# TARGET T0332 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1073 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 G 0.032 0.024 0.017 0.023 0.008 0.063 0.834 3 K 0.039 0.015 0.029 0.023 0.207 0.096 0.590 4 S 0.049 0.020 0.038 0.024 0.184 0.127 0.560 5 I 0.035 0.022 0.024 0.014 0.277 0.077 0.552 6 S 0.027 0.006 0.007 0.003 0.383 0.028 0.547 7 R 0.069 0.003 0.006 0.001 0.287 0.048 0.586 8 L 0.614 0.018 0.004 0.001 0.048 0.010 0.306 9 I 0.920 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.061 10 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 11 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 12 A 0.911 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.067 13 S 0.591 0.021 0.002 0.001 0.045 0.006 0.334 14 L 0.140 0.022 0.022 0.002 0.217 0.079 0.519 15 I 0.042 0.019 0.025 0.003 0.300 0.150 0.461 16 D 0.009 0.019 0.022 0.004 0.473 0.116 0.356 17 K 0.003 0.011 0.010 0.008 0.481 0.034 0.453 18 P 0.002 0.006 0.070 0.085 0.185 0.382 0.270 19 T 0.002 0.005 0.102 0.196 0.157 0.410 0.127 20 N 0.007 0.021 0.065 0.579 0.107 0.067 0.154 21 L 0.003 0.003 0.008 0.933 0.014 0.011 0.028 22 G 0.002 0.001 0.003 0.977 0.004 0.005 0.008 23 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.004 0.003 24 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.012 0.004 28 C 0.001 0.001 0.004 0.977 0.003 0.009 0.006 29 E 0.001 0.001 0.015 0.948 0.004 0.028 0.003 30 V 0.001 0.001 0.045 0.778 0.011 0.156 0.009 31 F 0.001 0.002 0.031 0.345 0.020 0.591 0.010 32 G 0.005 0.004 0.013 0.041 0.047 0.831 0.059 33 A 0.040 0.004 0.004 0.006 0.136 0.023 0.786 34 S 0.225 0.002 0.007 0.003 0.358 0.028 0.376 35 V 0.893 0.009 0.003 0.001 0.023 0.007 0.064 36 L 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 37 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 38 V 0.921 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 39 G 0.468 0.012 0.002 0.001 0.074 0.013 0.430 40 S 0.098 0.009 0.016 0.007 0.290 0.127 0.452 41 L 0.022 0.012 0.053 0.011 0.302 0.393 0.208 42 Q 0.021 0.016 0.083 0.016 0.311 0.332 0.222 43 C 0.030 0.036 0.063 0.026 0.323 0.093 0.429 44 I 0.028 0.030 0.052 0.043 0.215 0.137 0.496 45 S 0.023 0.018 0.067 0.081 0.156 0.294 0.361 46 D 0.018 0.019 0.033 0.114 0.282 0.178 0.356 47 K 0.018 0.009 0.013 0.207 0.236 0.046 0.471 48 Q 0.006 0.002 0.025 0.857 0.024 0.047 0.039 49 F 0.009 0.002 0.021 0.894 0.017 0.035 0.022 50 Q 0.017 0.004 0.019 0.917 0.009 0.017 0.016 51 H 0.027 0.003 0.010 0.919 0.009 0.016 0.017 52 L 0.039 0.002 0.012 0.881 0.010 0.041 0.016 53 S 0.039 0.004 0.022 0.812 0.018 0.074 0.031 54 V 0.040 0.006 0.028 0.693 0.048 0.118 0.066 55 S 0.050 0.011 0.041 0.481 0.083 0.175 0.159 56 A 0.015 0.003 0.052 0.353 0.098 0.405 0.074 57 E 0.015 0.003 0.063 0.171 0.117 0.535 0.095 58 Q 0.062 0.019 0.093 0.168 0.156 0.125 0.376 59 W 0.189 0.021 0.141 0.170 0.094 0.102 0.282 60 L 0.296 0.009 0.144 0.148 0.108 0.128 0.167 61 P 0.378 0.028 0.108 0.095 0.072 0.140 0.179 62 L 0.482 0.009 0.009 0.023 0.124 0.014 0.340 63 V 0.628 0.004 0.005 0.007 0.076 0.009 0.270 64 E 0.868 0.018 0.004 0.006 0.011 0.004 0.089 65 V 0.914 0.004 0.003 0.003 0.012 0.004 0.060 66 K 0.899 0.005 0.003 0.003 0.013 0.004 0.073 67 P 0.588 0.012 0.003 0.005 0.041 0.013 0.338 68 P 0.155 0.021 0.003 0.004 0.384 0.038 0.396 69 Q 0.065 0.036 0.001 0.009 0.369 0.012 0.509 70 L 0.001 0.001 0.018 0.941 0.013 0.010 0.016 71 I 0.001 0.001 0.008 0.982 0.003 0.005 0.002 72 D 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.005 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.004 0.959 0.001 0.033 0.002 76 Q 0.001 0.001 0.004 0.953 0.003 0.036 0.004 77 K 0.002 0.002 0.010 0.932 0.015 0.024 0.014 78 K 0.003 0.002 0.034 