# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.029 0.059 0.031 0.052 0.082 0.009 0.672 2 I 0.100 0.057 0.063 0.050 0.097 0.183 0.009 0.441 3 S 0.071 0.073 0.035 0.028 0.073 0.168 0.009 0.543 4 N 0.059 0.085 0.016 0.009 0.026 0.076 0.007 0.722 5 A 0.087 0.117 0.011 0.006 0.008 0.257 0.010 0.503 6 K 0.154 0.262 0.007 0.004 0.005 0.187 0.015 0.365 7 I 0.039 0.780 0.015 0.004 0.007 0.023 0.004 0.127 8 A 0.005 0.872 0.007 0.002 0.004 0.019 0.001 0.091 9 R 0.020 0.870 0.004 0.001 0.002 0.019 0.004 0.080 10 I 0.008 0.972 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 11 N 0.003 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 12 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 13 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 14 A 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 15 A 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 K 0.027 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 17 A 0.049 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 18 K 0.096 0.780 0.039 0.003 0.004 0.004 0.040 0.035 19 A 0.063 0.753 0.053 0.005 0.008 0.009 0.017 0.092 20 G 0.290 0.260 0.066 0.009 0.011 0.023 0.089 0.252 21 V 0.320 0.059 0.144 0.008 0.005 0.030 0.047 0.387 22 I 0.085 0.052 0.471 0.011 0.011 0.072 0.009 0.289 23 T 0.035 0.020 0.046 0.011 0.026 0.458 0.007 0.396 24 E 0.009 0.014 0.008 0.002 0.010 0.017 0.001 0.939 25 E 0.005 0.011 0.003 0.001 0.002 0.394 0.001 0.585 26 E 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.954 0.001 0.033 27 K 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 28 A 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.048 29 E 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 30 Q 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 31 Q 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 34 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 Q 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 Y 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 38 L 0.006 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 39 K 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 40 G 0.016 0.932 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.040 41 F 0.031 0.905 0.004 0.001 0.002 0.004 0.008 0.046 42 R 0.009 0.918 0.009 0.002 0.003 0.006 0.004 0.049 43 S 0.010 0.896 0.004 0.002 0.002 0.008 0.004 0.075 44 S 0.057 0.807 0.005 0.002 0.002 0.014 0.018 0.096 45 M 0.089 0.813 0.006 0.002 0.002 0.007 0.015 0.067 46 K 0.019 0.844 0.029 0.004 0.006 0.022 0.009 0.067 47 N 0.034 0.786 0.008 0.007 0.007 0.027 0.016 0.115 48 T 0.190 0.583 0.015 0.006 0.008 0.022 0.031 0.145 49 L 0.077 0.718 0.041 0.014 0.017 0.026 0.018 0.088 50 K 0.064 0.477 0.088 0.066 0.049 0.058 0.043 0.155 51 S 0.110 0.191 0.054 0.056 0.067 0.044 0.047 0.431 52 V 0.150 0.065 0.121 0.097 0.150 0.072 0.024 0.320 53 K 0.026 0.031 0.189 0.357 0.151 0.050 0.009 0.186 54 I 0.007 0.009 0.115 0.146 0.184 0.026 0.004 0.509 55 I 0.015 0.008 0.213 0.203 0.341 0.037 0.004 0.179 56 D 0.009 0.012 0.083 0.238 0.263 0.051 0.003 0.340 57 P 0.002 0.001 0.008 0.007 0.016 0.014 0.001 0.953 58 E 0.006 0.001 0.005 0.004 0.009 0.822 0.006 0.146 59 G 0.680 0.005 0.006 0.005 0.003 0.039 0.039 0.223 60 N 0.219 0.023 0.070 0.015 0.017 0.413 0.013 0.231 61 D 0.064 0.011 0.035 0.030 0.055 0.157 0.013 0.635 62 V 0.311 0.017 0.050 0.037 0.118 0.150 0.008 0.309 63 T 0.025 0.008 0.008 0.036 0.064 0.446 0.002 0.411 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 E 0.001 0.004 0.001 0.004 0.018 0.669 0.001 0.302 66 K 0.104 0.013 0.001 0.001 0.001 0.740 0.003 0.138 67 L 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 68 K 0.006 0.943 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.037 69 R 0.023 0.883 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.074 70 E 0.032 0.935 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.022 71 Q 0.019 0.955 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 72 R 0.017 0.935 0.004 0.002 0.002 0.004 0.009 0.028 73 N 0.030 0.880 0.006 0.003 0.003 0.008 0.013 0.058 74 N 0.167 0.622 0.016 0.005 0.004 0.010 0.049 0.127 75 K 0.283 0.320 0.035 0.008 0.007 0.043 0.048 0.255 76 L 0.128 0.201 0.079 0.015 0.024 0.120 0.018 0.413 77 H 0.088 0.256 0.033 0.029 0.058 0.156 0.012 0.368 78 L 0.065 0.213 0.029 0.018 0.037 0.084 0.010 0.544 79 E 0.070 0.270 0.024 0.021 0.030 0.148 0.015 0.423 80 H 0.146 0.275 0.017 0.016 0.022 0.064 0.021 0.439 81 H 0.174 0.230 0.019 0.020 0.033 0.058 0.022 0.444 82 H 0.121 0.144 0.023 0.022 0.034 0.128 0.028 0.500 83 H 0.206 0.115 0.022 0.017 0.029 0.082 0.027 0.502 84 H 0.120 0.066 0.018 0.012 0.020 0.080 0.018 0.666 85 H 0.076 0.039 0.021 0.015 0.021 0.099 0.015 0.713