# TARGET T0336 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.849 0.126 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 2 S 0.785 0.165 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 3 M 0.654 0.194 0.091 0.047 0.013 0.002 0.001 4 E 0.803 0.148 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 5 E 0.581 0.289 0.090 0.030 0.007 0.002 0.001 6 E 0.108 0.175 0.233 0.284 0.162 0.034 0.003 7 E 0.065 0.300 0.325 0.201 0.092 0.016 0.001 8 F 0.195 0.406 0.245 0.124 0.027 0.004 0.001 9 D 0.050 0.199 0.316 0.305 0.108 0.020 0.002 10 I 0.019 0.036 0.047 0.156 0.392 0.318 0.032 11 R 0.044 0.203 0.298 0.308 0.126 0.020 0.001 12 E 0.097 0.304 0.321 0.215 0.054 0.008 0.001 13 A 0.043 0.058 0.067 0.157 0.296 0.336 0.044 14 L 0.005 0.014 0.040 0.160 0.344 0.387 0.050 15 A 0.031 0.217 0.321 0.270 0.120 0.036 0.004 16 N 0.026 0.096 0.217 0.339 0.245 0.071 0.006 17 G 0.011 0.025 0.041 0.101 0.280 0.465 0.077 18 E 0.065 0.173 0.238 0.287 0.173 0.057 0.007 19 H 0.194 0.352 0.248 0.137 0.052 0.015 0.002 20 L 0.110 0.161 0.198 0.250 0.194 0.077 0.009 21 E 0.139 0.192 0.211 0.232 0.156 0.061 0.010 22 K 0.364 0.295 0.162 0.102 0.051 0.022 0.005 23 I 0.188 0.237 0.212 0.192 0.115 0.047 0.010 24 L 0.113 0.111 0.135 0.204 0.225 0.176 0.036 25 I 0.124 0.141 0.159 0.205 0.207 0.138 0.026 26 M 0.193 0.190 0.184 0.191 0.143 0.085 0.014 27 A 0.118 0.163 0.171 0.230 0.194 0.109 0.016 28 K 0.120 0.171 0.191 0.204 0.185 0.113 0.015 29 Y 0.068 0.119 0.177 0.286 0.245 0.097 0.009 30 D 0.191 0.304 0.241 0.164 0.073 0.025 0.002 31 E 0.326 0.327 0.193 0.107 0.038 0.009 0.001 32 S 0.230 0.390 0.246 0.099 0.029 0.006 0.001 33 V 0.013 0.039 0.085 0.235 0.393 0.220 0.014 34 L 0.005 0.039 0.127 0.297 0.361 0.161 0.010 35 K 0.077 0.425 0.329 0.129 0.033 0.007 0.001 36 K 0.010 0.075 0.285 0.405 0.188 0.036 0.002 37 L 0.001 0.003 0.006 0.042 0.291 0.602 0.054 38 I 0.004 0.035 0.180 0.414 0.292 0.072 0.004 39 E 0.086 0.436 0.307 0.120 0.039 0.011 0.001 40 L 0.007 0.053 0.211 0.401 0.269 0.058 0.002 41 L 0.006 0.021 0.066 0.262 0.457 0.183 0.005 42 D 0.220 0.468 0.221 0.074 0.015 0.002 0.001 43 D 0.356 0.344 0.180 0.094 0.022 0.003 0.001 44 D 0.434 0.338 0.151 0.060 0.015 0.002 0.001 45 L 0.370 0.369 0.177 0.066 0.016 0.002 0.001 46 W 0.241 0.372 0.230 0.123 0.030 0.003 0.001 47 T 0.135 0.382 0.292 0.144 0.040 0.006 0.001 48 V 0.002 0.015 0.059 0.210 0.455 0.236 0.024 49 V 0.002 0.022 0.070 0.207 0.425 0.252 0.022 50 K 0.007 0.102 0.193 0.332 0.257 0.099 0.010 51 N 0.001 