# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.010 0.043 0.053 0.054 0.007 0.060 0.297 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.037 0.019 0.119 0.063 0.109 0.106 0.001 2 I 0.005 0.005 0.024 0.027 0.051 0.009 0.056 0.392 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.016 0.153 0.047 0.070 0.103 0.001 3 S 0.004 0.003 0.016 0.023 0.060 0.009 0.087 0.366 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.018 0.153 0.026 0.103 0.101 0.001 4 N 0.002 0.001 0.011 0.011 0.021 0.005 0.063 0.467 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.278 0.033 0.034 0.027 0.001 5 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.008 0.059 0.764 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.094 0.010 0.018 0.015 0.001 6 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.007 0.043 0.810 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.062 0.020 0.010 0.014 0.001 7 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.003 0.022 0.807 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.099 0.012 0.007 0.012 0.001 8 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.019 0.903 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.002 0.003 0.004 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.029 0.918 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.006 0.002 0.003 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 0.852 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.089 0.006 0.005 0.004 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.928 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.004 0.004 0.003 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.016 0.918 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.002 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.007 0.026 0.872 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.044 0.004 0.004 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.020 0.886 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.037 0.006 0.007 0.005 0.001 15 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.014 0.035 0.834 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.043 0.008 0.008 0.006 0.001 16 K 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.042 0.747 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.096 0.011 0.010 0.007 0.001 17 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.020 0.031 0.824 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.061 0.007 0.009 0.010 0.001 18 K 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.023 0.079 0.284 0.214 0.106 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.174 0.038 0.018 0.025 0.001 19 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.012 0.406 0.027 0.022 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.180 0.016 0.066 0.191 0.001 20 G 0.001 0.001 0.011 0.005 0.013 0.036 0.395 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.091 0.273 0.064 0.071 0.001 21 V 0.001 0.001 0.015 0.012 0.037 0.008 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.086 0.081 0.177 0.331 0.159 0.001 22 I 0.001 0.001 0.026 0.023 0.008 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.007 0.041 0.020 0.212 0.586 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.004 0.166 0.800 0.001 24 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.933 0.016 0.008 0.012 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.066 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.942 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.003 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.009 0.005 0.003 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.841 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.115 0.003 0.004 0.002 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.113 0.668 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.005 0.003 0.005 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.108 0.758 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.080 0.020 0.005 0.012 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.757 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.099 0.072 0.020 0.010 0.001 46 K 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.020 0.797 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.126 0.003 0.007 0.004 0.001 47 N 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.056 0.178 0.609 0.023 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.061 0.011 0.005 0.010 0.001 48 T 0.002 0.003 0.007 0.019 0.021 0.013 0.166 0.314 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.007 0.300 0.042 0.023 0.027 0.001 49 L 0.013 0.008 0.024 0.033 0.067 0.006 0.116 0.122 0.038 0.013 0.003 0.004 0.004 0.009 0.023 0.021 0.115 0.114 0.188 0.076 0.002 50 K 0.017 0.013 0.070 0.051 0.045 0.038 0.151 0.075 0.019 0.005 0.002 0.003 0.006 0.020 