# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.116 0.019 0.014 0.008 0.010 0.033 0.009 0.001 0.004 0.576 2 I 0.120 0.103 0.029 0.023 0.022 0.031 0.168 0.008 0.001 0.009 0.488 3 S 0.063 0.064 0.008 0.011 0.008 0.013 0.196 0.004 0.001 0.004 0.630 4 N 0.029 0.115 0.003 0.011 0.004 0.005 0.087 0.003 0.001 0.003 0.741 5 A 0.031 0.121 0.002 0.003 0.002 0.005 0.390 0.002 0.001 0.012 0.431 6 K 0.060 0.386 0.002 0.006 0.006 0.012 0.371 0.008 0.001 0.014 0.135 7 I 0.040 0.912 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.030 8 A 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 9 R 0.073 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.093 10 I 0.053 0.917 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 11 N 0.001 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.043 12 E 0.010 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.087 13 L 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 14 A 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.009 15 A 0.012 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 16 K 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 17 A 0.026 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.009 18 K 0.074 0.749 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.001 0.001 0.061 19 A 0.115 0.654 0.069 0.006 0.002 0.004 0.006 0.058 0.001 0.001 0.085 20 G 0.249 0.257 0.021 0.023 0.006 0.006 0.031 0.119 0.001 0.002 0.286 21 V 0.344 0.061 0.228 0.024 0.002 0.003 0.029 0.013 0.001 0.003 0.293 22 I 0.051 0.035 0.109 0.181 0.013 0.019 0.108 0.007 0.001 0.003 0.475 23 T 0.032 0.013 0.003 0.062 0.004 0.006 0.381 0.001 0.001 0.002 0.495 24 E 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.958 25 E 0.003 0.022 0.001 0.004 0.001 0.002 0.649 0.001 0.001 0.005 0.314 26 E 0.023 0.032 0.001 0.002 0.001 0.003 0.878 0.002 0.001 0.017 0.044 27 K 0.046 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 28 A 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 29 E 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 30 Q 0.035 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 31 Q 0.007 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 32 K 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 33 L 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 34 R 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 35 Q 0.009 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 36 E 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.032 37 Y 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 38 L 0.013 0.958 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 39 K 0.013 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.036 40 G 0.070 0.805 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.105 41 F 0.092 0.834 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.049 42 R 0.025 0.831 0.015 0.007 0.002 0.006 0.014 0.011 0.001 0.001 0.088 43 S 0.031 0.637 0.005 0.004 0.003 0.004 0.016 0.012 0.001 0.001 0.287 44 S 0.128 0.675 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.167 45 M 0.048 0.828 0.006 0.002 0.002 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.085 46 K 0.034 0.802 0.008 0.004 0.005 0.008 0.018 0.008 0.001 0.002 0.111 47 N 0.077 0.698 0.005 0.002 0.007 0.011 0.036 0.016 0.001 0.003 0.146 48 T 0.173 0.663 0.004 0.003 0.006 0.004 0.007 0.026 0.001 0.001 0.113 49 L 0.100 0.744 0.012 0.006 0.010 0.012 0.013 0.022 0.001 0.003 0.078 50 K 0.073 0.425 0.022 0.015 0.040 0.056 0.042 0.049 0.001 0.005 0.272 51 S 0.278 0.134 0.024 0.032 0.039 0.073 0.032 0.083 0.001 0.008 0.297 52 V 0.350 0.043 0.097 0.147 0.102 0.073 0.030 0.023 0.001 0.007 0.127 53 K 0.025 0.007 0.051 0.232 0.189 0.167 0.092 0.004 0.001 0.003 0.230 54 I 0.003 0.001 0.010 0.168 0.294 0.314 0.021 0.001 0.001 0.001 0.187 55 I 0.002 0.001 0.001 0.294 0.190 0.367 0.042 0.001 0.001 0.001 0.104 56 D 0.008 0.001 0.001 0.165 0.258 0.217 0.112 0.001 0.001 0.003 0.236 57 P 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.012 0.022 0.001 0.001 0.001 0.928 58 E 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.025 0.719 0.001 0.001 0.010 0.217 59 G 0.684 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.073 0.001 0.001 0.147 0.080 60 N 0.430 0.020 0.003 0.012 0.004 0.004 0.338 0.001 0.001 0.031 0.156 61 D 0.128 0.007 0.011 0.018 0.006 0.010 0.352 0.001 0.001 0.014 0.453 62 V 0.135 0.012 0.029 0.064 0.024 0.066 0.186 0.001 0.001 0.013 0.469 63 T 0.014 0.005 0.001 0.016 0.046 0.060 0.596 0.001 0.001 0.002 0.260 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 65 E 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.013 0.587 0.001 0.001 0.003 0.385 66 K 0.103 0.017 0.001 0.003 0.002 0.007 0.648 0.001 0.001 0.024 0.196 67 L 0.076 0.846 0.001 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.061 68 K 0.024 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 69 R 0.041 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.066 70 E 0.043 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.057 71 Q 0.040 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 72 R 0.037 0.866 0.010 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.067 73 N 0.052 0.813 0.007 0.003 0.003 0.005 0.006 0.024 0.001 0.001 0.086 74 N 0.219 0.507 0.007 0.005 0.005 0.004 0.010 0.044 0.001 0.001 0.198 75 K 0.263 0.268 0.065 0.011 0.009 0.008 0.037 0.033 0.001 0.005 0.301 76 L 0.089 0.149 0.178 0.050 0.036 0.041 0.081 0.011 0.001 0.005 0.358 77 H 0.039 0.064 0.012 0.106 0.069 0.101 0.159 0.006 0.001 0.004 0.440 78 L 0.052 0.059 0.009 0.082 0.052 0.080 0.055 0.003 0.001 0.004 0.605 79 E 0.051 0.081 0.004 0.091 0.068 0.109 0.126 0.003 0.001 0.005 0.463 80 H 0.102 0.042 0.004 0.039 0.043 0.067 0.156 0.005 0.001 0.011 0.531 81 H 0.126 0.054 0.008 0.058 0.038 0.057 0.091 0.006 0.001 0.008 0.554 82 H 0.082 0.037 0.006 0.030 0.026 0.043 0.141 0.005 0.001 0.009 0.621 83 H 0.139 0.026 0.007 0.016 0.015 0.026 0.105 0.004 0.001 0.009 0.653 84 H 0.102 0.020 0.007 0.013 0.013 0.017 0.067 0.003 0.001 0.004 0.756 85 H 0.067 0.017 0.005 0.014 0.014 0.022 0.117 0.001 0.001 0.005 0.736