0.867 0.010 0.059 0.024 79 T 0.003 0.002 0.046 0.721 0.029 0.177 0.022 80 E 0.001 0.001 0.018 0.156 0.051 0.762 0.011 81 G 0.004 0.001 0.002 0.005 0.052 0.878 0.059 82 Y 0.143 0.003 0.001 0.001 0.075 0.006 0.771 83 T 0.846 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.123 84 I 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 85 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 86 G 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 87 V 0.852 0.006 0.002 0.001 0.018 0.003 0.119 88 E 0.594 0.011 0.004 0.004 0.069 0.015 0.303 89 Q 0.208 0.009 0.025 0.014 0.186 0.144 0.414 90 T 0.075 0.015 0.045 0.020 0.250 0.195 0.400 91 A 0.038 0.007 0.122 0.040 0.269 0.334 0.190 92 K 0.045 0.007 0.104 0.046 0.271 0.318 0.210 93 S 0.149 0.028 0.069 0.047 0.219 0.130 0.358 94 L 0.320 0.039 0.024 0.045 0.136 0.038 0.398 95 D 0.366 0.039 0.025 0.047 0.047 0.032 0.445 96 L 0.246 0.021 0.218 0.137 0.061 0.089 0.229 97 T 0.206 0.014 0.282 0.141 0.073 0.122 0.161 98 Q 0.236 0.015 0.234 0.124 0.093 0.088 0.209 99 Y 0.247 0.037 0.057 0.090 0.127 0.056 0.386 100 C 0.157 0.046 0.037 0.037 0.109 0.122 0.493 101 F 0.097 0.030 0.027 0.030 0.261 0.182 0.375 102 P 0.049 0.034 0.021 0.008 0.366 0.162 0.359 103 E 0.036 0.006 0.012 0.004 0.561 0.105 0.276 104 K 0.118 0.002 0.003 0.001 0.364 0.057 0.455 105 S 0.892 0.008 0.001 0.001 0.025 0.003 0.071 106 L 0.986 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 107 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 108 L 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 109 L 0.670 0.003 0.001 0.001 0.035 0.005 0.286 110 G 0.268 0.008 0.002 0.001 0.291 0.019 0.411 111 N 0.100 0.046 0.021 0.006 0.346 0.061 0.419 112 E 0.029 0.025 0.144 0.023 0.232 0.203 0.345 113 R 0.013 0.010 0.232 0.023 0.207 0.343 0.171 114 E 0.006 0.004 0.191 0.025 0.236 0.387 0.151 115 G 0.007 0.025 0.081 0.024 0.325 0.292 0.245 116 I 0.008 0.076 0.015 0.031 0.251 0.029 0.589 117 P 0.004 0.006 0.002 0.042 0.056 0.005 0.885 118 A 0.001 0.001 0.015 0.972 0.002 0.007 0.004 119 N 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.008 0.001 120 L 0.001 0.001 0.017 0.970 0.001 0.011 0.001 121 I 0.001 0.001 0.017 0.961 0.002 0.016 0.004 122 Q 0.005 0.001 0.031 0.740 0.009 0.202 0.012 123 Q 0.009 0.005 0.059 0.404 0.030 0.455 0.038 124 L 0.052 0.017 0.022 0.066 0.204 0.123 0.516 125 D 0.100 0.002 0.008 0.010 0.367 0.069 0.444 126 V 0.561 0.001 0.003 0.006 0.334 0.023 0.072 127 C 0.966 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 128 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 129 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 130 I 0.843 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.138 131 P 0.295 0.003 0.001 0.001 0.124 0.015 0.560 132 Q 0.110 0.024 0.009 0.002 0.302 0.117 0.437 133 Q 0.064 0.041 0.019 0.003 0.355 0.129 0.390 134 G 0.051 0.007 0.016 0.005 0.544 0.140 0.237 135 I 0.069 0.012 0.086 0.061 0.296 0.182 0.293 136 I 0.223 0.039 0.050 0.086 0.119 0.086 0.397 137 R 0.386 0.023 0.030 0.159 0.108 0.047 0.248 138 S 0.375 0.024 0.016 0.222 0.060 0.022 0.281 139 L 0.045 0.004 0.021 0.838 0.030 0.026 0.036 140 N 0.016 0.001 0.010 0.922 0.013 0.015 0.022 141 V 0.005 0.001 0.004 0.966 0.006 0.007 0.012 142 H 0.002 0.001 0.001 0.983 0.004 0.004 0.005 143 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 144 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 154 R 0.001 0.001 0.002 0.949 0.002 0.043 0.003 155 Q 0.001 0.001 0.005 0.847 0.007 0.128 0.012 156 Q 0.001 0.001 0.008 0.496 0.073 0.365 0.056 157 L 0.002 0.005 0.010 0.244 0.093 0.332 0.313 158 L 0.001 0.002 0.001 0.010 0.003 0.009 0.974 159 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999