# TARGET T0335 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 54 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.107 0.059 0.031 0.100 0.030 0.030 0.261 0.099 0.122 0.082 2 I 0.052 0.186 0.082 0.016 0.102 0.011 0.023 0.324 0.082 0.087 0.035 3 S 0.025 0.257 0.154 0.012 0.049 0.003 0.003 0.368 0.077 0.041 0.011 4 N 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.866 0.109 0.007 0.001 5 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.932 0.044 0.003 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.054 0.008 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.043 0.003 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.032 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.026 0.003 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.028 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.038 0.006 0.001 12 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.034 0.004 0.001 13 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.937 0.041 0.006 0.001 14 A 0.003 0.038 0.011 0.002 0.015 0.004 0.034 0.795 0.075 0.022 0.003 15 A 0.007 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.010 0.696 0.100 0.155 0.018 16 K 0.004 0.054 0.016 0.002 0.025 0.005 0.017 0.699 0.142 0.031 0.004 17 A 0.008 0.012 0.006 0.005 0.014 0.007 0.063 0.705 0.125 0.044 0.010 18 K 0.007 0.013 0.007 0.002 0.013 0.008 0.134 0.552 0.189 0.066 0.009 19 A 0.040 0.049 0.005 0.005 0.058 0.018 0.130 0.410 0.113 0.151 0.020 20 G 0.010 0.420 0.207 0.022 0.089 0.065 0.077 0.057 0.030 0.018 0.004 21 V 0.084 0.017 0.011 0.010 0.022 0.004 0.006 0.010 0.016 0.548 0.271 22 I 0.033 0.476 0.303 0.019 0.127 0.003 0.004 0.005 0.003 0.017 0.009 23 T 0.001 0.704 0.280 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.849 0.133 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.003 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.043 0.011 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.024 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.030 0.009 0.001 30 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.037 0.004 0.001 31 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.946 0.038 0.002 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.955 0.027 0.007 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.049 0.007 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.936 0.054 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.954 0.031 0.002 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.931 0.043 0.010 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.068 0.007 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.057 0.002 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.939 0.037 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.944 0.040 0.007 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.071 0.005 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.062 0.002 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.935 0.038 0.002 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.908 0.057 0.016 0.001 45 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.109 0.005 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.834 0.153 0.004 0.001 47 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.809 0.125 0.008 0.001 48 T 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.060 0.567 0.251 0.099 0.005 49 L 0.150 0.068 0.004 0.001 0.215 0.003 0.006 0.180 0.160 0.136 0.077 50 K 0.002 0.008 0.007 0.029 0.006 0.146 0.199 0.451 0.127 0.026 0.001 51 S 0.115 0.013 0.014 0.020 0.055 0.017 0.020 0.078 0.077 0.504 0.088 52 V 0.089 0.335 0.013 0.002 0.538 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 53 K 0.177 0.132 0.021 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 54 I 0.274 0.194 0.017 0.001 0.487 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 55 I 0.053 0.252 0.009 0.022 0.531 0.041 0.013 0.013 0.002 0.024 0.040 56 D 0.003 0.062 0.892 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.005 0.020 0.559 0.403 0.002 0.001 58 E 0.001 0.776 0.207 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.004 0.010 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.656 0.307 60 N 0.075 0.281 0.046 0.006 0.272 0.041 0.053 0.097 0.049 0.053 0.026 61 D 0.251 0.100 0.036 0.011 0.206 0.014 0.035 0.031 0.038 0.091 0.188 62 V 0.104 0.330 0.170 0.032 0.243 0.012 0.021 0.027 0.016 0.025 0.021 63 T 0.051 0.524 0.224 0.020 0.117 0.006 0.005 0.024 0.010 0.007 0.013 64 P 0.015 0.021 0.018 0.011 0.046 0.008 0.012 0.598 0.236 0.022 0.013 65 E 0.009 0.008 0.004 0.001 0.011 0.002 0.014 0.837 0.098 0.012 0.004 66 K 0.001 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.892 0.066 0.022 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.043 0.004 0.001 68 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.032 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.032 0.004 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.040 0.002 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.065 0.006 0.001 72 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.847 0.127 0.009 0.002 73 N 0.001 0.010 0.007 0.004 0.004 0.006 0.063 0.826 0.069 0.009 0.001 74 N 0.003 0.612 0.217 0.015 0.034 0.006 0.017 0.054 0.014 0.026 0.003 75 K 0.053 0.031 0.026 0.030 0.028 0.024 0.018 0.089 0.043 0.443 0.215 76 L 0.053 0.115 0.068 0.036 0.116 0.065 0.075 0.234 0.108 0.086 0.043 77 H 0.091 0.150 0.053 0.022 0.197 0.014 0.027 0.157 0.097 0.129 0.063