# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.507 0.271 0.127 0.068 0.022 0.005 0.001 2 I 0.242 0.202 0.227 0.215 0.096 0.017 0.001 3 S 0.686 0.226 0.065 0.019 0.004 0.001 0.001 4 N 0.836 0.132 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 5 A 0.688 0.210 0.076 0.021 0.004 0.001 0.001 6 K 0.280 0.312 0.233 0.132 0.038 0.005 0.001 7 I 0.187 0.134 0.211 0.272 0.167 0.029 0.001 8 A 0.706 0.231 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 9 R 0.555 0.200 0.139 0.082 0.020 0.004 0.001 10 I 0.442 0.114 0.102 0.161 0.135 0.045 0.001 11 N 0.538 0.201 0.140 0.081 0.031 0.008 0.001 12 E 0.801 0.141 0.037 0.015 0.004 0.001 0.001 13 L 0.612 0.175 0.117 0.063 0.027 0.006 0.001 14 A 0.709 0.117 0.085 0.058 0.026 0.004 0.001 15 A 0.731 0.208 0.046 0.012 0.003 0.001 0.001 16 K 0.802 0.152 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 17 A 0.934 0.047 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 18 K 0.863 0.109 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 19 A 0.887 0.089 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 20 G 0.919 0.066 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 21 V 0.737 0.213 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 22 I 0.431 0.182 0.172 0.164 0.047 0.003 0.001 23 T 0.543 0.279 0.125 0.040 0.010 0.001 0.001 24 E 0.893 0.093 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.826 0.132 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 26 E 0.363 0.244 0.202 0.145 0.042 0.003 0.001 27 K 0.486 0.362 0.120 0.028 0.004 0.001 0.001 28 A 0.862 0.123 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 29 E 0.323 0.227 0.231 0.167 0.048 0.004 0.001 30 Q 0.181 0.145 0.173 0.285 0.184 0.032 0.001 31 Q 0.445 0.367 0.154 0.032 0.003 0.001 0.001 32 K 0.554 0.293 0.114 0.032 0.006 0.001 0.001 33 L 0.143 0.125 0.147 0.217 0.253 0.110 0.004 34 R 0.049 0.078 0.156 0.351 0.289 0.074 0.002 35 Q 0.182 0.455 0.261 0.087 0.014 0.001 0.001 36 E 0.173 0.295 0.308 0.179 0.040 0.004 0.001 37 Y 0.057 0.063 0.072 0.170 0.373 0.257 0.008 38 L 0.035 0.082 0.195 0.406 0.242 0.039 0.001 39 K 0.254 0.538 0.158 0.043 0.006 0.001 0.001 40 G 0.111 0.163 0.317 0.322 0.081 0.007 0.001 41 F 0.074 0.059 0.077 0.226 0.377 0.180 0.006 42 R 0.148 0.300 0.324 0.175 0.047 0.005 0.001 43 S 0.575 0.341 0.063 0.016 0.004 0.001 0.001 44 S 0.166 0.296 0.308 0.186 0.039 0.005 0.001 45 M 0.057 0.073 0.127 0.321 0.325 0.095 0.003 46 K 0.293 0.361 0.234 0.087 0.022 0.003 0.001 47 N 0.459 0.381 0.108 0.040 0.011 0.002 0.001 48 T 0.102 0.212 0.301 0.258 0.107 0.020 0.001 49 L 0.045 0.056 0.137 0.354 0.331 0.075 0.002 50 K 0.385 0.417 0.156 0.036 0.006 0.001 0.001 51 S 0.248 0.335 0.245 0.131 0.035 0.006 0.001 52 V 0.030 0.044 0.106 0.277 0.387 0.150 0.006 53 K 0.135 0.295 0.281 0.192 0.078 0.018 0.001 54 I 0.086 0.157 0.200 0.266 0.209 0.077 0.005 55 I 0.049 0.164 0.264 0.289 0.183 0.050 0.002 56 D 0.175 0.312 0.277 0.173 0.055 0.008 0.001 57 P 0.619 0.262 0.085 0.027 0.007 0.001 0.001 58 E 0.777 0.171 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 59 G 0.663 0.198 0.087 0.041 0.010 0.001 0.001 60 N 0.465 0.299 0.147 0.068 0.018 0.003 0.001 61 D 0.442 0.304 0.158 0.072 0.021 0.003 0.001 62 V 0.172 0.201 0.250 0.242 0.110 0.023 0.001 63 T 0.341 0.373 0.180 0.078 0.023 0.005 0.001 64 P 0.329 0.257 0.213 0.144 0.051 0.007 0.001 65 E 0.588 0.306 0.081 0.020 0.004 0.001 0.001 66 K 0.124 0.329 0.337 0.170 0.035 0.005 0.001 67 L 0.075 0.095 0.159 0.324 0.277 0.069 0.002 68 K 0.266 0.347 0.262 0.101 0.022 0.002 0.001 69 R 0.564 0.277 0.106 0.042 0.010 0.001 0.001 70 E 0.480 0.306 0.156 0.047 0.009 0.001 0.001 71 Q 0.539 0.265 0.126 0.055 0.013 0.002 0.001 72 R 0.637 0.220 0.094 0.038 0.009 0.001 0.001 73 N 0.733 0.186 0.056 0.019 0.005 0.001 0.001 74 N 0.620 0.218 0.107 0.045 0.010 0.001 0.001 75 K 0.750 0.190 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001 76 L 0.523 0.228 0.147 0.079 0.021 0.002 0.001 77 H 0.513 0.256 0.144 0.069 0.017 0.002 0.001 78 L 0.738 0.177 0.058 0.022 0.005 0.001 0.001 79 E 0.792 0.152 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 80 H 0.663 0.203 0.085 0.038 0.009 0.001 0.001 81 H 0.587 0.235 0.110 0.053 0.014 0.002 0.001 82 H 0.716 0.189 0.063 0.025 0.006 0.001 0.001 83 H 0.738 0.172 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 84 H 0.794 0.138 0.045 0.018 0.005 0.001 0.001 85 H 0.800 0.139 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001