# TARGET T0336 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.2849 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.234 0.199 0.175 0.178 0.129 0.072 0.012 2 S 0.148 0.185 0.201 0.209 0.148 0.090 0.019 3 M 0.116 0.090 0.119 0.222 0.249 0.174 0.030 4 E 0.326 0.309 0.202 0.104 0.042 0.014 0.003 5 E 0.584 0.276 0.087 0.032 0.012 0.006 0.002 6 E 0.326 0.294 0.194 0.117 0.049 0.017 0.002 7 E 0.107 0.157 0.209 0.247 0.193 0.081 0.007 8 F 0.361 0.231 0.158 0.133 0.082 0.031 0.004 9 D 0.298 0.320 0.222 0.111 0.037 0.011 0.001 10 I 0.150 0.109 0.165 0.282 0.227 0.065 0.003 11 R 0.335 0.266 0.216 0.130 0.044 0.008 0.001 12 E 0.614 0.290 0.077 0.016 0.003 0.001 0.001 13 A 0.549 0.252 0.133 0.055 0.011 0.001 0.001 14 L 0.179 0.217 0.245 0.254 0.094 0.011 0.001 15 A 0.721 0.208 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 16 N 0.820 0.142 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 17 G 0.583 0.262 0.107 0.040 0.007 0.001 0.001 18 E 0.734 0.193 0.048 0.019 0.005 0.001 0.001 19 H 0.453 0.295 0.159 0.068 0.021 0.004 0.001 20 L 0.122 0.168 0.248 0.292 0.143 0.026 0.001 21 E 0.301 0.318 0.207 0.121 0.042 0.010 0.001 22 K 0.270 0.308 0.228 0.125 0.051 0.016 0.002 23 I 0.166 0.175 0.209 0.239 0.155 0.053 0.004 24 L 0.144 0.161 0.184 0.231 0.185 0.087 0.008 25 I 0.163 0.159 0.190 0.229 0.162 0.086 0.012 26 M 0.154 0.166 0.169 0.195 0.178 0.123 0.016 27 A 0.261 0.276 0.203 0.152 0.078 0.027 0.003 28 K 0.189 0.327 0.253 0.151 0.060 0.019 0.002 29 Y 0.039 0.072 0.162 0.297 0.311 0.113 0.006 30 D 0.143 0.237 0.242 0.204 0.127 0.044 0.003 31 E 0.503 0.339 0.118 0.032 0.006 0.001 0.001 32 S 0.335 0.387 0.194 0.066 0.016 0.002 0.001 33 V 0.011 0.050 0.147 0.340 0.323 0.125 0.004 34 L 0.002 0.011 0.044 0.225 0.469 0.238 0.010 35 K 0.081 0.382 0.360 0.146 0.028 0.003 0.001 36 K 0.028 0.126 0.327 0.363 0.137 0.018 0.001 37 L 0.010 0.012 0.022 0.079 0.357 0.501 0.018 38 I 0.008 0.028 0.127 0.435 0.347 0.054 0.001 39 E 0.118 0.549 0.254 0.066 0.011 0.002 0.001 40 L 0.035 0.133 0.277 0.361 0.160 0.031 0.002 41 L 0.030 0.055 0.092 0.243 0.354 0.213 0.013 42 D 0.321 0.367 0.187 0.082 0.032 0.010 0.002 43 D 0.612 0.213 0.078 0.050 0.029 0.014 0.003 44 D 0.179 0.247 0.248 0.178 0.099 0.042 0.007 45 L 0.205 0.263 0.216 0.172 0.091 0.044 0.009 46 W 0.369 0.178 0.135 0.120 0.108 0.070 0.021 47 T 0.217 0.156 0.165 0.168 0.149 0.108 0.037 48 V 0.217 0.121 0.111 0.169 0.177 0.150 0.055 49 V 0.178 0.105 0.081 0.125 0.191 