# TARGET T0336 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1964 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.001 0.009 0.066 0.913 2 S 0.030 0.008 0.001 0.013 0.075 0.873 3 M 0.033 0.011 0.026 0.411 0.181 0.339 4 E 0.057 0.008 0.022 0.360 0.181 0.371 5 E 0.009 0.001 0.053 0.868 0.051 0.018 6 E 0.012 0.001 0.032 0.906 0.025 0.024 7 E 0.006 0.001 0.024 0.942 0.014 0.013 8 F 0.007 0.001 0.020 0.932 0.014 0.026 9 D 0.006 0.003 0.010 0.918 0.015 0.048 10 I 0.001 0.001 0.008 0.978 0.006 0.007 11 R 0.001 0.001 0.009 0.980 0.006 0.004 12 E 0.001 0.001 0.011 0.977 0.008 0.002 13 A 0.001 0.001 0.011 0.975 0.009 0.004 14 L 0.001 0.001 0.007 0.975 0.010 0.007 15 A 0.001 0.001 0.009 0.943 0.025 0.022 16 N 0.001 0.001 0.014 0.775 0.069 0.142 17 G 0.002 0.001 0.015 0.163 0.170 0.649 18 E 0.006 0.003 0.058 0.397 0.204 0.333 19 H 0.013 0.005 0.084 0.625 0.142 0.130 20 L 0.008 0.001 0.063 0.795 0.071 0.063 21 E 0.013 0.001 0.038 0.864 0.041 0.042 22 K 0.018 0.001 0.029 0.887 0.033 0.032 23 I 0.027 0.002 0.024 0.860 0.035 0.051 24 L 0.022 0.001 0.020 0.872 0.037 0.048 25 I 0.024 0.004 0.021 0.861 0.035 0.055 26 M 0.021 0.003 0.030 0.824 0.046 0.076 27 A 0.020 0.002 0.038 0.757 0.078 0.105 28 K 0.010 0.004 0.043 0.735 0.090 0.118 29 Y 0.012 0.007 0.038 0.634 0.119 0.189 30 D 0.005 0.002 0.022 0.676 0.096 0.199 31 E 0.001 0.001 0.036 0.918 0.030 0.016 32 S 0.001 0.001 0.032 0.938 0.021 0.008 33 V 0.001 0.001 0.025 0.958 0.013 0.004 34 L 0.001 0.001 0.011 0.971 0.010 0.007 35 K 0.001 0.001 0.015 0.964 0.013 0.006 36 K 0.001 0.001 0.011 0.970 0.013 0.005 37 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.009 0.006 38 I 0.001 0.001 0.035 0.942 0.017 0.004 39 E 0.001 0.001 0.043 0.909 0.035 0.012 40 L 0.002 0.004 0.050 0.766 0.087 0.090 41 L 0.004 0.017 0.034 0.306 0.280 0.359 42 D 0.004 0.004 0.015 0.044 0.610 0.322 43 D 0.003 0.003 0.057 0.096 0.638 0.203 44 D 0.006 0.004 0.041 0.075 0.657 0.218 45 L 0.019 0.009 0.049 0.365 0.391 0.167 46 W 0.021 0.016 0.012 0.592 0.143 0.216 47 T 0.018 0.026 0.006 0.704 0.060 0.186 48 V 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 49 V 0.001 0.001 0.011 0.978 0.005 0.004 50 K 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 51 N 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 59 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 60 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.004 61 K 0.001 0.001 0.008 0.956 0.019 0.015 62 T 0.001 0.001 0.011 0.883 0.047 0.057 63 R 0.001 0.002 0.044 0.806 0.093 0.054 64 E 0.002 0.001 0.186 0.646 0.129 0.036 65 D 0.002 0.001 0.286 0.554 0.131 0.027 66 L 0.006 0.005 0.154 0.658 0.122 0.055 67 Y 0.016 0.011 0.068 0.719 0.088 0.099 68 E 0.031 