# TARGET T0336 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.2849 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 S 0.025 0.026 0.001 0.010 0.006 0.004 0.929 3 M 0.030 0.024 0.022 0.457 0.091 0.085 0.290 4 E 0.018 0.004 0.026 0.564 0.053 0.087 0.248 5 E 0.007 0.001 0.023 0.866 0.031 0.025 0.047 6 E 0.016 0.003 0.010 0.878 0.014 0.019 0.060 7 E 0.019 0.002 0.010 0.916 0.010 0.011 0.033 8 F 0.015 0.002 0.005 0.940 0.009 0.012 0.017 9 D 0.020 0.003 0.005 0.919 0.008 0.016 0.030 10 I 0.004 0.001 0.005 0.958 0.003 0.016 0.013 11 R 0.002 0.001 0.004 0.977 0.003 0.008 0.006 12 E 0.001 0.001 0.011 0.965 0.003 0.012 0.007 13 A 0.001 0.001 0.011 0.960 0.003 0.019 0.005 14 L 0.002 0.003 0.016 0.889 0.009 0.063 0.019 15 A 0.001 0.003 0.020 0.645 0.025 0.272 0.033 16 N 0.001 0.001 0.012 0.401 0.064 0.455 0.065 17 G 0.002 0.002 0.019 0.204 0.216 0.168 0.389 18 E 0.003 0.003 0.056 0.391 0.192 0.193 0.162 19 H 0.013 0.015 0.080 0.363 0.129 0.150 0.249 20 L 0.015 0.010 0.136 0.607 0.034 0.072 0.126 21 E 0.018 0.004 0.099 0.695 0.022 0.057 0.104 22 K 0.033 0.003 0.100 0.706 0.040 0.052 0.067 23 I 0.048 0.006 0.048 0.735 0.035 0.047 0.080 24 L 0.081 0.015 0.025 0.697 0.033 0.062 0.087 25 I 0.073 0.011 0.034 0.658 0.029 0.088 0.106 26 M 0.031 0.005 0.063 0.607 0.029 0.109 0.156 27 A 0.020 0.003 0.065 0.523 0.048 0.200 0.141 28 K 0.014 0.006 0.046 0.589 0.049 0.151 0.144 29 Y 0.017 0.017 0.033 0.565 0.069 0.080 0.218 30 D 0.005 0.002 0.019 0.589 0.027 0.046 0.312 31 E 0.001 0.001 0.034 0.867 0.005 0.091 0.004 32 S 0.001 0.001 0.036 0.852 0.004 0.104 0.004 33 V 0.001 0.001 0.059 0.879 0.003 0.050 0.009 34 L 0.001 0.001 0.006 0.968 0.008 0.008 0.008 35 K 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.010 0.003 36 K 0.001 0.001 0.010 0.958 0.001 0.029 0.001 37 L 0.002 0.001 0.013 0.930 0.002 0.048 0.004 38 I 0.004 0.002 0.070 0.877 0.006 0.035 0.006 39 E 0.004 0.001 0.081 0.759 0.010 0.135 0.011 40 L 0.003 0.002 0.069 0.592 0.015 0.283 0.036 41 L 0.009 0.018 0.023 0.260 0.233 0.095 0.362 42 D 0.009 0.011 0.010 0.062 0.105 0.068 0.734 43 D 0.006 0.005 0.096 0.180 0.190 0.361 0.162 44 D 0.008 0.004 0.101 0.187 0.165 0.413 0.122 45 L 0.012 0.007 0.078 0.257 0.175 0.212 0.259 46 W 0.017 0.029 0.011 0.388 0.196 0.046 0.312 47 T 0.023 0.025 0.004 0.609 0.100 0.025 0.215 48 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.004 0.006 49 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 50 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 51 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 59 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 60 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.015 0.001 61 K 0.001 0.001 0.003 0.902 0.001 0.092 0.001 62 T 0.001 0.001 0.009 0.751 0.013 0.207 0.018 63 R 0.001 0.002 0.024 0.709 0.060 0.107 0.097 64 E 0.002 0.002 0.197 0.398 0.059 0.219 0.125 65 D 0.004 0.003 0.324 0.367 0.065 0.197 0.040 66 L 0.012 0.008 0.309 0.309 0.045 0.230 0.088 67 Y 0.034 0.011 0.136 0.504 0.052 0.142 0.121 68 E 0.025 0.002 0.067 0.726 