# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.060 0.031 0.009 0.044 0.014 0.065 0.585 0.114 0.042 0.012 2 I 0.054 0.092 0.044 0.015 0.065 0.020 0.037 0.432 0.103 0.089 0.049 3 S 0.021 0.186 0.111 0.030 0.079 0.029 0.038 0.402 0.064 0.032 0.009 4 N 0.018 0.029 0.014 0.010 0.025 0.009 0.015 0.656 0.110 0.089 0.026 5 A 0.011 0.027 0.011 0.004 0.020 0.007 0.020 0.753 0.079 0.056 0.012 6 K 0.005 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.005 0.923 0.028 0.009 0.002 7 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.945 0.041 0.005 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.026 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.021 0.005 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.030 0.004 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.018 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.024 0.003 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.050 0.005 0.001 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.901 0.073 0.014 0.001 16 K 0.001 0.008 0.003 0.002 0.005 0.004 0.034 0.852 0.076 0.013 0.001 17 A 0.013 0.036 0.022 0.004 0.019 0.006 0.043 0.708 0.105 0.036 0.007 18 K 0.017 0.011 0.010 0.012 0.011 0.022 0.082 0.587 0.152 0.077 0.019 19 A 0.022 0.153 0.031 0.035 0.053 0.039 0.110 0.289 0.182 0.071 0.016 20 G 0.030 0.120 0.057 0.028 0.070 0.031 0.040 0.162 0.181 0.237 0.045 21 V 0.040 0.112 0.039 0.004 0.064 0.006 0.037 0.158 0.156 0.356 0.028 22 I 0.173 0.272 0.055 0.005 0.304 0.003 0.006 0.033 0.016 0.055 0.080 23 T 0.001 0.554 0.406 0.007 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.161 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.028 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.041 0.027 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.007 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.027 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.963 0.015 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.040 0.017 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.069 0.004 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.942 0.038 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.925 0.042 0.014 0.001 41 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.848 0.096 0.042 0.002 42 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.903 0.075 0.006 0.001 43 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.925 0.049 0.003 0.001 44 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.931 0.038 0.014 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.847 0.120 0.026 0.001 46 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.814 0.166 0.004 0.001 47 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.030 0.793 0.135 0.028 0.002 48 T 0.002 0.007 0.004 0.002 0.004 0.008 0.098 0.620 0.174 0.079 0.001 49 L 0.233 0.041 0.008 0.002 0.115 0.003 0.010 0.192 0.154 0.142 0.099 50 K 0.004 0.034 0.012 0.023 0.014 0.136 0.210 0.372 0.157 0.035 0.003 51 S 0.162 0.081 0.015 0.001 0.211 0.001 0.008 0.046 0.062 0.334 0.079 52 V 0.436 0.080 0.011 0.001 0.391 0.001 0.001 0.010 0.017 0.014 0.038 53 K 0.047 0.403 0.051 0.005 0.441 0.006 0.007 0.019 0.011 0.004 0.005 54 I 0.324 0.132 0.008 0.001 0.491 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.035 55 I 0.034 0.408 0.056 0.020 0.417 0.020 0.011 0.012 0.004 0.009 0.008 56 D 0.108 0.177 0.363 0.004 0.322 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.011 57 P 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.021 0.823 0.138 0.003 0.001 58 E 0.001 0.650 0.193 0.023 0.019 0.011 0.064 0.027 0.006 0.005 0.001 59 G 0.051 0.288 0.116 0.032 0.069 0.004 0.002 0.002 0.003 0.173 0.263 60 N 0.053 0.121 0.097 0.028 0.076 0.035 0.034 0.091 0.115 0.201 0.150 61 D 0.159 0.193 0.065 0.006 0.280 0.007 0.019 0.034 0.057 0.113 0.068 62 V 0.136 0.321 0.145 0.010 0.266 0.004 0.006 0.011 0.015 0.044 0.042 63 T 0.010 0.571 0.351 0.004 0.049 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.003 64 P 0.004 0.019 0.009 0.001 0.012 0.001 0.002 0.717 0.226 0.007 0.002 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.083 0.003 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.043 0.011 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.043 0.009 0.001 68 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.921 0.062 0.008 0.001 69 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.933 0.040 0.008 0.001 70 E 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.020 0.906 0.044 0.010 0.001 71 Q 0.007 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.016 0.865 0.066 0.024 0.004 72 R 0.009 0.019 0.009 0.005 0.010 0.011 0.034 0.804 0.075 0.020 0.005 73 N 0.017 0.031 0.015 0.012 0.027 0.017 0.048 0.680 0.076 0.062 0.015 74 N 0.046 0.179 0.058 0.019 0.109 0.018 0.034 0.369 0.070 0.073 0.027 75 K 0.064 0.036 0.014 0.009 0.056 0.012 0.031 0.518 0.103 0.109 0.048 76 L 0.057 0.088 0.030 0.010 0.087 0.015 0.042 0.495 0.099 0.052 0.025 77 H 0.069 0.098 0.044 0.018 0.105 0.014 0.026 0.428 0.093 0.071 0.036 78 L 0.060 0.058 0.019 0.009 0.075 0.012 0.027 0.481 0.173 0.061 0.024 79 E 0.042 0.067 0.035 0.016 0.065 0.026 0.079 0.446 0.141 0.062 0.022 80 H 0.082 0.083 0.047 0.015 0.115 0.013 0.040 0.287 0.126 0.144 0.048 81 H 0.075 0.091 0.031 0.014 0.095 0.022 0.057 0.320 0.163 0.093 0.039 82 H 0.072 0.079 0.035 0.022 0.091 0.031 0.059 0.192 0.143 0.211 0.064 83 H 0.113 0.137 0.058 0.021 0.193 0.016 0.036 0.135 0.099 0.134 0.059 84 H 0.064 0.097 0.054 0.026 0.093 0.026 0.056 0.209 0.166 0.158 0.052 85 H 0.078 0.157 0.087 0.031 0.139 0.022 0.053 0.169 0.097 0.119 0.049