0.008 0.044 0.197 0.330 0.343 0.077 52 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.317 0.657 53 I 0.001 0.001 0.005 0.036 0.146 0.462 0.350 54 S 0.001 0.007 0.041 0.174 0.289 0.386 0.103 55 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.083 0.406 0.495 56 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.241 0.742 57 M 0.001 0.005 0.025 0.113 0.281 0.458 0.119 58 V 0.001 0.010 0.049 0.203 0.388 0.292 0.058 59 I 0.001 0.002 0.007 0.038 0.189 0.597 0.168 60 A 0.003 0.025 0.082 0.234 0.379 0.253 0.025 61 K 0.046 0.245 0.297 0.253 0.121 0.035 0.004 62 T 0.132 0.273 0.262 0.215 0.095 0.021 0.002 63 R 0.229 0.309 0.235 0.151 0.061 0.015 0.001 64 E 0.463 0.311 0.138 0.064 0.019 0.005 0.001 65 D 0.476 0.304 0.134 0.059 0.021 0.006 0.001 66 L 0.146 0.184 0.231 0.227 0.155 0.051 0.006 67 Y 0.136 0.147 0.174 0.223 0.208 0.099 0.013 68 E 0.197 0.251 0.213 0.179 0.100 0.050 0.010 69 P 0.207 0.205 0.181 0.183 0.136 0.075 0.012 70 M 0.061 0.100 0.136 0.208 0.249 0.195 0.051 71 L 0.030 0.056 0.091 0.174 0.271 0.290 0.087 72 K 0.048 0.146 0.220 0.256 0.205 0.105 0.020 73 K 0.138 0.249 0.223 0.190 0.123 0.067 0.010 74 L 0.025 0.063 0.122 0.224 0.291 0.232 0.043 75 F 0.012 0.020 0.046 0.134 0.320 0.410 0.058 76 S 0.040 0.129 0.210 0.269 0.219 0.120 0.013 77 L 0.075 0.196 0.244 0.239 0.156 0.083 0.008 78 L 0.022 0.053 0.097 0.219 0.346 0.241 0.022 79 K 0.044 0.102 0.204 0.311 0.248 0.087 0.005 80 K 0.332 0.360 0.188 0.090 0.024 0.005 0.001 81 S 0.429 0.287 0.150 0.091 0.035 0.008 0.001 82 E 0.403 0.281 0.163 0.098 0.041 0.012 0.001 83 A 0.244 0.320 0.212 0.142 0.064 0.016 0.002 84 I 0.109 0.266 0.276 0.228 0.100 0.020 0.002 85 P 0.072 0.203 0.254 0.262 0.156 0.049 0.005 86 L 0.003 0.014 0.043 0.145 0.380 0.358 0.058 87 T 0.002 0.016 0.061 0.195 0.406 0.284 0.035 88 Q 0.005 0.063 0.143 0.302 0.314 0.156 0.018 89 E 0.001 0.005 0.033 0.155 0.333 0.378 0.094 90 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.384 0.582 91 A 0.001 0.001 0.007 0.050 0.207 0.505 0.229 92 K 0.001 0.007 0.050 0.231 0.310 0.335 0.067 93 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.074 0.434 0.480 94 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.257 0.728 95 G 0.001 0.004 0.026 0.138 0.339 0.424 0.069 96 Q 0.001 0.009 0.055 0.231 0.429 0.247 0.027 97 M 0.001 0.001 0.005 0.031 0.164 0.604 0.194 98 A 0.002 0.015 0.048 0.171 0.369 0.357 0.039 99 K 0.025 0.186 0.288 0.301 0.152 0.045 0.005 100 E 0.062 0.195 0.267 0.296 0.148 0.029 0.002 101 K 0.150 