# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.028 0.004 0.002 0.009 0.016 0.023 0.104 0.005 0.001 0.041 0.768 2 G 0.089 0.004 0.001 0.005 0.009 0.011 0.085 0.002 0.001 0.031 0.762 3 K 0.034 0.001 0.001 0.008 0.024 0.026 0.126 0.005 0.001 0.044 0.733 4 S 0.030 0.001 0.001 0.015 0.013 0.024 0.148 0.002 0.001 0.037 0.730 5 I 0.020 0.001 0.001 0.042 0.023 0.034 0.163 0.002 0.001 0.039 0.676 6 S 0.004 0.001 0.001 0.107 0.059 0.064 0.161 0.001 0.001 0.030 0.571 7 R 0.001 0.001 0.001 0.230 0.093 0.183 0.081 0.001 0.001 0.052 0.359 8 L 0.001 0.001 0.001 0.494 0.131 0.174 0.023 0.001 0.001 0.050 0.128 9 I 0.001 0.001 0.001 0.655 0.139 0.116 0.008 0.001 0.001 0.034 0.047 10 V 0.001 0.001 0.001 0.650 0.156 0.113 0.007 0.001 0.001 0.028 0.045 11 V 0.005 0.001 0.001 0.585 0.123 0.152 0.017 0.001 0.001 0.048 0.069 12 A 0.026 0.001 0.001 0.381 0.085 0.178 0.065 0.002 0.001 0.063 0.199 13 S 0.025 0.002 0.001 0.168 0.043 0.156 0.128 0.003 0.001 0.047 0.427 14 L 0.068 0.003 0.001 0.083 0.040 0.059 0.168 0.001 0.001 0.048 0.528 15 I 0.007 0.001 0.001 0.042 0.065 0.073 0.190 0.002 0.001 0.039 0.579 16 D 0.018 0.004 0.001 0.031 0.014 0.019 0.158 0.003 0.001 0.042 0.711 17 K 0.312 0.030 0.003 0.018 0.014 0.011 0.100 0.011 0.002 0.144 0.355 18 P 0.075 0.088 0.002 0.005 0.002 0.004 0.127 0.003 0.001 0.078 0.614 19 T 0.027 0.224 0.001 0.006 0.005 0.015 0.104 0.005 0.001 0.041 0.572 20 N 0.026 0.757 0.001 0.004 0.003 0.007 0.028 0.002 0.001 0.085 0.088 21 L 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.027 0.021 22 G 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 0.014 23 G 0.002 0.227 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.747 0.009 24 L 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.007 25 C 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 26 R 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.005 27 T 0.019 0.867 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.057 0.041 28 C 0.055 0.132 0.184 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.117 0.375 0.086 29 E 0.382 0.085 0.025 0.003 0.001 0.001 0.062 0.019 0.025 0.171 0.225 30 V 0.076 0.009 0.006 0.005 0.001 0.001 0.117 0.001 0.008 0.054 0.721 31 F 0.043 0.004 0.003 0.016 0.002 0.005 0.236 0.002 0.001 0.055 0.634 32 G 0.024 0.005 0.001 0.049 0.003 0.010 0.219 0.005 0.001 0.066 0.616 33 A 0.017 0.004 0.001 0.068 0.008 0.013 0.173 0.003 0.001 0.061 0.653 34 S 0.003 0.004 0.001 0.498 0.022 0.069 0.063 0.001 0.001 0.078 0.261 35 V 0.002 0.001 0.001 0.397 0.033 0.096 0.043 0.001 0.001 0.086 0.341 36 L 0.001 0.001 0.001 0.779 0.072 0.053 0.012 0.001 0.001 0.020 0.062 37 V 0.002 0.001 0.001 0.652 0.083 0.121 0.020 0.001 0.001 0.037 0.084 38 V 0.016 0.001 0.002 0.513 0.047 0.071 0.052 0.001 0.002 0.034 0.261 39 G 0.151 0.009 0.002 0.145 0.024 0.055 0.120 0.020 0.003 0.058 0.415 40 S 0.257 0.021 0.002 0.026 0.007 0.016 0.107 0.006 