# TARGET T0336 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.009 0.019 0.078 0.150 0.734 2 S 0.016 0.016 0.028 0.189 0.157 0.594 3 M 0.013 0.005 0.007 0.198 0.129 0.647 4 E 0.003 0.002 0.007 0.803 0.053 0.132 5 E 0.002 0.001 0.007 0.917 0.033 0.041 6 E 0.001 0.001 0.006 0.968 0.013 0.011 7 E 0.002 0.001 0.005 0.976 0.010 0.006 8 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.004 9 D 0.001 0.001 0.003 0.983 0.007 0.005 10 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 11 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 12 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 13 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 14 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 15 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.011 0.013 16 N 0.001 0.001 0.002 0.937 0.020 0.040 17 G 0.001 0.001 0.005 0.881 0.048 0.064 18 E 0.003 0.002 0.010 0.873 0.065 0.048 19 H 0.004 0.003 0.013 0.807 0.083 0.091 20 L 0.005 0.001 0.009 0.753 0.083 0.149 21 E 0.014 0.004 0.012 0.803 0.078 0.089 22 K 0.018 0.003 0.022 0.824 0.080 0.053 23 I 0.018 0.002 0.041 0.829 0.068 0.042 24 L 0.025 0.003 0.045 0.836 0.050 0.041 25 I 0.022 0.002 0.033 0.835 0.046 0.063 26 M 0.041 0.002 0.013 0.513 0.104 0.326 27 A 0.134 0.010 0.013 0.292 0.138 0.415 28 K 0.200 0.027 0.011 0.191 0.164 0.407 29 Y 0.093 0.023 0.016 0.126 0.213 0.530 30 D 0.036 0.008 0.031 0.176 0.251 0.497 31 E 0.008 0.002 0.080 0.421 0.231 0.259 32 S 0.004 0.004 0.129 0.556 0.138 0.169 33 V 0.002 0.003 0.113 0.833 0.028 0.022 34 L 0.001 0.001 0.025 0.961 0.008 0.005 35 K 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.003 36 K 0.001 0.001 0.008 0.987 0.004 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 39 E 0.001 0.001 0.006 0.973 0.014 0.006 40 L 0.001 0.001 0.015 0.931 0.036 0.016 41 L 0.001 0.003 0.026 0.857 0.080 0.033 42 D 0.001 0.002 0.053 0.648 0.212 0.084 43 D 0.001 0.001 0.027 0.266 0.389 0.316 44 D 0.001 0.001 0.008 0.107 0.328 0.556 45 L 0.001 0.001 0.001 0.051 0.091 0.855 46 W 0.001 0.001 0.003 0.872 0.044 0.079 47 T 0.001 0.001 0.004 0.949 0.026 0.020 48 V 0.002 0.002 0.007 0.968 0.013 0.009 49 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 50 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 51 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 58 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.005 59 I 0.001 0.001 0.004 0.970 0.014 0.012 60 A 0.001 0.001 0.011 0.923 0.034 0.030 61 K 0.004 0.005 0.027 0.642 0.160 0.163 62 T 0.004 0.006 0.021 0.265 0.237 0.467 63 R 0.002 0.004 0.008 0.063 0.296 0.627 64 E 0.001 0.001 0.188 0.518 0.244 0.048 65 D 0.001 0.001 0.205 0.588 0.184 0.021 66 L 0.001 0.001 0.183 0.656 0.142 0.017 67 Y 0.004 0.003 0.074 0.718 0.129 0.072 68 E 0.007 0.003 0.052 0.696 0.143 0.099 69 P 0.007 0.004 0.083 0.745 0.104 0.057 70 M 0.012 0.007 0.090 0.695 0.103 0.093 71 L 0.011 0.004 0.053 0.704 0.089 0.140 72 K 0.004 0.001 0.034 0.792 0.053 0.117 73 K 0.002 0.001 0.032 0.863 0.035 0.066 74 L 0.002 0.001 0.042 0.909 0.025 0.021 75 F 0.002 0.001 0.038 0.908 0.031 0.019 76 S 0.002 0.001 0.067 0.860 0.048 0.022 77 L 0.001 0.001 0.056 0.851 0.059 0.032 78 L 0.002 0.002 0.057 0.784 0.093 0.063 79 K 0.005 0.009 0.064 0.588 0.210 0.124 80 K 0.005 0.003 0.046 0.526 0.272 0.147 81 S 0.004 0.002 0.034 0.375 0.340 0.245 82 E 0.002 0.003 0.017 0.267 0.354 0.357 83 A 0.002 0.004 0.011 0.390 0.193 0.400 84 I 0.001 0.001 0.004 0.886 0.052 0.056 85 P 0.001 0.001 0.005 0.937 0.027 0.028 86 L 0.002 0.002 0.005 0.970 0.008 0.013 87 