0.368 0.275 0.145 0.051 0.010 0.001 102 P 0.167 0.342 0.276 0.162 0.045 0.007 0.001 103 E 0.384 0.398 0.149 0.053 0.014 0.002 0.001 104 L 0.041 0.126 0.262 0.298 0.213 0.056 0.004 105 V 0.014 0.040 0.086 0.217 0.372 0.245 0.027 106 K 0.036 0.212 0.319 0.283 0.119 0.028 0.002 107 S 0.047 0.177 0.277 0.306 0.150 0.040 0.003 108 M 0.004 0.012 0.019 0.067 0.258 0.535 0.105 109 I 0.001 0.006 0.027 0.119 0.352 0.429 0.066 110 P 0.010 0.117 0.320 0.352 0.153 0.046 0.003 111 V 0.003 0.017 0.083 0.282 0.402 0.198 0.016 112 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.103 0.617 0.266 113 F 0.002 0.014 0.078 0.285 0.370 0.230 0.021 114 A 0.025 0.185 0.272 0.264 0.165 0.081 0.007 115 N 0.006 0.037 0.103 0.253 0.349 0.224 0.028 116 Y 0.004 0.011 0.035 0.145 0.386 0.392 0.027 117 R 0.081 0.302 0.313 0.206 0.080 0.017 0.001 118 I 0.166 0.276 0.244 0.217 0.081 0.015 0.001 119 G 0.428 0.329 0.149 0.069 0.020 0.004 0.001 120 D 0.323 0.349 0.194 0.096 0.031 0.005 0.001 121 E 0.237 0.377 0.221 0.122 0.037 0.006 0.001 122 K 0.060 0.243 0.291 0.253 0.122 0.029 0.003 123 T 0.001 0.006 0.029 0.126 0.392 0.376 0.072 124 K 0.001 0.010 0.041 0.154 0.428 0.327 0.040 125 I 0.001 0.023 0.079 0.261 0.361 0.240 0.034 126 N 0.001 0.001 0.009 0.062 0.217 0.518 0.193 127 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.205 0.787 128 S 0.001 0.001 0.003 0.033 0.156 0.548 0.260 129 Y 0.001 0.002 0.020 0.140 0.345 0.428 0.065 130 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.331 0.636 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.311 0.672 132 E 0.001 0.008 0.054 0.226 0.380 0.298 0.034 133 E 0.001 0.004 0.034 0.226 0.458 0.259 0.019 134 I 0.001 0.001 0.004 0.028 0.221 0.648 0.097 135 A 0.002 0.028 0.116 0.323 0.353 0.166 0.013 136 K 0.078 0.368 0.272 0.185 0.073 0.022 0.003 137 A 0.073 0.216 0.291 0.273 0.123 0.022 0.002 138 N 0.135 0.301 0.299 0.184 0.066 0.014 0.001 139 P 0.294 0.371 0.212 0.088 0.028 0.006 0.001 140 M 0.386 0.362 0.165 0.065 0.018 0.003 0.001 141 L 0.035 0.118 0.227 0.270 0.252 0.088 0.010 142 M 0.009 0.040 0.101 0.238 0.379 0.210 0.023 143 A 0.061 0.281 0.337 0.227 0.074 0.018 0.002 144 S 0.030 0.130 0.274 0.335 0.182 0.047 0.002 145 I 0.002 0.008 0.014 0.055 0.259 0.569 0.093 146 V 0.001 0.011 0.065 0.257 0.412 0.230 0.023 147 R 0.019 0.256 0.398 0.233 0.072 0.021 0.001 148 D 0.004 0.026 0.115 0.306 0.374 0.163 0.013 149 F 0.001 0.002 0.004 0.023 0.174 0.637 0.159 150 M 0.007 0.048 0.173 0.345 0.285 0.135 0.008 151 S 0.062 