0.005 0.145 0.588 0.123 0.108 69 P 0.024 0.003 0.218 0.591 0.098 0.066 70 M 0.038 0.013 0.200 0.636 0.064 0.049 71 L 0.029 0.007 0.056 0.786 0.063 0.060 72 K 0.013 0.002 0.036 0.856 0.052 0.041 73 K 0.008 0.001 0.024 0.926 0.028 0.014 74 L 0.006 0.001 0.017 0.954 0.014 0.008 75 F 0.007 0.001 0.022 0.935 0.024 0.011 76 S 0.006 0.001 0.021 0.946 0.016 0.010 77 L 0.008 0.001 0.026 0.933 0.020 0.012 78 L 0.011 0.003 0.018 0.916 0.033 0.019 79 K 0.006 0.002 0.020 0.910 0.044 0.019 80 K 0.008 0.004 0.019 0.802 0.096 0.071 81 S 0.004 0.005 0.029 0.476 0.277 0.211 82 E 0.003 0.006 0.049 0.219 0.499 0.223 83 A 0.002 0.004 0.026 0.198 0.479 0.290 84 I 0.003 0.003 0.004 0.058 0.319 0.613 85 P 0.002 0.001 0.010 0.783 0.106 0.098 86 L 0.007 0.004 0.010 0.869 0.060 0.051 87 T 0.007 0.002 0.007 0.948 0.018 0.017 88 Q 0.003 0.001 0.007 0.979 0.005 0.005 89 E 0.004 0.001 0.008 0.978 0.005 0.004 90 I 0.002 0.001 0.009 0.980 0.005 0.003 91 A 0.004 0.001 0.007 0.974 0.008 0.007 92 K 0.005 0.001 0.013 0.947 0.021 0.012 93 A 0.003 0.002 0.007 0.945 0.026 0.018 94 F 0.003 0.001 0.009 0.928 0.023 0.037 95 G 0.011 0.004 0.122 0.615 0.110 0.139 96 Q 0.009 0.003 0.232 0.609 0.079 0.067 97 M 0.021 0.021 0.202 0.650 0.057 0.049 98 A 0.019 0.007 0.076 0.756 0.086 0.056 99 K 0.013 0.003 0.026 0.626 0.203 0.129 100 E 0.013 0.004 0.024 0.696 0.137 0.125 101 K 0.042 0.008 0.032 0.384 0.288 0.246 102 P 0.009 0.002 0.114 0.593 0.166 0.117 103 E 0.014 0.006 0.137 0.717 0.085 0.041 104 L 0.016 0.004 0.116 0.793 0.053 0.018 105 V 0.028 0.003 0.064 0.817 0.059 0.029 106 K 0.024 0.001 0.088 0.807 0.059 0.021 107 S 0.023 0.002 0.039 0.878 0.036 0.023 108 M 0.019 0.003 0.015 0.903 0.020 0.040 109 I 0.053 0.003 0.036 0.793 0.042 0.073 110 P 0.042 0.002 0.031 0.831 0.041 0.053 111 V 0.073 0.006 0.044 0.810 0.036 0.031 112 L 0.051 0.004 0.033 0.853 0.036 0.023 113 F 0.037 0.002 0.130 0.767 0.050 0.014 114 A 0.060 0.002 0.093 0.749 0.067 0.029 115 N 0.067 0.006 0.056 0.681 0.071 0.119 116 Y 0.069 0.024 0.014 0.212 0.127 0.553 117 R 0.052 0.019 0.009 0.046 0.704 0.171 118 I 0.017 0.005 0.033 0.038 0.817 0.091 119 G 0.009 0.003 0.024 0.017 0.852 0.095 120 D 0.018 0.007 0.017 0.003 0.893 0.063 121 E 0.023 0.017 0.073 0.029 0.464 0.395 122 K 0.042 0.009 0.035 0.013 0.591 0.310 123 T 0.091 0.002 0.030 0.009 0.590 0.279 124 K 0.588 0.009 0.005 0.008 0.085 0.304 125 I 0.708 0.072 0.004 0.031 0.030 0.156 126 N 0.573 0.014 0.005 0.082 0.034 0.291 127 V 0.105 0.001 0.038 0.717 0.032 0.107 128 S 0.136 0.003 0.057 0.597 0.064 0.143 129 Y 0.101 0.004 0.078 0.725 0.052 0.040 130 A 0.115 0.010 0.037 0.756 0.045 0.036 131 L 0.044 0.003 0.033 0.867 0.036 0.018 132 E 0.013 0.001 0.037 0.926 0.018 0.005 