# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.398 0.113 0.087 0.098 0.065 0.055 0.065 0.042 0.039 0.023 0.014 2 I 0.145 0.176 0.070 0.108 0.095 0.098 0.121 0.068 0.058 0.036 0.024 3 S 0.150 0.242 0.123 0.188 0.110 0.078 0.060 0.024 0.014 0.007 0.003 4 N 0.469 0.201 0.099 0.120 0.066 0.028 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 5 A 0.364 0.176 0.216 0.136 0.055 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 6 K 0.035 0.051 0.085 0.139 0.131 0.172 0.218 0.089 0.052 0.022 0.008 7 I 0.015 0.020 0.093 0.063 0.058 0.111 0.308 0.151 0.103 0.057 0.022 8 A 0.022 0.080 0.581 0.219 0.070 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.011 0.042 0.217 0.157 0.143 0.175 0.176 0.049 0.022 0.007 0.002 10 I 0.006 0.012 0.220 0.062 0.039 0.041 0.141 0.125 0.160 0.120 0.074 11 N 0.010 0.018 0.292 0.072 0.075 0.141 0.285 0.071 0.026 0.009 0.002 12 E 0.001 0.015 0.576 0.259 0.103 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.004 0.015 0.445 0.039 0.030 0.049 0.171 0.087 0.087 0.052 0.022 14 A 0.003 0.009 0.212 0.112 0.104 0.115 0.216 0.103 0.075 0.038 0.012 15 A 0.004 0.031 0.592 0.132 0.088 0.069 0.057 0.015 0.007 0.003 0.001 16 K 0.011 0.044 0.467 0.218 0.134 0.069 0.040 0.010 0.005 0.002 0.001 17 A 0.095 0.105 0.273 0.101 0.104 0.125 0.134 0.035 0.019 0.007 0.002 18 K 0.044 0.095 0.330 0.118 0.084 0.094 0.136 0.047 0.030 0.015 0.008 19 A 0.070 0.124 0.436 0.175 0.093 0.050 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 20 G 0.233 0.226 0.246 0.151 0.072 0.038 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 21 V 0.243 0.169 0.156 0.157 0.122 0.080 0.051 0.012 0.006 0.002 0.001 22 I 0.011 0.020 0.026 0.024 0.022 0.034 0.091 0.095 0.159 0.220 0.297 23 T 0.025 0.461 0.238 0.148 0.065 0.035 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 24 E 0.921 0.043 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.637 0.102 0.135 0.070 0.030 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.005 0.005 0.052 0.028 0.049 0.164 0.395 0.161 0.088 0.039 0.014 27 K 0.011 0.020 0.348 0.327 0.139 0.090 0.055 0.008 0.002 0.001 0.001 28 A 0.004 0.021 0.910 0.042 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.005 0.016 0.451 0.059 0.071 0.131 0.176 0.051 0.028 0.009 0.002 30 Q 0.001 0.004 0.285 0.041 0.058 0.108 0.326 0.107 0.047 0.018 0.005 31 Q 0.001 0.007 0.936 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.014 0.718 0.181 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.003 0.011 0.354 0.016 0.016 0.035 0.195 0.127 0.138 0.075 0.030 34 R 0.001 0.003 0.327 0.094 0.131 0.153 0.225 0.047 0.015 0.004 0.001 35 Q 0.001 0.011 0.894 0.063 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.015 0.040 0.522 0.190 0.122 0.076 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.009 0.179 0.017 0.018 0.043 0.251 0.156 0.182 0.104 0.040 38 L 0.001 0.008 0.267 0.072 0.075 0.116 0.265 0.100 0.057 0.028 0.010 39 K 0.004 0.026 0.820 0.117 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.061 0.095 0.403 0.130 0.119 0.109 0.070 0.010 0.003 0.001 0.001 41 F 0.005 0.014 0.072 0.028 0.027 0.052 0.200 0.159 0.200 0.155 0.089 42 R 0.007 0.031 0.136 0.078 0.116 0.205 0.310 0.075 0.029 0.009 0.003 43 S 0.063 0.067 0.740 0.099 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.056 0.091 0.259 0.174 0.153 0.139 0.101 0.017 0.007 0.002 0.001 45 M 0.004 0.008 0.028 0.018 0.017 0.034 0.157 0.168 0.226 0.202 0.138 46 K 0.014 0.037 0.190 0.285 0.246 0.147 0.064 0.010 0.004 0.001 0.001 47 N 0.059 0.086 0.673 0.114 0.039 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 48 T 0.005 0.017 0.088 0.090 0.131 0.202 0.294 0.090 0.051 0.022 0.010 49 L 0.001 0.005 0.021 0.013 0.012 0.030 0.166 0.173 0.216 0.201 0.162 50 K 0.024 0.073 0.428 0.288 0.126 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 51 S 0.075 0.216 0.384 0.197 0.079 0.033 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.014 0.071 0.114 0.232 0.280 0.275 53 K 0.117 0.321 0.147 0.220 0.112 0.051 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 54 I 0.009 0.034 0.037 0.075 0.083 0.105 0.176 0.146 0.161 0.108 0.066 55 I 0.018 0.041 0.043 0.125 0.161 0.176 0.185 0.088 0.077 0.048 0.038 56 D 0.044 0.106 0.038 0.186 0.181 0.151 0.161 0.068 0.038 0.017 0.009 57 P 0.389 0.138 0.053 0.139 0.101 0.076 0.058 0.023 0.013 0.007 0.003 58 E 0.605 0.212 0.054 0.079 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 59 G 0.232 0.142 0.040 0.145 0.123 0.106 0.096 0.046 0.036 0.022 0.013 60 N 0.190 0.254 0.077 0.176 0.127 0.081 0.054 0.019 0.013 0.006 0.003 61 D 0.152 0.180 0.093 0.228 0.140 0.096 0.067 0.024 0.012 0.005 0.002 62 V 0.005 0.005 0.005 0.019 0.047 0.091 0.221 0.207 0.188 0.136 0.075 63 T 0.026 0.584 0.128 0.183 0.049 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 64 P 0.117 0.068 0.041 0.169 0.227 0.185 0.131 0.039 0.016 0.005 0.001 65 E 0.886 0.073 0.022 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.020 0.071 0.150 0.360 0.181 0.116 0.078 0.018 0.005 0.001 0.001 67 L 0.006 0.007 0.019 0.022 0.029 0.067 0.197 0.194 0.208 0.162 0.089 68 K 0.013 0.049 0.347 0.225 0.162 0.121 0.063 0.013 0.005 0.001 0.001 69 R 0.019 0.048 0.710 0.152 0.045 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.029 0.029 0.082 0.069 0.094 0.172 0.280 0.119 0.075 0.035 0.015 71 Q 0.020 0.022 0.112 0.059 0.062 0.104 0.247 0.153 0.122 0.067 0.030 72 R 0.016 0.056 0.539 0.138 0.094 0.072 0.056 0.016 0.008 0.003 0.001 73 N 0.060 0.121 0.555 0.150 0.064 0.029 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 74 N 0.155 0.129 0.120 0.112 0.099 0.111 0.136 0.060 0.045 0.024 0.009 75 K 0.334 0.181 0.104 0.147 0.093 0.061 0.045 0.017 0.011 0.005 0.002 76 L 0.151 0.117 0.092 0.116 0.105 0.103 0.122 0.073 0.064 0.039 0.020 77 H 0.283 0.231 0.105 0.139 0.089 0.060 0.045 0.021 0.015 0.008 0.004