# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.227 0.113 0.129 0.155 0.139 0.109 0.061 0.031 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 2 G 0.422 0.211 0.144 0.104 0.066 0.027 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.326 0.192 0.167 0.150 0.085 0.039 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 S 0.331 0.240 0.170 0.114 0.072 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.070 0.100 0.129 0.196 0.205 0.130 0.074 0.054 0.021 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 6 S 0.037 0.063 0.079 0.141 0.172 0.162 0.141 0.106 0.046 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 7 R 0.009 0.026 0.042 0.095 0.137 0.174 0.145 0.113 0.103 0.070 0.052 0.018 0.010 0.006 8 L 0.001 0.002 0.004 0.012 0.024 0.050 0.097 0.107 0.180 0.151 0.169 0.125 0.048 0.031 9 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.041 0.125 0.171 0.192 0.220 0.114 0.072 0.035 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.037 0.078 0.134 0.236 0.232 0.179 0.091 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.055 0.102 0.206 0.187 0.203 0.133 0.095 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.070 0.111 0.188 0.225 0.182 0.120 0.074 13 S 0.001 0.003 0.007 0.018 0.030 0.060 0.100 0.151 0.154 0.156 0.145 0.080 0.043 0.053 14 L 0.004 0.012 0.019 0.044 0.094 0.110 0.133 0.154 0.176 0.115 0.071 0.038 0.013 0.018 15 I 0.007 0.015 0.023 0.047 0.085 0.146 0.143 0.203 0.151 0.098 0.046 0.019 0.011 0.004 16 D 0.067 0.140 0.162 0.172 0.145 0.101 0.089 0.066 0.034 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 17 K 0.080 0.110 0.165 0.146 0.169 0.130 0.081 0.050 0.037 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 18 P 0.074 0.083 0.092 0.135 0.181 0.156 0.113 0.073 0.047 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 19 T 0.097 0.107 0.108 0.143 0.131 0.118 0.122 0.083 0.046 0.022 0.015 0.005 0.002 0.001 20 N 0.044 0.048 0.074 0.105 0.140 0.159 0.132 0.124 0.083 0.042 0.025 0.012 0.007 0.004 21 L 0.029 0.020 0.030 0.046 0.084 0.110 0.139 0.153 0.130 0.096 0.068 0.053 0.032 0.011 22 G 0.032 0.028 0.036 0.063 0.073 0.113 0.156 0.144 0.116 0.101 0.064 0.036 0.025 0.013 23 G 0.020 0.017 0.030 0.054 0.086 0.133 0.148 0.095 0.130 0.093 0.082 0.061 0.026 0.025 24 L 0.007 0.004 0.008 0.017 0.032 0.069 0.127 0.194 0.195 0.134 0.103 0.058 0.037 0.015 25 C 0.016 0.019 0.025 0.042 0.075 0.129 0.168 0.179 0.141 0.080 0.054 0.040 0.024 0.009 26 R 0.018 0.037 0.055 0.102 0.144 0.135 0.124 0.170 0.090 0.069 0.032 0.014 0.007 0.003 27 T 0.014 0.015 0.027 0.063 0.097 0.151 0.245 0.217 0.086 0.049 0.018 0.013 0.003 0.003 28 C 0.015 0.017 0.036 0.058 0.107 0.174 0.189 0.204 0.117 0.059 0.014 0.006 0.003 0.001 29 E 0.054 0.096 0.140 0.176 0.218 0.112 0.086 0.063 0.032 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 30 V 0.034 0.046 0.067 0.143 0.165 0.178 0.168 0.104 0.048 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 31 F 0.027 0.028 0.063 0.104 0.149 0.202 0.193 0.103 0.075 0.034 0.013 0.005 0.003 0.001 32 G 0.059 0.067 0.095 0.147 0.187 0.146 0.122 0.085 0.050 0.024 0.009 0.005 0.003 0.002 33 A 0.029 0.030 0.044 0.074 0.120 0.168 0.139 0.146 0.095 0.072 0.042 0.021 0.016 0.004 34 S 0.033 0.037 0.059 0.121 0.148 0.141 0.149 0.072 0.094 0.068 0.038 0.020 0.010 0.009 35 V 0.012 0.012 0.025 0.049 0.086 0.109 0.149 0.116 0.143 0.124 0.091 0.046 0.019 0.019 36 L 0.007 0.004 0.007 0.011 0.022 0.044 0.057 0.113 0.153 0.139 0.176 0.119 0.104 0.044 37 V 0.006 0.004 0.006 0.017 0.024 0.037 0.068 0.106 0.135 0.175 0.143 0.133 0.085 0.060 38 V 0.004 0.002 0.003 0.006 0.012 0.023 0.046 0.119 0.164 0.183 0.183 0.157 0.074 0.024 39 G 0.009 0.010 0.013 0.029 0.042 0.080 0.101 0.171 0.153 0.131 0.130 0.067 0.044 0.020 40 S 0.023 0.036 0.044 0.074 0.113 0.104 0.133 0.120 0.121 0.089 0.071 0.042 0.014 0.014 41 L 0.026 0.040 0.062 