# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 286.338 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.048 0.038 0.019 0.046 0.046 0.063 0.123 0.139 0.174 0.166 0.137 2 G 0.295 0.168 0.048 0.109 0.081 0.069 0.072 0.048 0.045 0.036 0.029 3 K 0.226 0.144 0.065 0.129 0.102 0.089 0.093 0.057 0.046 0.030 0.020 4 S 0.190 0.123 0.045 0.122 0.096 0.107 0.123 0.073 0.055 0.039 0.028 5 I 0.095 0.108 0.084 0.179 0.153 0.119 0.108 0.058 0.046 0.029 0.022 6 S 0.172 0.116 0.102 0.179 0.125 0.094 0.102 0.050 0.033 0.018 0.011 7 R 0.054 0.106 0.148 0.261 0.193 0.120 0.073 0.025 0.011 0.005 0.002 8 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.031 0.149 0.227 0.238 0.214 0.119 9 I 0.001 0.004 0.010 0.063 0.115 0.178 0.226 0.155 0.106 0.077 0.065 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.062 0.147 0.259 0.298 0.218 11 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.017 0.028 0.110 0.190 0.236 0.223 0.179 12 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.057 0.112 0.237 0.281 0.288 13 S 0.012 0.017 0.015 0.124 0.157 0.162 0.202 0.140 0.104 0.047 0.022 14 L 0.024 0.087 0.039 0.161 0.154 0.155 0.192 0.099 0.054 0.025 0.009 15 I 0.013 0.012 0.010 0.032 0.037 0.043 0.088 0.129 0.197 0.208 0.231 16 D 0.158 0.200 0.058 0.214 0.163 0.099 0.064 0.023 0.011 0.005 0.004 17 K 0.143 0.211 0.055 0.189 0.157 0.102 0.078 0.034 0.018 0.008 0.003 18 P 0.053 0.031 0.013 0.054 0.072 0.104 0.163 0.141 0.149 0.120 0.099 19 T 0.166 0.119 0.052 0.171 0.155 0.125 0.119 0.043 0.027 0.014 0.011 20 N 0.005 0.012 0.010 0.033 0.052 0.080 0.213 0.180 0.191 0.141 0.083 21 L 0.004 0.004 0.004 0.014 0.019 0.036 0.108 0.143 0.214 0.246 0.208 22 G 0.012 0.011 0.019 0.054 0.088 0.139 0.233 0.155 0.133 0.091 0.065 23 G 0.002 0.005 0.014 0.019 0.022 0.038 0.144 0.198 0.222 0.209 0.128 24 L 0.001 0.002 0.007 0.010 0.010 0.015 0.064 0.128 0.213 0.281 0.269 25 C 0.004 0.005 0.027 0.019 0.019 0.025 0.084 0.121 0.201 0.243 0.251 26 R 0.003 0.007 0.042 0.060 0.088 0.106 0.215 0.161 0.148 0.101 0.069 27 T 0.001 0.004 0.022 0.019 0.015 0.020 0.081 0.139 0.250 0.249 0.200 28 C 0.003 0.001 0.007 0.013 0.019 0.034 0.107 0.145 0.241 0.243 0.186 29 E 0.016 0.017 0.090 0.101 0.117 0.165 0.232 0.114 0.075 0.043 0.031 30 V 0.004 0.013 0.074 0.062 0.064 0.091 0.187 0.161 0.153 0.106 0.085 31 F 0.005 0.003 0.005 0.010 0.010 0.021 0.077 0.117 0.203 0.266 0.285 32 G 0.112 0.149 0.082 0.165 0.126 0.111 0.123 0.052 0.040 0.024 0.015 33 A 0.002 0.003 0.005 0.009 0.010 0.014 0.046 0.097 0.216 0.257 0.341 34 S 0.113 0.155 0.106 0.236 0.168 0.101 0.075 0.024 0.012 0.006 0.004 35 V 0.008 0.022 0.017 0.071 0.098 0.159 0.261 0.154 0.110 0.062 0.037 36 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.015 0.050 0.103 0.208 0.283 0.327 37 V 0.003 0.005 0.005 0.022 0.035 0.058 0.143 0.161 0.210 0.185 0.173 38 V 0.001 0.003 0.005 0.011 0.013 0.019 0.070 0.131 0.228 0.260 0.258 39 G 0.017 0.027 0.022 0.098 