# TARGET T0335 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.127 0.070 0.034 0.119 0.030 0.030 0.180 0.081 0.135 0.096 2 I 0.065 0.229 0.097 0.021 0.135 0.017 0.030 0.216 0.064 0.087 0.040 3 S 0.026 0.398 0.272 0.014 0.057 0.003 0.002 0.150 0.036 0.031 0.010 4 N 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.836 0.133 0.010 0.001 5 A 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.928 0.047 0.003 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.056 0.009 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.042 0.003 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.033 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.026 0.003 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.036 0.006 0.001 12 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.033 0.004 0.001 13 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.942 0.037 0.006 0.001 14 A 0.002 0.030 0.009 0.002 0.012 0.004 0.032 0.813 0.072 0.023 0.003 15 A 0.007 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.751 0.092 0.111 0.015 16 K 0.003 0.035 0.010 0.002 0.017 0.005 0.016 0.752 0.130 0.027 0.003 17 A 0.006 0.012 0.006 0.005 0.012 0.007 0.064 0.721 0.118 0.040 0.009 18 K 0.006 0.012 0.006 0.001 0.011 0.007 0.118 0.566 0.190 0.072 0.010 19 A 0.029 0.060 0.006 0.005 0.051 0.019 0.129 0.409 0.123 0.152 0.017 20 G 0.012 0.407 0.205 0.021 0.090 0.059 0.076 0.063 0.035 0.026 0.005 21 V 0.084 0.021 0.014 0.010 0.025 0.005 0.008 0.012 0.018 0.553 0.250 22 I 0.033 0.491 0.282 0.019 0.133 0.003 0.004 0.005 0.003 0.017 0.009 23 T 0.001 0.696 0.288 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.851 0.132 0.003 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.046 0.003 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.042 0.011 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.024 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.029 0.008 0.001 30 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.037 0.004 0.001 31 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.947 0.038 0.002 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.026 0.006 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.048 0.007 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.937 0.054 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.955 0.031 0.002 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.933 0.042 0.009 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.068 0.007 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.059 0.002 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.937 0.038 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.942 0.040 0.007 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.921 0.071 0.005 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.063 0.002 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.937 0.039 0.002 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.909 0.058 0.016 0.001 45 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.106 0.005 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.835 0.152 0.004 0.001 47 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.049 0.807 0.127 0.008 0.001 48 T 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.057 0.577 0.249 0.094 0.005 49 L 0.149 0.063 0.004 0.001 0.207 0.003 0.006 0.184 0.168 0.137 0.079 50 K 0.002 0.008 0.007 0.029 0.006 0.146 0.195 0.456 0.126 0.024 0.001 51 S 0.126 0.013 0.013 0.017 0.060 0.015 0.019 0.083 0.077 0.490 0.086 52 V 0.096 0.327 0.012 0.003 0.539 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 53 K 0.182 0.130 0.021 0.001 0.643 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 54 I 0.269 0.198 0.019 0.001 0.485 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 55 I 0.052 0.252 0.009 0.021 0.547 0.040 0.013 0.014 0.002 0.018 0.033 56 D 0.004 0.072 0.875 0.040 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.006 0.020 0.562 0.396 0.002 0.001 58 E 0.001 0.752 0.229 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.004 0.012 0.003 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.007 0.652 0.304 60 N 0.082 0.270 0.048 0.008 0.259 0.044 0.048 0.087 0.047 0.069 0.037 61 D 0.221 0.111 0.049 0.015 0.207 0.016 0.034 0.027 0.034 0.106 0.182 62 V 0.102 0.345 0.180 0.028 0.240 0.010 0.017 0.022 0.014 0.022 0.021 63 T 0.056 0.528 0.212 0.017 0.132 0.005 0.004 0.018 0.008 0.006 0.014 64 P 0.014 0.019 0.016 0.011 0.042 0.008 0.012 0.578 0.264 0.023 0.012 65 E 0.008 0.008 0.004 0.001 0.009 0.002 0.014 0.834 0.105 0.012 0.003 66 K 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.896 0.064 0.022 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.043 0.004 0.001 68 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.030 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.002 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.028 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.044 0.005 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.849 0.134 0.006 0.001 73 N 0.001 0.008 0.005 0.003 0.002 0.004 0.046 0.869 0.058 0.004 0.001 74 N 0.001 0.589 0.361 0.012 0.012 0.002 0.003 0.009 0.002 0.008 0.001 75 K 0.047 0.017 0.010 0.014 0.016 0.009 0.006 0.036 0.016 0.490 0.339 76 L 0.068 0.131 0.072 0.052 0.145 0.092 0.062 0.198 0.085 0.060 0.035 77 H 0.061 0.185 0.061 0.067 0.164 0.043 0.067 0.147 0.072 0.086 0.046 78 L 0.116 0.114 0.101 0.051 0.171 0.027 0.036 0.116 0.093 0.111 0.064 79 E 0.078 0.144 0.082 0.034 0.188 0.028 0.071 0.157 0.108 0.076 0.033 80 H 0.108 0.187 0.183 0.041 0.232 0.011 0.022 0.060 0.038 0.064 0.054 81 H 0.048 0.101 0.052 0.028 0.122 0.047 0.110 0.228 0.162 0.084 0.018 82 H 0.055 0.070 0.032 0.026 0.084 0.036 0.075 0.108 0.110 0.345 0.060 83 H 0.128 0.144 0.101 0.033 0.238 0.014 0.018 0.060 0.047 0.120 0.096 84 H 0.040 0.111 0.056 0.027 0.085 0.029 0.049 0.255 0.192 0.121 0.035 85 H 0.084 0.120 0.065 0.021 0.147 0.019 0.044 0.157 0.114 0.177 0.050