# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.525 0.205 0.142 0.089 0.032 0.007 0.001 2 G 0.740 0.189 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 3 K 0.702 0.204 0.065 0.022 0.005 0.001 0.001 4 S 0.668 0.232 0.067 0.025 0.006 0.001 0.001 5 I 0.258 0.298 0.234 0.147 0.054 0.008 0.001 6 S 0.121 0.318 0.314 0.186 0.053 0.008 0.001 7 R 0.040 0.229 0.330 0.263 0.113 0.022 0.002 8 L 0.001 0.003 0.019 0.117 0.384 0.431 0.046 9 I 0.001 0.003 0.020 0.100 0.296 0.478 0.103 10 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.335 0.630 11 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.041 0.302 0.646 12 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.221 0.755 13 S 0.001 0.004 0.015 0.059 0.171 0.363 0.388 14 L 0.003 0.027 0.071 0.157 0.267 0.350 0.125 15 I 0.004 0.015 0.040 0.119 0.274 0.393 0.154 16 D 0.072 0.180 0.221 0.230 0.165 0.106 0.024 17 K 0.082 0.171 0.221 0.215 0.170 0.108 0.034 18 P 0.098 0.117 0.119 0.164 0.209 0.214 0.079 19 T 0.064 0.130 0.153 0.180 0.188 0.203 0.083 20 N 0.025 0.042 0.060 0.115 0.219 0.317 0.221 21 L 0.005 0.011 0.023 0.063 0.164 0.342 0.393 22 G 0.003 0.011 0.027 0.053 0.104 0.278 0.525 23 G 0.001 0.003 0.010 0.027 0.059 0.203 0.697 24 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.149 0.822 25 C 0.001 0.001 0.003 0.015 0.073 0.292 0.615 26 R 0.001 0.002 0.006 0.019 0.072 0.304 0.597 27 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.205 0.762 28 C 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.327 0.613 29 E 0.001 0.006 0.029 0.111 0.249 0.347 0.257 30 V 0.001 0.003 0.009 0.035 0.142 0.453 0.357 31 F 0.001 0.006 0.016 0.044 0.138 0.460 0.336 32 G 0.002 0.015 0.057 0.162 0.263 0.323 0.177 33 A 0.001 0.005 0.013 0.042 0.166 0.441 0.332 34 S 0.001 0.012 0.058 0.197 0.311 0.317 0.104 35 V 0.001 0.007 0.039 0.117 0.250 0.395 0.191 36 L 0.001 0.002 0.004 0.011 0.055 0.413 0.515 37 V 0.001 0.002 0.012 0.054 0.181 0.482 0.268 38 V 0.001 0.003 0.007 0.028 0.145 0.495 0.322 39 G 0.008 0.038 0.098 0.244 0.349 0.230 0.033 40 S 0.050 0.211 0.261 0.255 0.151 0.062 0.009 41 L 0.033 0.133 0.263 0.320 0.187 0.058 0.005 42 Q 0.129 0.257 0.241 0.208 0.119 0.044 0.003 43 C 0.057 0.070 0.122 0.238 0.303 0.190 0.020 44 I 0.132 0.222 0.247 0.209 0.128 0.057 0.005 45 S 0.164 0.225 0.238 0.207 0.118 0.043 0.005 46 D 0.364 0.303 0.174 0.104 0.041 0.012 0.002 47 K 0.518 0.305 0.113 0.044 0.015 0.005 0.001 48 Q 0.175 0.252 0.243 0.195 0.098 0.033 0.003 49 F 0.028 0.045 0.083 0.214 0.345 0.250 0.035 50 Q 0.070 0.195 0.260 0.258 0.148 0.061 0.008 51 H 0.069 0.161 0.213 0.232 0.181 0.120 0.025 52 L 0.032 0.052 0.084 0.158 0.251 