# TARGET T0332 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1073 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.006 0.101 0.003 0.204 0.315 0.001 0.001 0.002 0.077 0.278 0.003 0.008 2 G 0.001 0.004 0.152 0.002 0.111 0.094 0.001 0.001 0.004 0.071 0.548 0.007 0.005 3 K 0.001 0.012 0.628 0.001 0.028 0.058 0.002 0.001 0.004 0.134 0.095 0.012 0.024 4 S 0.001 0.032 0.528 0.005 0.024 0.034 0.003 0.001 0.014 0.164 0.139 0.017 0.039 5 I 0.001 0.018 0.411 0.015 0.027 0.010 0.001 0.001 0.006 0.297 0.189 0.010 0.015 6 S 0.001 0.003 0.636 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.011 0.244 0.074 0.004 0.004 7 R 0.001 0.003 0.474 0.013 0.004 0.001 0.004 0.003 0.079 0.350 0.045 0.007 0.018 8 L 0.010 0.004 0.106 0.004 0.001 0.001 0.061 0.188 0.581 0.013 0.001 0.012 0.021 9 I 0.011 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.114 0.720 0.130 0.001 0.001 0.004 0.005 10 V 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.179 0.728 0.056 0.001 0.001 0.003 0.005 11 V 0.024 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.193 0.655 0.108 0.001 0.001 0.009 0.004 12 A 0.020 0.002 0.046 0.005 0.001 0.001 0.161 0.370 0.352 0.003 0.001 0.005 0.033 13 S 0.009 0.002 0.227 0.059 0.001 0.001 0.028 0.070 0.470 0.078 0.009 0.026 0.018 14 L 0.010 0.013 0.453 0.007 0.006 0.003 0.006 0.007 0.106 0.233 0.030 0.066 0.061 15 I 0.002 0.046 0.416 0.009 0.045 0.008 0.002 0.002 0.022 0.249 0.131 0.004 0.063 16 D 0.002 0.068 0.328 0.006 0.058 0.011 0.001 0.002 0.007 0.374 0.104 0.027 0.012 17 K 0.001 0.017 0.409 0.003 0.055 0.015 0.001 0.001 0.003 0.406 0.079 0.002 0.011 18 P 0.001 0.004 0.149 0.002 0.144 0.050 0.001 0.001 0.001 0.200 0.446 0.001 0.003 19 T 0.001 0.019 0.169 0.001 0.091 0.094 0.001 0.001 0.002 0.179 0.434 0.005 0.006 20 N 0.002 0.041 0.377 0.001 0.047 0.227 0.001 0.001 0.002 0.200 0.085 0.003 0.015 21 L 0.002 0.005 0.042 0.001 0.024 0.826 0.001 0.001 0.001 0.040 0.056 0.001 0.003 22 G 0.004 0.001 0.010 0.001 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.002 0.001 23 G 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.002 24 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 25 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 T 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.062 0.814 0.001 0.001 0.001 0.009 0.105 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.156 0.001 0.001 0.001 0.011 0.799 0.001 0.001 32 G 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.002 0.014 0.947 0.001 0.001 33 A 0.001 0.005 0.902 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.056 0.008 0.002 0.004 34 S 0.001 0.003 0.309 0.035 0.002 0.001 0.002 0.006 0.174 0.439 0.016 0.006 0.009 35 V 0.002 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.029 0.372 0.549 0.011 0.002 0.005 0.006 36 L 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.863 0.076 0.001 0.001 0.001 0.003 37 V 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.832 