0.081 0.021 0.256 0.028 0.026 0.074 0.002 51 S 0.019 0.032 0.023 0.098 0.070 0.010 0.191 0.010 0.021 0.016 0.008 0.013 0.033 0.096 0.082 0.040 0.052 0.047 0.071 0.051 0.017 52 V 0.016 0.030 0.026 0.031 0.158 0.001 0.032 0.005 0.002 0.001 0.022 0.022 0.023 0.039 0.064 0.111 0.015 0.033 0.252 0.089 0.027 53 K 0.057 0.039 0.334 0.091 0.066 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.019 0.015 0.039 0.041 0.126 0.023 0.017 0.029 0.027 0.040 0.022 54 I 0.056 0.052 0.031 0.058 0.292 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.020 0.028 0.061 0.048 0.213 0.008 0.008 0.032 0.020 0.049 55 I 0.066 0.069 0.047 0.079 0.108 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.128 0.111 0.266 0.026 0.011 0.007 0.023 0.011 0.014 56 D 0.026 0.024 0.073 0.224 0.069 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.030 0.025 0.016 0.042 0.076 0.063 0.007 0.017 0.170 0.114 0.019 57 P 0.003 0.001 0.008 0.004 0.125 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.041 0.727 0.007 0.009 0.021 0.001 58 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.024 0.008 0.005 0.017 0.001 59 G 0.002 0.002 0.026 0.010 0.028 0.003 0.247 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.048 0.451 0.062 0.085 0.001 60 N 0.005 0.005 0.172 0.033 0.063 0.007 0.030 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.039 0.062 0.154 0.064 0.110 0.231 0.002 61 D 0.012 0.017 0.045 0.039 0.269 0.007 0.054 0.012 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.005 0.061 0.053 0.143 0.047 0.116 0.102 0.002 62 V 0.007 0.007 0.098 0.097 0.050 0.001 0.049 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.212 0.021 0.097 0.059 0.051 0.224 0.001 63 T 0.001 0.001 0.008 0.011 0.047 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.007 0.010 0.257 0.619 0.001 64 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.942 0.019 0.003 0.005 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.359 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 66 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.165 0.747 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.021 0.024 0.007 0.010 0.001 67 L 0.001 0.002 0.004 0.009 0.021 0.001 0.022 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.072 0.026 0.049 0.021 0.001 68 K 0.002 0.002 0.013 0.015 0.005 0.002 0.019 0.825 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.068 0.005 0.018 0.013 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.004 0.035 0.803 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.097 0.005 0.004 0.009 0.001 70 E 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.002 0.031 0.848 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.070 0.005 0.006 0.008 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.005 0.046 0.838 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.044 0.019 0.011 0.009 0.001 72 R 0.002 0.001 0.009 0.012 0.015 0.010 0.109 0.624 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.129 0.016 0.018 0.015 0.001 73 N 0.002 0.002 0.008 0.019 0.029 0.011 0.239 0.296 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.200 0.039 0.037 0.051 0.001 74 N 0.001 0.001 0.009 0.018 0.033 0.010 0.259 0.229 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.142 0.089 0.081 0.094 0.001 75 K 0.001 0.002 0.022 0.020 0.037 0.010 0.117 0.221 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.014 0.133 0.184 0.111 0.094 0.001 76 L 0.002 0.003 0.025 0.026 0.061 0.008 0.078 0.214 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.028 0.148 0.058 0.143 0.169 0.001 77 H 0.002 0.004 0.037 0.037 0.059 0.010 0.069 0.263 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.019 0.114 0.061 0.138 0.133 0.001 78 L 0.003 0.003 0.032 0.035 0.072 0.009 0.061 0.209 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.039 0.026 0.262 0.047 0.100 0.082 0.001 79 E 0.003 0.004 0.031 0.036 0.050 0.017 0.164 0.266 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.042 0.017 0.177 0.032 0.064 0.080 0.001 80 H 0.002 0.003 0.019 0.029 0.068 0.012 0.173 0.196 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.027 0.152 0.087 0.092 0.098 0.001 81 H 0.002 0.002 0.034 0.028 0.047 0.009 0.105 0.137 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.019 0.261 0.079 0.101 0.123 0.001 82 H 0.001 0.002 0.024 0.024 0.046 0.016 0.220 0.114 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 0.196 0.073 0.084 0.143 0.001 83 H 0.001 0.002 0.027 0.028 0.047 0.011 0.188 0.061 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.023 0.164 0.106 0.129 0.175 0.001 84 H 0.001 0.002 0.032 0.025 0.057 0.007 0.150 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.025 0.205 0.092 0.120 0.203 0.001 85 H 0.002 0.004 0.048 0.036 0.073 0.008 0.146 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 0.032 0.116 0.112 0.139 0.191 0.001