# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.978 2 G 0.015 0.012 0.009 0.033 0.008 0.072 0.851 3 K 0.029 0.010 0.041 0.043 0.220 0.144 0.513 4 S 0.036 0.006 0.090 0.024 0.170 0.188 0.486 5 I 0.062 0.009 0.128 0.022 0.150 0.103 0.525 6 S 0.078 0.004 0.045 0.006 0.204 0.106 0.557 7 R 0.344 0.005 0.017 0.002 0.185 0.074 0.373 8 L 0.888 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.096 9 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 A 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 13 S 0.617 0.004 0.003 0.002 0.091 0.012 0.271 14 L 0.332 0.010 0.011 0.004 0.187 0.023 0.433 15 I 0.135 0.019 0.027 0.011 0.208 0.075 0.524 16 D 0.054 0.028 0.029 0.022 0.352 0.128 0.387 17 K 0.023 0.008 0.028 0.031 0.475 0.051 0.385 18 P 0.009 0.005 0.132 0.186 0.120 0.372 0.177 19 T 0.006 0.008 0.136 0.309 0.093 0.392 0.056 20 N 0.010 0.012 0.061 0.571 0.084 0.114 0.149 21 L 0.002 0.002 0.008 0.926 0.012 0.019 0.031 22 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.004 23 G 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 29 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 30 V 0.001 0.001 0.005 0.942 0.003 0.048 0.001 31 F 0.001 0.001 0.003 0.479 0.005 0.509 0.003 32 G 0.002 0.002 0.002 0.007 0.029 0.910 0.049 33 A 0.024 0.004 0.006 0.002 0.051 0.023 0.891 34 S 0.134 0.002 0.012 0.004 0.602 0.021 0.226 35 V 0.913 0.002 0.008 0.004 0.024 0.010 0.039 36 L 0.981 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 37 V 0.991 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 38 V 0.939 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.052 39 G 0.420 0.002 0.003 0.003 0.085 0.021 0.466 40 S 0.200 0.006 0.019 0.007 0.276 0.121 0.371 41 L 0.081 0.027 0.075 0.017 0.183 0.205 0.412 42 Q 0.074 0.021 0.077 0.023 0.188 0.216 0.401 43 C 0.061 0.029 0.040 0.028 0.230 0.132 0.480 44 I 0.040 0.010 0.018 0.025 0.107 0.079 0.722 45 S 0.040 0.027 0.016 0.052 0.157 0.104 0.604 46 D 0.016 0.007 0.012 0.173 0.166 0.038 0.587 47 K 0.001 0.001 0.014 0.877 0.023 0.070 0.015 48 Q 0.003 0.001 0.011 0.934 0.006 0.033 0.011 49 F 0.008 0.002 0.007 0.953 0.003 0.009 0.017 50 Q 0.011 0.001 0.004 0.959 0.006 0.008 0.011 51 H 0.023 0.002 0.011 0.913 0.006 0.037 0.008 52 L 0.016 0.001 0.017 0.868 0.009 0.067 0.021 53 S 0.036 0.010 0.028 0.710 0.060 0.086 0.071 54 V 0.050 0.013 0.029 0.439 0.191 0.189 0.088 55 S 0.046 0.019 0.041 0.214 0.148 0.335 0.197 56 A 0.017 0.005 0.228 0.483 0.034 0.129 0.104 57 E 0.013 0.002 0.498 0.289 0.042 0.110 0.046 58 Q 0.024 0.003 0.528 0.180 0.035 0.181 0.050 59 W 0.096 0.011 0.351 0.223 0.085 0.153 0.081 60 L 0.409 0.017 0.029 0.046 0.248 0.019 0.233 61 P 0.504 0.005 0.022 0.023 0.065 0.039 0.342 62 L 0.769 0.007 0.016 0.026 0.030 0.020 0.132 63 V 0.884 0.006 0.008 0.020 0.011 0.011 0.061 64 E 0.906 0.010 0.005 0.013 0.014 0.007 0.045 65 V 0.747 0.023 0.002 0.008 0.057 0.008 0.156 66 K 0.240 0.014 0.002 0.002 0.136 0.011 0.596 67 P 0.029 0.011 0.155 0.125 0.091 0.123 0.464 68 P 0.006 0.006 0.216 0.203 0.243 0.217 0.110 69 Q 0.006 0.019 0.167 0.269 0.151 0.151 0.237 70 L 0.001 0.001 0.021 0.966 0.001 0.008 0.003 71 I 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.003 0.001 72 D 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.005 0.942 0.001 0.050 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.005 0.885 0.002 0.100 0.008 77 K 0.002 0.003 0.013 0.833 0.011 0.109 0.030 78 K 0.002 0.003 0.042 0.716 0.046 0.117 0.075 79 T 0.006 0.001 0.082 0.517 0.078 0.241 0.075 80 E 0.001 0.001 0.016 0.050 