0.002 0.053 0.504 41 L 0.036 0.006 0.001 0.032 0.029 0.064 0.119 0.004 0.001 0.030 0.679 42 Q 0.017 0.006 0.001 0.021 0.037 0.066 0.124 0.002 0.001 0.031 0.697 43 C 0.036 0.009 0.001 0.021 0.056 0.042 0.123 0.002 0.001 0.039 0.670 44 I 0.050 0.033 0.002 0.012 0.025 0.023 0.143 0.004 0.001 0.043 0.665 45 S 0.049 0.237 0.001 0.005 0.005 0.007 0.085 0.009 0.001 0.020 0.580 46 D 0.086 0.774 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 0.001 0.010 0.097 47 K 0.045 0.782 0.003 0.003 0.003 0.004 0.016 0.006 0.001 0.015 0.123 48 Q 0.054 0.707 0.003 0.004 0.006 0.010 0.026 0.008 0.001 0.043 0.138 49 F 0.091 0.132 0.005 0.011 0.021 0.019 0.042 0.009 0.001 0.531 0.139 50 Q 0.053 0.421 0.011 0.021 0.014 0.025 0.067 0.011 0.004 0.156 0.216 51 H 0.150 0.114 0.018 0.026 0.020 0.037 0.085 0.010 0.005 0.117 0.417 52 L 0.033 0.233 0.006 0.033 0.025 0.040 0.069 0.009 0.003 0.049 0.500 53 S 0.135 0.277 0.003 0.005 0.011 0.027 0.064 0.008 0.001 0.023 0.446 54 V 0.034 0.196 0.013 0.023 0.013 0.025 0.070 0.018 0.006 0.077 0.525 55 S 0.203 0.216 0.019 0.007 0.008 0.014 0.090 0.012 0.013 0.094 0.323 56 A 0.382 0.161 0.014 0.012 0.006 0.010 0.051 0.026 0.005 0.072 0.261 57 E 0.293 0.028 0.005 0.015 0.009 0.017 0.093 0.005 0.003 0.044 0.487 58 Q 0.031 0.018 0.003 0.047 0.032 0.069 0.133 0.002 0.001 0.024 0.639 59 W 0.020 0.032 0.003 0.039 0.026 0.059 0.124 0.005 0.001 0.029 0.663 60 L 0.053 0.008 0.008 0.036 0.138 0.133 0.147 0.018 0.002 0.082 0.376 61 P 0.036 0.005 0.002 0.107 0.073 0.259 0.073 0.004 0.001 0.057 0.382 62 L 0.019 0.004 0.001 0.062 0.051 0.200 0.055 0.002 0.001 0.052 0.555 63 V 0.006 0.001 0.001 0.121 0.152 0.159 0.059 0.001 0.001 0.024 0.477 64 E 0.002 0.001 0.001 0.026 0.160 0.132 0.073 0.001 0.001 0.020 0.588 65 V 0.001 0.001 0.001 0.046 0.126 0.076 0.091 0.001 0.001 0.012 0.648 66 K 0.118 0.060 0.002 0.044 0.031 0.035 0.106 0.015 0.002 0.056 0.531 67 P 0.386 0.382 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 0.036 0.159 68 P 0.014 0.197 0.002 0.008 0.002 0.004 0.056 0.004 0.001 0.051 0.662 69 Q 0.008 0.912 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 0.048 70 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 71 I 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.018 72 D 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.015 73 Y 0.018 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.012 0.017 74 L 0.063 0.723 0.015 0.003 0.001 0.001 0.011 0.022 0.006 0.098 0.056 75 Q 0.081 0.183 0.010 0.003 0.002 0.005 0.051 0.002 0.005 0.347 0.309 76 Q 0.047 0.187 0.030 0.009 0.002 0.006 0.084 0.004 0.013 0.150 0.469 77 K 0.159 0.019 0.105 0.006 0.003 0.006 0.077 0.013 0.051 0.125 0.436 78 K 0.356 0.006 0.002 0.005 0.002 0.004 0.055 0.005 0.002 0.046 0.515 79 T 0.068 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.021 0.844 80 E 0.008 0.001 0.001 0.009 0.003 0.007 0.129 0.001 0.001 0.018 