# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.108 0.124 0.056 0.003 0.077 0.080 0.415 0.004 0.002 0.003 0.008 0.006 0.009 0.003 0.013 0.008 0.007 0.016 0.011 0.017 0.016 2 I 0.009 0.122 0.172 0.154 0.002 0.055 0.050 0.355 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.002 0.007 0.004 0.003 0.012 0.006 0.012 0.015 3 S 0.017 0.077 0.148 0.092 0.006 0.118 0.055 0.444 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.003 0.008 0.004 4 N 0.013 0.013 0.145 0.014 0.003 0.348 0.053 0.397 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 5 A 0.002 0.005 0.024 0.007 0.001 0.037 0.031 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.004 0.008 0.015 0.007 0.001 0.062 0.020 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.001 0.004 0.019 0.005 0.001 0.060 0.006 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.008 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.008 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.010 0.019 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.009 0.031 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.009 0.028 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.002 0.002 0.048 0.001 0.001 0.013 0.055 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.002 0.005 0.077 0.009 0.001 0.016 0.075 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 17 A 0.008 0.024 0.135 0.044 0.001 0.020 0.072 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 18 K 0.019 0.065 0.336 0.054 0.002 0.025 0.084 0.375 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.007 0.002 0.003 0.007 19 A 0.020 0.079 0.409 0.119 0.002 0.017 0.219 0.087 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.006 0.004 0.001 0.004 0.004 20 G 0.228 0.032 0.170 0.050 0.020 0.029 0.367 0.050 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.015 0.002 0.004 0.004 21 V 0.250 0.109 0.064 0.046 0.006 0.066 0.240 0.063 0.001 0.002 0.008 0.006 0.004 0.005 0.020 0.005 0.002 0.009 0.069 0.002 0.003 0.018 22 I 0.011 0.365 0.120 0.176 0.001 0.044 0.024 0.034 0.004 0.002 0.004 0.025 0.008 0.013 0.002 0.016 0.009 0.001 0.086 0.010 0.014 0.030 23 T 0.003 0.504 0.008 0.389 0.005 0.030 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.003 0.004 24 E 0.001 0.002 0.029 0.004 0.001 0.943 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.004 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.008 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.007 0.023 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.011 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 F 0.001 0.003 0.032 0.005 0.001 0.018 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.002 0.004 0.046 0.003 0.001 0.041 0.019 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.002 0.028 0.002 0.001 0.013 0.055 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.002 0.007 0.028 0.006 0.001 0.021 0.048 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.002 0.007 0.051 0.016 0.001 0.022 0.009 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.003 0.007 0.077 0.005 0.001 0.022 0.050 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 47 N 0.002 0.008 0.059 0.007 0.001 0.012 0.095 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 48 T 0.013 0.038 0.199 0.037 0.001 0.036 0.074 0.558 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 49 L 0.011 0.205 0.257 0.113 0.001 0.022 0.054 0.221 0.005 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 0.015 0.029 0.005 0.014 0.005 0.015 0.012 50 K 0.038 0.043 0.266 0.059 0.011 0.017 0.176 0.157 0.008 0.004 0.004 0.008 0.010 0.010 0.003 0.029 0.078 0.005 0.023 0.008 0.022 0.020 51 S 0.017 0.060 0.096 0.033 0.003 0.011 0.254 0.064 0.017 0.009 0.017 0.033 0.026 0.020 0.011 0.053 0.114 0.002 0.037 0.037 0.035 0.052 52 V 0.005 0.078 0.038 0.040 0.001 0.007 0.009 0.008 0.011 0.022 0.031 0.011 0.017 0.019 0.021 0.026 0.584 0.004 0.011 0.008 0.021 0.029 53 K 0.011 0.093 0.033 0.039 0.004 0.004 0.012 0.009 0.040 0.034 0.031 0.094 0.054 0.033 0.031 0.110 0.071 