# TARGET T0332 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1073 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.026 0.302 0.148 0.084 0.085 0.049 0.059 0.141 0.047 0.047 0.013 2 G 0.040 0.051 0.051 0.062 0.039 0.020 0.010 0.048 0.045 0.479 0.154 3 K 0.103 0.252 0.090 0.017 0.191 0.017 0.035 0.111 0.074 0.072 0.038 4 S 0.129 0.223 0.090 0.014 0.284 0.011 0.024 0.082 0.055 0.047 0.041 5 I 0.070 0.173 0.167 0.092 0.175 0.052 0.079 0.077 0.051 0.046 0.018 6 S 0.042 0.242 0.207 0.081 0.131 0.049 0.118 0.066 0.032 0.022 0.010 7 R 0.162 0.158 0.035 0.025 0.224 0.027 0.046 0.052 0.051 0.099 0.120 8 L 0.150 0.166 0.013 0.006 0.609 0.004 0.004 0.005 0.003 0.017 0.024 9 I 0.211 0.040 0.001 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 10 V 0.276 0.031 0.001 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 11 V 0.230 0.073 0.006 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 12 A 0.401 0.074 0.018 0.004 0.360 0.001 0.001 0.004 0.003 0.013 0.120 13 S 0.021 0.040 0.016 0.064 0.034 0.229 0.363 0.089 0.066 0.063 0.015 14 L 0.133 0.220 0.104 0.019 0.312 0.002 0.002 0.010 0.017 0.066 0.116 15 I 0.222 0.078 0.014 0.007 0.306 0.011 0.026 0.134 0.111 0.052 0.040 16 D 0.038 0.086 0.052 0.031 0.098 0.056 0.261 0.140 0.092 0.114 0.031 17 K 0.167 0.157 0.123 0.069 0.218 0.022 0.014 0.046 0.041 0.081 0.063 18 P 0.034 0.090 0.064 0.040 0.074 0.030 0.040 0.215 0.231 0.155 0.028 19 T 0.010 0.093 0.064 0.039 0.028 0.083 0.163 0.252 0.113 0.133 0.023 20 N 0.106 0.029 0.011 0.005 0.104 0.005 0.019 0.345 0.135 0.190 0.050 21 L 0.003 0.020 0.015 0.003 0.005 0.004 0.008 0.658 0.240 0.041 0.004 22 G 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.871 0.104 0.012 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.001 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.050 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.034 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.924 0.067 0.002 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.080 0.818 0.097 0.001 0.001 30 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.138 0.649 0.179 0.020 0.001 31 F 0.001 0.560 0.403 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.256 0.011 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.009 0.182 0.496 33 A 0.294 0.112 0.003 0.001 0.481 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.086 34 S 0.001 0.001 0.001 0.055 0.004 0.329 0.530 0.053 0.016 0.008 0.001 35 V 0.222 0.126 0.025 0.006 0.573 0.001 0.001 0.006 0.005 0.022 0.014 36 L 0.169 0.069 0.002 0.001 0.748 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 37 V 0.168 0.035 0.003 0.001 0.687 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.085 38 V 0.215 0.160 0.033 0.006 0.451 0.002 0.007 0.005 0.002 0.016 0.103 39 G 0.074 0.228 0.099 0.046 0.181 0.055 0.090 0.054 0.039 0.097 0.038 40 S 0.075 0.237 0.190 0.060 0.150 0.026 0.029 0.066 0.061 0.052 0.054 41 L 0.014 0.046 0.027 0.050 0.033 0.083 0.131 0.251 0.244 0.105 0.015 42 Q 0.029 0.066 0.061 0.034 0.047 0.037 0.076 0.124 0.152 0.312 0.061 43 C 0.077 0.168 0.073 0.015 0.146 0.013 0.014 0.068 0.118 0.248 0.059 44 I 0.052 0.220 0.136 0.019 0.186 0.016 0.032 0.117 0.123 0.073 0.027 45 S 0.044 0.167 0.106 0.019 0.107 0.013 0.039 0.212 0.163 0.106 0.024 46 D 0.060 0.140 0.076 0.012 0.114 0.022 0.074 0.146 0.093 0.222 0.040 47 K 0.055 0.392 0.150 0.014 0.179 0.005 0.007 0.092 0.048 0.036 0.021 48 Q 0.006 0.005 0.003 0.001 0.012 0.002 0.009 0.665 0.270 0.022 0.005 49 F 0.001 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.014 0.817 0.134 0.017 0.001 50 Q 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.861 0.089 0.023 0.002 51 H 0.008 0.005 0.001 0.002 0.012 0.003 0.016 0.853 0.086 0.012 0.003 52 L 0.010 0.011 0.004 0.004 0.021 0.004 0.023 0.803 0.105 0.009 