# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.203 0.084 0.037 0.086 0.072 0.075 0.107 0.089 0.102 0.080 0.063 2 G 0.493 0.191 0.040 0.090 0.056 0.040 0.037 0.020 0.015 0.010 0.007 3 K 0.335 0.161 0.057 0.130 0.089 0.071 0.065 0.036 0.029 0.017 0.010 4 S 0.338 0.293 0.050 0.131 0.070 0.046 0.034 0.015 0.012 0.006 0.005 5 I 0.131 0.089 0.081 0.182 0.144 0.118 0.103 0.054 0.045 0.029 0.024 6 S 0.195 0.176 0.089 0.176 0.112 0.085 0.087 0.035 0.025 0.012 0.006 7 R 0.060 0.102 0.118 0.297 0.213 0.110 0.062 0.021 0.011 0.004 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.022 0.100 0.172 0.284 0.238 0.165 9 I 0.001 0.007 0.010 0.079 0.146 0.222 0.275 0.124 0.076 0.040 0.021 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.041 0.125 0.258 0.329 0.239 11 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.017 0.090 0.182 0.255 0.232 0.208 12 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.042 0.097 0.223 0.302 0.317 13 S 0.002 0.006 0.005 0.058 0.088 0.120 0.224 0.193 0.176 0.093 0.035 14 L 0.013 0.038 0.025 0.090 0.106 0.148 0.220 0.167 0.114 0.055 0.026 15 I 0.011 0.015 0.011 0.031 0.033 0.042 0.094 0.123 0.199 0.214 0.226 16 D 0.082 0.142 0.056 0.226 0.183 0.119 0.098 0.040 0.028 0.015 0.011 17 K 0.100 0.138 0.050 0.187 0.159 0.127 0.110 0.059 0.041 0.021 0.008 18 P 0.100 0.052 0.024 0.079 0.088 0.109 0.147 0.112 0.116 0.094 0.079 19 T 0.135 0.128 0.048 0.160 0.139 0.115 0.124 0.059 0.046 0.027 0.018 20 N 0.009 0.024 0.012 0.045 0.066 0.100 0.188 0.170 0.178 0.128 0.079 21 L 0.008 0.009 0.007 0.024 0.038 0.059 0.124 0.142 0.208 0.200 0.182 22 G 0.020 0.020 0.025 0.075 0.111 0.147 0.205 0.137 0.124 0.081 0.056 23 G 0.001 0.006 0.008 0.033 0.043 0.068 0.164 0.172 0.210 0.177 0.118 24 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.045 0.093 0.219 0.292 0.327 25 C 0.003 0.003 0.024 0.020 0.021 0.031 0.085 0.114 0.209 0.242 0.249 26 R 0.001 0.002 0.014 0.057 0.116 0.166 0.256 0.152 0.121 0.077 0.038 27 T 0.001 0.001 0.007 0.008 0.007 0.010 0.047 0.096 0.223 0.276 0.324 28 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.067 0.132 0.231 0.298 0.244 29 E 0.004 0.015 0.083 0.127 0.148 0.179 0.209 0.105 0.070 0.037 0.022 30 V 0.001 0.006 0.022 0.043 0.062 0.121 0.267 0.176 0.145 0.094 0.064 31 F 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.013 0.065 0.111 0.224 0.282 0.288 32 G 0.075 0.175 0.067 0.182 0.143 0.119 0.116 0.050 0.039 0.022 0.012 33 A 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.033 0.080 0.211 0.269 0.384 34 S 0.130 0.149 0.067 0.198 0.162 0.124 0.102 0.034 0.019 0.008 0.007 35 V 0.010 0.030 0.022 0.099 0.112 0.139 0.216 0.142 0.118 0.072 0.041 36 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.045 0.093 0.209 0.300 0.326 37 V 0.006 0.012 0.011 0.035 0.050 0.074 0.174 0.167 0.194 0.149 0.129 38 V 0.001 0.003 0.004 0.007 0.009 0.014 0.054 0.103 0.218 0.276 0.311 39 G 0.019 0.029 0.022 0.099 0.124 0.141 0.210 0.135 0.111 0.067 0.043 40 S 0.166 0.175 