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 88 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 93 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.007 94 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.007 95 G 0.001 0.001 0.009 0.953 0.019 0.017 96 Q 0.001 0.001 0.013 0.934 0.030 0.022 97 M 0.001 0.001 0.018 0.935 0.028 0.018 98 A 0.001 0.001 0.029 0.881 0.055 0.033 99 K 0.001 0.002 0.045 0.813 0.094 0.046 100 E 0.002 0.002 0.046 0.571 0.173 0.207 101 K 0.001 0.002 0.019 0.109 0.267 0.601 102 P 0.001 0.001 0.127 0.235 0.362 0.274 103 E 0.001 0.003 0.266 0.347 0.303 0.080 104 L 0.002 0.004 0.379 0.369 0.206 0.040 105 V 0.005 0.004 0.249 0.506 0.166 0.069 106 K 0.007 0.002 0.183 0.615 0.117 0.077 107 S 0.007 0.006 0.156 0.701 0.070 0.060 108 M 0.006 0.006 0.098 0.828 0.027 0.035 109 I 0.004 0.001 0.036 0.916 0.016 0.026 110 P 0.001 0.001 0.021 0.955 0.009 0.014 111 V 0.001 0.001 0.021 0.968 0.006 0.004 112 L 0.001 0.001 0.011 0.981 0.006 0.002 113 F 0.001 0.001 0.018 0.968 0.010 0.003 114 A 0.001 0.001 0.022 0.943 0.025 0.009 115 N 0.001 0.001 0.037 0.864 0.067 0.031 116 Y 0.006 0.010 0.040 0.677 0.176 0.091 117 R 0.011 0.010 0.049 0.379 0.354 0.197 118 I 0.007 0.004 0.021 0.149 0.485 0.334 119 G 0.003 0.002 0.009 0.076 0.412 0.497 120 D 0.003 0.003 0.004 0.110 0.196 0.684 121 E 0.001 0.001 0.003 0.943 0.028 0.024 122 K 0.001 0.001 0.002 0.976 0.012 0.008 123 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 124 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 128 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 132 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 133 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.011 0.010 134 I 0.001 0.001 0.005 0.953 0.022 0.020 135 A 0.001 0.001 0.012 0.898 0.048 0.040 136 K 0.001 0.002 0.017 0.796 0.101 0.083 137 A 0.001 0.001 0.016 0.405 0.178 0.397 138 N 0.001 0.001 0.010 0.122 0.183 0.682 139 P 0.001 0.001 0.058 0.672 0.161 0.107 140 M 0.001 0.001 0.057 0.782 0.124 0.034 141 L 0.001 0.002 0.067 0.841 0.067 0.021 142 M 0.002 0.001 0.028 0.917 0.033 0.019 143 A 0.002 0.001 0.015 0.943 0.024 0.015 144 S 0.001 0.001 0.014 0.957 0.015 0.011 145 I 0.002 0.001 0.011 0.968 0.008 0.012 146 V 0.002 0.001 0.009 0.971 0.007 0.012 147 R 0.001 0.001 0.006 0.976 0.006 0.010 148 D 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.005 149 F 0.001 0.001 0.007 0.978 0.008 0.006 150 M 0.001 0.001 0.022 0.948 0.019 0.010 151 S 0.001 0.001 0.024 0.908 0.041 0.025 152 M 0.002 0.001 0.029 0.818 0.084 0.067 153 L 0.006 0.009 0.028 0.699 0.140 0.118 154 S 0.009 0.008 0.040 0.433 0.286 0.224 155 S 0.007 0.005 0.030 0.295 0.348 0.314 156 K 0.004 0.003 0.020 0.257 0.351 0.365 157 N 0.003 0.004 0.011 0.328 0.257 0.396 158 R 0.001 0.001 0.009 0.833 0.096 0.060 159 E 0.002 0.001 0.010 0.893 0.056 0.038 160 D 0.002 0.002 0.013 0.926 0.031 0.025 161 K 0.003 0.001 0.009 0.935 0.025 0.028 162 L 0.001 0.001 0.006 0.963 0.015 0.014 163 T 0.001 0.001 0.005 0.977 0.008 0.008 164 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.007 0.011 165 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.007 0.011 166 N 0.001 0.001 0.003 0.975 0.008 0.012 167 F 0.001 0.001 0.003 0.975 0.008 0.012 168 I 0.002 0.001 0.004 0.961 0.012 0.021 169 E 0.002 0.001 0.011 0.940 0.021 0.026 170 A 0.001 0.001 0.012 0.924 0.034 0.029 171 M 0.001 0.001 0.018 0.882 0.047 0.052 172 G 0.002 0.002 0.045 0.744 0.106 0.102 173 E 0.003 0.002 0.053 0.713 0.135 0.094 174 N 0.003 0.003 0.041 0.613 0.153 0.187 175 S 0.004 0.005 0.036 0.409 