# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.036 0.062 0.035 0.056 0.087 0.010 0.637 2 I 0.120 0.071 0.076 0.059 0.104 0.180 0.011 0.381 3 S 0.071 0.093 0.042 0.036 0.087 0.165 0.010 0.495 4 N 0.054 0.089 0.019 0.011 0.031 0.065 0.008 0.724 5 A 0.077 0.100 0.011 0.006 0.009 0.309 0.010 0.477 6 K 0.149 0.238 0.007 0.004 0.006 0.216 0.015 0.366 7 I 0.034 0.807 0.013 0.004 0.007 0.023 0.003 0.109 8 A 0.004 0.887 0.007 0.002 0.004 0.018 0.001 0.076 9 R 0.023 0.867 0.004 0.001 0.002 0.018 0.005 0.078 10 I 0.007 0.974 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 11 N 0.003 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 12 E 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 13 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 14 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 15 A 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 K 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 17 A 0.037 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 18 K 0.086 0.821 0.022 0.002 0.003 0.003 0.035 0.028 19 A 0.062 0.777 0.044 0.005 0.007 0.008 0.017 0.081 20 G 0.302 0.276 0.058 0.010 0.010 0.020 0.093 0.231 21 V 0.337 0.058 0.146 0.008 0.005 0.029 0.047 0.370 22 I 0.076 0.055 0.464 0.013 0.012 0.070 0.009 0.301 23 T 0.033 0.025 0.051 0.013 0.029 0.417 0.007 0.425 24 E 0.010 0.015 0.010 0.003 0.012 0.020 0.001 0.929 25 E 0.006 0.012 0.003 0.001 0.002 0.413 0.001 0.561 26 E 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.941 0.001 0.042 27 K 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 28 A 0.001 0.925 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.064 29 E 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 30 Q 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 Q 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 33 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 R 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 Q 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 Y 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 38 L 0.007 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 39 K 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 40 G 0.019 0.920 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.047 41 F 0.034 0.896 0.004 0.001 0.002 0.005 0.008 0.051 42 R 0.009 0.914 0.010 0.002 0.003 0.006 0.004 0.053 43 S 0.009 0.894 0.004 0.002 0.002 0.008 0.004 0.077 44 S 0.054 0.811 0.005 0.002 0.002 0.014 0.017 0.096 45 M 0.084 0.821 0.006 0.002 0.002 0.007 0.014 0.066 46 K 0.019 0.852 0.025 0.004 0.005 0.022 0.008 0.065 47 N 0.034 0.803 0.007 0.006 0.006 0.024 0.015 0.105 48 T 0.194 0.590 0.014 0.005 0.006 0.019 0.032 0.140 49 L 0.077 0.724 0.042 0.012 0.015 0.025 0.019 0.086 50 K 0.057 0.492 0.089 0.061 0.046 0.057 0.040 0.160 51 S 0.104 0.187 0.061 0.053 0.064 0.044 0.047 0.441 52 V 0.162 0.061 0.133 0.089 0.130 0.073 0.025 0.328 53 K 0.022 0.025 0.312 0.333 0.122 0.037 0.009 0.141 54 I 0.006 0.009 0.174 0.142 0.184 0.025 0.003 0.458 55 I 0.010 0.006 0.350 0.175 0.296 0.028 0.004 0.132 56 D 0.007 0.012 0.125 0.223 0.239 0.051 0.003 0.339 57 P 0.002 0.001 0.014 0.008 0.019 0.018 0.001 0.937 58 E 0.005 0.001 0.005 0.003 0.007 0.857 0.005 0.118 59 G 0.645 0.006 0.007 0.005 0.003 0.044 0.039 0.250 60 N 0.184 0.026 0.071 0.015 0.016 0.415 0.014 0.258 61 D 0.073 0.012 0.031 0.029 0.052 0.164 0.014 0.626 62 V 0.338 0.019 0.040 0.034 0.109 0.150 0.009 0.301 63 T 0.030 0.011 0.008 0.042 0.068 0.398 0.003 0.441 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 E 0.001 0.005 0.001 0.004 0.018 0.665 0.001 0.305 66 K 0.112 0.022 0.001 0.001 0.002 0.648 0.003 0.212 67 L 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 68 K 0.004 0.952 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.033 69 R 0.012 0.918 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.058 70 E 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 71 Q 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 72 R 0.007 0.969 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 73 N 0.014 0.941 0.004 0.002 0.002 0.003 0.010 0.025 74 N 0.146 0.660 0.012 0.006 0.003 0.004 0.096 0.072 75 K 0.534 0.119 0.037 0.007 0.004 0.017 0.107 0.175 76 L 0.178 0.061 0.294 0.031 0.042 0.094 0.018 0.281 77 H 0.056 0.054 0.076 0.102 0.165 0.173 0.009 0.364 78 L 0.042 0.044 0.071 0.050 0.106 0.063 0.006 0.619 79 E 0.041 0.072 0.090 0.081 0.115 0.217 0.009 0.374 80 H 0.093 0.072 0.039 0.041 0.058 0.102 0.015 0.581 81 H 0.118 0.091 0.034 0.039 0.078 0.082 0.017 0.540 82 H 0.100 0.060 0.031 0.028 0.049 0.148 0.022 0.563 83 H 0.158 0.051 0.025 0.019 0.033 0.107 0.025 0.582 84 H 0.098 0.037 0.019 0.013 0.023 0.081 0.014 0.714 85 H 0.070 0.032 0.025 0.018 0.028 0.099 0.012 0.716