0.324 0.099 53 S 0.032 0.052 0.087 0.142 0.206 0.317 0.164 54 V 0.086 0.154 0.175 0.190 0.179 0.154 0.063 55 S 0.089 0.169 0.193 0.218 0.177 0.115 0.040 56 A 0.039 0.048 0.063 0.144 0.258 0.335 0.111 57 E 0.068 0.152 0.215 0.238 0.182 0.115 0.029 58 Q 0.113 0.211 0.223 0.219 0.141 0.076 0.018 59 W 0.038 0.074 0.122 0.185 0.246 0.266 0.068 60 L 0.022 0.032 0.059 0.136 0.265 0.365 0.122 61 P 0.062 0.174 0.232 0.230 0.166 0.109 0.027 62 L 0.029 0.057 0.093 0.188 0.278 0.285 0.071 63 V 0.021 0.047 0.090 0.222 0.338 0.249 0.032 64 E 0.049 0.179 0.268 0.275 0.160 0.064 0.005 65 V 0.019 0.041 0.124 0.300 0.345 0.155 0.015 66 K 0.204 0.421 0.230 0.103 0.032 0.008 0.001 67 P 0.041 0.153 0.307 0.320 0.146 0.032 0.001 68 P 0.587 0.294 0.076 0.027 0.012 0.003 0.001 69 Q 0.123 0.324 0.303 0.179 0.058 0.012 0.001 70 L 0.010 0.017 0.060 0.245 0.439 0.218 0.011 71 I 0.081 0.338 0.372 0.175 0.032 0.003 0.001 72 D 0.176 0.550 0.215 0.049 0.009 0.002 0.001 73 Y 0.005 0.019 0.077 0.278 0.418 0.197 0.006 74 L 0.005 0.018 0.080 0.284 0.427 0.180 0.005 75 Q 0.270 0.508 0.184 0.034 0.004 0.001 0.001 76 Q 0.240 0.479 0.210 0.063 0.007 0.001 0.001 77 K 0.036 0.132 0.269 0.377 0.166 0.021 0.001 78 K 0.370 0.421 0.150 0.051 0.008 0.001 0.001 79 T 0.754 0.197 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 80 E 0.428 0.350 0.160 0.053 0.009 0.001 0.001 81 G 0.301 0.520 0.148 0.028 0.003 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.015 0.097 0.386 0.416 0.085 0.001 83 T 0.003 0.025 0.108 0.286 0.404 0.162 0.014 84 I 0.001 0.003 0.009 0.028 0.137 0.649 0.173 85 I 0.001 0.003 0.013 0.044 0.151 0.502 0.285 86 G 0.001 0.002 0.005 0.018 0.090 0.394 0.490 87 V 0.001 0.005 0.015 0.057 0.194 0.461 0.268 88 E 0.010 0.071 0.155 0.253 0.268 0.202 0.042 89 Q 0.013 0.057 0.132 0.256 0.311 0.205 0.027 90 T 0.133 0.249 0.237 0.215 0.122 0.041 0.004 91 A 0.371 0.326 0.176 0.090 0.030 0.006 0.001 92 K 0.458 0.310 0.144 0.064 0.019 0.005 0.001 93 S 0.180 0.228 0.227 0.215 0.114 0.034 0.002 94 L 0.134 0.208 0.254 0.235 0.126 0.040 0.003 95 D 0.213 0.362 0.230 0.132 0.049 0.013 0.001 96 L 0.022 0.047 0.113 0.268 0.334 0.199 0.016 97 T 0.112 0.205 0.233 0.230 0.147 0.064 0.008 98 Q 0.146 0.321 0.267 0.164 0.069 0.028 0.005 99 Y 0.028 0.063 0.138 0.288 0.305 0.164 0.014 100 C 0.090 0.271 0.278 0.216 0.107 0.036 0.002 101 F 0.026 0.068 0.150 0.307 0.316 0.127 0.005 102 P 0.289 0.387 0.185 0.102 0.032 0.006 0.001 103 E 0.134 0.405 0.282 0.139 0.035 0.006 0.001 104 K 0.009 0.094 0.221 0.337 0.246 0.088 0.005 105 S 0.001 0.001 0.014 0.120 0.417 0.405 0.043 106 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.472 0.481 