# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.011 0.864 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.051 0.021 0.016 0.012 2 G 0.001 0.006 0.851 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.055 0.045 0.004 0.012 3 K 0.001 0.013 0.519 0.003 0.045 0.037 0.001 0.001 0.001 0.169 0.183 0.011 0.018 4 S 0.001 0.017 0.492 0.004 0.075 0.045 0.001 0.001 0.003 0.149 0.185 0.011 0.018 5 I 0.002 0.016 0.488 0.005 0.091 0.029 0.001 0.002 0.008 0.209 0.120 0.015 0.016 6 S 0.003 0.011 0.448 0.025 0.034 0.005 0.002 0.003 0.034 0.271 0.126 0.010 0.027 7 R 0.011 0.004 0.315 0.050 0.016 0.001 0.014 0.015 0.168 0.250 0.102 0.026 0.026 8 L 0.012 0.001 0.116 0.006 0.001 0.001 0.045 0.207 0.551 0.020 0.001 0.012 0.030 9 I 0.009 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.058 0.681 0.234 0.001 0.001 0.006 0.002 10 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.942 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.954 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.045 0.813 0.128 0.001 0.001 0.001 0.002 13 S 0.005 0.001 0.064 0.011 0.001 0.001 0.021 0.357 0.512 0.010 0.002 0.010 0.007 14 L 0.004 0.006 0.382 0.022 0.015 0.002 0.006 0.015 0.316 0.110 0.075 0.016 0.031 15 I 0.001 0.033 0.579 0.007 0.030 0.003 0.002 0.003 0.078 0.157 0.058 0.008 0.041 16 D 0.001 0.086 0.327 0.008 0.035 0.009 0.001 0.002 0.040 0.353 0.105 0.015 0.016 17 K 0.001 0.008 0.392 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.008 0.524 0.036 0.006 0.007 18 P 0.001 0.007 0.341 0.003 0.055 0.072 0.001 0.001 0.003 0.194 0.312 0.001 0.011 19 T 0.002 0.057 0.243 0.001 0.032 0.211 0.001 0.001 0.009 0.255 0.152 0.028 0.009 20 N 0.001 0.014 0.096 0.001 0.025 0.733 0.001 0.001 0.004 0.056 0.058 0.002 0.011 21 L 0.001 0.001 0.024 0.001 0.006 0.934 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 22 G 0.002 0.001 0.010 0.001 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.211 0.001 0.001 0.001 0.035 0.742 0.001 0.001 32 G 0.001 0.004 0.082 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 0.863 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.001 0.001 0.003 34 S 0.001 0.001 0.165 0.053 0.003 0.001 0.001 0.007 0.035 0.724 0.005 0.004 0.001 35 V 0.005 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.057 0.525 0.359 0.010 0.003 0.004 0.006 36 L 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.112 0.836 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.799 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.006 0.001 0.049 0.002 0.001 0.001 0.036 0.408 0.483 0.002 0.001 0.007 0.007 39 G 0.002 0.002 0.400 0.004 0.001 0.001 0.005 0.025 0.434 0.088 0.010 0.008 0.019 40 S 0.001 0.009 0.443 0.016 0.012 0.002 0.001 0.002 0.126 0.313 0.046 0.010 0.020 41 L 0.001 0.019 0.317 0.006 0.075 0.016 0.001 0.001 0.021 0.274 0.256 0.005 0.010 42 Q 0.001 0.022 0.283 0.003 0.115 0.029 0.001 0.002 0.013 0.259 0.248 0.009 0.016 43 C 0.004 0.038 0.361 0.003 0.081 0.031 0.002 0.002 0.016 0.286 0.125 0.021 0.030 44 I 0.001 0.039 0.621 0.002 0.032 0.029 0.001 0.001 0.009 0.125 0.107 0.010 0.023 45 S 0.001 0.024 0.457 0.001 0.021 0.054 0.001 0.001 0.004 0.224 0.195 0.007 0.012 46 D 0.001 0.006 0.576 0.001 0.015 0.093 0.001 0.001 0.001 0.251 0.050 0.002 0.005 47 K 0.001 0.001 0.027 0.001 0.041 0.737 0.001 0.001 0.001 0.059 0.133 0.001 0.001 48 Q 0.001 0.005 0.032 0.001 0.049 0.724 0.001 0.001 0.001 0.019 0.164 0.001 0.004 49 F 0.005 0.005 0.044 0.003 0.041 0.834 0.001 0.002 0.007 0.015 0.028 0.003 0.012 50 Q 0.006 0.004 0.029 0.007 0.032 0.867 0.001 0.003 0.009 0.012 0.016 0.008 0.005 51 H 0.008 0.003 0.019 0.001 0.036 0.822 0.005 0.006 0.027 0.014 0.034 0.009 0.017 52 L 0.012 0.006 0.020 0.002 0.036 0.773 