# TARGET T0336 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.2849 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.008 0.001 0.002 0.041 0.921 2 S 0.101 0.024 0.001 0.009 0.036 0.828 3 M 0.102 0.016 0.027 0.409 0.096 0.349 4 E 0.058 0.007 0.044 0.671 0.096 0.126 5 E 0.008 0.001 0.057 0.902 0.022 0.012 6 E 0.007 0.001 0.020 0.956 0.008 0.009 7 E 0.005 0.001 0.013 0.962 0.010 0.009 8 F 0.013 0.002 0.011 0.921 0.024 0.029 9 D 0.013 0.003 0.010 0.914 0.025 0.035 10 I 0.005 0.001 0.009 0.961 0.013 0.011 11 R 0.002 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 12 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 15 A 0.001 0.001 0.004 0.946 0.024 0.025 16 N 0.001 0.001 0.009 0.679 0.139 0.172 17 G 0.002 0.002 0.035 0.180 0.391 0.390 18 E 0.009 0.005 0.104 0.112 0.373 0.397 19 H 0.024 0.009 0.152 0.185 0.350 0.280 20 L 0.023 0.007 0.094 0.437 0.198 0.241 21 E 0.030 0.005 0.042 0.654 0.101 0.168 22 K 0.039 0.003 0.041 0.767 0.074 0.076 23 I 0.056 0.004 0.035 0.783 0.060 0.063 24 L 0.083 0.008 0.028 0.740 0.066 0.076 25 I 0.064 0.009 0.030 0.737 0.062 0.098 26 M 0.046 0.005 0.061 0.696 0.074 0.118 27 A 0.041 0.003 0.130 0.640 0.093 0.093 28 K 0.032 0.006 0.154 0.574 0.120 0.114 29 Y 0.023 0.012 0.068 0.527 0.153 0.217 30 D 0.014 0.009 0.024 0.354 0.154 0.445 31 E 0.002 0.001 0.048 0.824 0.067 0.058 32 S 0.002 0.001 0.043 0.904 0.032 0.018 33 V 0.001 0.001 0.025 0.959 0.011 0.004 34 L 0.002 0.001 0.011 0.970 0.008 0.008 35 K 0.001 0.001 0.017 0.964 0.010 0.007 36 K 0.003 0.001 0.013 0.964 0.011 0.008 37 L 0.002 0.001 0.011 0.968 0.010 0.008 38 I 0.002 0.001 0.018 0.952 0.016 0.010 39 E 0.001 0.001 0.026 0.921 0.032 0.020 40 L 0.004 0.006 0.053 0.696 0.117 0.124 41 L 0.003 0.011 0.034 0.403 0.251 0.298 42 D 0.002 0.005 0.014 0.085 0.530 0.364 43 D 0.001 0.003 0.063 0.236 0.494 0.203 44 D 0.003 0.006 0.063 0.286 0.473 0.170 45 L 0.003 0.004 0.066 0.650 0.212 0.066 46 W 0.003 0.004 0.018 0.843 0.074 0.057 47 T 0.006 0.007 0.007 0.894 0.026 0.060 48 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.004 49 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 50 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 59 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.005 0.008 61 K 0.001 0.001 0.014 0.933 0.018 0.033 62 T 0.003 0.004 0.016 0.791 0.050 0.136 63 R 0.003 0.004 0.032 0.808 0.063 0.091 64 E 0.005 0.002 0.133 0.714 0.090 0.057 65 D 0.004 0.001 0.168 0.706 0.091 0.030 66 L 0.007 0.003 0.101 0.751 0.097 0.042 67 Y 0.017 0.009 0.053 0.732 0.095 0.093 68 E 0.050 0.008 0.105 0.568 0.132 0.137 69 P 0.031 0.004 0.176 0.644 0.079 0.065 70 M 0.036 0.010 0.165 0.656 0.060 0.073 71 L 0.021 0.008 0.068 0.755 0.048 0.100 72 K 0.007 0.002 0.034 0.853 0.039 0.065 73 K 0.002 0.001 0.032 0.938 0.016 0.011 74 L 0.004 0.001 0.020 0.951 0.016 0.009 75 F 0.003 0.001 0.014 0.941 0.025 0.016 76 S 0.002 0.001 0.027 0.932 0.024 0.015 77 L 0.004 0.001 0.054 0.855 0.061 0.024 78 L 0.006 0.002 0.037 0.875 0.055 0.025 79 K 0.004 0.002 0.018 0.913 0.041 0.022 80 K 0.004 0.002 0.026 0.751 0.101 0.116 81 S 0.003 0.002 0.046 0.284 0.309 0.355 82 E 0.004 0.007 0.044 0.092 0.417 0.436 83 A 0.005 0.010 0.013 0.091 0.299 0.582 84 I 0.003 0.002 0.002 0.056 0.188 0.749 85 P 0.001 0.001 0.012 0.833 0.060 0.092 86 L 0.004 0.003 0.009 0.890 0.050 0.043 87 T 0.014 0.006 0.010 0.871 0.035 0.063 88 Q 0.002 0.001 0.002 0.985 0.004 0.006 89 E 0.004 0.001 0.003 0.984 0.003 0.006 90 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 92 K 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 93 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 