133 E 0.005 0.001 0.023 0.947 0.018 0.006 134 I 0.002 0.002 0.036 0.920 0.027 0.012 135 A 0.003 0.002 0.038 0.893 0.040 0.025 136 K 0.002 0.002 0.024 0.763 0.100 0.109 137 A 0.002 0.008 0.017 0.454 0.142 0.376 138 N 0.001 0.001 0.002 0.018 0.159 0.818 139 P 0.001 0.001 0.301 0.372 0.198 0.127 140 M 0.002 0.002 0.419 0.420 0.121 0.037 141 L 0.003 0.003 0.381 0.519 0.074 0.020 142 M 0.003 0.001 0.033 0.898 0.034 0.031 143 A 0.001 0.001 0.016 0.952 0.015 0.015 144 S 0.001 0.001 0.015 0.962 0.014 0.007 145 I 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.003 146 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 147 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 148 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.002 149 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 150 M 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 151 S 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 152 M 0.001 0.001 0.012 0.958 0.013 0.017 153 L 0.001 0.003 0.033 0.864 0.051 0.047 154 S 0.002 0.005 0.041 0.641 0.195 0.115 155 S 0.004 0.002 0.043 0.339 0.375 0.237 156 K 0.004 0.003 0.049 0.125 0.479 0.339 157 N 0.004 0.006 0.039 0.117 0.410 0.425 158 R 0.004 0.004 0.082 0.313 0.337 0.259 159 E 0.006 0.005 0.083 0.526 0.204 0.176 160 D 0.014 0.005 0.064 0.568 0.196 0.153 161 K 0.026 0.004 0.059 0.611 0.137 0.163 162 L 0.033 0.009 0.040 0.763 0.064 0.091 163 T 0.035 0.007 0.027 0.770 0.058 0.102 164 A 0.012 0.001 0.011 0.925 0.020 0.032 165 L 0.009 0.001 0.008 0.940 0.019 0.023 166 N 0.004 0.001 0.007 0.960 0.017 0.011 167 F 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.003 168 I 0.001 0.001 0.010 0.982 0.005 0.001 169 E 0.001 0.001 0.016 0.973 0.009 0.001 170 A 0.001 0.001 0.014 0.955 0.018 0.011 171 M 0.002 0.002 0.021 0.887 0.042 0.047 172 G 0.005 0.004 0.081 0.675 0.132 0.104 173 E 0.005 0.002 0.162 0.564 0.174 0.093 174 N 0.010 0.006 0.185 0.369 0.313 0.118 175 S 0.009 0.006 0.098 0.374 0.351 0.161 176 F 0.021 0.007 0.086 0.237 0.373 0.277 177 K 0.039 0.009 0.091 0.253 0.316 0.292 178 Y 0.079 0.041 0.057 0.220 0.265 0.338 179 V 0.075 0.055 0.048 0.184 0.239 0.398 180 N 0.040 0.020 0.051 0.142 0.364 0.383 181 P 0.007 0.006 0.134 0.464 0.252 0.138 182 F 0.006 0.007 0.102 0.624 0.162 0.100 183 L 0.002 0.001 0.026 0.848 0.083 0.039 184 P 0.001 0.001 0.017 0.957 0.018 0.006 185 R 0.001 0.001 0.010 0.976 0.010 0.003 186 I 0.001 0.001 0.015 0.973 0.009 0.002 187 I 0.002 0.001 0.013 0.972 0.011 0.002 188 N 0.003 0.001 0.017 0.956 0.020 0.004 189 L 0.005 0.001 0.014 0.929 0.036 0.015 190 L 0.006 0.002 0.017 0.860 0.068 0.046 191 H 0.007 0.003 0.024 0.755 0.140 0.070 192 D 0.014 0.004 0.032 0.580 0.217 0.154 193 G 0.020 0.004 