0.241 0.251 0.239 0.141 0.061 0.005 152 M 0.011 0.048 0.093 0.204 0.329 0.283 0.032 153 L 0.017 0.044 0.116 0.255 0.356 0.200 0.011 154 S 0.218 0.311 0.232 0.157 0.064 0.017 0.001 155 S 0.283 0.272 0.193 0.167 0.068 0.015 0.002 156 K 0.418 0.263 0.156 0.098 0.047 0.016 0.002 157 N 0.297 0.273 0.187 0.137 0.076 0.027 0.004 158 R 0.200 0.229 0.206 0.213 0.115 0.033 0.004 159 E 0.171 0.215 0.186 0.184 0.156 0.075 0.013 160 D 0.024 0.071 0.122 0.212 0.286 0.221 0.064 161 K 0.010 0.048 0.124 0.245 0.330 0.206 0.036 162 L 0.020 0.086 0.169 0.294 0.263 0.148 0.020 163 T 0.004 0.018 0.048 0.131 0.304 0.403 0.093 164 A 0.001 0.002 0.005 0.026 0.137 0.580 0.250 165 L 0.001 0.014 0.076 0.242 0.327 0.303 0.036 166 N 0.004 0.041 0.148 0.320 0.309 0.165 0.014 167 F 0.001 0.003 0.005 0.028 0.151 0.546 0.265 168 I 0.001 0.001 0.006 0.042 0.192 0.577 0.181 169 E 0.008 0.100 0.237 0.301 0.225 0.113 0.016 170 A 0.015 0.094 0.186 0.323 0.271 0.099 0.013 171 M 0.006 0.023 0.055 0.165 0.333 0.358 0.060 172 G 0.055 0.140 0.176 0.234 0.225 0.150 0.020 173 E 0.271 0.369 0.172 0.116 0.051 0.017 0.003 174 N 0.297 0.288 0.206 0.133 0.058 0.016 0.002 175 S 0.243 0.210 0.197 0.188 0.115 0.042 0.005 176 F 0.240 0.274 0.197 0.159 0.093 0.033 0.005 177 K 0.256 0.276 0.211 0.158 0.073 0.023 0.003 178 Y 0.088 0.118 0.157 0.223 0.235 0.150 0.028 179 V 0.035 0.051 0.075 0.155 0.289 0.324 0.072 180 N 0.048 0.126 0.218 0.291 0.208 0.097 0.012 181 P 0.059 0.129 0.181 0.262 0.238 0.119 0.012 182 F 0.009 0.027 0.038 0.109 0.269 0.431 0.117 183 L 0.004 0.020 0.059 0.162 0.341 0.345 0.069 184 P 0.040 0.223 0.321 0.260 0.115 0.036 0.005 185 R 0.008 0.049 0.165 0.318 0.297 0.142 0.021 186 I 0.001 0.001 0.004 0.029 0.208 0.617 0.140 187 I 0.003 0.028 0.122 0.324 0.339 0.166 0.018 188 N 0.042 0.257 0.302 0.218 0.122 0.055 0.004 189 L 0.004 0.025 0.101 0.299 0.395 0.167 0.009 190 L 0.004 0.015 0.047 0.175 0.410 0.334 0.015 191 H 0.119 0.334 0.316 0.169 0.053 0.009 0.001 192 D 0.190 0.273 0.257 0.206 0.064 0.009 0.001 193 G 0.517 0.310 0.119 0.043 0.009 0.001 0.001 194 D 0.520 0.320 0.113 0.038 0.008 0.001 0.001 195 E 0.446 0.366 0.129 0.048 0.010 0.001 0.001 196 I 0.152 0.383 0.286 0.136 0.039 0.005 0.001 197 V 0.004 0.031 0.107 0.293 0.397 0.155 0.011 198 R 0.003 0.042 0.133 0.289 0.390 0.137 0.006 199 A 0.010 0.168 0.295 0.340 0.152 0.033 0.002 200 S 0.001 0.014 0.087 0.321 0.362 0.194 0.021 201 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.537 0.395 202 V 0.001 0.003 0.028 0.181 