0.005 0.006 0.011 0.015 0.093 0.008 0.014 53 S 0.013 0.008 0.057 0.005 0.026 0.649 0.005 0.010 0.019 0.034 0.142 0.012 0.021 54 V 0.010 0.009 0.064 0.005 0.039 0.620 0.002 0.003 0.007 0.070 0.140 0.017 0.015 55 S 0.008 0.008 0.141 0.004 0.062 0.427 0.001 0.001 0.008 0.113 0.178 0.016 0.033 56 A 0.008 0.007 0.149 0.003 0.226 0.413 0.001 0.001 0.008 0.049 0.085 0.010 0.042 57 E 0.007 0.004 0.050 0.007 0.507 0.228 0.001 0.001 0.004 0.033 0.133 0.009 0.016 58 Q 0.017 0.004 0.045 0.019 0.395 0.192 0.004 0.004 0.019 0.062 0.183 0.029 0.028 59 W 0.043 0.011 0.083 0.014 0.241 0.145 0.011 0.005 0.041 0.046 0.278 0.009 0.071 60 L 0.029 0.028 0.234 0.027 0.025 0.033 0.007 0.004 0.078 0.249 0.046 0.181 0.061 61 P 0.022 0.011 0.406 0.050 0.035 0.019 0.004 0.005 0.082 0.053 0.087 0.041 0.184 62 L 0.067 0.010 0.124 0.017 0.061 0.029 0.027 0.044 0.316 0.045 0.032 0.024 0.204 63 V 0.079 0.005 0.046 0.015 0.030 0.019 0.049 0.052 0.393 0.052 0.021 0.188 0.052 64 E 0.046 0.012 0.070 0.005 0.008 0.006 0.058 0.025 0.463 0.029 0.010 0.037 0.231 65 V 0.008 0.033 0.216 0.004 0.002 0.002 0.013 0.010 0.466 0.073 0.003 0.122 0.048 66 K 0.001 0.019 0.626 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.189 0.079 0.003 0.006 0.071 67 P 0.001 0.006 0.262 0.001 0.114 0.273 0.001 0.001 0.020 0.138 0.178 0.002 0.005 68 P 0.001 0.002 0.016 0.001 0.309 0.304 0.001 0.001 0.001 0.076 0.292 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.009 0.039 0.001 0.293 0.423 0.001 0.001 0.001 0.087 0.146 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.886 0.001 0.001 0.001 0.005 0.100 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.019 0.832 0.001 0.001 0.001 0.017 0.107 0.001 0.001 78 K 0.001 0.005 0.137 0.001 0.061 0.618 0.001 0.001 0.001 0.053 0.123 0.001 0.001 79 T 0.001 0.005 0.099 0.001 0.143 0.471 0.001 0.001 0.002 0.041 0.234 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.045 0.073 0.001 0.001 0.001 0.042 0.822 0.001 0.001 81 G 0.001 0.001 0.044 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.068 0.866 0.001 0.002 82 Y 0.001 0.007 0.616 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.234 0.055 0.001 0.058 0.018 83 T 0.003 0.009 0.208 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 0.691 0.008 0.001 0.007 0.050 84 I 0.007 0.005 0.059 0.005 0.001 0.001 0.062 0.114 0.694 0.003 0.001 0.028 0.023 85 I 0.013 0.003 0.071 0.033 0.001 0.001 0.125 0.245 0.454 0.005 0.001 0.017 0.032 86 G 0.045 0.001 0.053 0.007 0.001 0.001 0.141 0.407 0.275 0.006 0.003 0.020 0.040 87 V 0.083 0.003 0.101 0.013 0.002 0.003 0.102 0.258 0.294 0.013 0.004 0.068 0.055 88 E 0.049 0.011 0.312 0.011 0.007 0.006 0.028 0.040 0.281 0.048 0.014 0.094 0.100 89 Q 0.024 0.015 0.408 0.021 0.047 0.019 0.009 0.004 0.066 0.167 0.062 0.037 0.120 90 T 0.011 0.030 0.443 0.015 0.090 0.030 0.003 0.001 0.026 0.147 0.092 0.057 0.056 91 A 0.004 0.012 0.145 0.004 0.385 0.052 0.001 0.001 0.005 0.089 0.257 0.009 0.040 92 K 0.002 0.003 0.101 0.005 0.173 0.044 0.001 0.001 0.002 0.105 0.544 0.012 0.009 93 S 0.005 0.010 0.260 0.008 0.086 0.034 0.001 0.001 0.003 0.129 0.426 0.006 0.032 94 L 0.004 0.036 0.504 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.007 0.248 0.009 0.156 0.021 95 D 0.001 0.056 0.723 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 0.020 0.004 0.005 0.171 96 L 0.003 0.016 0.106 0.008 0.325 0.349 0.001 0.001 0.003 0.026 0.132 0.009 0.022 97 T 0.007 0.005 0.073 0.010 0.401 0.213 0.001 0.001 0.004 0.059 0.174 0.030 0.024 98 Q 0.013 0.005 0.085 0.010 0.508 0.161 0.002 0.001 0.004 0.045 0.100 0.013 0.053 99 Y 0.019 0.039 0.314 0.004 0.090 0.174 0.003 0.001 0.013 0.124 0.084 0.062 0.072 100 C 0.010 0.063 0.445 0.009 0.028 0.068 0.003 