008 0.036 0.069 0.149 0.248 0.388 0.102 199 K 0.014 0.065 0.139 0.262 0.290 0.195 0.035 200 W 0.011 0.059 0.146 0.244 0.290 0.225 0.024 201 S 0.039 0.096 0.177 0.299 0.269 0.112 0.008 202 N 0.287 0.325 0.209 0.111 0.051 0.016 0.002 203 W 0.168 0.219 0.277 0.222 0.095 0.018 0.001 204 E 0.453 0.304 0.133 0.067 0.030 0.013 0.001 205 I 0.124 0.151 0.223 0.265 0.172 0.060 0.005 206 P 0.388 0.266 0.151 0.104 0.063 0.026 0.003 207 V 0.175 0.165 0.207 0.239 0.159 0.051 0.004 208 S 0.316 0.266 0.184 0.131 0.067 0.032 0.004 209 T 0.444 0.280 0.142 0.082 0.038 0.013 0.002 210 D 0.281 0.298 0.221 0.126 0.057 0.016 0.002 211 G 0.071 0.080 0.139 0.280 0.274 0.142 0.014 212 K 0.186 0.318 0.268 0.150 0.056 0.019 0.002 213 H 0.131 0.260 0.276 0.206 0.095 0.030 0.003 214 W 0.048 0.068 0.118 0.231 0.311 0.202 0.021 215 W 0.040 0.065 0.138 0.263 0.308 0.171 0.015 216 E 0.197 0.310 0.244 0.149 0.069 0.028 0.003 217 Y 0.146 0.191 0.214 0.231 0.159 0.054 0.005 218 V 0.078 0.138 0.229 0.280 0.201 0.070 0.004 219 D 0.336 0.299 0.204 0.112 0.039 0.009 0.001 220 P 0.480 0.273 0.137 0.074 0.029 0.007 0.001 221 T 0.647 0.226 0.077 0.033 0.013 0.004 0.001 222 V 0.047 0.093 0.203 0.341 0.244 0.070 0.003 223 T 0.191 0.420 0.240 0.105 0.034 0.009 0.001 224 L 0.048 0.210 0.333 0.285 0.108 0.015 0.001 225 E 0.378 0.407 0.147 0.049 0.015 0.003 0.001 226 L 0.009 0.118 0.328 0.361 0.149 0.033 0.002 227 L 0.001 0.005 0.020 0.177 0.492 0.294 0.011 228 D 0.037 0.338 0.421 0.172 0.029 0.003 0.001 229 E 0.083 0.436 0.336 0.117 0.024 0.004 0.001 230 L 0.002 0.008 0.031 0.144 0.409 0.390 0.016 231 T 0.002 0.012 0.063 0.288 0.453 0.176 0.007 232 H 0.063 0.414 0.358 0.135 0.025 0.004 0.001 233 E 0.021 0.092 0.298 0.404 0.161 0.023 0.001 234 F 0.007 0.007 0.013 0.051 0.261 0.604 0.057 235 L 0.020 0.070 0.212 0.371 0.261 0.065 0.002 236 Q 0.138 0.430 0.269 0.118 0.037 0.007 0.001 237 I 0.034 0.089 0.208 0.376 0.236 0.054 0.003 238 L 0.032 0.052 0.118 0.303 0.358 0.131 0.006 239 E 0.341 0.411 0.172 0.057 0.016 0.003 0.001 240 K 0.419 0.335 0.160 0.067 0.016 0.002 0.001 241 T 0.352 0.264 0.180 0.129 0.058 0.016 0.001 242 P 0.551 0.254 0.113 0.060 0.018 0.004 0.001 243 N 0.734 0.182 0.052 0.022 0.008 0.002 0.001 244 R 0.534 0.239 0.130 0.070 0.024 0.004 0.001 245 L 0.310 0.267 0.209 0.150 0.052 0.011 0.001 246 K 0.531 0.274 0.127 0.053 0.013 0.002 0.001 247 K 0.393 0.326 0.187 0.075 0.017 0.002 0.001 248 I 0.193 0.130 0.174 0.283 0.181 0.037 0.001 249 R 0.331 0.295 0.212 0.116 0.039 0.008 0.001 250 N 0.541 0.278 0.116 0.049 0.014 0.003 0.001 251 W 0.390 0.265 0.176 0.116 0.043 0.009 0.001 252 R 0.413 0.266 0.155 0.103 0.047 0.015 0.001 253 A 0.447 0.214 0.159 0.117 0.052 0.011 0.001 254 N 0.720 0.194 0.059 0.020 0.006 0.001 0.001 255 Q 0.755 0.165 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001 256 A 0.733 0.143 0.071 0.037 0.013 0.003 0.001