0.006 53 S 0.019 0.015 0.006 0.004 0.035 0.006 0.041 0.743 0.083 0.040 0.008 54 V 0.031 0.046 0.018 0.008 0.047 0.008 0.043 0.639 0.099 0.050 0.011 55 S 0.057 0.085 0.069 0.032 0.072 0.027 0.032 0.409 0.078 0.107 0.033 56 A 0.016 0.147 0.058 0.044 0.049 0.057 0.082 0.404 0.097 0.035 0.010 57 E 0.051 0.045 0.051 0.036 0.050 0.017 0.025 0.208 0.095 0.313 0.109 58 Q 0.079 0.088 0.021 0.010 0.131 0.016 0.059 0.337 0.151 0.077 0.031 59 W 0.158 0.069 0.013 0.010 0.214 0.016 0.026 0.243 0.132 0.072 0.047 60 L 0.033 0.165 0.046 0.033 0.138 0.027 0.083 0.290 0.116 0.061 0.009 61 P 0.240 0.034 0.011 0.006 0.156 0.009 0.058 0.103 0.058 0.234 0.090 62 L 0.067 0.480 0.092 0.016 0.260 0.010 0.009 0.019 0.012 0.016 0.020 63 V 0.158 0.193 0.034 0.004 0.464 0.005 0.011 0.040 0.023 0.021 0.047 64 E 0.320 0.086 0.016 0.003 0.407 0.004 0.007 0.030 0.038 0.034 0.053 65 V 0.100 0.284 0.028 0.005 0.464 0.010 0.015 0.038 0.031 0.011 0.014 66 K 0.253 0.095 0.022 0.002 0.331 0.003 0.004 0.010 0.019 0.116 0.145 67 P 0.162 0.245 0.043 0.004 0.442 0.002 0.003 0.014 0.021 0.024 0.040 68 P 0.010 0.037 0.017 0.018 0.033 0.128 0.205 0.293 0.186 0.061 0.012 69 Q 0.079 0.399 0.244 0.006 0.166 0.001 0.001 0.016 0.009 0.049 0.031 70 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.602 0.316 0.047 0.007 71 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.896 0.087 0.002 0.001 72 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.054 0.011 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.066 0.022 0.001 74 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.866 0.115 0.010 0.001 75 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.914 0.066 0.003 0.001 76 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.837 0.095 0.047 0.001 77 K 0.015 0.009 0.002 0.001 0.020 0.001 0.006 0.805 0.100 0.030 0.011 78 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.720 0.251 0.006 0.001 79 T 0.001 0.008 0.008 0.008 0.002 0.009 0.051 0.763 0.133 0.018 0.001 80 E 0.001 0.703 0.252 0.004 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 81 G 0.048 0.004 0.003 0.008 0.009 0.003 0.004 0.006 0.008 0.419 0.488 82 Y 0.061 0.493 0.033 0.004 0.381 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.012 83 T 0.134 0.097 0.008 0.003 0.733 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 84 I 0.482 0.029 0.003 0.001 0.459 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 85 I 0.216 0.077 0.010 0.011 0.582 0.016 0.012 0.007 0.002 0.008 0.058 86 G 0.228 0.101 0.026 0.003 0.538 0.001 0.002 0.004 0.003 0.019 0.076 87 V 0.204 0.148 0.041 0.011 0.412 0.012 0.017 0.019 0.017 0.062 0.057 88 E 0.127 0.311 0.106 0.016 0.355 0.007 0.010 0.014 0.007 0.017 0.030 89 Q 0.115 0.170 0.085 0.041 0.131 0.032 0.039 0.134 0.102 0.083 0.068 90 T 0.029 0.205 0.317 0.120 0.075 0.039 0.039 0.079 0.047 0.034 0.016 91 A 0.025 0.112 0.060 0.068 0.052 0.082 0.097 0.202 0.177 0.102 0.022 92 K 0.029 0.083 0.082 0.042 0.057 0.024 0.036 0.125 0.113 0.331 0.078 93 S 0.159 0.109 0.042 0.013 0.182 0.011 0.018 0.064 0.068 0.234 0.101 94 L 0.079 0.377 0.124 0.012 0.275 0.011 0.021 0.048 0.021 0.016 0.016 95 D 0.140 0.345 0.076 0.008 0.259 0.006 0.012 0.045 0.030 0.039 0.041 96 L 0.129 0.044 0.016 0.014 0.171 0.014 0.018 0.189 0.283 0.075 0.047 97 T 0.029 0.050 0.030 0.020 0.051 0.032 0.072 0.407 0.245 0.050 0.013 98 Q 0.107 0.051 0.012 0.006 0.138 0.010 0.038 0.138 0.140 0.300 0.060 99 Y 0.162 0.204 0.032 0.013 0.292 0.012 0.015 0.074 0.065 0.075 0.056 100 C 0.133 0.142 0.060 0.019 0.236 0.018 0.027 0.069 0.088 0.131 0.077 101 F 0.143 0.219 0.111 0.024 0.247 0.010 0.013 0.075 0.063 0.054 0.042 102 P 0.044 0.080 0.057 0.080 0.068 0.075 0.169 0.139 0.137 0.122 0.029 103 E 0.050 0.217 0.158 0.114 0.125 0.044 0.067 0.070 0.069 0.062 0.023 104 K 0.110 0.084 0.026 0.027 