0.203 0.117 50 K 0.098 0.148 0.173 0.191 0.165 0.140 0.086 51 N 0.060 0.090 0.148 0.210 0.194 0.179 0.119 52 A 0.020 0.027 0.030 0.047 0.084 0.275 0.516 53 I 0.012 0.031 0.064 0.168 0.248 0.311 0.165 54 S 0.012 0.046 0.123 0.268 0.283 0.199 0.069 55 I 0.004 0.010 0.015 0.043 0.145 0.458 0.325 56 I 0.001 0.002 0.003 0.015 0.083 0.480 0.416 57 M 0.003 0.047 0.180 0.337 0.267 0.133 0.032 58 V 0.002 0.027 0.115 0.287 0.334 0.204 0.032 59 I 0.001 0.005 0.016 0.070 0.241 0.511 0.156 60 A 0.004 0.026 0.081 0.249 0.361 0.252 0.027 61 K 0.048 0.258 0.309 0.249 0.108 0.025 0.003 62 T 0.043 0.133 0.218 0.305 0.218 0.077 0.008 63 R 0.068 0.191 0.291 0.285 0.130 0.032 0.003 64 E 0.413 0.387 0.135 0.047 0.014 0.003 0.001 65 D 0.436 0.305 0.159 0.071 0.022 0.006 0.001 66 L 0.119 0.238 0.253 0.226 0.119 0.041 0.004 67 Y 0.061 0.085 0.149 0.275 0.276 0.137 0.017 68 E 0.129 0.264 0.275 0.196 0.095 0.035 0.006 69 P 0.221 0.284 0.198 0.137 0.096 0.050 0.013 70 M 0.041 0.082 0.134 0.237 0.281 0.187 0.038 71 L 0.014 0.030 0.082 0.233 0.348 0.253 0.040 72 K 0.093 0.326 0.314 0.175 0.065 0.024 0.004 73 K 0.046 0.149 0.247 0.297 0.191 0.064 0.006 74 L 0.007 0.013 0.029 0.074 0.245 0.509 0.124 75 F 0.010 0.028 0.097 0.275 0.365 0.212 0.014 76 S 0.073 0.282 0.347 0.213 0.069 0.015 0.001 77 L 0.028 0.042 0.083 0.246 0.368 0.220 0.013 78 L 0.039 0.040 0.062 0.173 0.363 0.296 0.026 79 K 0.255 0.385 0.237 0.100 0.021 0.003 0.001 80 K 0.396 0.397 0.153 0.045 0.008 0.001 0.001 81 S 0.275 0.297 0.224 0.145 0.050 0.008 0.001 82 E 0.453 0.270 0.160 0.082 0.030 0.006 0.001 83 A 0.669 0.217 0.073 0.030 0.009 0.002 0.001 84 I 0.439 0.266 0.177 0.082 0.029 0.006 0.001 85 P 0.398 0.244 0.153 0.116 0.063 0.023 0.003 86 L 0.148 0.219 0.235 0.208 0.119 0.056 0.014 87 T 0.102 0.118 0.156 0.251 0.237 0.112 0.025 88 Q 0.110 0.245 0.264 0.217 0.116 0.040 0.008 89 E 0.074 0.238 0.260 0.235 0.124 0.055 0.015 90 I 0.011 0.024 0.063 0.167 0.274 0.316 0.144 91 A 0.011 0.035 0.067 0.155 0.253 0.339 0.140 92 K 0.018 0.100 0.194 0.323 0.210 0.116 0.040 93 A 0.007 0.019 0.039 0.095 0.178 0.414 0.249 94 F 0.004 0.008 0.016 0.041 0.125 0.432 0.374 95 G 0.015 0.032 0.060 0.104 0.184 0.340 0.265 96 Q 0.025 0.054 0.061 0.098 0.193 0.307 0.262 97 M 0.017 0.031 0.054 0.134 0.265 0.347 0.152 98 A 0.037 0.072 0.146 0.272 0.300 0.157 0.015 99 K 0.134 0.258 0.277 0.215 0.095 0.018 0.002 100 E 0.386 0.351 0.164 0.070 0.023 0.005 0.001 101 K 0.413 0.341 0.160 0.061 0.020 0.005 0.001 