# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.690 0.193 0.072 0.033 0.010 0.002 0.001 2 I 0.476 0.223 0.166 0.097 0.031 0.006 0.001 3 S 0.802 0.150 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 4 N 0.757 0.179 0.047 0.014 0.002 0.001 0.001 5 A 0.710 0.215 0.056 0.016 0.003 0.001 0.001 6 K 0.232 0.283 0.246 0.172 0.059 0.009 0.001 7 I 0.104 0.111 0.168 0.281 0.252 0.081 0.003 8 A 0.374 0.379 0.176 0.060 0.009 0.001 0.001 9 R 0.315 0.285 0.217 0.128 0.043 0.011 0.001 10 I 0.130 0.087 0.099 0.173 0.247 0.248 0.017 11 N 0.238 0.163 0.189 0.185 0.141 0.076 0.009 12 E 0.276 0.313 0.214 0.122 0.050 0.023 0.003 13 L 0.262 0.167 0.168 0.182 0.135 0.078 0.008 14 A 0.347 0.188 0.186 0.156 0.086 0.035 0.002 15 A 0.589 0.283 0.090 0.029 0.007 0.002 0.001 16 K 0.681 0.213 0.076 0.025 0.004 0.001 0.001 17 A 0.766 0.159 0.051 0.020 0.004 0.001 0.001 18 K 0.788 0.156 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 19 A 0.942 0.047 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 20 G 0.866 0.106 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 21 V 0.797 0.146 0.044 0.011 0.002 0.001 0.001 22 I 0.729 0.144 0.077 0.039 0.011 0.001 0.001 23 T 0.780 0.162 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 24 E 0.941 0.050 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.863 0.106 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 26 E 0.655 0.191 0.099 0.047 0.008 0.001 0.001 27 K 0.721 0.226 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 28 A 0.924 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.402 0.241 0.200 0.129 0.026 0.002 0.001 30 Q 0.139 0.147 0.260 0.321 0.118 0.014 0.001 31 Q 0.389 0.431 0.154 0.024 0.002 0.001 0.001 32 K 0.528 0.366 0.085 0.018 0.003 0.001 0.001 33 L 0.061 0.096 0.186 0.353 0.250 0.052 0.001 34 R 0.024 0.066 0.195 0.367 0.268 0.078 0.002 35 Q 0.252 0.534 0.187 0.025 0.002 0.001 0.001 36 E 0.303 0.425 0.206 0.059 0.007 0.001 0.001 37 Y 0.046 0.052 0.081 0.289 0.423 0.109 0.001 38 L 0.041 0.105 0.247 0.340 0.226 0.039 0.001 39 K 0.433 0.474 0.082 0.010 0.001 0.001 0.001 40 G 0.225 0.293 0.312 0.147 0.022 0.002 0.001 41 F 0.145 0.128 0.158 0.282 0.234 0.051 0.001 42 R 0.219 0.322 0.286 0.121 0.042 0.010 0.001 43 S 0.713 0.226 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 44 S 0.305 0.331 0.235 0.106 0.020 0.003 0.001 45 M 0.130 0.143 0.213 0.318 0.166 0.030 0.001 46 K 0.283 0.357 0.236 0.094 0.024 0.005 0.001 47 N 0.567 0.322 0.078 0.025 0.006 0.001 0.001 48 T 0.172 0.274 0.300 0.195 0.051 0.008 0.001 49 L 0.071 0.083 0.139 0.316 0.322 0.067 0.002 50 K 0.340 0.421 0.178 0.050 0.009 0.001 0.001 51 S 0.259 0.388 0.217 0.104 0.026 0.005 0.001 52 V 0.041 0.064 0.144 0.314 0.317 0.115 0.005 53 K 0.180 0.317 0.276 0.165 0.052 0.010 0.001 54 I 0.128 0.183 0.224 0.253 0.157 0.052 0.003 55 I 0.097 0.199 0.269 0.284 0.126 0.024 0.001 56 D 0.312 0.338 0.218 0.105 0.023 0.003 0.001 57 P 0.694 0.217 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 58 E 0.868 0.105 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 59 G 0.696 0.192 0.076 0.029 0.006 0.001 0.001 60 N 0.472 0.336 0.144 0.041 0.006 0.001 0.001 61 D 0.415 0.296 0.174 0.086 0.026 0.003 0.001 62 V 0.181 0.151 0.227 0.254 0.145 0.041 0.002 63 T 0.435 0.287 0.157 0.081 0.031 0.008 0.001 64 P 0.396 0.255 0.182 0.113 0.045 0.009 0.001 65 E 0.687 0.231 0.057 0.019 0.005 0.001 0.001 66 K 0.200 0.328 0.299 0.138 0.030 0.004 0.001 67 L 0.160 0.141 0.195 0.270 0.181 0.050 0.002 68 K 0.269 0.353 0.249 0.103 0.023 0.003 0.001 69 R 0.665 0.222 0.074 0.030 0.009 0.002 0.001 70 E 0.490 0.297 0.142 0.057 0.013 0.002 0.001 71 Q 0.504 0.257 0.144 0.075 0.018 0.002 0.001 72 R 0.583 0.257 0.115 0.038 0.007 0.001 0.001 73 N 0.833 0.128 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 74 N 0.622 0.226 0.107 0.037 0.007 0.001 0.001 75 K 0.762 0.169 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 76 L 0.531 0.234 0.146 0.070 0.017 0.002 0.001 77 H 0.554 0.244 0.134 0.055 0.012 0.001 0.001 78 L 0.676 0.200 0.083 0.032 0.008 0.001 0.001 79 E 0.789 0.147 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 80 H 0.735 0.176 0.061 0.023 0.005 0.001 0.001 81 H 0.629 0.206 0.104 0.048 0.011 0.002 0.001 82 H 0.752 0.166 0.055 0.021 0.005 0.001 0.001 83 H 0.742 0.169 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 84 H 0.815 0.128 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001 85 H 0.811 0.134 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001