0.412 0.335 0.041 203 E 0.001 0.027 0.188 0.459 0.251 0.072 0.003 204 A 0.001 0.001 0.002 0.021 0.202 0.622 0.153 205 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.472 0.501 206 V 0.001 0.012 0.092 0.363 0.391 0.135 0.005 207 H 0.001 0.026 0.156 0.422 0.326 0.066 0.002 208 L 0.001 0.003 0.008 0.043 0.229 0.646 0.071 209 A 0.002 0.017 0.082 0.305 0.434 0.156 0.004 210 T 0.113 0.465 0.290 0.108 0.021 0.003 0.001 211 L 0.221 0.392 0.247 0.122 0.017 0.001 0.001 212 N 0.194 0.390 0.269 0.118 0.026 0.002 0.001 213 D 0.512 0.373 0.091 0.020 0.003 0.001 0.001 214 K 0.245 0.453 0.214 0.073 0.014 0.001 0.001 215 L 0.019 0.075 0.172 0.321 0.323 0.086 0.002 216 R 0.012 0.091 0.216 0.341 0.267 0.070 0.003 217 K 0.137 0.462 0.280 0.094 0.022 0.005 0.001 218 V 0.009 0.071 0.235 0.424 0.217 0.042 0.002 219 V 0.004 0.006 0.011 0.049 0.274 0.588 0.069 220 I 0.006 0.054 0.183 0.407 0.286 0.060 0.003 221 K 0.062 0.440 0.329 0.123 0.038 0.008 0.001 222 R 0.004 0.031 0.167 0.444 0.286 0.065 0.002 223 L 0.004 0.014 0.051 0.226 0.449 0.245 0.011 224 E 0.280 0.482 0.174 0.051 0.011 0.002 0.001 225 E 0.476 0.394 0.099 0.024 0.005 0.001 0.001 226 L 0.036 0.121 0.291 0.373 0.159 0.020 0.001 227 N 0.477 0.369 0.118 0.030 0.005 0.001 0.001 228 D 0.370 0.259 0.197 0.138 0.034 0.003 0.001 229 T 0.579 0.247 0.107 0.052 0.014 0.002 0.001 230 S 0.724 0.185 0.060 0.023 0.007 0.001 0.001 231 S 0.659 0.229 0.075 0.028 0.008 0.002 0.001 232 L 0.373 0.230 0.166 0.142 0.072 0.017 0.001 233 V 0.261 0.274 0.222 0.166 0.065 0.012 0.001 234 N 0.371 0.364 0.167 0.072 0.021 0.005 0.001 235 K 0.194 0.256 0.243 0.202 0.086 0.018 0.001 236 T 0.226 0.274 0.217 0.169 0.088 0.023 0.003 237 V 0.100 0.138 0.175 0.255 0.222 0.098 0.011 238 K 0.154 0.234 0.222 0.218 0.126 0.042 0.005 239 E 0.227 0.308 0.212 0.141 0.074 0.031 0.006 240 G 0.149 0.148 0.171 0.212 0.192 0.110 0.017 241 I 0.187 0.110 0.105 0.157 0.213 0.194 0.033 242 S 0.289 0.276 0.186 0.144 0.073 0.027 0.004 243 R 0.296 0.273 0.189 0.137 0.072 0.029 0.004 244 L 0.317 0.144 0.113 0.148 0.147 0.111 0.020 245 L 0.271 0.164 0.135 0.164 0.145 0.097 0.024 246 L 0.309 0.181 0.178 0.161 0.115 0.047 0.008 247 L 0.372 0.200 0.150 0.122 0.095 0.051 0.011 248 E 0.401 0.223 0.157 0.117 0.063 0.032 0.007 249 G 0.356 0.247 0.184 0.120 0.066 0.024 0.003 250 H 0.302 0.279 0.183 0.138 0.072 0.024 0.002 251 S 0.411 0.239 0.159 0.126 0.051 0.013 0.002 252 S 0.604 0.210 0.103 0.060 0.019 0.004 0.001 253 S 0.724 0.180 0.058 0.027 0.009 0.002 0.001