# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.029 0.013 0.016 0.011 0.018 0.035 0.003 0.001 0.003 0.789 2 D 0.035 0.013 0.005 0.023 0.022 0.033 0.110 0.002 0.001 0.003 0.755 3 C 0.091 0.016 0.007 0.017 0.012 0.019 0.077 0.001 0.001 0.005 0.755 4 M 0.077 0.041 0.003 0.030 0.018 0.036 0.119 0.002 0.001 0.005 0.669 5 R 0.117 0.053 0.005 0.037 0.015 0.034 0.157 0.002 0.001 0.008 0.574 6 K 0.153 0.066 0.003 0.018 0.009 0.014 0.116 0.004 0.001 0.006 0.612 7 L 0.141 0.123 0.023 0.037 0.014 0.033 0.080 0.003 0.001 0.009 0.537 8 D 0.041 0.079 0.003 0.018 0.007 0.014 0.226 0.005 0.001 0.003 0.605 9 R 0.093 0.054 0.005 0.006 0.002 0.002 0.047 0.004 0.001 0.005 0.782 10 V 0.133 0.200 0.016 0.005 0.003 0.005 0.311 0.003 0.001 0.015 0.309 11 D 0.051 0.209 0.004 0.005 0.003 0.005 0.505 0.009 0.001 0.009 0.200 12 M 0.021 0.689 0.002 0.003 0.001 0.001 0.023 0.004 0.001 0.002 0.253 13 Q 0.007 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.004 0.124 14 L 0.006 0.861 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.011 0.001 0.002 0.032 15 V 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 16 K 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 17 I 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 18 L 0.036 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.006 19 S 0.070 0.843 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.026 20 E 0.093 0.559 0.077 0.002 0.001 0.003 0.006 0.061 0.001 0.001 0.197 21 N 0.310 0.203 0.017 0.012 0.005 0.003 0.012 0.129 0.001 0.001 0.308 22 S 0.272 0.071 0.122 0.022 0.004 0.004 0.030 0.011 0.001 0.003 0.461 23 R 0.034 0.021 0.041 0.029 0.003 0.007 0.124 0.005 0.001 0.002 0.735 24 L 0.171 0.027 0.029 0.152 0.011 0.022 0.127 0.002 0.001 0.008 0.451 25 T 0.092 0.023 0.003 0.020 0.002 0.004 0.247 0.001 0.001 0.002 0.605 26 Y 0.018 0.049 0.006 0.035 0.005 0.009 0.065 0.001 0.001 0.003 0.808 27 R 0.018 0.149 0.001 0.015 0.007 0.010 0.176 0.001 0.001 0.006 0.618 28 E 0.018 0.180 0.001 0.003 0.005 0.011 0.584 0.002 0.001 0.016 0.181 29 L 0.019 0.899 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.068 30 A 0.013 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 31 D 0.006 0.966 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 32 I 0.041 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.017 33 L 0.047 0.851 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.006 34 N 0.375 0.297 0.028 0.002 0.001 0.002 0.007 0.192 0.001 0.002 0.094 35 T 0.010 0.015 0.939 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.019 36 T 0.046 0.027 0.009 0.043 0.011 0.017 0.398 0.009 0.001 0.002 0.439 37 R 0.008 0.003 0.014 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.954 38 Q 0.003 0.021 0.001 0.013 0.002 0.003 0.363 0.001 0.001 0.003 0.591 39 R 0.031 0.018 0.001 0.006 0.002 0.004 0.781 0.001 0.001 0.025 0.133 40 I 0.058 0.847 0.001 0.011 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.064 41 A 0.011 0.960 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 42 R 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 43 R 0.024 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 44 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 D 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 46 K 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 47 L 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 K 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 49 K 0.018 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 50 L 0.046 0.774 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.001 0.001 0.043 51 G 0.581 0.184 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.189 0.001 0.001 0.041 52 I 0.009 