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.184 0.804 108 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.176 0.806 109 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.236 0.734 110 G 0.001 0.006 0.021 0.084 0.223 0.421 0.244 111 N 0.007 0.066 0.164 0.278 0.285 0.175 0.025 112 E 0.013 0.038 0.085 0.226 0.364 0.247 0.028 113 R 0.174 0.300 0.247 0.168 0.078 0.030 0.003 114 E 0.116 0.268 0.294 0.204 0.087 0.028 0.003 115 G 0.178 0.217 0.191 0.185 0.145 0.073 0.011 116 I 0.063 0.105 0.193 0.275 0.227 0.123 0.013 117 P 0.177 0.250 0.239 0.177 0.099 0.050 0.007 118 A 0.494 0.324 0.122 0.044 0.012 0.003 0.001 119 N 0.444 0.361 0.133 0.047 0.012 0.003 0.001 120 L 0.063 0.104 0.158 0.306 0.279 0.087 0.003 121 I 0.050 0.126 0.258 0.349 0.181 0.034 0.001 122 Q 0.413 0.446 0.117 0.021 0.003 0.001 0.001 123 Q 0.118 0.288 0.343 0.194 0.049 0.008 0.001 124 L 0.014 0.037 0.081 0.235 0.406 0.217 0.009 125 D 0.073 0.255 0.283 0.231 0.117 0.036 0.004 126 V 0.053 0.154 0.220 0.280 0.187 0.098 0.009 127 C 0.013 0.059 0.167 0.269 0.262 0.201 0.030 128 V 0.008 0.018 0.037 0.105 0.256 0.422 0.155 129 E 0.032 0.099 0.183 0.250 0.221 0.165 0.050 130 I 0.021 0.031 0.042 0.098 0.216 0.382 0.212 131 P 0.071 0.145 0.196 0.242 0.177 0.127 0.041 132 Q 0.081 0.122 0.152 0.221 0.222 0.163 0.040 133 Q 0.186 0.236 0.206 0.191 0.116 0.052 0.013 134 G 0.208 0.245 0.201 0.172 0.104 0.056 0.014 135 I 0.144 0.168 0.168 0.181 0.157 0.137 0.046 136 I 0.071 0.084 0.101 0.169 0.229 0.255 0.092 137 R 0.048 0.073 0.101 0.147 0.202 0.254 0.175 138 S 0.040 0.056 0.065 0.093 0.151 0.282 0.313 139 L 0.013 0.021 0.033 0.065 0.122 0.265 0.481 140 N 0.012 0.021 0.042 0.082 0.128 0.244 0.470 141 V 0.012 0.024 0.030 0.047 0.086 0.247 0.555 142 H 0.009 0.014 0.027 0.070 0.134 0.247 0.499 143 V 0.006 0.014 0.021 0.034 0.090 0.271 0.563 144 S 0.003 0.006 0.014 0.043 0.092 0.236 0.605 145 G 0.002 0.004 0.011 0.023 0.058 0.215 0.687 146 A 0.001 0.002 0.006 0.019 0.055 0.220 0.698 147 L 0.001 0.001 0.004 0.015 0.053 0.216 0.710 148 L 0.003 0.004 0.007 0.015 0.035 0.214 0.721 149 I 0.005 0.007 0.010 0.029 0.089 0.347 0.512 150 W 0.027 0.034 0.053 0.129 0.234 0.366 0.158 151 E 0.043 0.041 0.054 0.109 0.222 0.406 0.125 152 Y 0.101 0.063 0.066 0.127 0.216 0.349 0.078 153 T 0.111 0.123 0.155 0.225 0.225 0.145 0.016 154 R 0.198 0.171 0.181 0.207 0.161 0.074 0.008 155 Q 0.296 0.213 0.201 0.158 0.088 0.041 0.003 156 Q 0.376 0.237 0.190 0.125 0.051 0.019 0.001 157 L 0.636 0.197 0.094 0.050 0.018 0.005 0.001 158 L 0.794 0.142 0.043 0.016 0.004 0.001 0.001 159 S 0.920 0.064 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001