0.124 0.147 0.205 0.143 0.110 0.065 0.042 40 S 0.153 0.161 0.072 0.220 0.150 0.092 0.078 0.038 0.021 0.011 0.005 41 L 0.058 0.043 0.026 0.088 0.099 0.109 0.159 0.131 0.132 0.101 0.054 42 Q 0.157 0.215 0.081 0.194 0.128 0.082 0.071 0.031 0.022 0.012 0.007 43 C 0.039 0.031 0.015 0.046 0.053 0.071 0.154 0.158 0.173 0.159 0.101 44 I 0.107 0.120 0.051 0.129 0.113 0.113 0.130 0.084 0.070 0.052 0.033 45 S 0.186 0.151 0.064 0.124 0.103 0.087 0.093 0.065 0.060 0.044 0.024 46 D 0.272 0.142 0.060 0.125 0.095 0.080 0.082 0.051 0.044 0.031 0.017 47 K 0.400 0.166 0.087 0.137 0.080 0.047 0.038 0.018 0.015 0.009 0.005 48 Q 0.299 0.117 0.094 0.149 0.092 0.079 0.075 0.038 0.031 0.017 0.010 49 F 0.081 0.060 0.094 0.142 0.120 0.125 0.148 0.090 0.071 0.044 0.024 50 Q 0.077 0.043 0.117 0.092 0.077 0.106 0.165 0.116 0.099 0.067 0.041 51 H 0.026 0.058 0.171 0.182 0.157 0.133 0.119 0.070 0.048 0.026 0.010 52 L 0.028 0.039 0.088 0.066 0.069 0.092 0.141 0.126 0.150 0.121 0.080 53 S 0.066 0.058 0.102 0.127 0.120 0.119 0.134 0.087 0.088 0.062 0.037 54 V 0.059 0.040 0.076 0.074 0.077 0.094 0.151 0.117 0.142 0.105 0.065 55 S 0.040 0.064 0.074 0.083 0.069 0.079 0.124 0.118 0.149 0.113 0.086 56 A 0.068 0.034 0.059 0.078 0.075 0.108 0.157 0.121 0.136 0.100 0.064 57 E 0.200 0.098 0.150 0.142 0.101 0.088 0.091 0.051 0.041 0.024 0.015 58 Q 0.029 0.041 0.093 0.090 0.083 0.105 0.169 0.125 0.125 0.085 0.057 59 W 0.023 0.016 0.019 0.034 0.039 0.059 0.115 0.128 0.177 0.198 0.192 60 L 0.056 0.076 0.091 0.123 0.113 0.123 0.152 0.097 0.086 0.054 0.028 61 P 0.088 0.090 0.135 0.178 0.154 0.126 0.110 0.052 0.037 0.019 0.010 62 L 0.008 0.008 0.007 0.018 0.025 0.038 0.110 0.144 0.214 0.227 0.202 63 V 0.070 0.082 0.072 0.167 0.152 0.141 0.141 0.074 0.055 0.030 0.016 64 E 0.072 0.064 0.073 0.149 0.140 0.135 0.159 0.090 0.067 0.035 0.017 65 V 0.022 0.022 0.016 0.045 0.067 0.088 0.183 0.191 0.169 0.127 0.071 66 K 0.075 0.298 0.080 0.176 0.126 0.085 0.074 0.037 0.026 0.016 0.008 67 P 0.042 0.047 0.019 0.079 0.111 0.143 0.191 0.133 0.114 0.077 0.044 68 P 0.715 0.138 0.044 0.055 0.026 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.058 0.200 0.080 0.265 0.173 0.105 0.072 0.026 0.014 0.006 0.003 70 L 0.002 0.004 0.003 0.008 0.012 0.031 0.101 0.152 0.242 0.243 0.201 71 I 0.019 0.016 0.035 0.129 0.188 0.286 0.217 0.064 0.031 0.011 0.004 72 D 0.025 0.076 0.556 0.235 0.069 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.008 0.019 0.028 0.075 0.233 0.220 0.190 0.140 0.085 74 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 0.077 0.135 0.248 0.293 0.223 75 Q 0.001 0.007 0.397 0.236 0.184 0.102 0.053 0.012 0.005 0.001 0.001 76 Q 0.003 0.021 0.260 0.244 0.191 0.167 0.084 0.019 0.007 0.003 0.001 77 K 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.024 0.131 0.175 0.259 0.244 0.151 78 K 0.010 0.017 0.031 0.090 0.108 0.189 0.286 0.144 0.068 0.034 0.023 79 T 0.046 0.102 0.697 0.094 0.039 