# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.324 0.016 0.018 0.026 0.099 0.085 0.393 2 I 0.066 0.638 0.009 0.013 0.012 0.034 0.080 0.148 3 S 0.021 0.853 0.001 0.001 0.002 0.008 0.052 0.061 4 N 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.027 5 A 0.003 0.933 0.003 0.002 0.001 0.006 0.032 0.021 6 K 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 7 I 0.012 0.313 0.001 0.001 0.001 0.003 0.664 0.006 8 A 0.001 0.754 0.003 0.001 0.001 0.002 0.231 0.009 9 R 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.009 10 I 0.003 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 11 N 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 12 E 0.008 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 13 L 0.012 0.962 0.008 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 14 A 0.080 0.798 0.032 0.001 0.001 0.006 0.051 0.032 15 A 0.124 0.569 0.055 0.001 0.001 0.016 0.080 0.155 16 K 0.161 0.300 0.087 0.001 0.001 0.029 0.098 0.323 17 A 0.199 0.054 0.035 0.002 0.002 0.052 0.115 0.542 18 K 0.203 0.019 0.007 0.002 0.002 0.043 0.028 0.698 19 A 0.029 0.003 0.005 0.001 0.002 0.059 0.026 0.874 20 G 0.012 0.012 0.025 0.005 0.009 0.163 0.029 0.746 21 V 0.011 0.019 0.019 0.010 0.016 0.158 0.011 0.755 22 I 0.008 0.025 0.017 0.008 0.005 0.096 0.010 0.831 23 T 0.061 0.853 0.004 0.002 0.002 0.010 0.032 0.036 24 E 0.029 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.019 25 E 0.012 0.927 0.003 0.001 0.001 0.006 0.015 0.034 26 E 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.011 27 K 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 28 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 29 E 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 30 Q 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 31 Q 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 32 K 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.015 33 L 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.007 34 R 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 35 Q 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 36 E 0.009 0.868 0.005 0.001 0.001 0.007 0.078 0.030 37 Y 0.015 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.013 38 L 0.023 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.021 39 K 0.012 0.703 0.008 0.001 0.001 0.015 0.155 0.104 40 G 0.009 0.263 0.009 0.001 0.001 0.018 0.652 0.048 41 F 0.016 0.856 0.005 0.001 0.001 0.007 0.094 0.022 42 R 0.041 0.864 0.005 0.001 0.001 0.008 0.023 0.058 43 S 0.021 0.376 0.011 0.003 0.003 0.050 0.197 0.339 44 S 0.014 0.272 0.019 0.003 0.003 0.052 0.528 0.108 45 M 0.043 0.652 0.007 0.003 0.002 0.021 0.181 0.091 46 K 0.094 0.507 0.015 0.005 0.009 0.044 0.079 0.245 47 N 0.027 0.139 0.064 0.023 0.030 0.103 0.239 0.376 48 T 0.065 0.133 0.074 0.026 0.039 0.097 0.287 0.280 49 L 0.155 0.060 0.080 0.026 0.031 0.090 0.138 0.420 50 K 0.025 0.017 0.061 0.037 0.054 0.149 0.051 0.606 51 S 0.023 0.009 0.071 0.024 0.068 0.110 0.040 0.655 52 V 0.014 0.008 0.120 0.119 0.196 0.108 0.047 0.388 53 K 0.017 0.007 0.213 0.172 0.204 0.067 0.030 0.290 54 I 0.003 0.003 0.164 0.196 0.198 0.067 0.049 0.321 55 I 0.006 0.002 0.242 0.087 0.063 0.069 0.036 0.494 56 D 0.906 0.003 0.016 0.007 0.005 0.009 0.033 0.022 57 P 0.257 0.004 0.014 0.006 0.007 0.083 0.042 0.587 58 E 0.011 0.001 0.006 0.002 0.010 0.070 0.005 0.894 59 G 0.017 0.002 0.014 0.011 0.038 0.113 0.041 0.764 60 N 0.012 0.010 0.035 0.113 0.090 0.146 0.057 0.537 61 D 0.011 0.022 0.036 0.035 0.056 0.096 0.018 0.726 62 V 0.011 0.046 0.040 0.060 0.035 0.080 0.017 0.711 63 T 0.072 0.803 0.013 0.006 0.005 0.011 0.026 0.064 64 P 0.062 0.904 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 0.014 65 E 0.020 0.905 0.009 0.003 0.002 0.006 0.011 0.043 66 K 0.031 0.926 0.003 0.001 0.001 0.004 0.010 0.025 67 L 0.055 0.852 0.006 0.001 0.002 0.010 0.033 0.040 68 K 0.036 0.823 0.003 0.002 0.002 0.010 0.046 0.079 69 R 0.057 0.415 0.006 0.002 0.003 0.021 0.289 0.207 70 E 0.029 0.286 0.009 0.006 0.005 0.045 0.450 0.170 71 Q 0.092 0.431 0.010 0.007 0.007 0.044 0.121 0.288 72 R 0.144 0.302 0.006 0.004 0.006 0.054 0.029 0.455 73 N 0.066 0.229 0.012 0.007 0.008 0.077 0.056 0.544 74 N 0.067 0.333 0.012 0.008 0.010 0.079 0.041 0.451 75 K 0.088 0.278 0.021 0.014 0.013 0.092 0.042 0.452 76 L 0.066 0.180 0.038 0.020 0.018 0.108 0.077 0.494 77 H 0.173 0.261 0.029 0.014 0.018 0.069 0.106 0.330 78 L 0.167 0.177 0.028 0.017 0.019 0.068 0.103 0.421 79 E 0.064 0.072 0.025 0.021 0.026 0.092 0.056 0.643 80 H 0.126 0.048 0.019 0.021 0.028 0.100 0.071 0.586 81 H 0.095 0.021 0.017 0.019 0.025 0.123 0.055 0.645 82 H 0.126 0.011 0.012 0.013 0.021 0.095 0.043 0.679 83 H 0.097 0.009 0.007 0.012 0.017 0.097 0.041 0.719 84 H 0.028 0.007 0.011 0.014 0.026 0.121 0.029 0.764 85 H 0.033 0.008 0.018 0.024 0.050 0.109 0.039 0.718