0.096 0.001 0.001 0.004 0.001 38 V 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.030 0.633 0.297 0.002 0.001 0.003 0.008 39 G 0.001 0.006 0.340 0.007 0.001 0.001 0.009 0.131 0.451 0.037 0.004 0.007 0.006 40 S 0.001 0.004 0.536 0.006 0.009 0.004 0.001 0.004 0.073 0.286 0.070 0.002 0.006 41 L 0.001 0.007 0.184 0.004 0.107 0.014 0.001 0.001 0.006 0.159 0.514 0.001 0.004 42 Q 0.001 0.015 0.229 0.002 0.164 0.017 0.001 0.001 0.006 0.206 0.347 0.006 0.007 43 C 0.001 0.044 0.436 0.001 0.121 0.033 0.001 0.001 0.008 0.238 0.089 0.005 0.023 44 I 0.002 0.051 0.516 0.001 0.069 0.054 0.001 0.001 0.008 0.183 0.089 0.008 0.018 45 S 0.001 0.019 0.285 0.002 0.112 0.094 0.001 0.001 0.002 0.160 0.313 0.003 0.010 46 D 0.001 0.018 0.332 0.001 0.063 0.126 0.001 0.001 0.001 0.205 0.239 0.006 0.008 47 K 0.001 0.009 0.463 0.001 0.030 0.177 0.001 0.001 0.001 0.253 0.053 0.002 0.011 48 Q 0.001 0.002 0.036 0.001 0.049 0.819 0.001 0.001 0.001 0.029 0.060 0.001 0.003 49 F 0.002 0.003 0.032 0.002 0.034 0.865 0.001 0.001 0.001 0.019 0.038 0.002 0.003 50 Q 0.003 0.003 0.029 0.001 0.026 0.887 0.001 0.001 0.003 0.012 0.018 0.003 0.013 51 H 0.010 0.008 0.052 0.005 0.010 0.853 0.001 0.005 0.007 0.010 0.014 0.003 0.021 52 L 0.010 0.002 0.028 0.006 0.007 0.863 0.001 0.003 0.004 0.025 0.019 0.019 0.011 53 S 0.008 0.002 0.034 0.001 0.011 0.858 0.001 0.003 0.005 0.021 0.037 0.005 0.013 54 V 0.011 0.009 0.065 0.001 0.014 0.761 0.001 0.007 0.005 0.036 0.063 0.008 0.018 55 S 0.009 0.022 0.155 0.002 0.043 0.534 0.002 0.008 0.011 0.061 0.114 0.017 0.023 56 A 0.007 0.005 0.104 0.005 0.082 0.320 0.001 0.003 0.004 0.096 0.354 0.007 0.012 57 E 0.007 0.005 0.150 0.005 0.077 0.148 0.001 0.001 0.003 0.163 0.413 0.015 0.013 58 Q 0.023 0.038 0.294 0.002 0.083 0.165 0.002 0.002 0.008 0.150 0.160 0.020 0.055 59 W 0.064 0.017 0.211 0.010 0.052 0.147 0.010 0.006 0.011 0.200 0.156 0.022 0.093 60 L 0.061 0.009 0.220 0.021 0.057 0.127 0.019 0.007 0.037 0.109 0.144 0.142 0.047 61 P 0.042 0.018 0.208 0.021 0.032 0.087 0.022 0.007 0.045 0.105 0.067 0.015 0.330 62 L 0.014 0.011 0.326 0.018 0.005 0.036 0.011 0.008 0.075 0.086 0.012 0.360 0.037 63 V 0.005 0.007 0.444 0.007 0.003 0.007 0.007 0.006 0.279 0.026 0.008 0.020 0.179 64 E 0.010 0.020 0.250 0.021 0.017 0.009 0.011 0.012 0.525 0.022 0.012 0.021 0.070 65 V 0.024 0.022 0.129 0.028 0.022 0.005 0.014 0.010 0.568 0.036 0.015 0.085 0.042 66 K 0.030 0.021 0.144 0.007 0.011 0.002 0.022 0.008 0.440 0.031 0.020 0.026 0.239 67 P 0.014 0.026 0.383 0.010 0.003 0.001 0.013 0.002 0.173 0.082 0.013 0.171 0.108 68 P 0.001 0.030 0.327 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.461 0.048 0.044 0.053 69 Q 0.001 0.024 0.659 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 0.250 0.018 0.001 0.034 70 L 0.001 0.001 0.044 0.001 0.005 0.892 0.001 0.001 0.001 0.022 0.035 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.001 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.930 