# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.373 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.562 0.254 0.109 0.055 0.016 0.003 0.001 2 I 0.302 0.225 0.219 0.177 0.067 0.010 0.001 3 S 0.707 0.218 0.057 0.015 0.003 0.001 0.001 4 N 0.846 0.125 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 5 A 0.719 0.195 0.065 0.018 0.003 0.001 0.001 6 K 0.291 0.318 0.231 0.124 0.032 0.004 0.001 7 I 0.195 0.141 0.220 0.271 0.150 0.023 0.001 8 A 0.701 0.237 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 9 R 0.542 0.210 0.143 0.082 0.020 0.004 0.001 10 I 0.433 0.112 0.105 0.167 0.138 0.044 0.001 11 N 0.543 0.199 0.138 0.080 0.032 0.008 0.001 12 E 0.798 0.143 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 13 L 0.596 0.178 0.122 0.068 0.029 0.006 0.001 14 A 0.700 0.122 0.091 0.058 0.025 0.004 0.001 15 A 0.727 0.212 0.046 0.012 0.003 0.001 0.001 16 K 0.795 0.158 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 17 A 0.937 0.045 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 18 K 0.869 0.105 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 19 A 0.895 0.084 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 20 G 0.925 0.062 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 21 V 0.743 0.210 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 22 I 0.441 0.180 0.172 0.161 0.043 0.002 0.001 23 T 0.569 0.269 0.115 0.037 0.009 0.001 0.001 24 E 0.891 0.095 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.833 0.128 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 26 E 0.369 0.259 0.205 0.130 0.035 0.003 0.001 27 K 0.509 0.351 0.111 0.025 0.004 0.001 0.001 28 A 0.860 0.124 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 29 E 0.324 0.231 0.231 0.165 0.046 0.004 0.001 30 Q 0.176 0.154 0.186 0.290 0.168 0.026 0.001 31 Q 0.447 0.373 0.148 0.029 0.003 0.001 0.001 32 K 0.554 0.298 0.111 0.031 0.006 0.001 0.001 33 L 0.115 0.113 0.146 0.236 0.273 0.114 0.004 34 R 0.041 0.077 0.161 0.359 0.288 0.072 0.002 35 Q 0.191 0.468 0.250 0.078 0.012 0.001 0.001 36 E 0.165 0.306 0.315 0.172 0.038 0.003 0.001 37 Y 0.048 0.059 0.074 0.179 0.385 0.250 0.007 38 L 0.031 0.078 0.196 0.414 0.243 0.037 0.001 39 K 0.261 0.545 0.151 0.038 0.005 0.001 0.001 40 G 0.105 0.169 0.327 0.318 0.075 0.006 0.001 41 F 0.065 0.055 0.075 0.230 0.390 0.180 0.005 42 R 0.132 0.297 0.337 0.181 0.047 0.005 0.001 43 S 0.576 0.342 0.062 0.015 0.004 0.001 0.001 44 S 0.158 0.302 0.313 0.184 0.038 0.005 0.001 45 M 0.052 0.071 0.130 0.333 0.323 0.088 0.003 46 K 0.297 0.366 0.231 0.082 0.020 0.003 0.001 47 N 0.474 0.377 0.102 0.036 0.009 0.002 0.001 48 T 0.105 0.210 0.297 0.259 0.107 0.020 0.001 49 L 0.047 0.059 0.144 0.358 0.319 0.071 0.002 50 K 0.391 0.414 0.153 0.035 0.005 0.001 0.001 51 S 0.259 0.341 0.239 0.124 0.032 0.005 0.001 52 V 0.034 0.049 0.117 0.285 0.376 0.135 0.005 53 K 0.155 0.309 0.275 0.176 0.068 0.015 0.001 54 I 0.092 0.159 0.201 0.263 0.206 0.075 0.005 55 I 0.051 0.164 0.262 0.288 0.184 0.050 0.002 56 D 0.176 0.312 0.276 0.173 0.055 0.008 0.001 57 P 0.597 0.269 0.093 0.031 0.008 0.001 0.001 58 E 0.787 0.165 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 59 G 0.655 0.202 0.091 0.041 0.010 0.001 0.001 60 N 0.442 0.304 0.155 0.074 0.020 0.003 0.001 61 D 0.402 0.311 0.174 0.084 0.026 0.004 0.001 62 V 0.150 0.191 0.254 0.256 0.121 0.026 0.002 63 T 0.328 0.379 0.185 0.079 0.023 0.005 0.001 64 P 0.306 0.257 0.222 0.153 0.055 0.007 0.001 65 E 0.565 0.317 0.089 0.023 0.005 0.001 0.001 66 K 0.115 0.320 0.342 0.180 0.038 0.005 0.001 67 L 0.081 0.104 0.172 0.330 0.254 0.056 0.001 68 K 0.296 0.354 0.243 0.088 0.017 0.001 0.001 69 R 0.623 0.251 0.087 0.031 0.007 0.001 0.001 70 E 0.585 0.271 0.109 0.029 0.005 0.001 0.001 71 Q 0.620 0.228 0.100 0.042 0.009 0.001 0.001 72 R 0.744 0.174 0.057 0.021 0.004 0.001 0.001 73 N 0.786 0.155 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 74 N 0.712 0.189 0.070 0.024 0.004 0.001 0.001 75 K 0.827 0.144 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 76 L 0.683 0.173 0.091 0.042 0.010 0.001 0.001 77 H 0.756 0.169 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001