0.080 0.209 0.135 0.093 0.073 0.033 0.021 0.010 0.005 41 L 0.050 0.046 0.027 0.079 0.086 0.102 0.169 0.130 0.138 0.104 0.067 42 Q 0.140 0.209 0.083 0.215 0.139 0.087 0.066 0.026 0.019 0.010 0.006 43 C 0.019 0.021 0.011 0.037 0.048 0.068 0.153 0.157 0.200 0.173 0.113 44 I 0.102 0.112 0.057 0.151 0.139 0.123 0.126 0.068 0.059 0.037 0.026 45 S 0.152 0.121 0.051 0.111 0.103 0.099 0.117 0.075 0.071 0.057 0.043 46 D 0.137 0.212 0.058 0.183 0.146 0.102 0.080 0.037 0.025 0.013 0.007 47 K 0.656 0.119 0.056 0.083 0.041 0.021 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 48 Q 0.129 0.154 0.082 0.227 0.153 0.102 0.084 0.032 0.021 0.010 0.006 49 F 0.008 0.006 0.008 0.017 0.025 0.050 0.127 0.167 0.234 0.208 0.149 50 Q 0.011 0.024 0.054 0.186 0.249 0.218 0.155 0.055 0.029 0.013 0.005 51 H 0.014 0.049 0.309 0.143 0.124 0.108 0.109 0.057 0.045 0.027 0.015 52 L 0.002 0.006 0.009 0.029 0.041 0.074 0.172 0.156 0.192 0.178 0.141 53 S 0.006 0.005 0.007 0.014 0.018 0.033 0.113 0.152 0.234 0.230 0.187 54 V 0.047 0.049 0.188 0.150 0.137 0.114 0.127 0.063 0.059 0.041 0.024 55 S 0.014 0.053 0.098 0.181 0.167 0.156 0.162 0.070 0.052 0.030 0.017 56 A 0.005 0.005 0.007 0.013 0.012 0.019 0.068 0.108 0.225 0.266 0.273 57 E 0.021 0.021 0.033 0.100 0.144 0.184 0.219 0.120 0.086 0.049 0.022 58 Q 0.047 0.088 0.355 0.195 0.125 0.080 0.056 0.023 0.017 0.009 0.005 59 W 0.005 0.010 0.018 0.045 0.065 0.118 0.264 0.161 0.149 0.101 0.063 60 L 0.003 0.005 0.006 0.012 0.011 0.021 0.082 0.132 0.240 0.282 0.208 61 P 0.185 0.216 0.185 0.192 0.111 0.053 0.031 0.011 0.008 0.004 0.002 62 L 0.015 0.017 0.020 0.049 0.057 0.092 0.188 0.169 0.185 0.127 0.080 63 V 0.035 0.033 0.022 0.066 0.081 0.099 0.184 0.155 0.158 0.105 0.061 64 E 0.044 0.092 0.054 0.216 0.190 0.158 0.140 0.056 0.034 0.013 0.005 65 V 0.009 0.013 0.014 0.026 0.047 0.075 0.147 0.168 0.219 0.173 0.110 66 K 0.171 0.351 0.111 0.199 0.086 0.044 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 67 P 0.098 0.065 0.020 0.099 0.126 0.137 0.195 0.125 0.078 0.041 0.016 68 P 0.704 0.141 0.035 0.064 0.029 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 69 Q 0.110 0.320 0.080 0.211 0.128 0.078 0.046 0.015 0.008 0.003 0.001 70 L 0.004 0.006 0.004 0.016 0.036 0.075 0.173 0.205 0.232 0.161 0.089 71 I 0.051 0.047 0.050 0.152 0.203 0.231 0.180 0.050 0.025 0.008 0.002 72 D 0.050 0.115 0.523 0.224 0.060 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.002 0.009 0.021 0.032 0.075 0.229 0.200 0.208 0.141 0.083 74 L 0.001 0.001 0.006 0.006 0.011 0.030 0.117 0.168 0.254 0.240 0.166 75 Q 0.002 0.012 0.473 0.265 0.153 0.060 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 76 Q 0.008 0.044 0.320 0.209 0.172 0.135 0.082 0.017 0.008 0.003 0.001 77 K 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.037 0.142 0.158 0.237 0.233 0.172 78 K 0.029 0.054 0.071 0.138 0.156 0.163 0.229 0.081 0.042 0.022 0.017 79 T 0.078 0.138 0.612 0.109 0.036 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.057 0.073 