# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.102 0.125 0.049 0.002 0.070 0.090 0.420 0.003 0.002 0.004 0.008 0.006 0.008 0.003 0.013 0.008 0.010 0.015 0.011 0.017 0.016 2 I 0.010 0.117 0.210 0.140 0.002 0.050 0.059 0.320 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.002 0.008 0.004 0.003 0.013 0.007 0.013 0.019 3 S 0.021 0.112 0.148 0.117 0.007 0.096 0.062 0.384 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.004 0.010 0.005 4 N 0.017 0.014 0.166 0.016 0.004 0.452 0.043 0.272 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 5 A 0.003 0.006 0.028 0.009 0.001 0.044 0.036 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.004 0.009 0.014 0.009 0.001 0.064 0.019 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.001 0.004 0.018 0.006 0.001 0.062 0.006 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.008 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.008 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.009 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.008 0.027 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.008 0.023 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.002 0.002 0.045 0.001 0.001 0.011 0.046 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.002 0.005 0.077 0.008 0.001 0.014 0.075 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 17 A 0.009 0.024 0.145 0.041 0.001 0.020 0.079 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 18 K 0.020 0.063 0.359 0.052 0.002 0.024 0.087 0.355 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.007 0.002 0.003 0.007 19 A 0.021 0.079 0.402 0.123 0.002 0.017 0.229 0.082 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.005 0.005 0.001 0.004 0.004 20 G 0.250 0.031 0.154 0.048 0.022 0.028 0.365 0.047 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.004 0.002 0.004 0.003 0.001 0.016 0.002 0.004 0.004 21 V 0.227 0.120 0.065 0.050 0.006 0.066 0.226 0.061 0.002 0.002 0.009 0.007 0.004 0.006 0.023 0.005 0.003 0.010 0.083 0.002 0.004 0.020 22 I 0.011 0.369 0.114 0.174 0.001 0.040 0.022 0.033 0.004 0.003 0.005 0.028 0.009 0.014 0.003 0.017 0.010 0.001 0.084 0.011 0.015 0.034 23 T 0.003 0.509 0.008 0.387 0.005 0.027 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.003 0.004 24 E 0.001 0.002 0.035 0.005 0.001 0.930 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.004 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.009 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.007 0.025 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.013 0.020 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 F 0.002 0.004 0.037 0.006 0.001 0.021 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.002 0.004 0.048 0.004 0.001 0.043 0.020 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.013 0.054 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.002 0.007 0.031 0.006 0.001 0.021 0.053 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.002 0.008 0.060 0.017 0.001 0.023 0.011 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.004 0.008 0.094 0.006 0.001 0.024 0.059 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 47 N 0.002 0.009 0.076 0.008 0.001 0.014 0.116 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 48 T 0.015 0.045 0.228 0.043 0.001 0.036 0.086 0.490 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.009 0.002 0.004 0.002 0.003 0.022 49 L 0.011 0.256 0.228 0.142 0.001 0.020 0.050 0.147 0.007 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.003 0.021 0.036 0.006 0.016 0.005 0.018 0.014 50 K 0.039 0.046 0.240 0.070 0.013 0.013 0.148 0.095 0.012 0.006 0.006 0.010 0.016 0.017 0.004 0.045 0.121 0.005 0.027 0.010 0.031 0.026 51 S 0.015 0.051 0.065 0.026 0.002 0.007 0.179 0.034 0.026 0.017 0.029 0.047 0.039 0.029 0.014 0.078 0.142 0.002 0.041 0.047 0.055 0.054 52 V 