# TARGET T0335 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 54 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.832 0.139 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 2 I 0.764 0.151 0.056 0.024 0.005 0.001 0.001 3 S 0.832 0.108 0.035 0.017 0.006 0.001 0.001 4 N 0.865 0.107 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 5 A 0.867 0.116 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.508 0.237 0.127 0.086 0.035 0.006 0.001 7 I 0.332 0.259 0.209 0.148 0.046 0.007 0.001 8 A 0.403 0.394 0.145 0.048 0.010 0.001 0.001 9 R 0.348 0.265 0.198 0.134 0.047 0.007 0.001 10 I 0.589 0.223 0.083 0.059 0.033 0.013 0.001 11 N 0.485 0.209 0.146 0.117 0.037 0.006 0.001 12 E 0.503 0.270 0.139 0.066 0.019 0.003 0.001 13 L 0.539 0.188 0.115 0.106 0.047 0.005 0.001 14 A 0.452 0.260 0.161 0.094 0.028 0.005 0.001 15 A 0.540 0.293 0.120 0.039 0.008 0.001 0.001 16 K 0.542 0.292 0.105 0.049 0.012 0.001 0.001 17 A 0.736 0.193 0.057 0.012 0.001 0.001 0.001 18 K 0.850 0.131 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 19 A 0.791 0.162 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 20 G 0.882 0.101 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 21 V 0.879 0.108 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.698 0.169 0.092 0.038 0.004 0.001 0.001 23 T 0.839 0.135 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 24 E 0.969 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.936 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.832 0.118 0.036 0.012 0.001 0.001 0.001 27 K 0.912 0.080 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.909 0.087 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.696 0.206 0.074 0.022 0.002 0.001 0.001 30 Q 0.479 0.273 0.138 0.088 0.020 0.002 0.001 31 Q 0.568 0.330 0.083 0.017 0.002 0.001 0.001 32 K 0.514 0.371 0.097 0.016 0.002 0.001 0.001 33 L 0.146 0.201 0.214 0.279 0.136 0.023 0.001 34 R 0.259 0.233 0.185 0.205 0.101 0.016 0.001 35 Q 0.464 0.384 0.121 0.027 0.004 0.001 0.001 36 E 0.363 0.435 0.170 0.030 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.059 0.070 0.107 0.304 0.349 0.109 0.003 38 L 0.035 0.095 0.199 0.376 0.255 0.040 0.001 39 K 0.351 0.527 0.106 0.015 0.001 0.001 0.001 40 G 0.112 0.311 0.368 0.178 0.028 0.002 0.001 41 F 0.022 0.055 0.070 0.207 0.388 0.248 0.009 42 R 0.023 0.152 0.338 0.357 0.119 0.011 0.001 43 S 0.339 0.526 0.116 0.016 0.002 0.001 0.001 44 S 0.023 0.145 0.415 0.355 0.058 0.004 0.001 45 M 0.025 0.044 0.053 0.183 0.448 0.241 0.007 46 K 0.049 0.293 0.371 0.233 0.050 0.004 0.001 47 N 0.213 0.581 0.155 0.041 0.008 0.001 0.001 48 T 0.007 0.054 0.263 0.457 0.191 0.027 0.001 49 L 0.020 0.063 0.105 0.289 0.404 0.116 0.003 50 K 0.164 0.427 0.272 0.111 0.023 0.003 0.001 51 S 0.258 0.370 0.225 0.109 0.030 0.007 0.001 52 V 0.015 0.033 0.108 0.310 0.385 0.144 0.005 53 K 0.078 0.252 0.301 0.235 0.116 0.018 0.001 54 I 0.095 0.145 0.184 0.244 0.224 0.103 0.005 55 I 0.072 0.149 0.231 0.313 0.190 0.045 0.001 56 D 0.137 0.268 0.285 0.238 0.064 0.008 0.001 57 P 0.581 0.277 0.103 0.030 0.007 0.001 0.001 58 E 0.767 0.176 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 59 G 0.663 0.215 0.081 0.032 0.008 0.001 0.001 60 N 0.437 0.319 0.149 0.074 0.019 0.003 0.001 61 D 0.298 0.335 0.202 0.124 0.035 0.007 0.001 62 V 0.051 0.080 0.153 0.271 0.295 0.139 0.010 63 T 0.108 0.332 0.259 0.194 0.088 0.018 0.001 64 P 0.068 0.162 0.271 0.305 0.152 0.039 0.003 65 E 0.311 0.450 0.168 0.053 0.013 0.005 0.001 66 K 0.049 0.199 0.296 0.286 0.138 0.028 0.002 67 L 0.048 0.072 0.135 0.250 0.332 0.155 0.008 68 K 0.174 0.351 0.284 0.157 0.031 0.002 0.001 69 R 0.544 0.388 0.058 0.009 0.001 0.001 0.001 70 E 0.072 0.154 0.329 0.375 0.066 0.003 0.001 71 Q 0.231 0.282 0.219 0.196 0.067 0.005 0.001 72 R 0.550 0.335 0.095 0.017 0.002 0.001 0.001 73 N 0.708 0.226 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 74 N 0.492 0.335 0.133 0.034 0.005 0.001 0.001 75 K 0.703 0.224 0.059 0.012 0.002 0.001 0.001 76 L 0.581 0.206 0.114 0.075 0.021 0.003 0.001 77 H 0.777 0.155 0.044 0.018 0.005 0.001 0.001