0.064 0.205 0.186 0.193 0.164 0.035 0.014 0.006 0.003 81 G 0.633 0.210 0.043 0.075 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.002 0.002 0.011 0.027 0.059 0.172 0.205 0.244 0.169 0.109 83 T 0.008 0.053 0.054 0.190 0.234 0.218 0.150 0.048 0.026 0.011 0.006 84 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.070 0.135 0.228 0.271 0.274 85 I 0.003 0.003 0.003 0.016 0.028 0.049 0.166 0.191 0.208 0.178 0.154 86 G 0.002 0.003 0.003 0.008 0.010 0.015 0.060 0.109 0.214 0.257 0.319 87 V 0.003 0.005 0.004 0.019 0.030 0.049 0.124 0.148 0.228 0.226 0.165 88 E 0.023 0.052 0.037 0.172 0.171 0.159 0.170 0.099 0.072 0.032 0.014 89 Q 0.049 0.048 0.027 0.066 0.072 0.096 0.168 0.143 0.140 0.111 0.078 90 T 0.058 0.111 0.065 0.173 0.155 0.121 0.133 0.072 0.057 0.033 0.022 91 A 0.401 0.179 0.063 0.133 0.082 0.052 0.042 0.019 0.015 0.010 0.006 92 K 0.205 0.124 0.070 0.171 0.139 0.109 0.090 0.039 0.027 0.016 0.009 93 S 0.114 0.075 0.047 0.087 0.076 0.084 0.127 0.102 0.116 0.089 0.083 94 L 0.052 0.068 0.050 0.140 0.157 0.172 0.188 0.080 0.052 0.028 0.013 95 D 0.226 0.266 0.169 0.180 0.085 0.037 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 96 L 0.004 0.003 0.003 0.010 0.016 0.033 0.100 0.133 0.220 0.233 0.243 97 T 0.090 0.129 0.069 0.191 0.161 0.124 0.114 0.051 0.037 0.020 0.014 98 Q 0.130 0.157 0.113 0.221 0.139 0.090 0.077 0.032 0.022 0.011 0.006 99 Y 0.019 0.017 0.016 0.042 0.058 0.101 0.200 0.158 0.163 0.129 0.097 100 C 0.107 0.123 0.047 0.149 0.117 0.106 0.121 0.073 0.070 0.047 0.041 101 F 0.022 0.021 0.010 0.031 0.039 0.065 0.156 0.135 0.176 0.162 0.183 102 P 0.296 0.206 0.099 0.189 0.098 0.053 0.035 0.011 0.007 0.004 0.003 103 E 0.368 0.216 0.081 0.187 0.089 0.034 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 104 K 0.011 0.031 0.024 0.122 0.205 0.219 0.199 0.094 0.059 0.026 0.010 105 S 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.072 0.200 0.235 0.233 0.142 0.079 106 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.022 0.125 0.205 0.239 0.211 0.186 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.047 0.117 0.210 0.304 0.310 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.086 0.209 0.308 0.355 109 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.049 0.101 0.219 0.285 0.323 110 G 0.001 0.004 0.003 0.023 0.041 0.070 0.163 0.187 0.223 0.175 0.109 111 N 0.024 0.067 0.034 0.208 0.214 0.168 0.141 0.074 0.043 0.019 0.009 112 E 0.007 0.013 0.009 0.035 0.062 0.097 0.194 0.175 0.184 0.129 0.096 113 R 0.118 0.142 0.076 0.232 0.182 0.116 0.080 0.025 0.017 0.008 0.005 114 E 0.365 0.184 0.056 0.169 0.102 0.054 0.039 0.014 0.009 0.005 0.002 115 G 0.207 0.075 0.039 0.079 0.087 0.111 0.134 0.086 0.088 0.059 0.035 116 I 0.007 0.021 0.008 0.022 0.028 0.046 0.103 0.108 0.164 0.205 0.288 117 P 0.044 0.421 0.082 0.156 0.104 0.074 0.065 0.026 0.016 0.008 0.005 118 A 0.766 0.091 0.046 0.061 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.695 0.125 0.074 0.074 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.002 