0.161 0.048 0.103 0.135 0.105 0.128 0.075 105 S 0.182 0.116 0.011 0.004 0.639 0.001 0.002 0.005 0.003 0.012 0.026 106 L 0.171 0.047 0.002 0.001 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 107 L 0.201 0.061 0.004 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 108 L 0.479 0.026 0.004 0.001 0.380 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.102 109 L 0.120 0.069 0.025 0.062 0.132 0.044 0.068 0.042 0.040 0.279 0.120 110 G 0.021 0.181 0.192 0.285 0.069 0.096 0.059 0.030 0.017 0.036 0.013 111 N 0.104 0.113 0.135 0.078 0.143 0.048 0.043 0.091 0.077 0.091 0.076 112 E 0.058 0.102 0.069 0.044 0.083 0.060 0.158 0.155 0.144 0.085 0.042 113 R 0.062 0.111 0.057 0.060 0.100 0.092 0.100 0.098 0.112 0.172 0.036 114 E 0.034 0.154 0.095 0.086 0.079 0.094 0.090 0.063 0.087 0.164 0.054 115 G 0.039 0.073 0.190 0.158 0.040 0.034 0.014 0.010 0.024 0.285 0.134 116 I 0.022 0.481 0.323 0.010 0.090 0.002 0.003 0.010 0.014 0.035 0.010 117 P 0.008 0.668 0.277 0.002 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 118 A 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.007 0.718 0.250 0.008 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.883 0.103 0.005 0.001 120 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.822 0.108 0.061 0.001 121 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.830 0.144 0.009 0.001 122 Q 0.003 0.006 0.002 0.004 0.005 0.003 0.030 0.805 0.128 0.011 0.004 123 Q 0.004 0.004 0.005 0.002 0.006 0.008 0.053 0.420 0.128 0.360 0.010 124 L 0.109 0.091 0.012 0.003 0.149 0.002 0.015 0.312 0.146 0.097 0.065 125 D 0.017 0.027 0.007 0.014 0.036 0.049 0.173 0.412 0.180 0.073 0.013 126 V 0.022 0.068 0.038 0.029 0.090 0.037 0.135 0.307 0.107 0.154 0.013 127 C 0.351 0.047 0.005 0.002 0.446 0.004 0.013 0.046 0.018 0.020 0.046 128 V 0.176 0.089 0.005 0.003 0.628 0.003 0.007 0.029 0.010 0.017 0.032 129 E 0.245 0.069 0.013 0.003 0.535 0.002 0.006 0.014 0.007 0.045 0.061 130 I 0.120 0.299 0.057 0.008 0.472 0.004 0.005 0.009 0.004 0.005 0.016 131 P 0.262 0.165 0.047 0.005 0.379 0.004 0.008 0.015 0.012 0.031 0.072 132 Q 0.153 0.188 0.146 0.056 0.201 0.030 0.033 0.060 0.037 0.043 0.053 133 Q 0.018 0.141 0.136 0.229 0.054 0.145 0.120 0.083 0.034 0.030 0.010 134 G 0.019 0.050 0.053 0.197 0.024 0.120 0.099 0.124 0.109 0.164 0.042 135 I 0.053 0.082 0.071 0.037 0.087 0.031 0.050 0.150 0.134 0.254 0.051 136 I 0.148 0.155 0.053 0.015 0.197 0.015 0.025 0.139 0.114 0.089 0.050 137 R 0.048 0.071 0.063 0.071 0.083 0.073 0.107 0.231 0.118 0.086 0.050 138 S 0.080 0.166 0.065 0.014 0.195 0.009 0.017 0.217 0.117 0.086 0.035 139 L 0.050 0.112 0.029 0.004 0.132 0.007 0.029 0.390 0.176 0.054 0.018 140 N 0.045 0.043 0.015 0.002 0.073 0.002 0.014 0.602 0.147 0.033 0.024 141 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.811 0.171 0.006 0.001 142 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.935 0.059 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.056 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.046 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.041 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.044 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.038 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.044 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.066 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.899 0.071 0.005 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.764 0.155 0.028 0.001 155 Q 0.005 0.017 0.001 0.002 0.008 0.004 0.074 0.716 0.124 0.045 0.004 156 Q 0.005 0.521 0.106 0.009 0.075 0.029 0.069 0.105 0.054 0.025 0.002 157 L 0.164 0.018 0.011 0.010 0.044 0.007 0.021 0.044 0.041 0.391 0.250 158 L 0.101 0.294 0.183 0.022 0.191 0.012 0.015 0.043 0.039 0.049 0.050 159 S 0.050 0.185 0.067 0.052 0.138 0.040 0.048 0.176 0.116 0.081 0.047