# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.080 0.087 0.092 0.070 0.081 0.118 0.094 0.082 0.055 0.036 2 I 0.094 0.112 0.073 0.104 0.117 0.126 0.153 0.083 0.062 0.048 0.028 3 S 0.095 0.269 0.188 0.181 0.096 0.063 0.056 0.027 0.015 0.007 0.003 4 N 0.491 0.140 0.112 0.139 0.074 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 5 A 0.530 0.144 0.201 0.083 0.026 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.015 0.032 0.179 0.141 0.091 0.156 0.235 0.087 0.041 0.017 0.005 7 I 0.005 0.006 0.149 0.040 0.055 0.127 0.334 0.157 0.078 0.037 0.011 8 A 0.007 0.029 0.790 0.118 0.034 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.002 0.017 0.292 0.231 0.186 0.145 0.089 0.025 0.009 0.004 0.001 10 I 0.001 0.002 0.150 0.011 0.011 0.019 0.101 0.115 0.212 0.215 0.163 11 N 0.001 0.004 0.348 0.075 0.077 0.130 0.270 0.064 0.022 0.007 0.002 12 E 0.001 0.008 0.729 0.163 0.071 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.004 0.010 0.446 0.033 0.035 0.061 0.160 0.089 0.082 0.053 0.028 14 A 0.002 0.004 0.269 0.041 0.040 0.053 0.218 0.139 0.139 0.071 0.023 15 A 0.002 0.011 0.567 0.119 0.107 0.080 0.077 0.024 0.009 0.004 0.001 16 K 0.006 0.026 0.467 0.185 0.142 0.091 0.056 0.017 0.007 0.003 0.001 17 A 0.097 0.084 0.386 0.090 0.082 0.074 0.099 0.042 0.029 0.013 0.004 18 K 0.029 0.059 0.254 0.105 0.107 0.113 0.183 0.074 0.044 0.022 0.010 19 A 0.117 0.109 0.455 0.138 0.085 0.038 0.036 0.012 0.005 0.003 0.001 20 G 0.180 0.177 0.270 0.170 0.094 0.046 0.041 0.012 0.006 0.003 0.001 21 V 0.263 0.175 0.226 0.121 0.090 0.056 0.044 0.013 0.007 0.003 0.001 22 I 0.009 0.027 0.035 0.032 0.039 0.068 0.120 0.113 0.157 0.195 0.205 23 T 0.023 0.387 0.253 0.169 0.090 0.040 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 24 E 0.942 0.033 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.597 0.129 0.177 0.071 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.003 0.005 0.074 0.028 0.035 0.167 0.394 0.158 0.090 0.034 0.011 27 K 0.011 0.023 0.344 0.287 0.143 0.115 0.064 0.011 0.002 0.001 0.001 28 A 0.006 0.020 0.932 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.002 0.007 0.528 0.062 0.051 0.092 0.152 0.057 0.029 0.014 0.005 30 Q 0.001 0.001 0.208 0.018 0.029 0.074 0.355 0.153 0.090 0.052 0.020 31 Q 0.001 0.003 0.848 0.089 0.040 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.008 0.736 0.146 0.078 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.145 0.005 0.007 0.019 0.189 0.159 0.229 0.164 0.081 34 R 0.001 0.001 0.172 0.044 0.073 0.118 0.365 0.142 0.055 0.022 0.007 35 Q 0.001 0.004 0.854 0.091 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.012 0.029 0.515 0.139 0.137 0.106 0.054 0.006 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.078 0.007 0.008 0.015 0.146 0.165 0.291 0.202 0.084 38 L 0.001 0.002 0.058 0.036 0.075 0.139 0.355 0.178 0.084 0.051 0.023 39 K 0.005 0.019 0.864 0.090 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.046 0.067 0.284 0.112 0.160 0.168 0.135 0.021 0.006 0.002 0.001 41 F 0.004 0.013 0.044 0.020 0.014 0.026 0.113 0.152 0.236 0.224 0.154 42 R 0.008 0.028 0.099 0.095 0.170 0.227 0.269 0.066 0.025 0.009 0.003 43 S 0.140 0.073 0.695 0.073 