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 53 I 0.001 0.012 0.015 0.331 0.153 0.249 0.068 0.003 0.001 0.001 0.167 54 R 0.022 0.010 0.001 0.633 0.044 0.076 0.019 0.001 0.001 0.001 0.193 55 K 0.010 0.013 0.001 0.471 0.060 0.074 0.053 0.001 0.001 0.002 0.316 56 F 0.011 0.002 0.003 0.749 0.059 0.066 0.021 0.001 0.001 0.003 0.084 57 T 0.007 0.001 0.001 0.622 0.069 0.087 0.043 0.001 0.001 0.003 0.167 58 I 0.004 0.001 0.003 0.346 0.104 0.183 0.047 0.001 0.001 0.004 0.307 59 I 0.009 0.001 0.001 0.336 0.154 0.233 0.087 0.001 0.001 0.004 0.174 60 P 0.002 0.001 0.001 0.029 0.007 0.013 0.018 0.001 0.001 0.001 0.927 61 D 0.007 0.001 0.001 0.074 0.060 0.107 0.309 0.001 0.001 0.004 0.437 62 I 0.009 0.001 0.001 0.014 0.005 0.011 0.038 0.001 0.001 0.003 0.920 63 D 0.013 0.007 0.001 0.026 0.032 0.036 0.368 0.001 0.001 0.008 0.508 64 K 0.401 0.018 0.001 0.005 0.007 0.011 0.250 0.001 0.001 0.042 0.265 65 L 0.441 0.245 0.002 0.009 0.012 0.012 0.072 0.010 0.001 0.011 0.185 66 G 0.471 0.087 0.010 0.005 0.016 0.014 0.094 0.014 0.001 0.029 0.260 67 Y 0.084 0.014 0.171 0.009 0.016 0.019 0.036 0.002 0.001 0.007 0.642 68 M 0.016 0.003 0.014 0.099 0.107 0.132 0.085 0.002 0.001 0.003 0.538 69 Y 0.044 0.002 0.018 0.204 0.146 0.171 0.049 0.001 0.001 0.006 0.361 70 A 0.002 0.001 0.001 0.458 0.192 0.287 0.019 0.001 0.001 0.001 0.039 71 I 0.001 0.001 0.001 0.574 0.130 0.240 0.011 0.001 0.001 0.001 0.042 72 V 0.001 0.001 0.001 0.693 0.123 0.163 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 73 L 0.001 0.001 0.001 0.520 0.154 0.268 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 74 I 0.001 0.001 0.001 0.433 0.221 0.267 0.014 0.001 0.001 0.001 0.060 75 K 0.003 0.002 0.001 0.239 0.176 0.343 0.036 0.001 0.001 0.003 0.198 76 S 0.007 0.003 0.002 0.106 0.106 0.257 0.064 0.001 0.001 0.004 0.450 77 K 0.019 0.004 0.004 0.098 0.076 0.199 0.079 0.002 0.001 0.008 0.511 78 V 0.031 0.003 0.004 0.016 0.017 0.042 0.087 0.001 0.001 0.003 0.796 79 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.983 80 S 0.027 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.159 0.001 0.001 0.003 0.795 81 D 0.310 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.135 0.001 0.001 0.004 0.536 82 A 0.236 0.133 0.003 0.007 0.002 0.003 0.117 0.001 0.001 0.005 0.494 83 D 0.013 0.139 0.001 0.002 0.001 0.001 0.207 0.001 0.001 0.002 0.634 84 K 0.021 0.287 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.001 0.001 0.003 0.367 85 V 0.022 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.001 0.001 0.071 86 I 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.011 87 S 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 88 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 89 I 0.013 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 90 S 0.036 0.944 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 91 D 0.042 0.857 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.037 92 I 0.331 0.600 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.038 93 E 0.052 0.219 0.059 0.003 0.002 0.002 0.007 0.020 0.001 0.001 0.636 94 Y 0.044 0.127 0.036 0.032 0.015 0.023 0.073 0.019 0.001 0.001 0.630 95 V 0.284 0.151 0.016 0.055 0.015 0.039 0.038 0.009 0.001 0.003 0.391 96 K 0.074 0.278 0.007 0.162 0.089 0.109 0.044 0.003 0.001 0.002 0.232 97 S 0.029 0.118 0.004 0.071 0.064 0.121 0.051 0.002 0.001 0.002 0.537 98 V 0.061 0.111 0.005 0.189 0.141 0.192 0.032 0.004 0.001 0.002 0.263 99 E 0.038 0.116 0.003 0.147 0.118 0.233 0.058 0.004 0.001 0.004 0.278 100 K 0.030 0.073 0.005 0.086 0.147 0.233 0.074 0.007 0.001 0.005 0.341 101 G 0.109 0.075 0.008 0.061 0.121 0.167 0.086 0.008 0.001 0.006 0.357 102 V 0.041 0.041 0.008 0.031 