0.037 0.263 0.352 0.324 194 D 0.023 0.005 0.049 0.287 0.319 0.317 195 E 0.158 0.008 0.058 0.267 0.261 0.247 196 I 0.442 0.008 0.037 0.292 0.092 0.129 197 V 0.616 0.012 0.019 0.230 0.036 0.088 198 R 0.637 0.009 0.010 0.170 0.055 0.119 199 A 0.401 0.008 0.008 0.196 0.089 0.299 200 S 0.108 0.007 0.013 0.311 0.164 0.398 201 A 0.024 0.002 0.041 0.745 0.115 0.072 202 V 0.018 0.001 0.078 0.752 0.099 0.052 203 E 0.023 0.003 0.140 0.688 0.110 0.035 204 A 0.023 0.003 0.126 0.654 0.125 0.069 205 L 0.040 0.004 0.079 0.413 0.201 0.263 206 V 0.165 0.009 0.067 0.334 0.201 0.224 207 H 0.163 0.011 0.049 0.346 0.138 0.292 208 L 0.199 0.020 0.039 0.351 0.098 0.292 209 A 0.118 0.012 0.024 0.214 0.162 0.472 210 T 0.063 0.017 0.013 0.128 0.129 0.650 211 L 0.003 0.001 0.031 0.888 0.038 0.040 212 N 0.002 0.001 0.014 0.928 0.030 0.025 213 D 0.001 0.001 0.010 0.974 0.013 0.003 214 K 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 215 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 216 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 217 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 218 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 219 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 220 I 0.002 0.001 0.002 0.988 0.005 0.002 221 K 0.002 0.001 0.003 0.971 0.011 0.012 222 R 0.002 0.001 0.007 0.930 0.019 0.043 223 L 0.001 0.001 0.019 0.924 0.022 0.033 224 E 0.001 0.001 0.046 0.906 0.029 0.017 225 E 0.002 0.001 0.044 0.882 0.046 0.026 226 L 0.002 0.001 0.058 0.839 0.058 0.041 227 N 0.002 0.002 0.063 0.759 0.102 0.073 228 D 0.003 0.002 0.068 0.664 0.148 0.114 229 T 0.003 0.001 0.027 0.800 0.078 0.091 230 S 0.003 0.001 0.010 0.852 0.053 0.082 231 S 0.001 0.001 0.005 0.971 0.014 0.009 232 L 0.002 0.001 0.006 0.978 0.009 0.005 233 V 0.002 0.001 0.004 0.985 0.007 0.003 234 N 0.002 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 235 K 0.002 0.001 0.004 0.982 0.006 0.006 236 T 0.003 0.001 0.004 0.964 0.010 0.020 237 V 0.002 0.001 0.002 0.967 0.010 0.018 238 K 0.003 0.001 0.004 0.972 0.011 0.009 239 E 0.002 0.001 0.004 0.972 0.013 0.009 240 G 0.002 0.001 0.005 0.963 0.014 0.016 241 I 0.002 0.001 0.007 0.969 0.014 0.008 242 S 0.006 0.001 0.012 0.948 0.022 0.013 243 R 0.008 0.001 0.016 0.937 0.023 0.016 244 L 0.020 0.002 0.016 0.905 0.032 0.024 245 L 0.023 0.002 0.016 0.898 0.034 0.028 246 L 0.048 0.004 0.021 0.799 0.056 0.072 247 L 0.042 0.012 0.023 0.639 0.100 0.184 248 E 0.034 0.008 0.027 0.541 0.166 0.223 249 G 0.021 0.003 0.046 0.321 0.285 0.324 250 H 0.027 0.013 0.032 0.151 0.256 0.520 251 S 0.021 0.008 0.015 0.059 0.229 0.667 252 S 0.004 0.004 0.002 0.013 0.076 0.901 253 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988