# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.045 0.008 0.009 0.025 0.025 0.105 0.051 0.733 2 G 0.147 0.013 0.006 0.015 0.031 0.069 0.078 0.641 3 K 0.037 0.004 0.006 0.011 0.015 0.102 0.039 0.785 4 S 0.075 0.010 0.026 0.024 0.050 0.121 0.086 0.609 5 I 0.059 0.006 0.031 0.016 0.030 0.133 0.063 0.662 6 S 0.013 0.005 0.109 0.038 0.077 0.168 0.058 0.532 7 R 0.003 0.003 0.263 0.051 0.127 0.098 0.065 0.390 8 L 0.001 0.002 0.438 0.110 0.186 0.047 0.066 0.150 9 I 0.001 0.001 0.694 0.102 0.122 0.007 0.049 0.023 10 V 0.001 0.002 0.660 0.134 0.125 0.008 0.037 0.034 11 V 0.005 0.003 0.684 0.124 0.111 0.010 0.029 0.033 12 A 0.011 0.004 0.479 0.112 0.155 0.039 0.071 0.129 13 S 0.046 0.008 0.191 0.076 0.138 0.119 0.074 0.347 14 L 0.097 0.008 0.059 0.036 0.066 0.152 0.089 0.493 15 I 0.024 0.005 0.027 0.017 0.030 0.171 0.052 0.674 16 D 0.035 0.008 0.022 0.014 0.024 0.133 0.061 0.702 17 K 0.144 0.042 0.014 0.014 0.017 0.132 0.149 0.489 18 P 0.055 0.099 0.019 0.008 0.013 0.137 0.069 0.599 19 T 0.026 0.140 0.037 0.010 0.014 0.142 0.082 0.549 20 N 0.029 0.807 0.008 0.004 0.004 0.021 0.054 0.073 21 L 0.016 0.935 0.003 0.001 0.001 0.007 0.017 0.019 22 G 0.011 0.893 0.005 0.002 0.004 0.008 0.054 0.024 23 G 0.009 0.385 0.013 0.005 0.009 0.011 0.546 0.023 24 L 0.002 0.650 0.007 0.001 0.003 0.008 0.319 0.010 25 C 0.002 0.960 0.006 0.001 0.002 0.002 0.021 0.006 26 R 0.011 0.876 0.030 0.008 0.011 0.007 0.041 0.018 27 T 0.033 0.741 0.028 0.004 0.005 0.015 0.146 0.029 28 C 0.184 0.198 0.117 0.009 0.005 0.020 0.388 0.078 29 E 0.564 0.103 0.008 0.006 0.005 0.030 0.049 0.235 30 V 0.037 0.008 0.009 0.001 0.001 0.060 0.054 0.831 31 F 0.008 0.009 0.065 0.008 0.015 0.252 0.074 0.568 32 G 0.095 0.013 0.038 0.009 0.018 0.102 0.091 0.633 33 A 0.031 0.006 0.031 0.012 0.010 0.166 0.048 0.696 34 S 0.007 0.005 0.362 0.028 0.099 0.103 0.094 0.303 35 V 0.007 0.003 0.392 0.055 0.126 0.059 0.108 0.251 36 L 0.001 0.001 0.730 0.065 0.052 0.020 0.031 0.099 37 V 0.003 0.002 0.692 0.075 0.082 0.025 0.028 0.094 38 V 0.011 0.003 0.448 0.089 0.100 0.068 0.051 0.231 39 G 0.115 0.009 0.185 0.053 0.064 0.116 0.073 0.385 40 S 0.173 0.010 0.040 0.019 0.034 0.119 0.076 0.530 41 L 0.040 0.006 0.029 0.012 0.022 0.136 0.036 0.719 42 Q 0.022 0.010 0.033 0.024 0.040 0.115 0.064 0.693 43 C 0.073 0.031 0.018 0.017 0.020 0.140 0.042 0.660 44 I 0.089 0.069 0.021 0.023 0.021 0.140 0.057 0.582 45 S 0.045 0.213 0.006 0.004 0.006 0.062 0.036 0.628 46 D 0.076 0.803 0.002 0.002 0.002 0.013 0.036 0.066 47 K 0.022 0.828 0.009 0.005 0.005 0.021 0.033 0.078 48 Q 0.033 0.844 0.006 0.005 0.008 0.014 0.028 0.062 49 F 0.054 0.447 0.025 0.007 0.014 0.030 0.347 0.075 50 Q 0.029 0.561 0.016 0.014 0.023 0.034 0.224 0.099 51 H 0.049 0.328 0.044 0.023 0.038 0.053 0.225 0.240 52 L 0.042 0.470 0.024 0.020 0.025 0.074 0.099 0.245 53 S 0.101 0.405 0.057 0.015 0.026 0.054 0.137 0.205 54 V 0.062 0.241 0.030 0.023 0.023 0.094 