# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.751 0.171 0.051 0.020 0.005 0.001 0.001 2 I 0.516 0.229 0.153 0.078 0.021 0.004 0.001 3 S 0.817 0.139 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 4 N 0.772 0.170 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 5 A 0.742 0.198 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 6 K 0.243 0.295 0.252 0.158 0.047 0.006 0.001 7 I 0.111 0.116 0.176 0.286 0.241 0.067 0.002 8 A 0.378 0.379 0.175 0.059 0.009 0.001 0.001 9 R 0.295 0.286 0.225 0.136 0.046 0.012 0.001 10 I 0.116 0.085 0.102 0.178 0.253 0.249 0.017 11 N 0.224 0.161 0.190 0.193 0.146 0.078 0.009 12 E 0.252 0.314 0.225 0.130 0.053 0.024 0.003 13 L 0.233 0.155 0.164 0.194 0.154 0.092 0.009 14 A 0.316 0.195 0.195 0.163 0.090 0.039 0.002 15 A 0.575 0.287 0.095 0.032 0.008 0.002 0.001 16 K 0.653 0.226 0.086 0.029 0.005 0.001 0.001 17 A 0.751 0.168 0.055 0.022 0.004 0.001 0.001 18 K 0.766 0.168 0.048 0.015 0.003 0.001 0.001 19 A 0.932 0.054 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 20 G 0.849 0.117 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 21 V 0.775 0.160 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 22 I 0.691 0.152 0.091 0.050 0.014 0.002 0.001 23 T 0.769 0.167 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 24 E 0.935 0.055 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.866 0.104 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 26 E 0.648 0.197 0.101 0.046 0.007 0.001 0.001 27 K 0.717 0.227 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 28 A 0.916 0.076 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.392 0.247 0.205 0.128 0.026 0.002 0.001 30 Q 0.141 0.154 0.268 0.313 0.111 0.013 0.001 31 Q 0.408 0.423 0.143 0.023 0.002 0.001 0.001 32 K 0.522 0.367 0.088 0.019 0.003 0.001 0.001 33 L 0.055 0.091 0.181 0.358 0.259 0.055 0.001 34 R 0.024 0.072 0.212 0.372 0.249 0.069 0.002 35 Q 0.265 0.533 0.176 0.023 0.001 0.001 0.001 36 E 0.282 0.428 0.219 0.062 0.007 0.001 0.001 37 Y 0.038 0.046 0.076 0.286 0.439 0.115 0.001 38 L 0.037 0.104 0.251 0.343 0.225 0.038 0.001 39 K 0.428 0.480 0.081 0.010 0.001 0.001 0.001 40 G 0.198 0.289 0.331 0.157 0.022 0.002 0.001 41 F 0.128 0.120 0.154 0.290 0.253 0.055 0.001 42 R 0.194 0.326 0.299 0.128 0.044 0.009 0.001 43 S 0.707 0.231 0.045 0.014 0.003 0.001 0.001 44 S 0.284 0.334 0.246 0.112 0.021 0.003 0.001 45 M 0.119 0.137 0.214 0.328 0.171 0.030 0.001 46 K 0.276 0.365 0.239 0.092 0.023 0.005 0.001 47 N 0.571 0.320 0.077 0.024 0.006 0.001 0.001 48 T 0.164 0.271 0.302 0.200 0.054 0.009 0.001 49 L 0.069 0.082 0.143 0.321 0.317 0.066 0.002 50 K 0.342 0.422 0.177 0.049 0.009 0.001 0.001 51 S 0.277 0.389 0.209 0.097 0.024 0.004 0.001 52 V 0.046 0.070 0.153 0.320 0.304 0.101 0.004 53 K 0.199 0.326 0.266 0.153 0.047 0.008 0.001 54 I 0.135 0.185 0.225 0.253 0.152 0.047 0.002 55 I 0.104 0.201 0.269 0.281 0.122 0.022 0.001 56 D 0.321 0.338 0.215 0.101 0.022 0.003 0.001 57 P 0.703 0.212 0.062 0.019 0.004 0.001 0.001 58 E 0.882 0.096 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 59 G 0.727 0.181 0.064 0.023 0.004 0.001 0.001 60 N 0.471 0.337 0.146 0.041 0.005 0.001 0.001 61 D 0.400 0.292 0.181 0.094 0.029 0.004 0.001 62 V 0.177 0.158 0.236 0.252 0.138 0.037 0.002 63 T 0.428 0.291 0.161 0.082 0.031 0.008 0.001 64 P 0.392 0.256 0.181 0.114 0.047 0.010 0.001 65 E 0.683 0.233 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 66 K 0.189 0.326 0.307 0.142 0.030 0.004 0.001 67 L 0.165 0.151 0.215 0.272 0.160 0.037 0.001 68 K 0.318 0.353 0.227 0.084 0.016 0.002 0.001 69 R 0.720 0.197 0.057 0.019 0.005 0.001 0.001 70 E 0.603 0.250 0.101 0.038 0.008 0.001 0.001 71 Q 0.635 0.212 0.097 0.045 0.010 0.001 0.001 72 R 0.732 0.183 0.063 0.018 0.003 0.001 0.001 73 N 0.891 0.088 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 74 N 0.743 0.173 0.063 0.017 0.002 0.001 0.001 75 K 0.864 0.107 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 76 L 0.729 0.165 0.070 0.028 0.007 0.001 0.001 77 H 0.838 0.118 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001