# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.589 0.010 0.007 0.009 0.012 0.042 0.010 0.002 0.056 0.228 2 I 0.051 0.693 0.012 0.003 0.005 0.005 0.020 0.011 0.004 0.032 0.164 3 S 0.032 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.006 0.054 4 N 0.043 0.847 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.019 0.071 5 A 0.010 0.877 0.008 0.003 0.001 0.002 0.012 0.003 0.002 0.033 0.050 6 K 0.015 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.018 0.051 7 I 0.024 0.616 0.002 0.004 0.002 0.002 0.016 0.002 0.001 0.269 0.062 8 A 0.004 0.906 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.040 0.033 9 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.013 10 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 11 N 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 12 E 0.004 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.011 13 L 0.012 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.010 0.013 14 A 0.018 0.776 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.116 0.059 15 A 0.031 0.612 0.013 0.003 0.001 0.002 0.027 0.005 0.004 0.182 0.120 16 K 0.073 0.340 0.113 0.004 0.001 0.003 0.040 0.016 0.058 0.172 0.180 17 A 0.325 0.092 0.040 0.004 0.002 0.005 0.050 0.018 0.024 0.070 0.369 18 K 0.209 0.050 0.003 0.004 0.001 0.004 0.037 0.006 0.003 0.030 0.653 19 A 0.053 0.015 0.001 0.003 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.015 0.857 20 G 0.026 0.009 0.001 0.010 0.004 0.008 0.077 0.002 0.001 0.022 0.842 21 V 0.011 0.011 0.001 0.009 0.007 0.008 0.102 0.001 0.001 0.023 0.827 22 I 0.002 0.024 0.001 0.019 0.009 0.009 0.098 0.003 0.001 0.020 0.815 23 T 0.029 0.892 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.010 0.048 24 E 0.020 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.020 25 E 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.021 0.027 26 E 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.015 27 K 0.009 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.059 0.012 28 A 0.008 0.801 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.148 0.028 29 E 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.022 30 Q 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 31 Q 0.006 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.082 0.011 32 K 0.005 0.817 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.148 0.022 33 L 0.005 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.036 0.015 34 R 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.010 35 Q 0.011 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.089 0.053 36 E 0.011 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.049 0.042 37 Y 0.014 0.907 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.027 0.028 38 L 0.044 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.015 0.031 39 K 0.043 0.709 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.057 0.165 40 G 0.017 0.469 0.032 0.006 0.001 0.001 0.051 0.005 0.008 0.223 0.187 41 F 0.046 0.814 0.006 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 0.001 0.031 0.062 42 R 0.056 0.780 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 0.007 0.001 0.021 0.114 43 S 0.059 0.507 0.002 0.006 0.001 0.002 0.046 0.004 0.001 0.098 0.273 44 S 0.012 0.317 0.010 0.011 0.002 0.003 0.041 0.004 0.003 0.431 0.166 45 M 0.052 0.797 0.009 0.002 0.002 0.003 0.018 0.024 0.001 0.023 0.069 46 K 0.079 0.558 0.007 0.010 0.002 0.005 0.022 0.008 0.003 0.056 0.250 47 N 0.075 0.112 0.038 0.013 0.005 0.009 0.080 0.006 0.020 0.279 0.362 48 T 0.268 0.141 0.006 0.015 0.005 0.011 0.094 0.024 0.003 0.107 0.325 49 L 0.177 0.050 0.024 0.032 0.007 0.016 0.100 0.017 0.012 0.078 0.487 50 K 0.045 0.028 0.003 0.075 0.016 0.023 0.158 0.002 0.001 0.024 0.624 51 S 0.008 0.006 0.001 0.053 0.016 0.044 0.122 0.004 0.001 0.043 0.702 52 V 0.030 0.010 0.002 0.105 0.042 0.038 0.135 0.008 0.001 0.066 0.564 53 K 0.034 0.004 0.001 0.405 0.040 0.066 0.078 0.002 0.001 0.060 0.309 54 I 0.007 0.002 0.001 0.125 0.040 0.070 0.086 0.001 0.001 0.037 0.632 55 I 0.002 0.002 0.002 0.221 0.035 0.057 0.124 0.004 0.002 0.018 0.533 56 D 0.695 0.021 0.005 0.032 0.010 0.010 0.031 0.011 0.005 0.048 0.132 57 P 0.235 0.014 0.006 0.034 0.002 0.005 0.066 0.004 0.002 0.091 0.540 58 E 0.029 0.006 0.001 0.012 0.003 0.010 0.074 0.002 0.001 0.015 0.848 59 G 0.101 0.031 0.002 0.026 0.023 0.037 0.099 0.005 0.001 0.048 0.628 60 N 0.056 0.004 0.001 0.009 0.058 0.040 0.130 0.003 0.001 0.042 0.657 61 D 0.007 0.004 0.001 0.013 0.049 0.062 0.111 0.001 0.001 0.014 0.738 62 V 0.014 0.033 0.001 0.014 0.025 0.025 0.123 0.002 0.001 0.012 0.751 63 T 0.118 0.472 0.002 0.008 0.026 0.019 0.071 0.034 0.001 0.028 0.221 64 P 0.115 0.724 0.002 0.003 0.001 0.002 0.017 0.007 0.001 0.009 0.121 65 E 0.055 0.711 0.003 0.007 0.009 0.016 0.021 0.006 0.001 0.019 0.153 66 K 0.020 0.777 0.005 0.005 0.011 0.014 0.021 0.003 0.002 0.020 0.122 67 L 0.078 0.722 0.008 0.004 0.017 0.014 0.019 0.017 0.002 0.013 0.105 68 K 0.080 0.639 0.002 0.007 0.016 0.016 0.022 0.011 0.001 0.033 0.171 69 R 0.059 0.337 0.017 0.008 0.016 0.033 0.056 0.006 0.008 0.065 0.395 70 E 0.098 0.288 0.057 0.016 0.019 0.049 0.051 0.013 0.015 0.095 0.300 71 Q 0.175 0.063 0.034 0.008 0.023 0.048 0.060 0.014 0.016 0.087 0.473 72 R 0.182 0.018 0.005 0.008 0.013 0.020 0.047 0.004 0.002 0.038 0.662 73 N 0.044 0.004 0.001 0.006 0.005 0.010 0.060 0.002 0.001 0.021 0.846 74 N 0.016 0.001 0.001 0.006 0.010 0.016 0.089 0.003 0.001 0.021 0.840 75 K 0.018 0.002 0.001 0.011 0.010 0.012 0.091 0.001 0.001 0.018 0.835 76 L 0.014 0.001 0.001 0.010 0.018 0.017 0.109 0.004 0.001 0.018 0.808 77 H 0.060 0.006 0.001 0.022 0.019 0.020 0.138 0.007 0.001 0.034 0.694