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.039 0.001 0.007 0.890 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.001 0.002 78 K 0.001 0.001 0.035 0.001 0.055 0.798 0.001 0.001 0.001 0.010 0.097 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.035 0.001 0.117 0.582 0.001 0.001 0.002 0.029 0.229 0.001 0.002 80 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.040 0.084 0.001 0.001 0.002 0.038 0.815 0.001 0.001 81 G 0.001 0.001 0.066 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.008 0.055 0.860 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.005 0.780 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.124 0.062 0.003 0.005 0.013 83 T 0.001 0.004 0.107 0.027 0.001 0.001 0.010 0.026 0.739 0.045 0.001 0.019 0.021 84 I 0.005 0.002 0.018 0.008 0.001 0.001 0.090 0.349 0.484 0.003 0.001 0.011 0.029 85 I 0.012 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 0.171 0.647 0.132 0.001 0.001 0.011 0.008 86 G 0.021 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.147 0.657 0.124 0.001 0.001 0.010 0.024 87 V 0.019 0.003 0.085 0.010 0.001 0.001 0.100 0.401 0.310 0.013 0.002 0.032 0.023 88 E 0.017 0.008 0.437 0.007 0.002 0.002 0.033 0.055 0.219 0.097 0.015 0.042 0.066 89 Q 0.003 0.011 0.474 0.016 0.018 0.007 0.003 0.005 0.061 0.230 0.115 0.009 0.049 90 T 0.005 0.019 0.391 0.011 0.075 0.021 0.001 0.001 0.011 0.253 0.165 0.023 0.025 91 A 0.002 0.012 0.159 0.008 0.142 0.036 0.001 0.001 0.002 0.255 0.360 0.007 0.016 92 K 0.002 0.007 0.182 0.003 0.105 0.039 0.001 0.001 0.002 0.248 0.388 0.012 0.012 93 S 0.005 0.025 0.469 0.005 0.038 0.050 0.001 0.001 0.008 0.241 0.076 0.009 0.072 94 L 0.007 0.032 0.446 0.003 0.012 0.046 0.002 0.001 0.010 0.196 0.018 0.198 0.031 95 D 0.009 0.085 0.453 0.009 0.027 0.062 0.002 0.001 0.007 0.069 0.024 0.011 0.242 96 L 0.011 0.011 0.174 0.021 0.397 0.184 0.002 0.001 0.002 0.047 0.094 0.025 0.032 97 T 0.012 0.005 0.091 0.018 0.461 0.157 0.002 0.001 0.002 0.065 0.138 0.024 0.025 98 Q 0.005 0.005 0.129 0.006 0.503 0.124 0.002 0.001 0.003 0.061 0.104 0.023 0.037 99 Y 0.005 0.011 0.332 0.003 0.133 0.166 0.003 0.001 0.007 0.136 0.100 0.051 0.053 100 C 0.004 0.027 0.466 0.004 0.055 0.084 0.002 0.001 0.006 0.108 0.154 0.034 0.056 101 F 0.001 0.015 0.371 0.006 0.054 0.064 0.001 0.001 0.003 0.214 0.234 0.013 0.023 102 P 0.001 0.007 0.366 0.015 0.037 0.026 0.001 0.001 0.002 0.202 0.331 0.004 0.008 103 E 0.001 0.007 0.395 0.008 0.016 0.007 0.001 0.001 0.006 0.357 0.195 0.005 0.004 104 K 0.001 0.002 0.562 0.012 0.003 0.003 0.003 0.005 0.056 0.292 0.046 0.004 0.012 105 S 0.006 0.002 0.107 0.008 0.001 0.001 0.062 0.346 0.409 0.034 0.004 0.009 0.012 106 L 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.094 0.833 0.059 0.001 0.001 0.001 0.003 107 L 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.125 0.814 0.046 0.001 0.001 0.002 0.002 108 L 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.073 0.780 0.125 0.001 0.001 0.003 0.003 