0.001 0.012 0.132 0.114 0.020 0.095 101 F 0.002 0.027 0.612 0.019 0.008 0.014 0.001 0.001 0.004 0.215 0.055 0.022 0.023 102 P 0.001 0.005 0.691 0.015 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.126 0.129 0.003 0.011 103 E 0.001 0.005 0.278 0.004 0.066 0.002 0.001 0.001 0.010 0.275 0.345 0.007 0.007 104 K 0.002 0.002 0.380 0.016 0.029 0.001 0.002 0.003 0.054 0.357 0.123 0.012 0.018 105 S 0.030 0.002 0.202 0.022 0.006 0.001 0.053 0.142 0.320 0.108 0.005 0.046 0.063 106 L 0.037 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.133 0.682 0.121 0.001 0.001 0.008 0.012 107 L 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.801 0.037 0.001 0.001 0.002 0.002 108 L 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.813 0.055 0.001 0.001 0.002 0.002 109 L 0.016 0.001 0.028 0.005 0.001 0.001 0.058 0.581 0.288 0.001 0.001 0.009 0.012 110 G 0.010 0.003 0.348 0.020 0.004 0.001 0.013 0.070 0.359 0.091 0.027 0.020 0.032 111 N 0.001 0.010 0.351 0.008 0.026 0.005 0.001 0.002 0.084 0.390 0.101 0.007 0.015 112 E 0.001 0.034 0.294 0.002 0.207 0.028 0.001 0.001 0.023 0.199 0.201 0.003 0.009 113 R 0.001 0.017 0.177 0.001 0.406 0.029 0.001 0.001 0.004 0.136 0.219 0.004 0.005 114 E 0.001 0.008 0.096 0.002 0.292 0.017 0.001 0.001 0.001 0.144 0.431 0.001 0.007 115 G 0.001 0.023 0.261 0.001 0.112 0.013 0.001 0.001 0.003 0.217 0.354 0.008 0.007 116 I 0.001 0.037 0.496 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.421 0.020 0.006 0.005 117 P 0.001 0.011 0.846 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 0.001 0.049 0.010 0.001 0.020 118 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.902 0.001 0.002 0.001 0.004 0.072 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.002 0.025 0.001 0.015 0.620 0.001 0.001 0.002 0.036 0.295 0.001 0.002 124 L 0.001 0.004 0.627 0.004 0.011 0.084 0.001 0.001 0.016 0.182 0.060 0.002 0.007 125 D 0.001 0.003 0.342 0.053 0.019 0.013 0.001 0.001 0.004 0.524 0.033 0.004 0.003 126 V 0.011 0.001 0.151 0.019 0.013 0.014 0.037 0.048 0.399 0.210 0.022 0.030 0.046 127 C 0.096 0.002 0.037 0.007 0.002 0.006 0.182 0.293 0.311 0.006 0.005 0.015 0.039 128 V 0.096 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.190 0.293 0.359 0.002 0.001 0.028 0.010 129 E 0.039 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.101 0.149 0.614 0.001 0.001 0.010 0.036 130 I 0.009 0.004 0.316 0.002 0.001 0.001 0.013 0.008 0.508 0.024 0.002 0.091 0.023 131 P 0.004 0.008 0.550 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.174 0.060 0.019 0.004 0.171 132 Q 0.003 0.034 0.367 0.011 0.046 0.008 0.002 0.003 0.060 0.198 0.177 0.064 0.028 133 Q 0.001 0.010 0.229 0.004 0.101 0.017 0.001 0.001 0.014 0.330 0.250 0.013 0.030 134 G 0.002 0.005 0.251 0.010 0.079 0.030 0.001 0.001 0.007 0.331 0.254 0.009 0.022 135 I 0.013 0.036 0.329 0.007 0.040 0.070 0.005 0.003 0.015 0.221 0.163 0.037 0.061 136 I 0.019 0.057 0.274 0.002 0.025 0.236 0.006 0.003 0.028 0.118 0.052 0.071 0.109 137 R 0.013 0.016 0.271 0.016 0.033 0.374 0.003 0.002 0.016 0.082 0.092 0.026 0.054 138 S 0.026 0.014 0.193 0.005 0.022 0.453 0.005 0.001 0.017 0.092 0.077 0.023 0.071 139 L 0.010 0.004 0.049 0.001 0.007 0.859 0.002 0.001 0.003 0.022 0.018 0.012 0.013 140 N 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.004 141 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.901 0.001 0.001 0.001 0.008 0.074 0.001 0.001 156 Q 0.001 0.002 0.032 0.001 0.019 0.757 0.001 0.001 0.001 0.018 0.170 0.001 0.001 157 L 0.001 0.002 0.118 0.001 0.021 0.428 0.001 0.001 0.001 0.057 0.371 0.001 0.002 158 L 0.001 0.003 0.716 0.001 0.007 0.086 0.001 0.001 0.001 0.068 0.117 0.001 0.002 159 S 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001