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.051 0.080 0.078 0.201 0.185 0.180 0.155 0.044 0.016 0.007 0.002 81 G 0.627 0.209 0.045 0.068 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.041 0.137 0.192 0.258 0.201 0.143 83 T 0.009 0.051 0.052 0.204 0.232 0.228 0.148 0.043 0.020 0.009 0.006 84 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.073 0.150 0.249 0.257 0.245 85 I 0.002 0.002 0.002 0.009 0.018 0.041 0.153 0.214 0.224 0.190 0.145 86 G 0.001 0.003 0.002 0.010 0.013 0.021 0.071 0.123 0.224 0.260 0.271 87 V 0.002 0.003 0.003 0.020 0.027 0.046 0.114 0.144 0.229 0.232 0.179 88 E 0.022 0.035 0.027 0.126 0.169 0.164 0.198 0.131 0.079 0.034 0.013 89 Q 0.051 0.070 0.049 0.112 0.109 0.120 0.170 0.126 0.095 0.068 0.030 90 T 0.076 0.111 0.062 0.158 0.135 0.107 0.124 0.083 0.068 0.048 0.028 91 A 0.382 0.162 0.075 0.129 0.081 0.058 0.049 0.027 0.019 0.012 0.006 92 K 0.277 0.151 0.097 0.165 0.110 0.075 0.062 0.028 0.018 0.010 0.006 93 S 0.077 0.065 0.040 0.081 0.075 0.092 0.155 0.128 0.124 0.093 0.069 94 L 0.069 0.069 0.059 0.138 0.149 0.156 0.160 0.089 0.063 0.034 0.015 95 D 0.296 0.231 0.185 0.154 0.070 0.031 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 96 L 0.005 0.006 0.008 0.019 0.028 0.050 0.137 0.157 0.215 0.202 0.172 97 T 0.076 0.092 0.069 0.184 0.173 0.138 0.133 0.061 0.042 0.021 0.012 98 Q 0.134 0.139 0.134 0.214 0.136 0.099 0.077 0.032 0.020 0.010 0.006 99 Y 0.016 0.024 0.029 0.061 0.077 0.122 0.203 0.154 0.141 0.104 0.068 100 C 0.088 0.108 0.043 0.137 0.118 0.119 0.140 0.088 0.075 0.047 0.038 101 F 0.015 0.017 0.009 0.027 0.036 0.065 0.156 0.145 0.180 0.162 0.188 102 P 0.293 0.212 0.120 0.179 0.086 0.049 0.034 0.012 0.008 0.004 0.003 103 E 0.425 0.191 0.067 0.161 0.085 0.037 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 104 K 0.023 0.055 0.043 0.162 0.180 0.162 0.160 0.101 0.064 0.034 0.016 105 S 0.001 0.002 0.003 0.019 0.060 0.138 0.265 0.227 0.158 0.085 0.043 106 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.033 0.146 0.237 0.223 0.191 0.154 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.052 0.151 0.224 0.303 0.258 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.113 0.233 0.297 0.312 109 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.039 0.096 0.207 0.293 0.352 110 G 0.001 0.003 0.003 0.020 0.039 0.064 0.163 0.196 0.218 0.174 0.120 111 N 0.034 0.103 0.042 0.220 0.209 0.148 0.126 0.066 0.032 0.015 0.006 112 E 0.004 0.007 0.005 0.024 0.056 0.067 0.155 0.177 0.221 0.156 0.127 113 R 0.193 0.180 0.099 0.222 0.147 0.077 0.051 0.017 0.008 0.003 0.002 114 E 0.323 0.156 0.042 0.176 0.121 0.073 0.064 0.022 0.013 0.007 0.003 115 G 0.207 0.104 0.051 0.098 0.090 0.107 0.130 0.080 0.064 0.044 0.025 116 I 0.003 0.018 0.005 0.018 0.031 0.071 0.139 0.139 0.163 0.206 0.206 117 P 0.045 0.390 0.101 0.169 0.123 0.073 0.056 0.021 0.012 0.006 0.003 118 A 0.881 0.058 0.023 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.704 0.116 0.071 0.078 