0.823 81 G 0.003 0.001 0.001 0.027 0.011 0.022 0.150 0.001 0.001 0.025 0.760 82 Y 0.002 0.002 0.001 0.185 0.069 0.062 0.103 0.001 0.001 0.054 0.522 83 T 0.001 0.001 0.001 0.579 0.094 0.135 0.026 0.001 0.001 0.062 0.103 84 I 0.001 0.001 0.001 0.402 0.160 0.192 0.022 0.001 0.001 0.047 0.174 85 I 0.001 0.001 0.001 0.587 0.148 0.129 0.018 0.001 0.001 0.025 0.091 86 G 0.003 0.001 0.001 0.316 0.171 0.210 0.030 0.001 0.001 0.114 0.155 87 V 0.008 0.007 0.001 0.271 0.110 0.173 0.068 0.001 0.001 0.061 0.299 88 E 0.139 0.051 0.008 0.090 0.075 0.100 0.108 0.007 0.010 0.069 0.345 89 Q 0.117 0.020 0.011 0.031 0.056 0.060 0.108 0.012 0.008 0.105 0.472 90 T 0.217 0.062 0.002 0.012 0.022 0.039 0.089 0.015 0.002 0.071 0.470 91 A 0.211 0.060 0.008 0.015 0.010 0.022 0.073 0.009 0.003 0.065 0.524 92 K 0.049 0.058 0.004 0.019 0.025 0.048 0.128 0.007 0.001 0.041 0.619 93 S 0.051 0.017 0.002 0.012 0.042 0.066 0.101 0.003 0.001 0.079 0.627 94 L 0.025 0.043 0.004 0.032 0.063 0.070 0.130 0.006 0.001 0.068 0.559 95 D 0.161 0.101 0.008 0.021 0.037 0.071 0.112 0.012 0.004 0.057 0.415 96 L 0.171 0.046 0.010 0.026 0.033 0.062 0.094 0.020 0.004 0.074 0.459 97 T 0.119 0.020 0.001 0.018 0.030 0.081 0.087 0.010 0.001 0.063 0.571 98 Q 0.065 0.004 0.002 0.025 0.019 0.042 0.091 0.002 0.001 0.051 0.697 99 Y 0.013 0.001 0.001 0.020 0.040 0.043 0.113 0.001 0.001 0.032 0.735 100 C 0.019 0.001 0.001 0.008 0.013 0.013 0.091 0.001 0.001 0.021 0.832 101 F 0.048 0.001 0.001 0.015 0.027 0.024 0.177 0.007 0.001 0.070 0.630 102 P 0.090 0.003 0.001 0.025 0.006 0.008 0.167 0.002 0.001 0.057 0.640 103 E 0.016 0.001 0.001 0.045 0.010 0.014 0.189 0.002 0.001 0.025 0.697 104 K 0.003 0.003 0.001 0.242 0.035 0.032 0.143 0.001 0.001 0.044 0.496 105 S 0.001 0.001 0.001 0.734 0.036 0.045 0.031 0.001 0.001 0.061 0.091 106 L 0.001 0.001 0.001 0.855 0.030 0.026 0.010 0.001 0.001 0.029 0.050 107 L 0.001 0.001 0.001 0.896 0.038 0.023 0.005 0.001 0.001 0.013 0.024 108 L 0.001 0.001 0.001 0.884 0.023 0.028 0.010 0.001 0.001 0.018 0.037 109 L 0.007 0.001 0.001 0.761 0.021 0.060 0.030 0.001 0.001 0.043 0.076 110 G 0.025 0.010 0.002 0.339 0.028 0.104 0.148 0.002 0.004 0.107 0.231 111 N 0.111 0.022 0.011 0.101 0.027 0.050 0.201 0.004 0.015 0.091 0.365 112 E 0.221 0.028 0.002 0.025 0.023 0.039 0.152 0.031 0.002 0.104 0.373 113 R 0.276 0.022 0.001 0.009 0.007 0.013 0.138 0.005 0.001 0.052 0.477 114 E 0.015 0.005 0.001 0.011 0.007 0.021 0.153 0.001 0.001 0.026 0.760 115 G 0.008 0.016 0.001 0.010 0.012 0.018 0.175 0.001 0.001 0.064 0.697 116 I 0.008 0.130 0.001 0.006 0.027 0.015 0.130 0.011 0.001 0.077 0.594 117 P 0.043 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.020 118 A 0.027 0.845 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.061 0.054 119 N 0.022 0.842 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.001 0.040 0.070 120 L 0.086 0.788 