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.057 0.071 0.179 0.179 0.187 0.180 0.121 0.019 0.006 0.002 0.001 45 M 0.006 0.005 0.035 0.013 0.011 0.023 0.117 0.151 0.236 0.230 0.173 46 K 0.010 0.021 0.188 0.234 0.236 0.183 0.096 0.022 0.007 0.002 0.001 47 N 0.019 0.032 0.756 0.123 0.044 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 48 T 0.004 0.014 0.089 0.073 0.116 0.213 0.304 0.102 0.050 0.024 0.010 49 L 0.001 0.003 0.036 0.013 0.017 0.027 0.146 0.172 0.225 0.199 0.161 50 K 0.028 0.060 0.435 0.269 0.137 0.046 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 51 S 0.058 0.164 0.394 0.234 0.098 0.037 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.053 0.108 0.252 0.292 0.276 53 K 0.030 0.175 0.112 0.307 0.220 0.101 0.045 0.006 0.002 0.001 0.001 54 I 0.002 0.005 0.007 0.014 0.022 0.029 0.098 0.145 0.250 0.249 0.179 55 I 0.004 0.018 0.020 0.087 0.135 0.171 0.238 0.123 0.100 0.056 0.048 56 D 0.012 0.051 0.022 0.118 0.191 0.163 0.233 0.107 0.067 0.024 0.013 57 P 0.388 0.165 0.069 0.176 0.089 0.056 0.033 0.013 0.007 0.004 0.001 58 E 0.678 0.182 0.045 0.066 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.218 0.125 0.036 0.124 0.117 0.101 0.122 0.070 0.049 0.025 0.012 60 N 0.158 0.257 0.061 0.201 0.139 0.090 0.055 0.020 0.010 0.005 0.003 61 D 0.151 0.171 0.097 0.231 0.153 0.103 0.069 0.015 0.007 0.002 0.001 62 V 0.003 0.003 0.003 0.009 0.023 0.054 0.159 0.219 0.220 0.195 0.112 63 T 0.021 0.602 0.111 0.172 0.056 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 64 P 0.047 0.045 0.025 0.126 0.221 0.220 0.197 0.071 0.034 0.011 0.003 65 E 0.923 0.053 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.010 0.044 0.086 0.338 0.221 0.160 0.113 0.021 0.005 0.001 0.001 67 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.009 0.025 0.106 0.178 0.241 0.255 0.174 68 K 0.002 0.010 0.176 0.211 0.228 0.228 0.110 0.024 0.008 0.002 0.001 69 R 0.008 0.028 0.810 0.117 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.007 0.011 0.063 0.069 0.097 0.182 0.361 0.121 0.054 0.024 0.012 71 Q 0.003 0.003 0.062 0.019 0.020 0.039 0.198 0.212 0.212 0.157 0.075 72 R 0.004 0.017 0.448 0.169 0.155 0.103 0.071 0.021 0.008 0.004 0.002 73 N 0.013 0.041 0.743 0.106 0.056 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 74 N 0.067 0.062 0.077 0.098 0.122 0.166 0.236 0.091 0.048 0.025 0.007 75 K 0.423 0.217 0.138 0.120 0.053 0.025 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 76 L 0.012 0.017 0.029 0.031 0.039 0.055 0.149 0.157 0.200 0.179 0.131 77 H 0.054 0.209 0.236 0.247 0.136 0.063 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 78 L 0.083 0.066 0.064 0.077 0.086 0.097 0.159 0.126 0.125 0.074 0.042 79 E 0.184 0.180 0.151 0.194 0.127 0.074 0.052 0.020 0.011 0.005 0.002 80 H 0.214 0.147 0.085 0.148 0.120 0.088 0.088 0.049 0.034 0.019 0.008 81 H 0.157 0.131 0.067 0.144 0.113 0.101 0.117 0.069 0.050 0.034 0.017 82 H 0.219 0.157 0.128 0.153 0.107 0.076 0.074 0.039 0.025 0.015 0.007 83 H 0.234 0.133 0.090 0.138 0.097 0.075 0.093 0.056 0.042 0.027 0.014 84 H 0.347 0.185 0.087 0.120 0.080 0.055 0.051 0.029 0.023 0.014 0.007 85 H 0.398 0.161 0.053 0.102 0.077 0.056 0.057 0.037 0.030 0.019 0.010