0.110 0.417 55 S 0.081 0.159 0.065 0.014 0.018 0.074 0.225 0.363 56 A 0.380 0.155 0.017 0.016 0.017 0.055 0.106 0.255 57 E 0.171 0.025 0.023 0.009 0.014 0.081 0.112 0.564 58 Q 0.010 0.016 0.027 0.016 0.028 0.116 0.039 0.747 59 W 0.014 0.009 0.039 0.009 0.026 0.125 0.042 0.735 60 L 0.119 0.017 0.084 0.061 0.037 0.130 0.100 0.451 61 P 0.100 0.016 0.126 0.042 0.108 0.106 0.077 0.426 62 L 0.023 0.004 0.101 0.038 0.127 0.069 0.048 0.591 63 V 0.005 0.002 0.225 0.214 0.279 0.054 0.032 0.190 64 E 0.006 0.002 0.109 0.080 0.118 0.058 0.030 0.597 65 V 0.005 0.003 0.148 0.193 0.104 0.085 0.023 0.438 66 K 0.060 0.046 0.063 0.027 0.031 0.092 0.051 0.630 67 P 0.368 0.262 0.014 0.007 0.006 0.045 0.081 0.218 68 P 0.045 0.293 0.017 0.008 0.005 0.060 0.064 0.507 69 Q 0.022 0.870 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 0.065 70 L 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 71 I 0.019 0.932 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.014 72 D 0.019 0.897 0.005 0.001 0.001 0.005 0.035 0.036 73 Y 0.077 0.843 0.009 0.001 0.001 0.008 0.034 0.027 74 L 0.200 0.659 0.011 0.001 0.001 0.011 0.056 0.062 75 Q 0.053 0.149 0.019 0.005 0.003 0.027 0.234 0.509 76 Q 0.030 0.142 0.015 0.003 0.003 0.066 0.220 0.520 77 K 0.114 0.030 0.104 0.009 0.005 0.092 0.295 0.351 78 K 0.772 0.005 0.004 0.001 0.001 0.020 0.013 0.184 79 T 0.154 0.002 0.002 0.001 0.001 0.026 0.020 0.796 80 E 0.005 0.002 0.039 0.002 0.009 0.255 0.008 0.680 81 G 0.007 0.002 0.081 0.008 0.036 0.097 0.037 0.732 82 Y 0.005 0.003 0.160 0.121 0.046 0.114 0.037 0.514 83 T 0.003 0.003 0.685 0.047 0.085 0.027 0.040 0.110 84 I 0.009 0.007 0.344 0.167 0.169 0.031 0.069 0.204 85 I 0.006 0.004 0.699 0.096 0.079 0.016 0.019 0.081 86 G 0.009 0.014 0.323 0.116 0.169 0.042 0.103 0.224 87 V 0.021 0.055 0.239 0.102 0.116 0.073 0.089 0.306 88 E 0.169 0.133 0.091 0.061 0.070 0.082 0.101 0.293 89 Q 0.088 0.068 0.042 0.025 0.030 0.101 0.165 0.480 90 T 0.178 0.137 0.015 0.013 0.020 0.077 0.115 0.445 91 A 0.161 0.079 0.015 0.013 0.018 0.095 0.087 0.532 92 K 0.053 0.070 0.010 0.014 0.028 0.107 0.043 0.675 93 S 0.033 0.030 0.017 0.015 0.031 0.113 0.137 0.625 94 L 0.029 0.058 0.034 0.046 0.047 0.145 0.111 0.530 95 D 0.138 0.097 0.032 0.035 0.058 0.082 0.083 0.475 96 L 0.113 0.031 0.041 0.046 0.049 0.089 0.108 0.522 97 T 0.118 0.024 0.035 0.052 0.084 0.080 0.063 0.543 98 Q 0.089 0.004 0.019 0.035 0.047 0.078 0.037 0.692 99 Y 0.010 0.002 0.020 0.047 0.060 0.118 0.026 0.717 100 C 0.013 0.001 0.019 0.015 0.036 0.106 0.023 0.786 101 F 0.076 0.001 0.023 0.017 0.016 0.142 0.056 0.667 102 P 0.053 0.004 0.028 0.012 0.011 0.125 0.063 0.705 103 E 0.009 0.003 0.061 0.009 0.023 0.264 0.051 0.580 104 K 0.001 0.001 0.475 0.031 0.086 0.088 0.097 0.221 105 S 0.001 0.001 0.694 0.051 0.066 0.017 0.113 0.058 106 L 0.001 0.001 0.847 0.030 0.032 0.010 0.042 0.037 107 L 0.001 0.001 0.870 0.039 0.041 0.009 0.021 0.018 108 