0.003 0.051 0.021 0.021 0.001 0.004 0.004 0.003 0.015 0.036 0.047 0.014 0.023 0.026 0.028 0.035 0.592 0.003 0.009 0.008 0.026 0.031 53 K 0.006 0.043 0.016 0.015 0.003 0.002 0.006 0.004 0.052 0.047 0.044 0.116 0.067 0.041 0.029 0.134 0.073 0.012 0.017 0.091 0.118 0.065 54 I 0.001 0.041 0.004 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.026 0.030 0.005 0.018 0.014 0.139 0.025 0.009 0.587 0.003 0.004 0.013 0.055 55 I 0.003 0.064 0.024 0.018 0.005 0.004 0.005 0.001 0.034 0.040 0.044 0.221 0.062 0.064 0.007 0.081 0.033 0.044 0.004 0.099 0.083 0.061 56 D 0.001 0.329 0.001 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.018 0.005 0.002 0.506 0.001 0.002 0.006 0.006 57 P 0.003 0.002 0.804 0.022 0.012 0.107 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 58 E 0.011 0.007 0.025 0.007 0.001 0.001 0.921 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.598 0.025 0.021 0.012 0.048 0.044 0.213 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.002 0.004 0.002 60 N 0.062 0.113 0.231 0.136 0.014 0.026 0.060 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.283 0.002 0.007 0.018 61 D 0.137 0.178 0.077 0.086 0.009 0.026 0.122 0.040 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.008 0.008 0.002 0.006 0.209 0.002 0.005 0.072 62 V 0.024 0.204 0.120 0.066 0.003 0.030 0.039 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.001 0.425 0.007 0.012 0.035 63 T 0.002 0.338 0.008 0.455 0.010 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.138 0.005 0.004 0.002 64 P 0.001 0.001 0.033 0.011 0.003 0.927 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 0.023 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.010 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.001 0.002 0.022 0.006 0.001 0.005 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 Q 0.003 0.010 0.051 0.012 0.001 0.008 0.015 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 72 R 0.005 0.017 0.162 0.017 0.001 0.007 0.030 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.003 0.002 0.003 0.011 73 N 0.019 0.023 0.408 0.023 0.002 0.013 0.226 0.248 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.004 0.005 0.006 74 N 0.224 0.018 0.154 0.017 0.008 0.016 0.470 0.065 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.001 0.003 0.004 75 K 0.376 0.055 0.084 0.017 0.018 0.026 0.166 0.050 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.002 0.007 0.007 0.002 0.149 0.004 0.006 0.014 76 L 0.010 0.205 0.092 0.175 0.002 0.016 0.022 0.034 0.004 0.003 0.006 0.006 0.008 0.007 0.006 0.014 0.032 0.008 0.284 0.007 0.012 0.050 77 H 0.037 0.206 0.088 0.127 0.022 0.023 0.043 0.039 0.008 0.005 0.007 0.027 0.019 0.014 0.006 0.027 0.040 0.015 0.109 0.015 0.031 0.092 78 L 0.009 0.203 0.127 0.134 0.004 0.047 0.034 0.035 0.007 0.006 0.009 0.010 0.012 0.009 0.020 0.022 0.022 0.032 0.160 0.010 0.020 0.066 79 E 0.012 0.111 0.182 0.113 0.011 0.022 0.097 0.072 0.009 0.005 0.009 0.050 0.025 0.013 0.006 0.029 0.042 0.032 0.023 0.057 0.030 0.048 80 H 0.030 0.196 0.112 0.118 0.010 0.030 0.129 0.057 0.006 0.005 0.011 0.017 0.009 0.009 0.019 0.020 0.017 0.043 0.016 0.059 0.030 0.057 81 H 0.035 0.144 0.261 0.124 0.012 0.051 0.083 0.055 0.007 0.005 0.009 0.019 0.014 0.013 0.007 0.023 0.020 0.023 0.018 0.022 0.027 0.030 82 H 0.039 0.150 0.215 0.125 0.016 0.027 0.155 0.058 0.005 0.003 0.008 0.014 0.007 0.009 0.007 0.017 0.013 0.017 0.025 0.025 0.026 0.036 83 H 0.048 0.197 0.200 0.142 0.014 0.044 0.121 0.045 0.006 0.004 0.007 0.012 0.008 0.009 0.006 0.019 0.012 0.013 0.031 0.012 0.021 0.026 84 H 0.040 0.182 0.247 0.157 0.015 0.045 0.113 0.034 0.005 0.003 0.005 0.011 0.006 0.009 0.005 0.015 0.009 0.006 0.039 0.010 0.018 0.027 85 H 0.023 0.252 0.158 0.205 0.017 0.044 0.076 0.039 0.005 0.003 0.005 0.011 0.006 0.008 0.004 0.017 0.012 0.010 0.048 0.015 0.022 0.019