0.016 0.023 0.078 0.103 0.077 54 I 0.002 0.060 0.007 0.024 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.016 0.019 0.004 0.012 0.009 0.096 0.019 0.008 0.640 0.003 0.004 0.010 0.050 55 I 0.005 0.107 0.043 0.038 0.007 0.006 0.012 0.002 0.029 0.025 0.036 0.189 0.049 0.056 0.007 0.073 0.036 0.046 0.006 0.084 0.068 0.077 56 D 0.001 0.393 0.002 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.443 0.001 0.001 0.004 0.004 57 P 0.002 0.002 0.822 0.019 0.010 0.109 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 58 E 0.011 0.006 0.025 0.006 0.001 0.001 0.926 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.590 0.024 0.022 0.012 0.042 0.045 0.226 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.010 0.001 0.004 0.002 60 N 0.063 0.116 0.232 0.135 0.014 0.024 0.059 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.283 0.002 0.006 0.018 61 D 0.128 0.180 0.074 0.093 0.009 0.022 0.111 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.010 0.008 0.002 0.007 0.226 0.002 0.005 0.079 62 V 0.024 0.215 0.119 0.068 0.003 0.024 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.004 0.001 0.419 0.007 0.013 0.038 63 T 0.002 0.344 0.007 0.471 0.010 0.009 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.128 0.005 0.004 0.002 64 P 0.001 0.001 0.039 0.011 0.003 0.923 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.018 0.040 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 K 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.015 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 67 L 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.007 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.001 0.004 0.026 0.004 0.001 0.012 0.017 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 69 R 0.001 0.002 0.022 0.004 0.001 0.006 0.016 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 70 E 0.001 0.006 0.057 0.013 0.001 0.011 0.024 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 71 Q 0.007 0.019 0.103 0.020 0.001 0.015 0.035 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 72 R 0.012 0.030 0.230 0.028 0.001 0.017 0.072 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.004 0.004 0.011 73 N 0.035 0.041 0.301 0.041 0.004 0.023 0.218 0.293 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.007 0.004 0.005 0.007 74 N 0.186 0.039 0.208 0.034 0.009 0.057 0.276 0.146 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.016 0.002 0.003 0.007 75 K 0.138 0.085 0.160 0.039 0.011 0.059 0.165 0.173 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.007 0.007 0.004 0.109 0.004 0.006 0.015 76 L 0.022 0.136 0.164 0.145 0.004 0.043 0.069 0.173 0.002 0.001 0.003 0.005 0.004 0.004 0.003 0.009 0.021 0.005 0.131 0.006 0.007 0.042 77 H 0.027 0.206 0.146 0.133 0.008 0.042 0.079 0.136 0.003 0.001 0.003 0.010 0.006 0.006 0.003 0.012 0.021 0.011 0.071 0.010 0.016 0.051 78 L 0.017 0.140 0.222 0.129 0.007 0.065 0.071 0.126 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.004 0.004 0.012 0.015 0.023 0.083 0.012 0.015 0.037 79 E 0.019 0.083 0.248 0.103 0.008 0.032 0.150 0.176 0.003 0.001 0.003 0.010 0.005 0.004 0.002 0.013 0.020 0.016 0.024 0.027 0.014 0.038 80 H 0.038 0.157 0.162 0.099 0.009 0.038 0.184 0.133 0.003 0.001 0.003 0.008 0.003 0.004 0.005 0.011 0.011 0.031 0.019 0.028 0.016 0.035 81 H 0.032 0.121 0.340 0.114 0.008 0.049 0.100 0.095 0.003 0.001 0.004 0.007 0.004 0.005 0.003 0.012 0.011 0.015 0.022 0.015 0.014 0.024 82 H 0.048 0.124 0.245 0.113 0.015 0.024 0.200 0.083 0.003 0.001 0.004 0.009 0.003 0.005 0.003 0.011 0.008 0.015 0.027 0.017 0.016 0.028 83 H 0.061 0.171 0.226 0.131 0.015 0.045 0.159 0.048 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.005 0.004 0.012 0.008 0.012 0.037 0.010 0.016 0.021 84 H 0.054 0.162 0.274 0.149 0.019 0.044 0.129 0.033 0.003 0.001 0.003 0.008 0.004 0.006 0.003 0.012 0.007 0.005 0.044 0.010 0.013 0.020 85 H 0.031 0.229 0.169 0.203 0.021 0.048 0.091 0.040 0.004 0.002 0.004 0.008 0.004 0.006 0.003 0.013 0.009 0.008 0.060 0.013 0.017 0.017