# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.077 0.042 0.012 0.054 0.013 0.038 0.543 0.096 0.073 0.021 2 I 0.046 0.135 0.053 0.012 0.062 0.014 0.030 0.449 0.088 0.078 0.034 3 S 0.012 0.155 0.089 0.021 0.037 0.017 0.027 0.500 0.097 0.037 0.007 4 N 0.006 0.028 0.019 0.006 0.013 0.009 0.015 0.697 0.126 0.069 0.010 5 A 0.004 0.020 0.009 0.002 0.011 0.002 0.010 0.847 0.076 0.016 0.003 6 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.918 0.047 0.020 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.051 0.003 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.022 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.024 0.004 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.035 0.006 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.021 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.026 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.065 0.008 0.001 15 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.906 0.077 0.005 0.001 16 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.886 0.061 0.015 0.001 17 A 0.009 0.078 0.049 0.006 0.029 0.008 0.047 0.647 0.091 0.030 0.005 18 K 0.021 0.014 0.011 0.011 0.011 0.015 0.054 0.551 0.161 0.123 0.030 19 A 0.012 0.220 0.054 0.048 0.059 0.045 0.135 0.269 0.102 0.046 0.009 20 G 0.021 0.128 0.044 0.022 0.062 0.022 0.041 0.162 0.150 0.288 0.060 21 V 0.080 0.153 0.052 0.002 0.100 0.005 0.027 0.114 0.091 0.319 0.057 22 I 0.171 0.264 0.043 0.005 0.350 0.003 0.005 0.020 0.009 0.042 0.087 23 T 0.003 0.621 0.339 0.003 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.182 0.003 0.001 25 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.022 0.003 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.022 0.014 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.003 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.028 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.945 0.025 0.003 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.046 0.024 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.082 0.006 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.937 0.046 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.939 0.037 0.007 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.867 0.081 0.038 0.001 42 R 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.893 0.080 0.009 0.001 43 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.011 0.931 0.045 0.002 0.001 44 S 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.009 0.915 0.040 0.022 0.001 45 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.835 0.115 0.040 0.002 46 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.827 0.146 0.006 0.001 47 N 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.003 0.030 0.774 0.130 0.033 0.003 48 T 0.005 0.011 0.006 0.003 0.013 0.009 0.062 0.642 0.143 0.103 0.003 49 L 0.256 0.044 0.009 0.003 0.158 0.002 0.008 0.172 0.116 0.124 0.108 50 K 0.004 0.024 0.010 0.017 0.013 0.138 0.264 0.411 0.092 0.023 0.003 51 S 0.125 0.072 0.025 0.002 0.158 0.001 0.005 0.038 0.054 0.440 0.079 52 V 0.402 0.097 0.014 0.001 0.395 0.001 0.002 0.012 0.015 0.013 0.049 53 K 0.059 0.351 0.044 0.003 0.493 0.004 0.007 0.016 0.009 0.007 0.008 54 I 0.351 0.109 0.011 0.001 0.454 0.001 0.002 0.005 0.002 0.009 0.056 55 I 0.034 0.401 0.101 0.017 0.340 0.024 0.023 0.021 0.009 0.020 0.012 56 D 0.088 0.213 0.390 0.004 0.268 0.001 0.002 0.016 0.005 0.003 0.011 57 P 0.004 0.014 0.017 0.004 0.004 0.008 0.045 0.658 0.230 0.014 0.002 58 E 0.002 0.479 0.198 0.053 0.026 0.030 0.106 0.066 0.018 0.019 0.003 59 G 0.060 0.153 0.076 0.029 0.092 0.004 0.003 0.003 0.007 0.260 0.312 60 N 0.063 0.181 0.128 0.019 0.125 0.014 0.030 0.084 0.081 0.147 0.128 61 D 0.171 0.193 0.048 0.003 0.313 0.004 0.012 0.044 0.044 0.095 0.074 62 V 0.123 0.367 0.107 0.006 0.308 0.003 0.007 0.013 0.013 0.027 0.025 63 T 0.014 0.546 0.361 0.003 0.057 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.003 64 P 0.004 0.033 0.018 0.002 0.012 0.001 0.002 0.754 0.164 0.010 0.002 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.060 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.027 0.009 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.027 0.008 0.001 68 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.039 0.007 0.001 69 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.028 0.007 0.001 70 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.008 0.935 0.035 0.006 0.001 71 Q 0.004 0.004 0.002 0.002 0.004 0.002 0.011 0.897 0.055 0.017 0.002 72 R 0.004 0.018 0.013 0.007 0.008 0.010 0.031 0.810 0.082 0.015 0.002 73 N 0.011 0.027 0.015 0.012 0.018 0.014 0.047 0.668 0.112 0.063 0.011 74 N 0.026 0.255 0.083 0.016 0.094 0.017 0.045 0.281 0.097 0.070 0.016 75 K 0.086 0.044 0.017 0.009 0.063 0.011 0.040 0.265 0.124 0.254 0.086 76 L 0.109 0.191 0.051 0.017 0.180 0.019 0.040 0.160 0.086 0.097 0.050 77 H 0.089 0.173 0.086 0.038 0.161 0.028 0.039 0.157 0.082 0.093 0.054