0.003 0.007 0.027 0.047 0.129 0.301 0.209 0.158 0.080 0.038 121 I 0.002 0.005 0.026 0.060 0.116 0.223 0.314 0.135 0.076 0.032 0.011 122 Q 0.020 0.038 0.823 0.072 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.002 0.013 0.114 0.142 0.172 0.232 0.217 0.058 0.032 0.014 0.004 124 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.003 0.006 0.047 0.091 0.217 0.307 0.315 125 D 0.005 0.021 0.122 0.264 0.301 0.162 0.082 0.026 0.012 0.004 0.001 126 V 0.009 0.039 0.277 0.143 0.141 0.144 0.139 0.057 0.035 0.013 0.004 127 C 0.003 0.012 0.021 0.078 0.108 0.166 0.295 0.152 0.099 0.050 0.018 128 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.009 0.064 0.130 0.262 0.297 0.228 129 E 0.008 0.052 0.111 0.261 0.214 0.142 0.110 0.049 0.031 0.014 0.008 130 I 0.002 0.005 0.005 0.010 0.014 0.029 0.093 0.149 0.263 0.262 0.167 131 P 0.020 0.049 0.030 0.194 0.198 0.165 0.174 0.086 0.054 0.022 0.009 132 Q 0.024 0.023 0.010 0.027 0.033 0.054 0.131 0.158 0.199 0.179 0.161 133 Q 0.099 0.157 0.076 0.265 0.169 0.101 0.075 0.027 0.017 0.008 0.005 134 G 0.248 0.165 0.042 0.137 0.114 0.096 0.094 0.046 0.031 0.017 0.009 135 I 0.139 0.116 0.056 0.191 0.161 0.117 0.096 0.046 0.040 0.024 0.015 136 I 0.016 0.020 0.012 0.037 0.050 0.071 0.151 0.156 0.202 0.157 0.130 137 R 0.036 0.083 0.064 0.221 0.214 0.171 0.130 0.044 0.024 0.010 0.005 138 S 0.007 0.011 0.009 0.033 0.045 0.077 0.197 0.188 0.187 0.142 0.103 139 L 0.008 0.006 0.009 0.022 0.029 0.047 0.138 0.151 0.219 0.207 0.163 140 N 0.002 0.005 0.007 0.018 0.029 0.057 0.162 0.174 0.217 0.185 0.144 141 V 0.001 0.004 0.013 0.015 0.016 0.027 0.094 0.125 0.234 0.247 0.225 142 H 0.001 0.004 0.009 0.025 0.036 0.069 0.208 0.191 0.213 0.153 0.092 143 V 0.005 0.011 0.040 0.061 0.052 0.073 0.203 0.151 0.183 0.135 0.084 144 S 0.001 0.002 0.013 0.021 0.032 0.053 0.168 0.166 0.197 0.184 0.163 145 G 0.001 0.001 0.011 0.007 0.009 0.019 0.081 0.114 0.238 0.270 0.249 146 A 0.001 0.001 0.013 0.017 0.023 0.056 0.219 0.174 0.203 0.178 0.115 147 L 0.001 0.002 0.049 0.021 0.018 0.033 0.116 0.128 0.215 0.227 0.191 148 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.018 0.105 0.127 0.212 0.261 0.260 149 I 0.001 0.001 0.021 0.011 0.007 0.011 0.062 0.110 0.241 0.287 0.249 150 W 0.001 0.002 0.024 0.029 0.039 0.080 0.245 0.186 0.186 0.137 0.071 151 E 0.002 0.008 0.088 0.053 0.056 0.093 0.230 0.160 0.154 0.101 0.054 152 Y 0.004 0.009 0.098 0.060 0.054 0.087 0.219 0.148 0.153 0.111 0.057 153 T 0.007 0.019 0.137 0.116 0.092 0.124 0.211 0.118 0.099 0.054 0.023 154 R 0.007 0.017 0.117 0.096 0.105 0.154 0.212 0.116 0.094 0.055 0.026 155 Q 0.018 0.035 0.167 0.133 0.123 0.128 0.177 0.094 0.068 0.039 0.019 156 Q 0.033 0.056 0.182 0.130 0.123 0.136 0.162 0.079 0.057 0.030 0.013 157 L 0.072 0.090 0.192 0.148 0.097 0.095 0.122 0.064 0.058 0.039 0.023 158 L 0.164 0.134 0.136 0.134 0.108 0.096 0.098 0.048 0.041 0.026 0.013 159 S 0.399 0.200 0.126 0.108 0.056 0.037 0.032 0.016 0.014 0.008 0.004