0.092 0.127 0.146 0.138 0.121 0.102 0.076 0.045 0.015 0.006 0.003 42 Q 0.085 0.123 0.138 0.132 0.147 0.135 0.093 0.064 0.048 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 43 C 0.094 0.072 0.091 0.135 0.163 0.149 0.119 0.080 0.047 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 44 I 0.162 0.168 0.168 0.163 0.140 0.081 0.054 0.033 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 45 S 0.182 0.110 0.128 0.137 0.154 0.124 0.067 0.041 0.032 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 46 D 0.301 0.206 0.179 0.141 0.095 0.036 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 47 K 0.520 0.196 0.120 0.070 0.042 0.025 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.118 0.117 0.135 0.187 0.200 0.111 0.061 0.038 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 49 F 0.041 0.028 0.041 0.076 0.123 0.158 0.188 0.192 0.079 0.044 0.018 0.008 0.004 0.001 50 Q 0.097 0.110 0.120 0.159 0.149 0.129 0.101 0.066 0.032 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 51 H 0.136 0.100 0.123 0.119 0.133 0.115 0.090 0.061 0.052 0.029 0.023 0.012 0.004 0.003 52 L 0.032 0.022 0.038 0.071 0.115 0.144 0.145 0.149 0.111 0.082 0.044 0.029 0.013 0.006 53 S 0.022 0.026 0.037 0.076 0.119 0.147 0.174 0.154 0.114 0.063 0.034 0.018 0.009 0.005 54 V 0.074 0.052 0.061 0.104 0.115 0.156 0.129 0.093 0.077 0.060 0.041 0.021 0.010 0.004 55 S 0.109 0.105 0.130 0.153 0.164 0.123 0.091 0.049 0.038 0.016 0.012 0.006 0.003 0.002 56 A 0.028 0.022 0.036 0.081 0.131 0.186 0.166 0.114 0.118 0.069 0.029 0.011 0.005 0.002 57 E 0.087 0.125 0.152 0.201 0.175 0.117 0.068 0.036 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.288 0.207 0.164 0.117 0.090 0.053 0.033 0.022 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 59 W 0.055 0.056 0.080 0.142 0.185 0.160 0.145 0.096 0.045 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 60 L 0.032 0.034 0.061 0.094 0.139 0.171 0.175 0.139 0.077 0.045 0.020 0.009 0.004 0.001 61 P 0.185 0.129 0.126 0.133 0.129 0.087 0.075 0.062 0.037 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 62 L 0.053 0.042 0.058 0.088 0.124 0.134 0.126 0.128 0.098 0.074 0.042 0.020 0.010 0.003 63 V 0.065 0.043 0.059 0.101 0.127 0.162 0.136 0.097 0.080 0.060 0.036 0.019 0.009 0.004 64 E 0.129 0.112 0.123 0.146 0.155 0.106 0.086 0.055 0.043 0.021 0.013 0.006 0.002 0.002 65 V 0.107 0.051 0.067 0.106 0.128 0.166 0.122 0.091 0.066 0.050 0.027 0.012 0.006 0.001 66 K 0.181 0.176 0.162 0.173 0.126 0.082 0.051 0.022 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 67 P 0.084 0.074 0.108 0.143 0.184 0.160 0.101 0.064 0.047 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 68 P 0.451 0.224 0.125 0.091 0.059 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.314 0.292 0.193 0.103 0.050 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.021 0.019 0.034 0.084 0.183 0.253 0.169 0.114 0.098 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 71 I 0.110 0.183 0.191 0.241 0.156 0.064 0.031 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 72 D 0.675 0.245 0.067 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.022 0.035 0.070 0.199 0.283 0.206 0.101 0.058 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.023 0.037 0.075 0.201 0.237 0.161 0.148 0.064 0.042 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.665 0.266 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 Q 0.578 0.281 0.107 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.201 0.124 0.192 0.169 0.196 0.076 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.441 0.249 0.166 0.079 0.042 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.680 0.180 0.077 0.034 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.224 0.217 0.178 0.183 0.111 0.046 0.023 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 81 G 0.217 0.215 0.177 0.118 0.105 0.077 0.042 0.026 