# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.184 0.075 0.071 0.087 0.069 0.080 0.118 0.100 0.098 0.069 0.050 2 I 0.077 0.103 0.059 0.093 0.111 0.126 0.170 0.094 0.074 0.057 0.036 3 S 0.090 0.246 0.145 0.200 0.117 0.076 0.067 0.031 0.017 0.008 0.003 4 N 0.442 0.163 0.104 0.149 0.091 0.034 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 5 A 0.505 0.151 0.177 0.105 0.036 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.014 0.033 0.121 0.147 0.110 0.168 0.238 0.095 0.049 0.020 0.006 7 I 0.005 0.005 0.077 0.026 0.038 0.091 0.322 0.209 0.131 0.069 0.026 8 A 0.009 0.037 0.700 0.177 0.052 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.003 0.020 0.255 0.177 0.162 0.171 0.145 0.041 0.017 0.007 0.002 10 I 0.001 0.002 0.099 0.014 0.013 0.022 0.108 0.128 0.219 0.223 0.171 11 N 0.002 0.005 0.244 0.060 0.064 0.131 0.348 0.092 0.037 0.014 0.003 12 E 0.001 0.010 0.685 0.188 0.078 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 13 L 0.006 0.012 0.402 0.035 0.037 0.065 0.168 0.094 0.089 0.060 0.032 14 A 0.004 0.005 0.282 0.055 0.051 0.061 0.205 0.130 0.123 0.063 0.020 15 A 0.003 0.015 0.533 0.124 0.113 0.086 0.085 0.026 0.010 0.004 0.001 16 K 0.008 0.029 0.442 0.184 0.142 0.094 0.065 0.021 0.009 0.004 0.001 17 A 0.109 0.099 0.410 0.104 0.085 0.065 0.072 0.028 0.018 0.007 0.003 18 K 0.035 0.065 0.263 0.104 0.107 0.108 0.174 0.071 0.043 0.021 0.010 19 A 0.139 0.113 0.426 0.138 0.084 0.039 0.038 0.014 0.006 0.003 0.001 20 G 0.172 0.180 0.259 0.169 0.096 0.049 0.048 0.015 0.007 0.003 0.001 21 V 0.289 0.167 0.219 0.113 0.083 0.055 0.045 0.015 0.008 0.004 0.002 22 I 0.012 0.035 0.046 0.042 0.048 0.079 0.125 0.111 0.144 0.178 0.180 23 T 0.022 0.379 0.245 0.169 0.096 0.044 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 24 E 0.943 0.032 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.560 0.144 0.187 0.079 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.002 0.004 0.062 0.024 0.032 0.158 0.393 0.171 0.101 0.039 0.013 27 K 0.009 0.020 0.285 0.290 0.166 0.137 0.077 0.013 0.003 0.001 0.001 28 A 0.006 0.022 0.925 0.037 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.005 0.411 0.058 0.054 0.105 0.201 0.085 0.048 0.024 0.008 30 Q 0.001 0.001 0.148 0.014 0.024 0.064 0.350 0.176 0.117 0.074 0.032 31 Q 0.001 0.003 0.825 0.102 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.010 0.692 0.167 0.094 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.084 0.004 0.005 0.016 0.176 0.166 0.258 0.190 0.099 34 R 0.001 0.001 0.132 0.045 0.076 0.127 0.383 0.150 0.056 0.022 0.006 35 Q 0.001 0.005 0.850 0.096 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.012 0.029 0.443 0.139 0.149 0.136 0.079 0.010 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.078 0.009 0.009 0.016 0.142 0.166 0.288 0.204 0.084 38 L 0.001 0.002 0.068 0.039 0.076 0.139 0.342 0.173 0.082 0.052 0.024 39 K 0.004 0.019 0.841 0.108 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.051 0.070 0.272 0.107 0.157 0.167 0.144 0.024 0.007 0.002 0.001 41 F 0.005 0.016 0.059 0.027 0.018 0.030 0.121 0.152 0.227 0.209 0.138 42 R 0.008 0.028 0.112 0.094 0.165 0.219 0.269 0.066 0.025 0.009 0.003 43 S 0.142 0.076 0.684 0.077 