102 P 0.269 0.234 0.204 0.176 0.089 0.026 0.002 103 E 0.493 0.286 0.104 0.059 0.035 0.018 0.005 104 L 0.082 0.157 0.255 0.289 0.168 0.044 0.005 105 V 0.052 0.119 0.210 0.336 0.218 0.061 0.004 106 K 0.350 0.390 0.183 0.060 0.014 0.002 0.001 107 S 0.217 0.349 0.274 0.120 0.034 0.006 0.001 108 M 0.024 0.037 0.093 0.271 0.375 0.187 0.013 109 I 0.072 0.186 0.267 0.273 0.151 0.046 0.004 110 P 0.087 0.155 0.219 0.264 0.169 0.094 0.012 111 V 0.055 0.077 0.093 0.149 0.239 0.324 0.062 112 L 0.038 0.056 0.086 0.180 0.268 0.291 0.081 113 F 0.115 0.152 0.182 0.200 0.175 0.133 0.043 114 A 0.117 0.192 0.195 0.201 0.166 0.106 0.022 115 N 0.135 0.193 0.207 0.201 0.152 0.090 0.021 116 Y 0.055 0.096 0.163 0.244 0.264 0.157 0.021 117 R 0.287 0.315 0.194 0.112 0.060 0.027 0.005 118 I 0.074 0.109 0.179 0.286 0.246 0.096 0.010 119 G 0.275 0.373 0.208 0.094 0.035 0.012 0.002 120 D 0.114 0.176 0.248 0.273 0.150 0.036 0.003 121 E 0.470 0.333 0.130 0.049 0.014 0.003 0.001 122 K 0.433 0.343 0.147 0.059 0.015 0.002 0.001 123 T 0.090 0.177 0.250 0.286 0.154 0.041 0.002 124 K 0.049 0.268 0.356 0.230 0.079 0.016 0.001 125 I 0.006 0.016 0.049 0.178 0.382 0.325 0.045 126 N 0.019 0.114 0.242 0.291 0.208 0.105 0.022 127 V 0.006 0.015 0.029 0.089 0.229 0.466 0.167 128 S 0.024 0.097 0.195 0.276 0.224 0.146 0.039 129 Y 0.013 0.086 0.213 0.283 0.226 0.139 0.038 130 A 0.004 0.010 0.022 0.067 0.214 0.488 0.197 131 L 0.007 0.023 0.051 0.161 0.320 0.342 0.097 132 E 0.061 0.262 0.288 0.215 0.109 0.053 0.012 133 E 0.017 0.113 0.253 0.348 0.197 0.065 0.006 134 I 0.009 0.018 0.045 0.167 0.383 0.344 0.035 135 A 0.043 0.172 0.278 0.307 0.164 0.035 0.002 136 K 0.407 0.389 0.139 0.048 0.014 0.003 0.001 137 A 0.140 0.272 0.302 0.206 0.065 0.014 0.001 138 N 0.307 0.321 0.211 0.116 0.036 0.008 0.001 139 P 0.496 0.307 0.120 0.051 0.021 0.006 0.001 140 M 0.330 0.322 0.185 0.096 0.049 0.017 0.002 141 L 0.025 0.086 0.166 0.280 0.266 0.156 0.022 142 M 0.015 0.035 0.070 0.231 0.360 0.258 0.032 143 A 0.050 0.285 0.384 0.215 0.055 0.010 0.001 144 S 0.059 0.173 0.320 0.292 0.129 0.026 0.002 145 I 0.007 0.010 0.020 0.054 0.241 0.579 0.088 146 V 0.005 0.014 0.043 0.192 0.379 0.338 0.029 147 R 0.023 0.212 0.370 0.287 0.089 0.018 0.001 148 D 0.009 0.030 0.133 0.389 0.345 0.091 0.003 149 F 0.006 0.006 0.007 0.025 0.166 0.671 0.119 150 M 0.018 0.056 0.163 0.334 0.313 0.111 0.004 151 S 0.107 0.372 0.283 0.162 0.062 0.013 0.001 152 M 0.026 0.093 0.222 0.395 0.214 0.047 0.003 153 