94 F 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.008 95 G 0.002 0.001 0.018 0.924 0.021 0.035 96 Q 0.001 0.001 0.030 0.947 0.013 0.010 97 M 0.005 0.001 0.032 0.911 0.026 0.025 98 A 0.006 0.001 0.018 0.895 0.048 0.033 99 K 0.011 0.003 0.009 0.786 0.125 0.066 100 E 0.009 0.003 0.008 0.698 0.161 0.122 101 K 0.024 0.007 0.016 0.124 0.524 0.305 102 P 0.021 0.005 0.095 0.189 0.436 0.254 103 E 0.072 0.015 0.155 0.264 0.352 0.142 104 L 0.126 0.012 0.137 0.382 0.232 0.111 105 V 0.144 0.014 0.078 0.488 0.131 0.144 106 K 0.175 0.009 0.111 0.454 0.130 0.121 107 S 0.162 0.011 0.090 0.473 0.114 0.150 108 M 0.075 0.012 0.048 0.648 0.071 0.145 109 I 0.100 0.007 0.040 0.523 0.096 0.234 110 P 0.057 0.003 0.057 0.721 0.083 0.080 111 V 0.095 0.006 0.062 0.718 0.073 0.045 112 L 0.060 0.007 0.027 0.850 0.032 0.024 113 F 0.041 0.002 0.060 0.834 0.035 0.027 114 A 0.027 0.002 0.052 0.838 0.037 0.043 115 N 0.041 0.004 0.068 0.717 0.055 0.114 116 Y 0.050 0.016 0.049 0.244 0.182 0.458 117 R 0.036 0.014 0.038 0.073 0.573 0.265 118 I 0.014 0.011 0.153 0.089 0.625 0.108 119 G 0.014 0.012 0.072 0.038 0.706 0.158 120 D 0.004 0.006 0.010 0.001 0.964 0.015 121 E 0.001 0.002 0.039 0.002 0.918 0.038 122 K 0.003 0.001 0.030 0.003 0.916 0.047 123 T 0.060 0.007 0.018 0.004 0.856 0.055 124 K 0.473 0.012 0.003 0.008 0.191 0.313 125 I 0.761 0.081 0.002 0.023 0.033 0.102 126 N 0.576 0.016 0.002 0.095 0.035 0.276 127 V 0.274 0.002 0.007 0.610 0.019 0.087 128 S 0.284 0.002 0.029 0.519 0.052 0.114 129 Y 0.201 0.006 0.075 0.591 0.076 0.052 130 A 0.143 0.010 0.038 0.730 0.045 0.034 131 L 0.047 0.002 0.057 0.848 0.030 0.017 132 E 0.007 0.001 0.033 0.942 0.012 0.005 133 E 0.001 0.001 0.013 0.978 0.005 0.002 134 I 0.001 0.001 0.016 0.967 0.009 0.007 135 A 0.001 0.001 0.033 0.919 0.028 0.018 136 K 0.002 0.002 0.022 0.813 0.078 0.083 137 A 0.002 0.005 0.011 0.544 0.130 0.307 138 N 0.001 0.003 0.002 0.038 0.140 0.816 139 P 0.001 0.001 0.126 0.589 0.165 0.119 140 M 0.005 0.002 0.192 0.658 0.112 0.032 141 L 0.010 0.004 0.120 0.766 0.071 0.029 142 M 0.012 0.004 0.018 0.877 0.029 0.061 143 A 0.004 0.001 0.007 0.947 0.013 0.027 144 S 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.005 145 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 146 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 147 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 148 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 149 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 150 M 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.002 151 S 0.001 0.001 0.011 0.980 0.006 0.003 152 M 0.001 0.001 0.015 0.946 0.018 0.021 153 L 0.001 0.003 0.026 0.838 0.078 0.054 154 S 0.002 0.005 0.029 0.593 0.231 0.141 155 S 0.001 0.002 0.026 0.291 0.370 0.309 156 K 0.002 0.004 0.020 0.070 0.504 0.399 157 N 0.003 0.007 0.027 0.087 0.367 0.509 158 R 0.004 0.007 0.057 0.460 0.209 0.262 159 E 0.011 0.005 0.041 0.722 0.106 0.115 160 D 0.017 0.004 0.027 0.786 0.070 0.097 161 K 0.059 0.004 0.027 0.741 0.060 0.109 162 L 0.134 0.006 0.017 0.768 0.038 0.038 163 T 0.177 0.004 0.012 0.741 0.036 0.030 164 A 0.156 0.004 0.017 0.778 0.020 0.024 165 L 0.122 0.002 0.037 0.766 0.037 0.036 166 N 0.059 0.002 0.047 0.791 0.047 0.053 167 F 0.038 0.004 0.054 0.807 0.037 0.059 168 I 0.021 0.004 0.052 0.847 0.032 0.045 169 E 0.018 0.001 0.071 0.818 0.043 0.048 170 A 0.020 0.006 0.049 0.790 0.078 0.058 171 M 0.013 0.008 0.031 0.731 0.118 0.099 172 G 0.009 0.007 0.031 0.193 0.378 0.381 173 E 0.005 0.005 0.126 0.151 0.498 0.215 174 N 0.011 0.009 0.127 0.059 0.591 0.202 175 S 0.015 0.011 0.140 