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.009 0.016 0.026 0.074 0.148 0.172 0.163 0.164 0.099 0.071 0.033 0.015 0.008 0.003 83 T 0.005 0.009 0.017 0.039 0.060 0.094 0.153 0.179 0.146 0.107 0.107 0.053 0.020 0.013 84 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.028 0.043 0.087 0.141 0.170 0.206 0.164 0.085 0.052 85 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.023 0.055 0.100 0.148 0.198 0.236 0.134 0.084 86 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.031 0.078 0.121 0.167 0.192 0.183 0.127 0.073 87 V 0.003 0.002 0.003 0.008 0.013 0.033 0.057 0.108 0.122 0.171 0.207 0.136 0.093 0.045 88 E 0.014 0.030 0.043 0.095 0.131 0.115 0.156 0.113 0.116 0.070 0.063 0.029 0.010 0.013 89 Q 0.013 0.023 0.036 0.076 0.109 0.175 0.172 0.126 0.121 0.076 0.050 0.016 0.005 0.003 90 T 0.094 0.147 0.155 0.159 0.157 0.119 0.073 0.047 0.032 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 91 A 0.194 0.207 0.180 0.154 0.121 0.055 0.036 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 92 K 0.251 0.207 0.183 0.128 0.104 0.063 0.032 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 93 S 0.200 0.159 0.172 0.143 0.154 0.076 0.043 0.025 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 94 L 0.202 0.111 0.114 0.168 0.159 0.106 0.060 0.040 0.019 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 95 D 0.301 0.180 0.142 0.135 0.106 0.059 0.033 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 96 L 0.038 0.023 0.034 0.074 0.127 0.150 0.138 0.174 0.126 0.074 0.025 0.011 0.006 0.001 97 T 0.105 0.112 0.117 0.181 0.150 0.127 0.088 0.058 0.027 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 98 Q 0.378 0.199 0.166 0.091 0.069 0.041 0.025 0.012 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.067 0.055 0.092 0.169 0.209 0.161 0.113 0.069 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 100 C 0.086 0.122 0.150 0.196 0.178 0.116 0.075 0.043 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 101 F 0.078 0.098 0.125 0.203 0.182 0.138 0.075 0.052 0.027 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 102 P 0.161 0.207 0.176 0.176 0.118 0.074 0.042 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 103 E 0.048 0.103 0.141 0.173 0.188 0.137 0.084 0.055 0.035 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 104 K 0.008 0.023 0.039 0.087 0.141 0.175 0.171 0.134 0.101 0.057 0.039 0.013 0.008 0.005 105 S 0.001 0.003 0.007 0.019 0.041 0.083 0.128 0.134 0.172 0.135 0.146 0.067 0.038 0.024 106 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.035 0.081 0.142 0.171 0.226 0.164 0.100 0.055 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.046 0.089 0.159 0.226 0.225 0.161 0.078 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.044 0.080 0.178 0.235 0.206 0.143 0.100 109 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.052 0.098 0.178 0.228 0.208 0.120 0.092 110 G 0.001 0.002 0.003 0.009 0.017 0.031 0.061 0.138 0.172 0.184 0.165 0.111 0.057 0.048 111 N 0.002 0.010 0.013 0.030 0.056 0.081 0.118 0.190 0.202 0.127 0.099 0.040 0.017 0.015 112 E 0.008 0.026 0.038 0.067 0.098 0.150 0.157 0.154 0.122 0.086 0.062 0.018 0.007 0.005 113 R 0.094 0.165 0.181 0.127 0.127 0.098 0.076 0.055 0.041 0.018 0.014 0.003 0.001 0.001 114 E 0.122 0.114 0.156 0.137 0.159 0.123 0.078 0.053 0.031 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 115 G 0.188 0.120 0.118 0.133 0.164 0.095 0.072 0.061 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 116 I 0.104 0.098 0.122 0.173 0.179 0.128 0.081 0.059 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 117 P 0.367 0.168 0.131 0.118 0.095 0.056 0.029 0.014 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 118 A 0.519 0.199 0.123 0.080 0.043 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.535 0.237 0.124 0.056 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.144 0.113 0.143 