# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.505 0.011 0.011 0.011 0.017 0.055 0.009 0.002 0.067 0.275 2 I 0.046 0.642 0.009 0.004 0.007 0.007 0.026 0.011 0.003 0.040 0.204 3 S 0.025 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.007 0.055 4 N 0.033 0.871 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.022 0.058 5 A 0.008 0.890 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.038 0.039 6 K 0.012 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.018 0.034 7 I 0.017 0.651 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.263 0.047 8 A 0.004 0.905 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.051 0.026 9 R 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.012 10 I 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 11 N 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 12 E 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 13 L 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.009 14 A 0.017 0.788 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.122 0.046 15 A 0.029 0.619 0.011 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.004 0.205 0.100 16 K 0.060 0.318 0.138 0.003 0.001 0.002 0.038 0.014 0.072 0.190 0.164 17 A 0.344 0.102 0.042 0.003 0.002 0.004 0.049 0.020 0.026 0.077 0.330 18 K 0.209 0.052 0.003 0.004 0.001 0.004 0.037 0.007 0.003 0.031 0.650 19 A 0.052 0.016 0.001 0.003 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.014 0.858 20 G 0.028 0.010 0.001 0.010 0.003 0.007 0.076 0.002 0.001 0.022 0.842 21 V 0.011 0.010 0.001 0.008 0.006 0.007 0.103 0.001 0.001 0.024 0.829 22 I 0.002 0.026 0.001 0.018 0.007 0.008 0.093 0.003 0.001 0.021 0.821 23 T 0.028 0.897 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.010 0.046 24 E 0.020 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.019 25 E 0.006 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.022 0.027 26 E 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.024 0.015 27 K 0.009 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.057 0.012 28 A 0.008 0.804 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.145 0.029 29 E 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.027 0.022 30 Q 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 31 Q 0.006 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.012 32 K 0.005 0.829 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.138 0.021 33 L 0.005 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.032 0.014 34 R 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.010 35 Q 0.011 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.092 0.054 36 E 0.012 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.002 0.058 0.047 37 Y 0.016 0.895 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.002 0.031 0.031 38 L 0.043 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.015 0.033 39 K 0.039 0.708 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.058 0.168 40 G 0.015 0.510 0.027 0.005 0.001 0.001 0.045 0.004 0.006 0.216 0.170 41 F 0.036 0.850 0.005 0.003 0.001 0.001 0.017 0.010 0.001 0.026 0.050 42 R 0.043 0.828 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.020 0.087 43 S 0.055 0.572 0.002 0.005 0.001 0.002 0.037 0.003 0.001 0.105 0.217 44 S 0.011 0.329 0.010 0.009 0.002 0.003 0.036 0.004 0.003 0.454 0.139 45 M 0.055 0.787 0.011 0.002 0.002 0.003 0.018 0.028 0.001 0.026 0.068 46 K 0.093 0.487 0.007 0.010 0.002 0.004 0.025 0.009 0.003 0.069 0.291 47 N 0.076 0.092 0.033 0.011 0.004 0.007 0.086 0.005 0.018 0.293 0.374 48 T 0.260 0.108 0.006 0.014 0.004 0.009 0.109 0.021 0.003 0.114 0.351 49 L 0.156 0.037 0.023 0.034 0.005 0.011 0.113 0.015 0.013 0.075 0.518 50 K 0.045 0.021 0.002 0.085 0.013 0.015 0.171 0.002 0.001 0.024 0.620 51 S 0.006 0.005 0.001 0.089 0.011 0.033 0.123 0.003 0.001 0.045 0.684 52 V 0.019 0.009 0.001 0.176 0.034 0.029 0.128 0.005 0.001 0.067 0.531 53 K 0.011 0.001 0.001 0.712 0.025 0.034 0.043 0.001 0.001 0.037 0.136 54 I 0.007 0.002 0.001 0.311 0.039 0.066 0.069 0.001 0.001 0.046 0.459 55 I 0.002 0.001 0.001 0.475 0.027 0.046 0.095 0.003 0.001 0.016 0.333 56 D 0.588 0.021 0.007 0.084 0.009 0.013 0.044 0.010 0.006 0.046 0.173 57 P 0.221 0.014 0.007 0.058 0.002 0.006 0.072 0.004 0.003 0.096 0.516 58 E 0.034 0.006 0.001 0.016 0.003 0.011 0.087 0.002 0.001 0.016 0.824 59 G 0.119 0.035 0.002 0.028 0.025 0.039 0.097 0.006 0.001 0.051 0.597 60 N 0.072 0.006 0.001 0.009 0.062 0.042 0.138 0.004 0.001 0.048 0.618 61 D 0.008 0.004 0.001 0.012 0.048 0.064 0.110 0.001 0.001 0.014 0.738 62 V 0.014 0.039 0.001 0.013 0.026 0.025 0.123 0.002 0.001 0.014 0.742 63 T 0.080 0.492 0.001 0.006 0.026 0.019 0.071 0.030 0.001 0.039 0.234 64 P 0.046 0.862 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.008 0.068 65 E 0.022 0.859 0.002 0.005 0.004 0.007 0.011 0.002 0.001 0.017 0.070 66 K 0.004 0.933 0.001 0.003 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 0.035 67 L 0.007 0.962 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 68 K 0.020 0.898 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.004 0.001 0.030 0.033 69 R 0.017 0.662 0.011 0.006 0.004 0.006 0.018 0.004 0.004 0.163 0.105 70 E 0.069 0.361 0.105 0.009 0.004 0.007 0.027 0.014 0.031 0.266 0.106 71 Q 0.192 0.060 0.159 0.007 0.005 0.009 0.047 0.022 0.106 0.169 0.224 72 R 0.290 0.030 0.003 0.005 0.004 0.006 0.050 0.005 0.003 0.027 0.578 73 N 0.055 0.016 0.001 0.005 0.001 0.003 0.064 0.001 0.001 0.015 0.839 74 N 0.014 0.006 0.001 0.010 0.007 0.018 0.154 0.010 0.001 0.028 0.752 75 K 0.048 0.022 0.002 0.026 0.009 0.024 0.113 0.003 0.001 0.040 0.713 76 L 0.039 0.030 0.002 0.053 0.049 0.068 0.104 0.004 0.001 0.039 0.613 77 H 0.076 0.097 0.004 0.072 0.033 0.076 0.105 0.005 0.002 0.056 0.475 78 L 0.144 0.066 0.006 0.058 0.054 0.075 0.094 0.010 0.003 0.057 0.432 79 E 0.088 0.060 0.004 0.045 0.040 0.078 0.106 0.008 0.002 0.048 0.521 80 H 0.096 0.028 0.006 0.026 0.022 0.047 0.086 0.005 0.003 0.042 0.640 81 H 0.094 0.011 0.005 0.021 0.025 0.041 0.080 0.006 0.002 0.048 0.668 82 H 0.060 0.005 0.001 0.008 0.016 0.024 0.073 0.003 0.001 0.034 0.776 83 H 0.041 0.004 0.001 0.008 0.018 0.020 0.078 0.002 0.001 0.030 0.797 84 H 0.019 0.004 0.001 0.007 0.017 0.017 0.110 0.003 0.001 0.023 0.798 85 H 0.027 0.005 0.001 0.008 0.025 0.026 0.132 0.007 0.001 0.031 0.739