L 0.013 0.028 0.069 0.229 0.417 0.226 0.018 154 S 0.254 0.420 0.210 0.080 0.028 0.007 0.001 155 S 0.444 0.354 0.134 0.051 0.014 0.003 0.001 156 K 0.348 0.348 0.171 0.091 0.032 0.010 0.001 157 N 0.174 0.256 0.243 0.210 0.098 0.019 0.001 158 R 0.113 0.240 0.285 0.228 0.116 0.017 0.001 159 E 0.287 0.359 0.207 0.109 0.032 0.006 0.001 160 D 0.066 0.279 0.294 0.247 0.095 0.018 0.001 161 K 0.006 0.049 0.179 0.381 0.288 0.090 0.006 162 L 0.001 0.001 0.007 0.048 0.259 0.592 0.093 163 T 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 0.562 0.354 164 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.259 0.724 165 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.215 0.771 166 N 0.001 0.001 0.006 0.033 0.146 0.475 0.340 167 F 0.001 0.003 0.026 0.135 0.347 0.401 0.089 168 I 0.001 0.003 0.014 0.087 0.349 0.486 0.061 169 E 0.041 0.208 0.295 0.287 0.138 0.030 0.002 170 A 0.165 0.401 0.275 0.117 0.033 0.008 0.001 171 M 0.039 0.148 0.305 0.340 0.141 0.027 0.001 172 G 0.430 0.321 0.144 0.072 0.027 0.006 0.001 173 E 0.532 0.271 0.130 0.052 0.013 0.002 0.001 174 N 0.474 0.293 0.142 0.065 0.021 0.005 0.001 175 S 0.311 0.373 0.198 0.089 0.024 0.005 0.001 176 F 0.083 0.185 0.276 0.287 0.142 0.026 0.001 177 K 0.190 0.320 0.257 0.150 0.061 0.020 0.002 178 Y 0.033 0.109 0.212 0.296 0.236 0.103 0.011 179 V 0.008 0.013 0.032 0.127 0.329 0.417 0.075 180 N 0.038 0.189 0.312 0.283 0.133 0.040 0.004 181 P 0.037 0.194 0.276 0.237 0.164 0.080 0.012 182 F 0.002 0.011 0.041 0.146 0.366 0.390 0.043 183 L 0.002 0.006 0.019 0.090 0.319 0.491 0.072 184 P 0.021 0.200 0.358 0.283 0.107 0.029 0.002 185 R 0.005 0.043 0.206 0.413 0.270 0.061 0.003 186 I 0.001 0.002 0.004 0.017 0.120 0.670 0.186 187 I 0.003 0.014 0.053 0.210 0.394 0.303 0.023 188 N 0.022 0.257 0.381 0.237 0.085 0.018 0.002 189 L 0.004 0.017 0.080 0.341 0.420 0.131 0.008 190 L 0.004 0.013 0.036 0.159 0.398 0.355 0.035 191 H 0.106 0.367 0.285 0.169 0.060 0.013 0.001 192 D 0.416 0.388 0.140 0.046 0.009 0.001 0.001 193 G 0.298 0.311 0.234 0.120 0.032 0.005 0.001 194 D 0.684 0.217 0.066 0.024 0.007 0.001 0.001 195 E 0.461 0.304 0.148 0.061 0.020 0.005 0.001 196 I 0.229 0.264 0.222 0.169 0.085 0.028 0.003 197 V 0.074 0.105 0.145 0.275 0.248 0.131 0.021 198 R 0.072 0.151 0.210 0.242 0.181 0.112 0.033 199 A 0.091 0.184 0.198 0.210 0.165 0.114 0.039 200 S 0.038 0.092 0.170 0.233 0.221 0.173 0.073 201 A 0.025 0.027 0.045 0.092 0.181 0.384 0.247 202 V 0.041 0.079 0.120 0.195 0.233 0.232 