L 0.005 0.002 0.791 0.036 0.059 0.029 0.034 0.043 109 L 0.018 0.009 0.605 0.028 0.058 0.096 0.061 0.125 110 G 0.103 0.024 0.198 0.026 0.062 0.176 0.102 0.309 111 N 0.051 0.011 0.165 0.025 0.048 0.172 0.190 0.337 112 E 0.223 0.012 0.031 0.013 0.026 0.151 0.040 0.505 113 R 0.202 0.005 0.017 0.012 0.019 0.092 0.207 0.446 114 E 0.011 0.009 0.009 0.005 0.011 0.182 0.022 0.752 115 G 0.004 0.011 0.006 0.006 0.012 0.109 0.022 0.830 116 I 0.029 0.271 0.006 0.015 0.006 0.079 0.024 0.569 117 P 0.070 0.906 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 118 A 0.036 0.903 0.002 0.001 0.001 0.005 0.032 0.021 119 N 0.022 0.889 0.008 0.002 0.002 0.006 0.040 0.031 120 L 0.142 0.631 0.012 0.002 0.003 0.012 0.150 0.048 121 I 0.149 0.131 0.054 0.010 0.010 0.046 0.460 0.140 122 Q 0.091 0.064 0.019 0.004 0.006 0.060 0.187 0.569 123 Q 0.047 0.018 0.014 0.002 0.002 0.068 0.056 0.793 124 L 0.066 0.015 0.035 0.009 0.016 0.248 0.063 0.548 125 D 0.017 0.003 0.020 0.005 0.014 0.102 0.057 0.781 126 V 0.007 0.003 0.392 0.049 0.098 0.116 0.072 0.263 127 C 0.003 0.001 0.336 0.049 0.091 0.051 0.072 0.396 128 V 0.002 0.001 0.511 0.202 0.099 0.034 0.021 0.130 129 E 0.004 0.001 0.586 0.043 0.072 0.045 0.031 0.217 130 I 0.046 0.006 0.276 0.126 0.087 0.111 0.093 0.254 131 P 0.068 0.012 0.089 0.019 0.023 0.119 0.038 0.632 132 Q 0.189 0.044 0.036 0.011 0.021 0.113 0.080 0.506 133 Q 0.084 0.061 0.033 0.016 0.028 0.111 0.057 0.610 134 G 0.037 0.066 0.044 0.031 0.049 0.117 0.121 0.534 135 I 0.059 0.167 0.035 0.032 0.045 0.107 0.129 0.425 136 I 0.061 0.247 0.037 0.030 0.035 0.087 0.154 0.350 137 R 0.048 0.542 0.012 0.012 0.019 0.044 0.058 0.265 138 S 0.018 0.516 0.011 0.004 0.007 0.030 0.293 0.121 139 L 0.006 0.794 0.005 0.004 0.004 0.011 0.140 0.037 140 N 0.006 0.685 0.002 0.001 0.002 0.005 0.288 0.011 141 V 0.001 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 142 H 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 143 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 144 S 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 145 G 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 146 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 147 L 0.001 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 148 L 0.003 0.966 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 149 I 0.003 0.240 0.017 0.001 0.001 0.003 0.731 0.004 150 W 0.002 0.798 0.003 0.002 0.001 0.003 0.182 0.009 151 E 0.008 0.956 0.003 0.001 0.001 0.004 0.010 0.016 152 Y 0.028 0.820 0.012 0.007 0.005 0.016 0.067 0.046 153 T 0.060 0.610 0.023 0.007 0.006 0.021 0.166 0.108 154 R 0.288 0.359 0.006 0.004 0.004 0.028 0.066 0.243 155 Q 0.152 0.047 0.021 0.012 0.009 0.091 0.180 0.487 156 Q 0.061 0.017 0.010 0.009 0.011 0.113 0.109 0.670 157 L 0.061 0.007 0.006 0.004 0.007 0.073 0.035 0.807 158 L 0.050 0.006 0.008 0.007 0.009 0.102 0.026 0.793 159 S 0.045 0.007 0.008 0.007 0.012 0.094 0.029 0.798