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.001 0.049 0.049 121 I 0.077 0.461 0.065 0.004 0.002 0.003 0.029 0.019 0.039 0.143 0.157 122 Q 0.203 0.263 0.004 0.004 0.003 0.006 0.078 0.006 0.002 0.056 0.374 123 Q 0.047 0.050 0.038 0.012 0.004 0.012 0.087 0.008 0.022 0.128 0.592 124 L 0.149 0.039 0.007 0.021 0.007 0.014 0.190 0.011 0.002 0.112 0.447 125 D 0.028 0.020 0.003 0.065 0.008 0.042 0.118 0.003 0.002 0.123 0.587 126 V 0.012 0.007 0.002 0.063 0.026 0.075 0.131 0.002 0.001 0.114 0.567 127 C 0.009 0.002 0.001 0.130 0.048 0.094 0.092 0.001 0.001 0.117 0.504 128 V 0.003 0.001 0.001 0.151 0.091 0.130 0.077 0.001 0.001 0.042 0.503 129 E 0.018 0.003 0.001 0.133 0.077 0.140 0.082 0.002 0.001 0.087 0.456 130 I 0.044 0.003 0.002 0.082 0.095 0.106 0.109 0.005 0.002 0.096 0.456 131 P 0.092 0.009 0.003 0.049 0.026 0.049 0.108 0.005 0.003 0.050 0.606 132 Q 0.280 0.027 0.002 0.019 0.020 0.032 0.093 0.013 0.002 0.040 0.473 133 Q 0.092 0.018 0.002 0.020 0.017 0.029 0.111 0.006 0.001 0.035 0.669 134 G 0.034 0.031 0.002 0.036 0.037 0.076 0.120 0.004 0.001 0.050 0.607 135 I 0.035 0.083 0.002 0.033 0.079 0.104 0.106 0.004 0.001 0.092 0.462 136 I 0.036 0.186 0.003 0.041 0.058 0.060 0.095 0.002 0.001 0.078 0.440 137 R 0.009 0.484 0.001 0.030 0.050 0.073 0.053 0.002 0.001 0.090 0.207 138 S 0.008 0.841 0.001 0.005 0.009 0.016 0.013 0.002 0.001 0.046 0.060 139 L 0.006 0.884 0.001 0.006 0.006 0.009 0.007 0.001 0.001 0.046 0.033 140 N 0.003 0.593 0.001 0.003 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.364 0.016 141 V 0.002 0.943 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 142 H 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 143 V 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 144 S 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 145 G 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 146 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 147 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 148 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 149 I 0.002 0.285 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.703 0.004 150 W 0.001 0.772 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.198 0.014 151 E 0.012 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.011 0.013 152 Y 0.024 0.787 0.022 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.050 0.083 153 T 0.132 0.448 0.022 0.002 0.002 0.003 0.041 0.010 0.023 0.080 0.236 154 R 0.222 0.258 0.037 0.005 0.002 0.006 0.036 0.050 0.032 0.096 0.256 155 Q 0.208 0.018 0.029 0.005 0.002 0.005 0.078 0.008 0.030 0.045 0.572 156 Q 0.048 0.003 0.001 0.007 0.002 0.005 0.092 0.001 0.001 0.016 0.823 157 L 0.013 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.084 0.001 0.001 0.013 0.876 158 L 0.034 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.178 0.019 0.001 0.044 0.704 159 S 0.081 0.005 0.001 0.011 0.003 0.006 0.109 0.006 0.001 0.037 0.740