0.100 203 E 0.060 0.164 0.193 0.219 0.171 0.138 0.055 204 A 0.034 0.034 0.062 0.147 0.255 0.322 0.146 205 L 0.052 0.061 0.061 0.086 0.143 0.350 0.248 206 V 0.075 0.095 0.141 0.208 0.215 0.191 0.076 207 H 0.062 0.094 0.144 0.224 0.232 0.185 0.059 208 L 0.044 0.047 0.063 0.108 0.206 0.344 0.188 209 A 0.100 0.113 0.126 0.188 0.219 0.203 0.050 210 T 0.104 0.248 0.249 0.195 0.130 0.059 0.015 211 L 0.027 0.040 0.082 0.209 0.350 0.242 0.049 212 N 0.039 0.091 0.128 0.218 0.259 0.225 0.040 213 D 0.183 0.341 0.251 0.153 0.057 0.013 0.001 214 K 0.084 0.226 0.341 0.250 0.083 0.015 0.002 215 L 0.022 0.022 0.036 0.114 0.324 0.431 0.051 216 R 0.030 0.105 0.228 0.360 0.219 0.055 0.003 217 K 0.196 0.480 0.232 0.070 0.017 0.004 0.001 218 V 0.024 0.077 0.218 0.369 0.248 0.061 0.003 219 V 0.010 0.016 0.040 0.148 0.364 0.392 0.030 220 I 0.055 0.155 0.276 0.315 0.165 0.032 0.001 221 K 0.344 0.424 0.164 0.052 0.013 0.002 0.001 222 R 0.108 0.267 0.297 0.227 0.083 0.017 0.001 223 L 0.080 0.129 0.225 0.313 0.208 0.044 0.001 224 E 0.636 0.271 0.068 0.018 0.005 0.001 0.001 225 E 0.445 0.330 0.150 0.060 0.013 0.002 0.001 226 L 0.144 0.118 0.161 0.288 0.220 0.066 0.003 227 N 0.385 0.307 0.181 0.091 0.029 0.006 0.001 228 D 0.466 0.309 0.138 0.061 0.020 0.006 0.001 229 T 0.248 0.223 0.218 0.177 0.101 0.032 0.002 230 S 0.227 0.180 0.202 0.210 0.132 0.044 0.004 231 S 0.429 0.301 0.152 0.076 0.030 0.010 0.001 232 L 0.215 0.191 0.203 0.210 0.130 0.047 0.004 233 V 0.130 0.111 0.145 0.245 0.251 0.109 0.009 234 N 0.229 0.318 0.253 0.140 0.048 0.012 0.001 235 K 0.520 0.326 0.108 0.034 0.009 0.002 0.001 236 T 0.249 0.270 0.225 0.173 0.068 0.014 0.001 237 V 0.140 0.132 0.178 0.303 0.202 0.045 0.001 238 K 0.533 0.310 0.113 0.034 0.008 0.001 0.001 239 E 0.480 0.337 0.130 0.043 0.008 0.001 0.001 240 G 0.133 0.120 0.162 0.260 0.219 0.100 0.007 241 I 0.248 0.213 0.204 0.186 0.108 0.037 0.004 242 S 0.453 0.318 0.143 0.060 0.020 0.006 0.001 243 R 0.251 0.207 0.210 0.189 0.104 0.035 0.003 244 L 0.237 0.188 0.190 0.180 0.135 0.063 0.007 245 L 0.364 0.276 0.177 0.111 0.051 0.019 0.002 246 L 0.321 0.237 0.190 0.148 0.076 0.024 0.003 247 L 0.218 0.125 0.134 0.201 0.199 0.111 0.013 248 E 0.397 0.250 0.167 0.116 0.050 0.018 0.002 249 G 0.578 0.249 0.102 0.049 0.018 0.004 0.001 250 H 0.488 0.230 0.142 0.092 0.038 0.009 0.001 251 S 0.532 0.223 0.126 0.078 0.032 0.008 0.001 252 S 0.700 0.196 0.068 0.027 0.007 0.002 0.001 253 S 0.763 0.158 0.050 0.021 0.006 0.001 0.001