# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.978 2 G 0.015 0.012 0.009 0.034 0.008 0.073 0.849 3 K 0.028 0.010 0.041 0.043 0.219 0.146 0.512 4 S 0.035 0.006 0.091 0.023 0.173 0.190 0.481 5 I 0.061 0.008 0.129 0.022 0.152 0.105 0.523 6 S 0.076 0.004 0.044 0.006 0.208 0.105 0.557 7 R 0.346 0.005 0.016 0.002 0.183 0.072 0.376 8 L 0.892 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.093 9 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 A 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 13 S 0.622 0.004 0.003 0.002 0.088 0.011 0.270 14 L 0.336 0.010 0.011 0.004 0.183 0.021 0.435 15 I 0.137 0.019 0.026 0.010 0.207 0.073 0.528 16 D 0.054 0.028 0.028 0.022 0.357 0.125 0.387 17 K 0.023 0.008 0.026 0.029 0.481 0.049 0.383 18 P 0.009 0.005 0.127 0.183 0.123 0.374 0.179 19 T 0.006 0.008 0.131 0.309 0.095 0.395 0.056 20 N 0.010 0.012 0.059 0.574 0.083 0.114 0.149 21 L 0.002 0.002 0.008 0.928 0.012 0.018 0.030 22 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.004 23 G 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 29 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 30 V 0.001 0.001 0.005 0.942 0.003 0.049 0.001 31 F 0.001 0.001 0.003 0.473 0.005 0.515 0.003 32 G 0.002 0.002 0.002 0.007 0.029 0.910 0.049 33 A 0.023 0.004 0.006 0.001 0.051 0.024 0.890 34 S 0.136 0.002 0.012 0.004 0.595 0.020 0.230 35 V 0.910 0.002 0.009 0.004 0.024 0.010 0.041 36 L 0.979 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 37 V 0.991 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 38 V 0.943 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.050 39 G 0.433 0.002 0.003 0.002 0.079 0.020 0.461 40 S 0.206 0.005 0.021 0.009 0.264 0.147 0.348 41 L 0.108 0.026 0.085 0.026 0.171 0.245 0.340 42 Q 0.123 0.022 0.084 0.033 0.148 0.232 0.357 43 C 0.117 0.043 0.054 0.056 0.234 0.159 0.336 44 I 0.094 0.019 0.020 0.046 0.121 0.089 0.611 45 S 0.050 0.022 0.013 0.057 0.203 0.117 0.537 46 D 0.017 0.006 0.010 0.133 0.174 0.046 0.614 47 K 0.002 0.001 0.013 0.853 0.036 0.081 0.014 48 Q 0.004 0.001 0.011 0.922 0.007 0.041 0.013 49 F 0.009 0.003 0.009 0.944 0.004 0.011 0.020 50 Q 0.013 0.002 0.005 0.949 0.007 0.008 0.015 51 H 0.027 0.002 0.015 0.902 0.007 0.038 0.009 52 L 0.017 0.001 0.019 0.865 0.009 0.067 0.021 53 S 0.036 0.010 0.028 0.714 0.061 0.085 0.068 54 V 0.051 0.014 0.029 0.445 0.190 0.187 0.086 55 S 0.047 0.020 0.040 0.220 0.140 0.343 0.190 56 A 0.015 0.005 0.226 0.495 0.032 0.125 0.101 57 E 0.012 0.002 0.501 0.295 0.039 0.105 0.045 58 Q 0.022 0.003 0.533 0.183 0.034 0.177 0.048 59 W 0.089 0.011 0.361 0.230 0.081 0.151 0.077 60 L 0.404 0.017 0.031 0.048 0.248 0.020 0.232 61 P 0.499 0.005 0.024 0.025 0.068 0.042 0.337 62 L 0.774 0.006 0.016 0.027 0.030 0.021 0.125 63 V 0.885 0.006 0.008 0.021 0.010 0.011 0.060 64 E 0.907 0.010 0.005 0.013 0.014 0.007 0.045 65 V 0.744 0.023 0.002 0.008 0.057 0.007 0.159 66 K 0.236 0.014 0.002 0.002 0.133 0.011 0.602 67 P 0.029 0.012 0.140 0.111 0.092 0.114 0.503 68 P 0.006 0.006 0.209 0.194 0.250 0.221 0.113 69 Q 0.005 0.019 0.162 0.262 0.158 0.156 0.237 70 L 0.001 0.001 0.021 0.966 0.001 0.009 0.003 71 I 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.003 0.001 72 D 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.005 0.942 0.001 0.051 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.005 0.884 0.002 0.101 0.008 77 K 0.002 0.003 0.013 0.830 0.011 0.109 0.031 78 K 0.002 0.003 0.042 0.713 0.045 0.120 0.075 79 T 0.006 0.001 0.083 0.513 0.079 0.241 0.077 80 E 0.001 0.001 0.016 0.047 