0.065 0.045 0.070 69 P 0.016 0.004 0.035 0.857 0.018 0.037 0.034 70 M 0.016 0.003 0.034 0.879 0.006 0.040 0.022 71 L 0.010 0.001 0.023 0.936 0.004 0.009 0.016 72 K 0.005 0.001 0.031 0.950 0.002 0.008 0.004 73 K 0.002 0.001 0.025 0.950 0.002 0.018 0.002 74 L 0.002 0.001 0.013 0.946 0.001 0.033 0.004 75 F 0.004 0.001 0.011 0.958 0.004 0.013 0.009 76 S 0.003 0.001 0.020 0.946 0.003 0.023 0.005 77 L 0.003 0.001 0.021 0.928 0.002 0.041 0.004 78 L 0.007 0.004 0.025 0.872 0.008 0.068 0.015 79 K 0.009 0.003 0.033 0.786 0.013 0.125 0.030 80 K 0.005 0.002 0.023 0.601 0.025 0.300 0.043 81 S 0.005 0.002 0.032 0.239 0.098 0.314 0.310 82 E 0.006 0.005 0.044 0.159 0.216 0.326 0.244 83 A 0.009 0.005 0.054 0.112 0.197 0.322 0.302 84 I 0.011 0.003 0.004 0.025 0.202 0.009 0.746 85 P 0.019 0.009 0.016 0.358 0.032 0.048 0.518 86 L 0.048 0.018 0.013 0.691 0.042 0.065 0.121 87 T 0.023 0.004 0.005 0.862 0.013 0.010 0.084 88 Q 0.008 0.001 0.003 0.966 0.004 0.004 0.014 89 E 0.007 0.001 0.003 0.974 0.003 0.005 0.007 90 I 0.007 0.001 0.007 0.971 0.002 0.007 0.005 91 A 0.007 0.001 0.006 0.971 0.003 0.010 0.002 92 K 0.005 0.001 0.005 0.958 0.001 0.029 0.002 93 A 0.006 0.001 0.007 0.920 0.004 0.053 0.010 94 F 0.007 0.001 0.008 0.908 0.006 0.053 0.017 95 G 0.015 0.002 0.019 0.838 0.018 0.074 0.033 96 Q 0.017 0.002 0.039 0.836 0.016 0.057 0.033 97 M 0.021 0.004 0.035 0.820 0.013 0.085 0.022 98 A 0.023 0.005 0.048 0.731 0.034 0.113 0.045 99 K 0.017 0.005 0.035 0.595 0.036 0.265 0.047 100 E 0.010 0.004 0.028 0.310 0.128 0.405 0.114 101 K 0.014 0.006 0.015 0.098 0.253 0.113 0.502 102 P 0.012 0.007 0.126 0.180 0.104 0.206 0.365 103 E 0.020 0.016 0.168 0.251 0.169 0.223 0.154 104 L 0.025 0.012 0.261 0.351 0.073 0.145 0.134 105 V 0.043 0.010 0.147 0.542 0.050 0.054 0.154 106 K 0.037 0.004 0.180 0.585 0.029 0.082 0.082 107 S 0.052 0.007 0.161 0.534 0.032 0.152 0.062 108 M 0.060 0.005 0.078 0.652 0.022 0.116 0.068 109 I 0.121 0.005 0.025 0.630 0.079 0.026 0.115 110 P 0.144 0.006 0.022 0.683 0.027 0.029 0.089 111 V 0.150 0.006 0.023 0.723 0.021 0.042 0.035 112 L 0.191 0.010 0.034 0.664 0.021 0.035 0.045 113 F 0.202 0.005 0.099 0.556 0.027 0.059 0.053 114 A 0.119 0.002 0.106 0.494 0.036 0.188 0.054 115 N 0.096 0.008 0.086 0.398 0.060 0.278 0.073 116 Y 0.210 0.030 0.015 0.076 0.241 0.047 0.380 117 R 0.190 0.023 0.015 0.013 0.067 0.055 0.638 118 I 0.168 0.027 0.041 0.024 0.130 0.279 0.331 119 G 0.109 0.043 0.041 0.020 0.179 0.277 0.332 120 D 0.054 0.011 0.014 0.003 0.178 0.022 0.717 121 E 0.024 0.005 0.028 0.018 0.249 0.529 0.146 122 K 0.047 0.004 0.029 0.025 0.236 0.548 0.111 123 T 0.294 0.016 0.009 0.043 0.102 0.017 0.519 124 K 0.565 0.030 0.003 0.046 0.022 0.008 0.326 125 I 0.702 0.023 0.002 0.033 0.020 0.003 0.217 126 N 0.449 0.008 0.003 0.085 0.039 0.008 0.408 127 V 0.224 0.003 0.020 0.588 0.029 0.039 0.098 128 S 0.168 0.003 0.015 0.725 0.017 0.021 0.051 129 Y 0.156 0.003 0.025 0.762 0.007 0.018 0.029 130 A 0.105 0.003 0.025 0.796 0.007 0.027 0.037 131 L 0.053 0.001 0.023 0.858 0.010 0.021 0.034 132 E 