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.003 0.008 0.020 0.026 0.083 0.256 0.220 0.205 0.124 0.055 121 I 0.002 0.004 0.034 0.069 0.140 0.283 0.285 0.108 0.049 0.020 0.007 122 Q 0.010 0.020 0.891 0.057 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.004 0.015 0.119 0.146 0.181 0.247 0.211 0.048 0.019 0.008 0.002 124 L 0.001 0.002 0.011 0.005 0.005 0.008 0.052 0.095 0.204 0.288 0.329 125 D 0.013 0.039 0.194 0.248 0.257 0.148 0.068 0.020 0.008 0.003 0.001 126 V 0.014 0.041 0.474 0.145 0.114 0.092 0.080 0.023 0.011 0.004 0.001 127 C 0.003 0.012 0.031 0.077 0.116 0.170 0.268 0.149 0.093 0.056 0.026 128 V 0.003 0.003 0.005 0.006 0.007 0.013 0.096 0.167 0.265 0.257 0.179 129 E 0.010 0.048 0.139 0.267 0.241 0.143 0.082 0.036 0.020 0.009 0.004 130 I 0.003 0.006 0.010 0.012 0.013 0.024 0.089 0.140 0.246 0.264 0.193 131 P 0.044 0.069 0.048 0.234 0.225 0.137 0.129 0.064 0.034 0.012 0.005 132 Q 0.023 0.021 0.009 0.028 0.034 0.053 0.153 0.157 0.203 0.176 0.143 133 Q 0.151 0.213 0.079 0.244 0.152 0.076 0.047 0.019 0.011 0.005 0.003 134 G 0.292 0.164 0.036 0.129 0.103 0.093 0.089 0.042 0.027 0.016 0.009 135 I 0.188 0.150 0.055 0.188 0.169 0.104 0.079 0.031 0.019 0.012 0.007 136 I 0.027 0.021 0.011 0.048 0.069 0.087 0.215 0.167 0.177 0.114 0.064 137 R 0.032 0.059 0.047 0.213 0.251 0.196 0.131 0.038 0.021 0.008 0.003 138 S 0.018 0.013 0.017 0.035 0.055 0.090 0.241 0.187 0.162 0.117 0.065 139 L 0.014 0.006 0.018 0.031 0.042 0.069 0.179 0.167 0.194 0.167 0.112 140 N 0.005 0.008 0.033 0.023 0.021 0.033 0.146 0.158 0.221 0.217 0.135 141 V 0.004 0.006 0.053 0.023 0.019 0.025 0.105 0.145 0.197 0.234 0.190 142 H 0.004 0.005 0.051 0.018 0.021 0.034 0.165 0.173 0.213 0.194 0.122 143 V 0.005 0.005 0.093 0.030 0.025 0.029 0.127 0.145 0.219 0.207 0.113 144 S 0.002 0.003 0.074 0.020 0.023 0.040 0.194 0.156 0.204 0.179 0.105 145 G 0.002 0.002 0.117 0.014 0.014 0.029 0.169 0.141 0.208 0.188 0.115 146 A 0.002 0.004 0.178 0.021 0.018 0.030 0.148 0.132 0.174 0.174 0.119 147 L 0.002 0.004 0.141 0.014 0.011 0.017 0.088 0.125 0.198 0.226 0.174 148 L 0.002 0.003 0.085 0.009 0.007 0.012 0.075 0.113 0.212 0.257 0.225 149 I 0.002 0.005 0.217 0.022 0.013 0.015 0.064 0.090 0.175 0.207 0.190 150 W 0.002 0.007 0.170 0.031 0.030 0.049 0.202 0.150 0.178 0.114 0.067 151 E 0.005 0.007 0.175 0.039 0.037 0.064 0.220 0.128 0.157 0.107 0.061 152 Y 0.012 0.015 0.225 0.067 0.058 0.084 0.201 0.105 0.109 0.077 0.046 153 T 0.013 0.022 0.170 0.136 0.112 0.106 0.182 0.108 0.087 0.043 0.021 154 R 0.010 0.011 0.073 0.040 0.039 0.058 0.188 0.169 0.188 0.149 0.075 155 Q 0.004 0.011 0.111 0.096 0.095 0.124 0.220 0.134 0.105 0.068 0.032 156 Q 0.016 0.031 0.231 0.130 0.142 0.136 0.169 0.077 0.040 0.019 0.008 157 L 0.040 0.049 0.115 0.177 0.165 0.163 0.158 0.067 0.037 0.021 0.008 158 L 0.032 0.045 0.081 0.066 0.064 0.075 0.150 0.135 0.168 0.128 0.055 159 S 0.150 0.166 0.106 0.156 0.131 0.091 0.091 0.052 0.032 0.016 0.009