0.066 0.859 0.011 81 G 0.005 0.001 0.003 0.002 0.036 0.933 0.020 82 Y 0.218 0.003 0.001 0.001 0.022 0.004 0.751 83 T 0.926 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.063 84 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 85 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 86 G 0.895 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.084 87 V 0.606 0.009 0.002 0.002 0.075 0.006 0.298 88 E 0.364 0.017 0.004 0.005 0.100 0.011 0.499 89 Q 0.101 0.014 0.047 0.041 0.175 0.080 0.541 90 T 0.060 0.017 0.107 0.073 0.160 0.183 0.400 91 A 0.023 0.008 0.301 0.109 0.106 0.339 0.114 92 K 0.029 0.007 0.162 0.079 0.132 0.455 0.135 93 S 0.063 0.015 0.133 0.045 0.231 0.195 0.319 94 L 0.123 0.048 0.021 0.025 0.347 0.031 0.404 95 D 0.142 0.052 0.015 0.017 0.066 0.028 0.680 96 L 0.046 0.014 0.348 0.280 0.034 0.130 0.147 97 T 0.043 0.006 0.411 0.257 0.047 0.113 0.122 98 Q 0.066 0.009 0.454 0.215 0.048 0.087 0.122 99 Y 0.165 0.039 0.103 0.156 0.133 0.098 0.307 100 C 0.122 0.044 0.028 0.032 0.124 0.086 0.564 101 F 0.067 0.016 0.022 0.014 0.220 0.097 0.564 102 P 0.057 0.009 0.034 0.008 0.158 0.209 0.525 103 E 0.043 0.006 0.049 0.002 0.358 0.335 0.206 104 K 0.123 0.003 0.014 0.001 0.264 0.148 0.447 105 S 0.727 0.005 0.004 0.001 0.062 0.014 0.188 106 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 107 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 109 L 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.082 110 G 0.397 0.004 0.002 0.001 0.126 0.021 0.450 111 N 0.148 0.025 0.009 0.003 0.183 0.066 0.567 112 E 0.034 0.020 0.072 0.017 0.215 0.233 0.409 113 R 0.020 0.014 0.111 0.017 0.184 0.400 0.254 114 E 0.010 0.008 0.065 0.012 0.184 0.622 0.099 115 G 0.010 0.010 0.028 0.006 0.219 0.373 0.353 116 I 0.012 0.039 0.002 0.002 0.143 0.006 0.796 117 P 0.006 0.032 0.001 0.004 0.018 0.002 0.936 118 A 0.001 0.001 0.044 0.929 0.002 0.020 0.005 119 N 0.001 0.001 0.047 0.938 0.001 0.012 0.002 120 L 0.001 0.001 0.076 0.915 0.001 0.007 0.001 121 I 0.001 0.001 0.035 0.949 0.001 0.013 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.034 0.857 0.002 0.104 0.002 123 Q 0.002 0.002 0.054 0.291 0.015 0.626 0.010 124 L 0.035 0.007 0.021 0.042 0.132 0.190 0.574 125 D 0.047 0.002 0.005 0.004 0.620 0.047 0.275 126 V 0.808 0.003 0.009 0.005 0.054 0.027 0.094 127 C 0.948 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.035 128 V 0.985 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 129 E 0.961 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.032 130 I 0.818 0.004 0.001 0.002 0.021 0.004 0.151 131 P 0.476 0.007 0.002 0.002 0.061 0.019 0.433 132 Q 0.120 0.017 0.031 0.009 0.171 0.112 0.539 133 Q 0.051 0.006 0.108 0.024 0.220 0.305 0.285 134 G 0.019 0.003 0.085 0.032 0.325 0.312 0.224 135 I 0.078 0.019 0.060 0.081 0.192 0.164 0.405 136 I 0.178 0.033 0.038 0.120 0.138 0.060 0.434 137 R 0.260 0.027 0.028 0.141 0.157 0.069 0.318 138 S 0.293 0.035 0.020 0.324 0.085 0.049 0.194 139 L 0.131 0.026 0.018 0.544 0.050 0.048 0.182 140 N 0.035 0.004 0.009 0.779 0.023 0.020 0.130 141 V 0.002 0.001 0.013 0.967 0.001 0.008 0.008 142 H 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.003 0.001 143 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.017 0.001 154 R 0.001 0.001 0.004 0.958 0.001 0.031 0.005 155 Q 0.001 0.001 0.013 0.915 0.006 0.051 0.013 156 Q 0.002 0.001 0.022 0.803 0.028 0.119 0.025 157 L 0.003 0.003 0.018 0.546 0.042 0.333 0.056 158 L 0.005 0.007 0.007 0.149 0.015 0.105 0.711 159 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996