# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.067 0.031 0.009 0.055 0.015 0.069 0.555 0.109 0.047 0.014 2 I 0.066 0.099 0.043 0.016 0.075 0.020 0.037 0.405 0.098 0.088 0.053 3 S 0.023 0.163 0.102 0.030 0.076 0.029 0.037 0.417 0.073 0.038 0.011 4 N 0.017 0.030 0.015 0.010 0.025 0.010 0.015 0.674 0.114 0.072 0.021 5 A 0.011 0.025 0.010 0.004 0.020 0.006 0.019 0.751 0.086 0.056 0.012 6 K 0.005 0.014 0.005 0.001 0.006 0.001 0.005 0.917 0.032 0.011 0.002 7 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.940 0.044 0.006 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.960 0.029 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.024 0.006 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.031 0.004 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.020 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.026 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.052 0.006 0.001 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.893 0.077 0.017 0.001 16 K 0.002 0.011 0.004 0.002 0.006 0.005 0.038 0.837 0.078 0.015 0.001 17 A 0.017 0.039 0.023 0.005 0.023 0.007 0.044 0.685 0.107 0.041 0.009 18 K 0.019 0.013 0.012 0.013 0.013 0.024 0.084 0.576 0.150 0.076 0.019 19 A 0.023 0.150 0.032 0.037 0.054 0.040 0.110 0.288 0.176 0.072 0.017 20 G 0.030 0.122 0.060 0.030 0.071 0.031 0.038 0.161 0.178 0.234 0.045 21 V 0.044 0.120 0.041 0.004 0.070 0.006 0.037 0.158 0.152 0.338 0.029 22 I 0.171 0.277 0.058 0.005 0.302 0.003 0.006 0.032 0.015 0.053 0.078 23 T 0.002 0.558 0.401 0.006 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.165 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.038 0.025 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.002 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.002 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.959 0.016 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.043 0.021 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.072 0.004 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.941 0.040 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.923 0.043 0.014 0.001 41 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.837 0.101 0.047 0.002 42 R 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.898 0.079 0.007 0.001 43 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.920 0.051 0.004 0.001 44 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.925 0.040 0.016 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.122 0.028 0.001 46 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.813 0.166 0.004 0.001 47 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.030 0.793 0.134 0.028 0.002 48 T 0.002 0.007 0.004 0.002 0.005 0.008 0.096 0.626 0.170 0.078 0.001 49 L 0.229 0.040 0.007 0.002 0.114 0.003 0.010 0.201 0.155 0.140 0.098 50 K 0.004 0.032 0.011 0.022 0.014 0.133 0.209 0.381 0.156 0.034 0.003 51 S 0.157 0.077 0.015 0.001 0.204 0.001 0.008 0.048 0.064 0.346 0.078 52 V 0.440 0.077 0.011 0.001 0.381 0.001 0.001 0.011 0.020 0.016 0.041 53 K 0.049 0.394 0.052 0.006 0.438 0.007 0.008 0.022 0.013 0.005 0.006 54 I 0.318 0.136 0.009 0.001 0.490 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.034 55 I 0.037 0.400 0.057 0.021 0.416 0.021 0.011 0.013 0.005 0.011 0.009 56 D 0.107 0.182 0.357 0.004 0.324 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.010 57 P 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.023 0.822 0.136 0.003 0.001 58 E 0.001 0.642 0.194 0.024 0.021 0.011 0.064 0.029 0.007 0.007 0.001 59 G 0.055 0.290 0.120 0.035 0.074 0.005 0.002 0.002 0.003 0.162 0.253 60 N 0.052 0.129 0.098 0.025 0.081 0.030 0.030 0.096 0.125 0.197 0.136 61 D 0.157 0.198 0.063 0.005 0.283 0.007 0.019 0.035 0.059 0.111 0.062 62 V 0.135 0.324 0.145 0.010 0.267 0.004 0.006 0.012 0.016 0.042 0.040 63 T 0.009 0.570 0.354 0.004 0.048 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 64 P 0.005 0.020 0.009 0.001 0.012 0.001 0.002 0.709 0.230 0.007 0.002 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.902 0.085 0.004 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.044 0.012 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 0.045 0.010 0.001 68 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.917 0.062 0.009 0.001 69 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.919 0.047 0.012 0.001 70 E 0.003 0.010 0.005 0.002 0.007 0.004 0.027 0.875 0.054 0.012 0.002 71 Q 0.012 0.007 0.003 0.003 0.010 0.005 0.022 0.807 0.086 0.038 0.007 72 R 0.013 0.031 0.015 0.009 0.017 0.017 0.052 0.702 0.106 0.029 0.007 73 N 0.028 0.049 0.022 0.019 0.043 0.026 0.075 0.508 0.116 0.091 0.024 74 N 0.048 0.197 0.078 0.027 0.115 0.026 0.053 0.221 0.105 0.099 0.031 75 K 0.096 0.064 0.027 0.014 0.089 0.016 0.050 0.257 0.118 0.195 0.073 76 L 0.094 0.177 0.060 0.023 0.155 0.026 0.055 0.166 0.094 0.098 0.052 77 H 0.090 0.179 0.105 0.044 0.168 0.029 0.037 0.134 0.067 0.088 0.059