0.029 0.001 0.028 0.874 0.018 0.035 0.016 133 E 0.008 0.001 0.021 0.927 0.003 0.034 0.007 134 I 0.008 0.002 0.039 0.887 0.005 0.049 0.010 135 A 0.006 0.001 0.058 0.842 0.010 0.074 0.009 136 K 0.003 0.001 0.040 0.750 0.011 0.179 0.016 137 A 0.003 0.004 0.028 0.551 0.151 0.148 0.114 138 N 0.003 0.004 0.006 0.096 0.255 0.025 0.610 139 P 0.001 0.001 0.154 0.626 0.015 0.175 0.030 140 M 0.001 0.001 0.187 0.626 0.018 0.158 0.009 141 L 0.002 0.002 0.253 0.632 0.009 0.084 0.019 142 M 0.001 0.002 0.033 0.914 0.006 0.026 0.019 143 A 0.001 0.001 0.014 0.968 0.002 0.013 0.003 144 S 0.001 0.001 0.011 0.968 0.002 0.017 0.002 145 I 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.014 0.002 146 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 147 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 148 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 149 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 150 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 151 S 0.001 0.001 0.006 0.962 0.001 0.030 0.001 152 M 0.001 0.001 0.014 0.896 0.001 0.084 0.004 153 L 0.001 0.004 0.061 0.735 0.020 0.153 0.026 154 S 0.001 0.003 0.082 0.329 0.028 0.513 0.045 155 S 0.002 0.001 0.059 0.182 0.179 0.482 0.094 156 K 0.005 0.004 0.018 0.068 0.554 0.090 0.261 157 N 0.010 0.008 0.026 0.056 0.234 0.146 0.521 158 R 0.030 0.020 0.061 0.195 0.154 0.146 0.393 159 E 0.058 0.018 0.092 0.356 0.074 0.079 0.323 160 D 0.076 0.007 0.077 0.364 0.156 0.088 0.231 161 K 0.129 0.008 0.038 0.580 0.072 0.077 0.097 162 L 0.187 0.017 0.013 0.671 0.025 0.025 0.063 163 T 0.249 0.008 0.017 0.585 0.030 0.036 0.074 164 A 0.193 0.003 0.021 0.671 0.021 0.035 0.056 165 L 0.074 0.003 0.034 0.812 0.013 0.021 0.042 166 N 0.031 0.002 0.036 0.822 0.020 0.045 0.044 167 F 0.018 0.003 0.050 0.807 0.018 0.060 0.044 168 I 0.012 0.002 0.055 0.857 0.014 0.028 0.031 169 E 0.010 0.002 0.075 0.830 0.008 0.051 0.023 170 A 0.005 0.002 0.067 0.745 0.015 0.137 0.029 171 M 0.004 0.004 0.052 0.542 0.030 0.309 0.059 172 G 0.006 0.008 0.042 0.230 0.114 0.441 0.159 173 E 0.008 0.004 0.083 0.145 0.205 0.202 0.353 174 N 0.012 0.004 0.121 0.116 0.201 0.299 0.247 175 S 0.018 0.010 0.149 0.124 0.120 0.315 0.264 176 F 0.050 0.018 0.175 0.137 0.103 0.106 0.412 177 K 0.117 0.034 0.169 0.155 0.119 0.118 0.289 178 Y 0.141 0.051 0.194 0.153 0.096 0.134 0.231 179 V 0.124 0.057 0.116 0.172 0.127 0.100 0.303 180 N 0.039 0.012 0.101 0.126 0.131 0.048 0.544 181 P 0.002 0.001 0.205 0.319 0.024 0.422 0.027 182 F 0.002 0.002 0.171 0.390 0.020 0.390 0.024 183 L 0.003 0.002 0.060 0.814 0.037 0.034 0.049 184 P 0.002 0.001 0.030 0.929 0.005 0.018 0.015 185 R 0.004 0.001 0.035 0.926 0.003 0.026 0.006 186 I 0.005 0.001 0.034 0.921 0.003 0.030 0.005 187 I 0.004 0.001 0.044 0.925 0.003 0.019 0.003 188 N 0.003 0.001 0.046 0.850 0.006 0.089 0.006 189 L 0.003 0.001 0.042 0.787 0.005 0.154 0.009 190 L 0.012 0.015 0.049 0.589 0.063 0.145 0.127 191 H 0.012 0.009 0.059 0.343 0.065 0.374 0.139 192 D 0.010 0.004 0.036 0.188 0.171 0.465 0.126 193 G 0.009 0.003 0.052 0.202 