0.158 0.188 0.133 0.062 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 121 I 0.118 0.100 0.128 0.208 0.210 0.110 0.065 0.035 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.581 0.274 0.086 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.155 0.180 0.188 0.159 0.152 0.082 0.043 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 124 L 0.019 0.021 0.047 0.105 0.174 0.208 0.198 0.145 0.046 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 125 D 0.154 0.162 0.162 0.150 0.141 0.094 0.066 0.030 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 126 V 0.098 0.064 0.088 0.127 0.123 0.134 0.107 0.091 0.073 0.049 0.028 0.011 0.005 0.002 127 C 0.036 0.030 0.042 0.083 0.144 0.149 0.145 0.143 0.099 0.058 0.033 0.024 0.009 0.005 128 V 0.028 0.016 0.024 0.036 0.054 0.106 0.129 0.164 0.122 0.116 0.098 0.063 0.035 0.009 129 E 0.093 0.084 0.097 0.135 0.149 0.114 0.111 0.076 0.062 0.032 0.021 0.016 0.006 0.005 130 I 0.055 0.038 0.052 0.078 0.098 0.137 0.122 0.104 0.101 0.088 0.078 0.031 0.013 0.006 131 P 0.095 0.071 0.078 0.115 0.147 0.143 0.113 0.085 0.074 0.038 0.022 0.012 0.005 0.003 132 Q 0.085 0.074 0.079 0.128 0.145 0.139 0.118 0.084 0.068 0.041 0.022 0.010 0.004 0.002 133 Q 0.170 0.130 0.140 0.142 0.133 0.106 0.071 0.043 0.034 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 134 G 0.283 0.178 0.153 0.120 0.089 0.066 0.046 0.027 0.017 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 135 I 0.161 0.127 0.139 0.145 0.152 0.105 0.072 0.044 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 136 I 0.073 0.065 0.079 0.123 0.163 0.156 0.122 0.100 0.057 0.034 0.015 0.007 0.004 0.001 137 R 0.105 0.090 0.106 0.145 0.142 0.121 0.106 0.084 0.045 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 138 S 0.065 0.060 0.078 0.119 0.149 0.147 0.119 0.095 0.072 0.048 0.026 0.014 0.006 0.004 139 L 0.026 0.021 0.032 0.061 0.087 0.127 0.143 0.132 0.133 0.094 0.066 0.046 0.024 0.009 140 N 0.020 0.026 0.041 0.088 0.100 0.131 0.174 0.162 0.109 0.066 0.042 0.023 0.011 0.007 141 V 0.011 0.011 0.017 0.033 0.051 0.095 0.119 0.169 0.161 0.117 0.104 0.060 0.036 0.016 142 H 0.013 0.011 0.019 0.033 0.052 0.090 0.137 0.166 0.156 0.121 0.079 0.060 0.041 0.022 143 V 0.010 0.010 0.015 0.031 0.048 0.082 0.135 0.175 0.157 0.130 0.088 0.061 0.035 0.023 144 S 0.010 0.008 0.013 0.025 0.041 0.087 0.129 0.160 0.170 0.120 0.102 0.068 0.042 0.025 145 G 0.014 0.011 0.016 0.029 0.051 0.086 0.145 0.144 0.163 0.118 0.090 0.067 0.038 0.028 146 A 0.014 0.010 0.015 0.027 0.047 0.086 0.139 0.162 0.162 0.130 0.092 0.053 0.037 0.025 147 L 0.026 0.015 0.021 0.033 0.062 0.107 0.140 0.135 0.150 0.109 0.077 0.055 0.040 0.031 148 L 0.021 0.011 0.016 0.028 0.057 0.095 0.129 0.145 0.152 0.143 0.085 0.056 0.041 0.020 149 I 0.017 0.013 0.018 0.041 0.083 0.126 0.172 0.161 0.149 0.103 0.058 0.031 0.018 0.009 150 W 0.028 0.033 0.045 0.089 0.138 0.194 0.163 0.117 0.081 0.056 0.031 0.014 0.006 0.004 151 E 0.045 0.061 0.078 0.140 0.219 0.146 0.116 0.101 0.051 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 152 Y 0.024 0.026 0.044 0.114 0.149 0.162 0.181 0.182 0.068 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 153 T 0.062 0.057 0.100 0.149 0.184 0.165 0.121 0.076 0.057 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 154 R 0.215 0.144 0.151 0.176 0.136 0.075 0.046 0.028 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.390 0.185 0.132 0.123 0.079 0.045 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Q 0.337 0.147 0.157 0.131 0.110 0.060 0.030 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.294 0.118 0.132 0.146 0.147 0.079 0.041 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 158 L 0.402 0.137 0.126 0.129 0.098 0.054 0.026 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 159 S 0.630 0.166 0.092 0.052 0.031 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001