# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88122 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.076 0.077 0.088 0.070 0.082 0.124 0.102 0.095 0.066 0.045 2 I 0.079 0.110 0.068 0.104 0.117 0.125 0.153 0.088 0.069 0.054 0.033 3 S 0.101 0.241 0.161 0.179 0.104 0.075 0.069 0.035 0.021 0.010 0.004 4 N 0.449 0.149 0.113 0.149 0.084 0.035 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 5 A 0.495 0.152 0.199 0.097 0.033 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.016 0.033 0.155 0.136 0.093 0.155 0.239 0.097 0.049 0.021 0.007 7 I 0.005 0.006 0.119 0.038 0.054 0.125 0.332 0.170 0.090 0.045 0.015 8 A 0.010 0.033 0.754 0.136 0.041 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.002 0.017 0.258 0.233 0.190 0.156 0.100 0.028 0.010 0.004 0.001 10 I 0.001 0.002 0.122 0.011 0.011 0.019 0.103 0.120 0.217 0.223 0.172 11 N 0.001 0.004 0.312 0.078 0.080 0.136 0.282 0.071 0.026 0.009 0.002 12 E 0.001 0.008 0.725 0.163 0.072 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.004 0.010 0.407 0.034 0.038 0.067 0.174 0.095 0.086 0.056 0.029 14 A 0.003 0.004 0.265 0.045 0.045 0.057 0.222 0.138 0.134 0.067 0.021 15 A 0.002 0.013 0.566 0.123 0.107 0.078 0.074 0.023 0.009 0.004 0.001 16 K 0.007 0.028 0.469 0.189 0.142 0.087 0.053 0.015 0.006 0.003 0.001 17 A 0.096 0.084 0.390 0.090 0.082 0.074 0.098 0.041 0.028 0.012 0.004 18 K 0.029 0.059 0.256 0.110 0.113 0.115 0.179 0.071 0.040 0.019 0.009 19 A 0.124 0.114 0.454 0.137 0.083 0.036 0.033 0.011 0.005 0.002 0.001 20 G 0.166 0.177 0.267 0.175 0.099 0.049 0.044 0.013 0.006 0.003 0.001 21 V 0.297 0.185 0.223 0.116 0.081 0.047 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 22 I 0.008 0.023 0.030 0.029 0.036 0.064 0.120 0.115 0.163 0.200 0.212 23 T 0.024 0.410 0.247 0.166 0.086 0.036 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 24 E 0.942 0.033 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.620 0.122 0.169 0.065 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.003 0.006 0.073 0.028 0.034 0.166 0.398 0.160 0.089 0.033 0.011 27 K 0.010 0.022 0.329 0.295 0.148 0.117 0.065 0.011 0.002 0.001 0.001 28 A 0.006 0.019 0.938 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.002 0.007 0.527 0.065 0.053 0.096 0.152 0.054 0.027 0.012 0.004 30 Q 0.001 0.001 0.196 0.018 0.029 0.075 0.358 0.157 0.093 0.054 0.020 31 Q 0.001 0.004 0.847 0.089 0.040 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.008 0.760 0.134 0.070 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.132 0.005 0.007 0.020 0.190 0.161 0.231 0.168 0.085 34 R 0.001 0.001 0.163 0.044 0.075 0.122 0.369 0.143 0.056 0.023 0.007 35 Q 0.001 0.004 0.861 0.088 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.013 0.030 0.512 0.142 0.137 0.104 0.052 0.006 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.062 0.006 0.007 0.014 0.135 0.162 0.299 0.218 0.095 38 L 0.001 0.002 0.049 0.034 0.076 0.149 0.363 0.175 0.081 0.048 0.022 39 K 0.005 0.019 0.871 0.085 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.036 0.057 0.244 0.110 0.170 0.192 0.159 0.025 0.007 0.002 0.001 41 F 0.003 0.010 0.035 0.016 0.012 0.021 0.100 0.145 0.241 0.241 0.176 42 R 0.007 0.024 0.089 0.093 0.174 0.234 0.274 0.067 0.025 0.009 0.003 43 S 0.123 0.067 0.721 0.070 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.056 0.071 0.168 0.174 0.188 0.186 0.128 0.020 0.006 0.002 0.001 45 M 0.005 0.004 0.028 0.011 0.010 0.022 0.116 0.152 0.240 0.234 0.179 46 K 0.011 0.023 0.190 0.240 0.238 0.178 0.091 0.020 0.007 0.002 0.001 47 N 0.021 0.035 0.762 0.118 0.041 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.004 0.014 0.083 0.072 0.115 0.211 0.307 0.106 0.053 0.025 0.011 49 L 0.001 0.002 0.028 0.012 0.016 0.028 0.145 0.172 0.227 0.204 0.164 50 K 0.030 0.065 0.445 0.262 0.132 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 51 S 0.059 0.158 0.378 0.238 0.105 0.043 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.062 0.118 0.253 0.284 0.258 53 K 0.037 0.192 0.119 0.307 0.205 0.091 0.040 0.006 0.002 0.001 0.001 54 I 0.001 0.004 0.007 0.012 0.020 0.026 0.092 0.140 0.251 0.257 0.188 55 I 0.005 0.021 0.023 0.098 0.147 0.178 0.235 0.116 0.089 0.048 0.041 56 D 0.013 0.050 0.023 0.115 0.182 0.160 0.235 0.111 0.071 0.026 0.014 57 P 0.412 0.162 0.068 0.166 0.084 0.054 0.032 0.012 0.006 0.003 0.001 58 E 0.686 0.188 0.043 0.059 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.176 0.106 0.030 0.108 0.108 0.103 0.142 0.092 0.072 0.040 0.021 60 N 0.166 0.282 0.068 0.205 0.131 0.078 0.043 0.014 0.007 0.003 0.002 61 D 0.145 0.169 0.108 0.235 0.152 0.101 0.066 0.015 0.007 0.002 0.001 62 V 0.003 0.004 0.004 0.012 0.030 0.070 0.184 0.224 0.205 0.170 0.095 63 T 0.019 0.506 0.120 0.194 0.080 0.036 0.023 0.010 0.006 0.004 0.003 64 P 0.051 0.053 0.035 0.152 0.237 0.208 0.172 0.057 0.026 0.008 0.003 65 E 0.916 0.054 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.012 0.045 0.095 0.322 0.209 0.167 0.121 0.022 0.006 0.001 0.001 67 L 0.002 0.003 0.015 0.009 0.013 0.032 0.129 0.189 0.237 0.229 0.143 68 K 0.004 0.019 0.353 0.250 0.171 0.130 0.058 0.011 0.003 0.001 0.001 69 R 0.008 0.028 0.836 0.098 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.014 0.013 0.111 0.062 0.077 0.166 0.352 0.116 0.054 0.023 0.011 71 Q 0.007 0.007 0.156 0.044 0.044 0.077 0.264 0.180 0.123 0.070 0.026 72 R 0.004 0.019 0.638 0.119 0.089 0.060 0.046 0.015 0.006 0.003 0.001 73 N 0.014 0.044 0.618 0.147 0.092 0.047 0.024 0.008 0.003 0.002 0.001 74 N 0.110 0.108 0.222 0.106 0.106 0.102 0.133 0.056 0.033 0.017 0.006 75 K 0.229 0.162 0.255 0.155 0.087 0.048 0.038 0.012 0.008 0.004 0.002 76 L 0.059 0.063 0.117 0.077 0.079 0.078 0.148 0.114 0.112 0.094 0.059 77 H 0.145 0.227 0.165 0.182 0.119 0.061 0.048 0.023 0.016 0.008 0.004