0.065 0.857 0.011 81 G 0.005 0.001 0.003 0.003 0.038 0.930 0.021 82 Y 0.203 0.004 0.001 0.001 0.025 0.004 0.762 83 T 0.915 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.072 84 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 85 I 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 86 G 0.878 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.096 87 V 0.590 0.010 0.003 0.003 0.080 0.008 0.306 88 E 0.357 0.018 0.005 0.005 0.106 0.013 0.495 89 Q 0.104 0.015 0.048 0.042 0.174 0.083 0.535 90 T 0.062 0.017 0.108 0.074 0.158 0.183 0.399 91 A 0.023 0.008 0.297 0.111 0.105 0.347 0.109 92 K 0.031 0.007 0.161 0.082 0.131 0.454 0.134 93 S 0.068 0.015 0.128 0.048 0.224 0.193 0.324 94 L 0.134 0.048 0.020 0.027 0.335 0.031 0.405 95 D 0.155 0.050 0.013 0.018 0.064 0.027 0.673 96 L 0.053 0.015 0.317 0.292 0.036 0.134 0.154 97 T 0.050 0.006 0.384 0.268 0.050 0.113 0.130 98 Q 0.078 0.009 0.431 0.226 0.049 0.082 0.123 99 Y 0.186 0.037 0.100 0.162 0.126 0.095 0.295 100 C 0.143 0.046 0.028 0.036 0.122 0.087 0.538 101 F 0.078 0.017 0.019 0.013 0.219 0.085 0.569 102 P 0.060 0.009 0.030 0.007 0.151 0.186 0.558 103 E 0.042 0.005 0.049 0.002 0.343 0.366 0.192 104 K 0.121 0.003 0.016 0.001 0.269 0.172 0.418 105 S 0.733 0.005 0.004 0.001 0.058 0.014 0.185 106 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 107 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 109 L 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.083 110 G 0.395 0.004 0.002 0.001 0.126 0.021 0.451 111 N 0.146 0.025 0.009 0.003 0.184 0.067 0.566 112 E 0.034 0.019 0.075 0.017 0.215 0.236 0.403 113 R 0.020 0.014 0.115 0.017 0.183 0.400 0.251 114 E 0.010 0.008 0.067 0.012 0.182 0.621 0.099 115 G 0.010 0.010 0.029 0.006 0.219 0.375 0.351 116 I 0.012 0.040 0.002 0.002 0.144 0.006 0.794 117 P 0.006 0.031 0.001 0.004 0.018 0.002 0.938 118 A 0.001 0.001 0.047 0.924 0.002 0.021 0.005 119 N 0.001 0.001 0.050 0.933 0.001 0.013 0.002 120 L 0.001 0.001 0.080 0.910 0.001 0.008 0.001 121 I 0.001 0.001 0.037 0.946 0.001 0.014 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.036 0.851 0.002 0.108 0.002 123 Q 0.002 0.002 0.056 0.286 0.016 0.628 0.010 124 L 0.035 0.007 0.022 0.040 0.133 0.188 0.576 125 D 0.046 0.002 0.005 0.004 0.625 0.048 0.269 126 V 0.811 0.002 0.008 0.005 0.054 0.027 0.092 127 C 0.950 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.033 128 V 0.986 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 129 E 0.962 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 130 I 0.823 0.004 0.001 0.002 0.020 0.004 0.146 131 P 0.482 0.007 0.002 0.002 0.059 0.018 0.430 132 Q 0.123 0.017 0.030 0.009 0.167 0.108 0.545 133 Q 0.052 0.006 0.106 0.023 0.220 0.310 0.282 134 G 0.019 0.003 0.085 0.030 0.324 0.322 0.216 135 I 0.081 0.019 0.061 0.076 0.194 0.164 0.404 136 I 0.184 0.035 0.038 0.107 0.136 0.059 0.441 137 R 0.270 0.028 0.029 0.125 0.159 0.069 0.321 138 S 0.307 0.038 0.021 0.289 0.090 0.051 0.205 139 L 0.136 0.029 0.019 0.506 0.056 0.051 0.203 140 N 0.036 0.005 0.010 0.745 0.026 0.022 0.156 141 V 0.002 0.001 0.014 0.966 0.001 0.009 0.008 142 H 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.003 0.001 143 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.018 0.001 154 R 0.001 0.001 0.004 0.956 0.002 0.033 0.005 155 Q 0.001 0.001 0.014 0.909 0.007 0.054 0.014 156 Q 0.002 0.001 0.023 0.791 0.031 0.125 0.027 157 L 0.003 0.003 0.019 0.531 0.046 0.339 0.060 158 L 0.005 0.007 0.007 0.131 0.016 0.092 0.742 159 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996