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.058 0.074 0.195 0.181 0.186 0.169 0.112 0.017 0.005 0.002 0.001 45 M 0.007 0.007 0.056 0.017 0.014 0.027 0.127 0.154 0.228 0.213 0.150 46 K 0.010 0.021 0.206 0.230 0.232 0.175 0.096 0.021 0.006 0.002 0.001 47 N 0.019 0.031 0.765 0.121 0.041 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.004 0.014 0.109 0.074 0.120 0.208 0.298 0.095 0.046 0.022 0.009 49 L 0.001 0.003 0.048 0.013 0.016 0.027 0.163 0.178 0.227 0.190 0.135 50 K 0.014 0.041 0.429 0.272 0.158 0.055 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 51 S 0.045 0.147 0.426 0.207 0.106 0.046 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.002 0.008 0.006 0.010 0.018 0.079 0.127 0.253 0.267 0.229 53 K 0.056 0.198 0.135 0.250 0.190 0.092 0.059 0.011 0.004 0.002 0.001 54 I 0.012 0.030 0.049 0.076 0.093 0.085 0.163 0.140 0.158 0.123 0.072 55 I 0.014 0.040 0.040 0.107 0.145 0.164 0.215 0.104 0.082 0.050 0.039 56 D 0.035 0.087 0.036 0.149 0.195 0.153 0.188 0.079 0.048 0.019 0.011 57 P 0.454 0.162 0.063 0.133 0.076 0.050 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 58 E 0.657 0.196 0.049 0.067 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.260 0.143 0.046 0.137 0.120 0.095 0.098 0.048 0.031 0.015 0.007 60 N 0.172 0.238 0.059 0.193 0.137 0.093 0.061 0.024 0.013 0.007 0.004 61 D 0.124 0.162 0.098 0.228 0.163 0.112 0.079 0.020 0.010 0.003 0.001 62 V 0.003 0.003 0.002 0.008 0.021 0.048 0.144 0.208 0.223 0.211 0.128 63 T 0.024 0.589 0.105 0.170 0.065 0.023 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 64 P 0.102 0.068 0.035 0.167 0.226 0.182 0.137 0.049 0.023 0.008 0.002 65 E 0.908 0.062 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.018 0.056 0.094 0.282 0.189 0.166 0.146 0.034 0.011 0.003 0.001 67 L 0.005 0.004 0.010 0.011 0.018 0.044 0.144 0.201 0.222 0.215 0.126 68 K 0.006 0.034 0.296 0.220 0.178 0.149 0.083 0.021 0.008 0.003 0.001 69 R 0.019 0.043 0.721 0.153 0.043 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.028 0.027 0.094 0.092 0.108 0.164 0.283 0.105 0.056 0.027 0.014 71 Q 0.016 0.018 0.130 0.062 0.056 0.091 0.243 0.170 0.123 0.067 0.025 72 R 0.016 0.043 0.431 0.158 0.129 0.094 0.078 0.028 0.013 0.007 0.003 73 N 0.046 0.093 0.603 0.122 0.064 0.035 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 74 N 0.131 0.086 0.149 0.110 0.106 0.112 0.156 0.069 0.047 0.026 0.009 75 K 0.365 0.193 0.157 0.132 0.068 0.036 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 76 L 0.059 0.067 0.120 0.093 0.095 0.109 0.169 0.109 0.092 0.058 0.029 77 H 0.073 0.140 0.191 0.191 0.142 0.099 0.088 0.038 0.022 0.011 0.004 78 L 0.160 0.118 0.168 0.133 0.115 0.094 0.097 0.052 0.037 0.018 0.007 79 E 0.215 0.169 0.198 0.172 0.107 0.061 0.044 0.018 0.010 0.005 0.002 80 H 0.202 0.144 0.119 0.144 0.108 0.083 0.088 0.049 0.034 0.019 0.008 81 H 0.195 0.126 0.080 0.128 0.110 0.100 0.114 0.065 0.045 0.027 0.011 82 H 0.211 0.169 0.156 0.154 0.100 0.069 0.067 0.034 0.022 0.012 0.006 83 H 0.198 0.123 0.102 0.134 0.099 0.084 0.105 0.062 0.047 0.030 0.015 84 H 0.403 0.192 0.089 0.116 0.071 0.044 0.037 0.020 0.015 0.009 0.004 85 H 0.448 0.168 0.058 0.100 0.070 0.048 0.044 0.027 0.020 0.013 0.006