0.212 0.334 176 F 0.004 0.002 0.101 0.599 0.171 0.124 177 K 0.003 0.003 0.155 0.621 0.147 0.069 178 Y 0.003 0.002 0.199 0.582 0.148 0.067 179 V 0.003 0.003 0.115 0.682 0.104 0.093 180 N 0.003 0.002 0.119 0.703 0.093 0.080 181 P 0.001 0.002 0.092 0.779 0.051 0.075 182 F 0.001 0.001 0.065 0.889 0.014 0.030 183 L 0.001 0.001 0.023 0.954 0.010 0.013 184 P 0.001 0.001 0.014 0.970 0.008 0.008 185 R 0.001 0.001 0.013 0.980 0.005 0.002 186 I 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.001 187 I 0.001 0.001 0.015 0.974 0.009 0.002 188 N 0.001 0.001 0.019 0.954 0.020 0.007 189 L 0.001 0.001 0.033 0.896 0.048 0.021 190 L 0.003 0.009 0.056 0.714 0.163 0.055 191 H 0.005 0.004 0.088 0.428 0.341 0.133 192 D 0.004 0.002 0.032 0.113 0.434 0.414 193 G 0.002 0.002 0.005 0.034 0.292 0.665 194 D 0.001 0.001 0.001 0.013 0.054 0.930 195 E 0.001 0.001 0.004 0.926 0.028 0.041 196 I 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.006 197 V 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 198 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 199 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 200 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 202 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 203 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 204 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 205 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 206 V 0.001 0.001 0.011 0.975 0.010 0.004 207 H 0.001 0.001 0.014 0.946 0.026 0.014 208 L 0.001 0.001 0.014 0.891 0.049 0.045 209 A 0.004 0.005 0.026 0.719 0.139 0.108 210 T 0.009 0.012 0.027 0.425 0.335 0.192 211 L 0.008 0.005 0.014 0.183 0.329 0.461 212 N 0.003 0.002 0.011 0.134 0.341 0.510 213 D 0.001 0.001 0.023 0.887 0.067 0.022 214 K 0.001 0.001 0.016 0.925 0.049 0.008 215 L 0.001 0.001 0.014 0.960 0.019 0.005 216 R 0.004 0.001 0.007 0.977 0.006 0.006 217 K 0.003 0.001 0.005 0.985 0.004 0.003 218 V 0.004 0.001 0.003 0.987 0.002 0.003 219 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 220 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 221 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 222 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 223 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 224 E 0.001 0.001 0.008 0.970 0.013 0.008 225 E 0.001 0.001 0.010 0.904 0.043 0.042 226 L 0.001 0.003 0.012 0.657 0.166 0.161 227 N 0.002 0.007 0.007 0.094 0.336 0.554 228 D 0.003 0.009 0.008 0.021 0.792 0.167 229 T 0.006 0.007 0.031 0.044 0.854 0.058 230 S 0.010 0.005 0.030 0.048 0.826 0.082 231 S 0.061 0.011 0.026 0.093 0.597 0.212 232 L 0.111 0.042 0.020 0.344 0.167 0.316 233 V 0.111 0.043 0.020 0.619 0.071 0.136 234 N 0.125 0.005 0.021 0.701 0.047 0.101 235 K 0.089 0.003 0.013 0.822 0.020 0.052 236 T 0.096 0.005 0.007 0.838 0.015 0.039 237 V 0.066 0.002 0.006 0.903 0.007 0.015 238 K 0.036 0.001 0.016 0.923 0.012 0.012 239 E 0.032 0.002 0.032 0.877 0.030 0.027 240 G 0.023 0.002 0.050 0.817 0.061 0.047 241 I 0.015 0.002 0.082 0.818 0.057 0.026 242 S 0.013 0.003 0.131 0.693 0.125 0.035 243 R 0.008 0.001 0.178 0.615 0.144 0.055 244 L 0.014 0.003 0.061 0.418 0.325 0.178 245 L 0.012 0.016 0.032 0.148 0.430 0.363 246 L 0.022 0.015 0.010 0.018 0.535 0.400 247 L 0.035 0.010 0.048 0.018 0.587 0.302 248 E 0.053 0.024 0.131 0.018 0.591 0.182 249 G 0.079 0.013 0.231 0.025 0.402 0.250 250 H 0.075 0.026 0.140 0.018 0.302 0.439 251 S 0.038 0.049 0.035 0.019 0.219 0.641 252 S 0.014 0.021 0.012 0.023 0.149 0.780 253 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.981