109 L 0.004 0.004 0.092 0.004 0.001 0.002 0.031 0.289 0.537 0.014 0.005 0.003 0.014 110 G 0.001 0.006 0.536 0.006 0.005 0.008 0.002 0.009 0.195 0.186 0.031 0.006 0.008 111 N 0.001 0.021 0.334 0.005 0.082 0.046 0.001 0.001 0.034 0.248 0.214 0.002 0.013 112 E 0.001 0.024 0.168 0.001 0.219 0.074 0.001 0.001 0.008 0.176 0.317 0.005 0.007 113 R 0.001 0.017 0.172 0.001 0.221 0.078 0.001 0.001 0.003 0.199 0.299 0.003 0.006 114 E 0.001 0.006 0.166 0.001 0.067 0.059 0.001 0.001 0.001 0.331 0.365 0.002 0.004 115 G 0.001 0.028 0.233 0.001 0.025 0.051 0.001 0.001 0.001 0.348 0.305 0.001 0.007 116 I 0.001 0.045 0.782 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.133 0.011 0.004 0.004 117 P 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 118 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.002 0.008 0.001 0.021 0.895 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.006 0.028 0.001 0.040 0.583 0.001 0.001 0.001 0.029 0.309 0.001 0.002 124 L 0.001 0.011 0.243 0.004 0.045 0.257 0.001 0.001 0.003 0.147 0.275 0.005 0.007 125 D 0.001 0.003 0.313 0.011 0.071 0.034 0.001 0.001 0.008 0.188 0.362 0.002 0.006 126 V 0.008 0.010 0.271 0.002 0.079 0.031 0.006 0.011 0.070 0.220 0.237 0.028 0.027 127 C 0.032 0.025 0.216 0.016 0.028 0.032 0.049 0.035 0.279 0.091 0.078 0.019 0.100 128 V 0.091 0.011 0.130 0.001 0.002 0.006 0.103 0.090 0.363 0.012 0.006 0.135 0.050 129 E 0.091 0.014 0.083 0.005 0.001 0.003 0.105 0.151 0.394 0.013 0.003 0.019 0.119 130 I 0.017 0.018 0.368 0.003 0.001 0.002 0.013 0.023 0.264 0.042 0.003 0.213 0.034 131 P 0.005 0.008 0.527 0.012 0.007 0.003 0.006 0.007 0.124 0.083 0.101 0.005 0.114 132 Q 0.003 0.016 0.324 0.010 0.032 0.006 0.001 0.001 0.023 0.214 0.342 0.017 0.011 133 Q 0.002 0.016 0.171 0.004 0.052 0.007 0.001 0.001 0.005 0.205 0.511 0.008 0.016 134 G 0.001 0.004 0.166 0.003 0.035 0.011 0.001 0.001 0.002 0.263 0.503 0.006 0.007 135 I 0.003 0.018 0.403 0.006 0.028 0.026 0.001 0.001 0.004 0.304 0.160 0.009 0.038 136 I 0.019 0.063 0.413 0.003 0.018 0.063 0.006 0.002 0.022 0.133 0.050 0.055 0.153 137 R 0.013 0.018 0.278 0.118 0.014 0.094 0.004 0.003 0.015 0.280 0.076 0.041 0.045 138 S 0.024 0.025 0.265 0.004 0.027 0.263 0.006 0.007 0.021 0.160 0.061 0.058 0.079 139 L 0.017 0.012 0.153 0.003 0.026 0.611 0.004 0.005 0.010 0.073 0.036 0.013 0.037 140 N 0.004 0.005 0.072 0.001 0.017 0.834 0.001 0.001 0.004 0.031 0.020 0.004 0.006 141 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 142 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.901 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.016 0.829 0.001 0.001 0.001 0.020 0.121 0.001 0.001 156 Q 0.001 0.003 0.049 0.001 0.014 0.647 0.001 0.001 0.001 0.065 0.215 0.001 0.004 157 L 0.001 0.011 0.251 0.001 0.014 0.246 0.001 0.001 0.001 0.105 0.360 0.002 0.009 158 L 0.001 0.006 0.761 0.001 0.006 0.046 0.001 0.001 0.001 0.107 0.065 0.003 0.005 159 S 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002