0.057 0.534 0.244 176 F 0.039 0.026 0.144 0.075 0.402 0.314 177 K 0.102 0.033 0.141 0.099 0.359 0.266 178 Y 0.135 0.062 0.127 0.119 0.297 0.260 179 V 0.085 0.067 0.052 0.170 0.282 0.344 180 N 0.020 0.013 0.023 0.118 0.455 0.371 181 P 0.002 0.003 0.092 0.585 0.231 0.086 182 F 0.003 0.005 0.072 0.747 0.122 0.052 183 L 0.002 0.001 0.036 0.906 0.045 0.011 184 P 0.001 0.001 0.022 0.937 0.026 0.013 185 R 0.002 0.002 0.019 0.948 0.020 0.009 186 I 0.002 0.001 0.013 0.967 0.012 0.005 187 I 0.002 0.001 0.013 0.965 0.013 0.007 188 N 0.001 0.001 0.015 0.958 0.016 0.010 189 L 0.003 0.001 0.028 0.888 0.045 0.035 190 L 0.008 0.004 0.035 0.702 0.142 0.110 191 H 0.010 0.006 0.047 0.538 0.246 0.153 192 D 0.009 0.005 0.021 0.285 0.393 0.286 193 G 0.005 0.004 0.026 0.239 0.399 0.327 194 D 0.007 0.002 0.034 0.537 0.219 0.200 195 E 0.003 0.001 0.012 0.933 0.038 0.012 196 I 0.012 0.001 0.007 0.941 0.024 0.015 197 V 0.016 0.001 0.002 0.969 0.004 0.007 198 R 0.018 0.001 0.002 0.961 0.005 0.013 199 A 0.004 0.001 0.001 0.983 0.003 0.009 200 S 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 201 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 202 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 203 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 204 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 205 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 206 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 207 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 208 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 209 A 0.001 0.001 0.013 0.958 0.013 0.014 210 T 0.002 0.001 0.017 0.938 0.022 0.020 211 L 0.001 0.001 0.015 0.926 0.022 0.034 212 N 0.001 0.001 0.009 0.833 0.036 0.119 213 D 0.001 0.001 0.005 0.968 0.011 0.016 214 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 215 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 216 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 217 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 218 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 220 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 221 K 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 222 R 0.001 0.001 0.010 0.925 0.012 0.052 223 L 0.001 0.001 0.039 0.863 0.041 0.055 224 E 0.001 0.001 0.098 0.789 0.077 0.033 225 E 0.003 0.001 0.118 0.701 0.120 0.056 226 L 0.008 0.007 0.118 0.504 0.286 0.077 227 N 0.009 0.003 0.082 0.392 0.335 0.180 228 D 0.014 0.004 0.060 0.291 0.352 0.278 229 T 0.042 0.014 0.021 0.374 0.259 0.289 230 S 0.074 0.010 0.011 0.345 0.114 0.446 231 S 0.057 0.004 0.015 0.698 0.070 0.156 232 L 0.116 0.006 0.023 0.723 0.049 0.082 233 V 0.090 0.006 0.014 0.789 0.032 0.070 234 N 0.061 0.004 0.012 0.765 0.050 0.109 235 K 0.021 0.001 0.011 0.891 0.033 0.043 236 T 0.021 0.003 0.011 0.852 0.033 0.080 237 V 0.002 0.001 0.003 0.983 0.005 0.007 238 K 0.002 0.001 0.003 0.982 0.006 0.007 239 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 240 G 0.002 0.001 0.002 0.979 0.007 0.010 241 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 242 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 243 R 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.008 244 L 0.003 0.001 0.012 0.957 0.014 0.013 245 L 0.005 0.002 0.020 0.909 0.031 0.033 246 L 0.006 0.002 0.030 0.746 0.075 0.141 247 L 0.018 0.014 0.039 0.506 0.195 0.227 248 E 0.024 0.008 0.048 0.367 0.282 0.270 249 G 0.028 0.006 0.066 0.172 0.403 0.325 250 H 0.046 0.015 0.049 0.104 0.369 0.417 251 S 0.065 0.023 0.023 0.069 0.258 0.561 252 S 0.051 0.017 0.011 0.039 0.170 0.711 253 S 0.064 0.013 0.012 0.038 0.187 0.686