# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.084 0.071 0.094 0.074 0.082 0.113 0.090 0.084 0.056 0.038 2 I 0.078 0.109 0.055 0.091 0.106 0.121 0.165 0.098 0.078 0.061 0.038 3 S 0.101 0.255 0.129 0.194 0.118 0.078 0.066 0.031 0.017 0.008 0.003 4 N 0.462 0.168 0.092 0.140 0.086 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 5 A 0.499 0.156 0.167 0.110 0.039 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.015 0.036 0.115 0.154 0.116 0.168 0.230 0.092 0.047 0.020 0.006 7 I 0.006 0.005 0.065 0.027 0.038 0.091 0.311 0.213 0.139 0.075 0.029 8 A 0.010 0.040 0.674 0.190 0.057 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 R 0.003 0.021 0.238 0.183 0.164 0.175 0.148 0.042 0.017 0.007 0.002 10 I 0.002 0.002 0.090 0.015 0.013 0.023 0.112 0.131 0.217 0.222 0.174 11 N 0.003 0.006 0.229 0.062 0.065 0.131 0.349 0.098 0.039 0.015 0.004 12 E 0.001 0.011 0.673 0.195 0.081 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 13 L 0.006 0.012 0.387 0.035 0.038 0.067 0.173 0.097 0.091 0.062 0.033 14 A 0.004 0.006 0.283 0.062 0.058 0.068 0.210 0.125 0.112 0.055 0.017 15 A 0.003 0.017 0.536 0.126 0.111 0.084 0.082 0.026 0.010 0.004 0.001 16 K 0.009 0.031 0.431 0.190 0.146 0.095 0.064 0.021 0.009 0.004 0.001 17 A 0.110 0.097 0.412 0.103 0.085 0.065 0.072 0.028 0.018 0.007 0.003 18 K 0.034 0.064 0.269 0.107 0.111 0.109 0.170 0.068 0.040 0.020 0.009 19 A 0.138 0.116 0.426 0.140 0.084 0.038 0.036 0.013 0.006 0.003 0.001 20 G 0.177 0.184 0.257 0.167 0.095 0.048 0.046 0.014 0.007 0.003 0.001 21 V 0.290 0.171 0.224 0.115 0.083 0.052 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 22 I 0.010 0.029 0.038 0.035 0.042 0.071 0.122 0.113 0.152 0.190 0.198 23 T 0.021 0.398 0.244 0.168 0.091 0.040 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 24 E 0.945 0.031 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.622 0.130 0.162 0.064 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.002 0.005 0.059 0.024 0.032 0.162 0.402 0.169 0.097 0.036 0.011 27 K 0.010 0.021 0.286 0.295 0.163 0.133 0.075 0.013 0.003 0.001 0.001 28 A 0.006 0.020 0.934 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.002 0.005 0.433 0.060 0.055 0.108 0.193 0.076 0.041 0.020 0.007 30 Q 0.001 0.001 0.160 0.015 0.025 0.066 0.352 0.172 0.111 0.069 0.029 31 Q 0.001 0.003 0.840 0.095 0.042 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.009 0.725 0.153 0.082 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.095 0.004 0.006 0.017 0.180 0.164 0.250 0.186 0.097 34 R 0.001 0.001 0.147 0.048 0.081 0.132 0.375 0.139 0.051 0.019 0.006 35 Q 0.001 0.005 0.863 0.088 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.014 0.030 0.465 0.141 0.145 0.125 0.069 0.008 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.076 0.008 0.008 0.015 0.138 0.163 0.290 0.210 0.089 38 L 0.001 0.002 0.066 0.040 0.081 0.151 0.348 0.167 0.076 0.046 0.021 39 K 0.004 0.018 0.855 0.098 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.042 0.063 0.259 0.107 0.163 0.179 0.154 0.025 0.007 0.002 0.001 41 F 0.004 0.013 0.052 0.022 0.015 0.026 0.112 0.148 0.232 0.222 0.153 42 R 0.007 0.026 0.109 0.095 0.171 0.223 0.267 0.065 0.024 0.009 0.003 43 S 0.127 0.072 0.709 0.073 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.058 0.075 0.190 0.177 0.185 0.173 0.116 0.018 0.005 0.002 0.001 45 M 0.007 0.006 0.049 0.016 0.013 0.027 0.128 0.156 0.231 0.215 0.153 46 K 0.010 0.023 0.212 0.235 0.231 0.170 0.091 0.020 0.006 0.002 0.001 47 N 0.020 0.032 0.770 0.117 0.039 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.005 0.014 0.105 0.075 0.120 0.207 0.298 0.097 0.047 0.023 0.009 49 L 0.001 0.002 0.041 0.012 0.015 0.028 0.162 0.178 0.229 0.193 0.138 50 K 0.014 0.042 0.435 0.267 0.156 0.054 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 51 S 0.048 0.147 0.416 0.208 0.107 0.048 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.002 0.009 0.008 0.011 0.022 0.090 0.134 0.250 0.257 0.215 53 K 0.073 0.219 0.142 0.243 0.173 0.082 0.052 0.010 0.004 0.002 0.001 54 I 0.014 0.033 0.052 0.081 0.098 0.089 0.163 0.136 0.151 0.116 0.068 55 I 0.018 0.046 0.044 0.113 0.147 0.162 0.208 0.100 0.078 0.047 0.037 56 D 0.040 0.089 0.036 0.149 0.191 0.149 0.186 0.079 0.049 0.020 0.011 57 P 0.448 0.155 0.063 0.132 0.078 0.054 0.037 0.016 0.009 0.005 0.002 58 E 0.675 0.185 0.046 0.063 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.255 0.139 0.044 0.135 0.119 0.096 0.102 0.052 0.033 0.017 0.008 60 N 0.173 0.230 0.057 0.184 0.135 0.096 0.066 0.028 0.016 0.009 0.005 61 D 0.129 0.161 0.095 0.227 0.161 0.109 0.080 0.021 0.011 0.004 0.001 62 V 0.004 0.004 0.003 0.010 0.025 0.053 0.151 0.213 0.218 0.203 0.116 63 T 0.030 0.608 0.105 0.162 0.059 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 64 P 0.109 0.071 0.035 0.168 0.220 0.178 0.134 0.050 0.025 0.008 0.002 65 E 0.902 0.065 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.022 0.067 0.117 0.290 0.180 0.150 0.130 0.030 0.010 0.003 0.001 67 L 0.009 0.006 0.014 0.015 0.023 0.055 0.162 0.207 0.210 0.193 0.105 68 K 0.010 0.048 0.349 0.233 0.157 0.116 0.063 0.016 0.006 0.002 0.001 69 R 0.026 0.051 0.723 0.143 0.039 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.046 0.034 0.129 0.106 0.111 0.161 0.242 0.089 0.048 0.023 0.011 71 Q 0.017 0.018 0.144 0.062 0.060 0.099 0.246 0.162 0.110 0.059 0.022 72 R 0.017 0.046 0.496 0.149 0.107 0.076 0.066 0.025 0.011 0.006 0.002 73 N 0.047 0.092 0.553 0.143 0.079 0.042 0.026 0.010 0.005 0.003 0.001 74 N 0.156 0.113 0.186 0.111 0.099 0.090 0.120 0.057 0.039 0.022 0.008 75 K 0.334 0.154 0.161 0.138 0.079 0.050 0.045 0.018 0.012 0.006 0.003 76 L 0.134 0.105 0.126 0.111 0.100 0.095 0.123 0.078 0.064 0.043 0.022 77 H 0.246 0.237 0.112 0.148 0.096 0.054 0.045 0.026 0.020 0.011 0.005