0.171 0.390 0.173 194 D 0.016 0.004 0.048 0.228 0.227 0.181 0.297 195 E 0.048 0.018 0.042 0.434 0.153 0.114 0.190 196 I 0.077 0.023 0.023 0.571 0.085 0.043 0.176 197 V 0.084 0.024 0.013 0.606 0.039 0.032 0.202 198 R 0.048 0.005 0.011 0.727 0.035 0.024 0.150 199 A 0.008 0.001 0.008 0.927 0.019 0.015 0.022 200 S 0.006 0.001 0.007 0.940 0.011 0.014 0.020 201 A 0.002 0.001 0.005 0.978 0.002 0.008 0.006 202 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 203 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.001 204 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.014 0.001 205 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.010 0.002 206 V 0.001 0.001 0.007 0.968 0.003 0.018 0.003 207 H 0.001 0.001 0.006 0.945 0.002 0.042 0.003 208 L 0.002 0.001 0.010 0.919 0.005 0.054 0.009 209 A 0.006 0.004 0.010 0.874 0.040 0.039 0.027 210 T 0.010 0.007 0.014 0.762 0.021 0.093 0.092 211 L 0.001 0.001 0.030 0.900 0.004 0.052 0.013 212 N 0.001 0.001 0.036 0.929 0.003 0.025 0.007 213 D 0.001 0.001 0.048 0.897 0.009 0.035 0.009 214 K 0.001 0.001 0.026 0.930 0.006 0.027 0.008 215 L 0.001 0.001 0.011 0.962 0.002 0.014 0.009 216 R 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.008 0.006 217 K 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.006 0.002 218 V 0.003 0.001 0.007 0.975 0.002 0.011 0.003 219 V 0.005 0.001 0.006 0.960 0.002 0.023 0.003 220 I 0.006 0.002 0.009 0.927 0.009 0.040 0.007 221 K 0.005 0.001 0.014 0.881 0.014 0.071 0.015 222 R 0.007 0.003 0.018 0.765 0.032 0.100 0.075 223 L 0.002 0.002 0.087 0.801 0.010 0.048 0.050 224 E 0.002 0.001 0.213 0.583 0.023 0.151 0.027 225 E 0.002 0.002 0.254 0.447 0.019 0.232 0.044 226 L 0.009 0.007 0.155 0.412 0.086 0.105 0.227 227 N 0.007 0.004 0.122 0.509 0.045 0.169 0.144 228 D 0.009 0.004 0.105 0.502 0.068 0.219 0.093 229 T 0.013 0.004 0.049 0.667 0.051 0.094 0.123 230 S 0.021 0.003 0.027 0.724 0.063 0.050 0.111 231 S 0.022 0.002 0.016 0.825 0.044 0.037 0.053 232 L 0.014 0.002 0.009 0.921 0.009 0.019 0.026 233 V 0.010 0.002 0.004 0.945 0.004 0.016 0.018 234 N 0.008 0.001 0.003 0.956 0.005 0.011 0.016 235 K 0.006 0.001 0.003 0.963 0.007 0.010 0.010 236 T 0.008 0.001 0.004 0.965 0.004 0.010 0.010 237 V 0.007 0.001 0.003 0.972 0.002 0.009 0.007 238 K 0.006 0.001 0.004 0.965 0.005 0.014 0.006 239 E 0.004 0.001 0.003 0.954 0.004 0.027 0.008 240 G 0.002 0.001 0.003 0.934 0.006 0.035 0.020 241 I 0.002 0.001 0.004 0.939 0.009 0.026 0.019 242 S 0.004 0.001 0.018 0.900 0.013 0.038 0.026 243 R 0.005 0.001 0.023 0.903 0.009 0.037 0.022 244 L 0.007 0.002 0.040 0.863 0.011 0.048 0.030 245 L 0.007 0.003 0.048 0.771 0.017 0.127 0.027 246 L 0.009 0.002 0.057 0.583 0.021 0.266 0.061 247 L 0.022 0.010 0.074 0.410 0.076 0.159 0.249 248 E 0.023 0.005 0.110 0.288 0.074 0.281 0.220 249 G 0.024 0.004 0.089 0.173 0.157 0.332 0.221 250 H 0.032 0.011 0.090 0.131 0.178 0.173 0.385 251 S 0.052 0.023 0.045 0.080 0.163 0.201 0.435 252 S 0.035 0.014 0.015 0.023 0.030 0.058 0.825 253 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989