0.059 0.091 0.073 0.004 0.001 0.005 0.646 103 G 0.045 0.016 0.006 0.025 0.053 0.080 0.116 0.004 0.001 0.010 0.644 104 R 0.143 0.014 0.018 0.016 0.043 0.049 0.097 0.002 0.001 0.015 0.603 105 Y 0.063 0.017 0.008 0.068 0.101 0.121 0.103 0.002 0.001 0.008 0.509 106 N 0.034 0.009 0.005 0.083 0.153 0.223 0.092 0.001 0.001 0.007 0.393 107 I 0.017 0.007 0.002 0.232 0.295 0.323 0.037 0.001 0.001 0.003 0.085 108 I 0.009 0.007 0.002 0.186 0.214 0.393 0.036 0.001 0.001 0.002 0.150 109 V 0.002 0.001 0.001 0.399 0.312 0.265 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 110 R 0.002 0.001 0.001 0.298 0.201 0.359 0.029 0.001 0.001 0.001 0.108 111 L 0.002 0.001 0.001 0.387 0.228 0.314 0.014 0.001 0.001 0.001 0.051 112 L 0.002 0.001 0.001 0.370 0.161 0.305 0.043 0.001 0.001 0.002 0.114 113 L 0.008 0.001 0.003 0.163 0.121 0.170 0.106 0.001 0.001 0.004 0.424 114 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.972 115 K 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.040 0.311 0.001 0.001 0.004 0.608 116 D 0.123 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.294 0.001 0.001 0.015 0.558 117 I 0.220 0.051 0.001 0.010 0.002 0.002 0.105 0.001 0.001 0.007 0.599 118 K 0.083 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.207 0.001 0.001 0.006 0.628 119 D 0.043 0.157 0.001 0.001 0.001 0.002 0.291 0.002 0.001 0.003 0.500 120 A 0.059 0.747 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.002 0.174 121 E 0.009 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.039 122 N 0.013 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.052 123 L 0.019 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 124 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 125 S 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 126 E 0.021 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 127 F 0.029 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.015 128 L 0.049 0.885 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.032 129 Q 0.042 0.841 0.019 0.002 0.002 0.004 0.006 0.032 0.001 0.001 0.051 130 R 0.166 0.649 0.012 0.002 0.002 0.003 0.005 0.044 0.001 0.001 0.117 131 I 0.406 0.313 0.041 0.007 0.005 0.005 0.010 0.047 0.001 0.001 0.165 132 K 0.015 0.024 0.039 0.010 0.004 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.888 133 N 0.020 0.011 0.005 0.018 0.011 0.014 0.118 0.004 0.001 0.002 0.796 134 A 0.395 0.042 0.016 0.031 0.008 0.017 0.070 0.002 0.001 0.012 0.406 135 E 0.080 0.150 0.004 0.081 0.035 0.051 0.198 0.003 0.001 0.006 0.392 136 N 0.089 0.093 0.004 0.035 0.017 0.032 0.118 0.002 0.001 0.007 0.604 137 V 0.140 0.289 0.008 0.067 0.038 0.059 0.047 0.002 0.001 0.006 0.344 138 E 0.037 0.316 0.006 0.057 0.083 0.149 0.106 0.004 0.001 0.008 0.235 139 V 0.033 0.350 0.008 0.040 0.085 0.178 0.052 0.004 0.001 0.005 0.246 140 I 0.029 0.551 0.003 0.060 0.086 0.144 0.019 0.004 0.001 0.002 0.102 141 L 0.022 0.624 0.003 0.028 0.053 0.074 0.022 0.003 0.001 0.001 0.170 142 I 0.019 0.623 0.006 0.034 0.070 0.141 0.015 0.003 0.001 0.001 0.087 143 S 0.015 0.620 0.004 0.036 0.067 0.169 0.013 0.006 0.001 0.001 0.070 144 E 0.047 0.586 0.003 0.022 0.054 0.085 0.013 0.014 0.001 0.001 0.172 145 V 0.126 0.487 0.020 0.013 0.032 0.069 0.022 0.015 0.001 0.003 0.214 146 R 0.082 0.329 0.028 0.023 0.055 0.077 0.028 0.026 0.001 0.002 0.351 147 K 0.090 0.196 0.024 0.026 0.048 0.082 0.037 0.017 0.001 0.004 0.477 148 F 0.071 0.103 0.023 0.023 0.039 0.080 0.035 0.009 0.001 0.003 0.614 149 E 0.076 0.055 0.007 0.034 0.057 0.066 0.041 0.009 0.001 0.002 0.653 150 I 0.086 0.030 0.014 0.029 0.038 0.055 0.044 0.003 0.001 0.004 0.696 151 I 0.034 0.025 0.010 0.051 0.087 0.141 0.081 0.002 0.001 0.003 0.566