# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.272 0.094 0.249 0.308 0.012 0.026 0.019 0.002 0.017 0.001 0.001 2 G 0.131 0.064 0.171 0.082 0.082 0.019 0.109 0.209 0.010 0.122 0.001 3 K 0.245 0.235 0.293 0.114 0.047 0.017 0.014 0.006 0.020 0.008 0.001 4 S 0.158 0.152 0.309 0.108 0.049 0.076 0.083 0.025 0.031 0.008 0.002 5 I 0.188 0.290 0.274 0.106 0.032 0.043 0.018 0.002 0.045 0.002 0.001 6 S 0.219 0.141 0.425 0.086 0.064 0.019 0.013 0.009 0.010 0.012 0.004 7 R 0.062 0.307 0.327 0.081 0.076 0.057 0.032 0.003 0.049 0.002 0.003 8 L 0.009 0.462 0.465 0.006 0.027 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 I 0.005 0.841 0.101 0.002 0.018 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 10 V 0.003 0.747 0.206 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 11 V 0.006 0.800 0.092 0.002 0.011 0.044 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 12 A 0.020 0.584 0.224 0.009 0.046 0.077 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 13 S 0.071 0.429 0.176 0.057 0.182 0.034 0.015 0.002 0.029 0.003 0.001 14 L 0.045 0.185 0.227 0.071 0.134 0.092 0.159 0.014 0.063 0.007 0.002 15 I 0.153 0.200 0.499 0.051 0.016 0.060 0.005 0.002 0.012 0.001 0.002 16 D 0.327 0.112 0.087 0.340 0.020 0.059 0.021 0.004 0.026 0.003 0.001 17 K 0.031 0.301 0.240 0.013 0.072 0.028 0.044 0.001 0.263 0.005 0.001 18 P 0.465 0.008 0.400 0.029 0.001 0.022 0.001 0.002 0.002 0.004 0.066 19 T 0.398 0.068 0.226 0.148 0.072 0.028 0.016 0.020 0.009 0.014 0.001 20 N 0.359 0.024 0.100 0.153 0.022 0.180 0.060 0.013 0.068 0.018 0.002 21 L 0.941 0.003 0.006 0.046 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.988 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 23 G 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 C 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.360 0.002 0.003 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.016 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.499 0.448 0.001 0.003 0.001 33 A 0.009 0.225 0.673 0.005 0.023 0.058 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 34 S 0.486 0.006 0.008 0.494 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.001 0.664 0.009 0.002 0.319 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 L 0.002 0.901 0.047 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 37 V 0.005 0.813 0.111 0.001 0.011 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 38 V 0.009 0.671 0.131 0.016 0.028 0.076 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 39 G 0.032 0.209 0.293 0.022 0.282 0.023 0.012 0.012 0.025 0.089 0.001 40 S 0.153 0.147 0.304 0.087 0.107 0.060 0.078 0.003 0.037 0.014 0.011 41 L 0.364 0.070 0.203 0.256 0.022 0.034 0.021 0.009 0.010 0.004 0.008 42 Q 0.201 0.141 0.172 0.229 0.078 0.030 0.074 0.037 0.027 0.009 0.001 43 C 0.158 0.242 0.294 0.069 0.071 0.040 0.035 0.022 0.049 0.018 0.002 44 I 0.175 0.191 0.412 0.093 0.041 0.037 0.019 0.003 0.019 0.006 0.004 45 S 0.123 0.144 0.395 0.163 0.061 0.066 0.019 0.004 0.015 0.008 0.002 46 D 0.073 0.074 0.631 0.016 0.065 0.077 0.006 0.002 0.047 0.008 0.001 47 K 0.976 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.964 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.923 0.012 0.015 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.967 0.010 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.925 0.031 0.020 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.848 0.021 0.012 0.110 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 S 0.672 0.087 0.081 0.068 0.023 0.020 0.018 0.012 0.016 0.003 0.001 54 V 0.479 0.149 0.061 0.243 0.042 0.010 0.005 0.001 0.007 0.003 0.001 55 S 0.234 0.120 0.267 0.108 0.167 0.030 0.018 0.011 0.020 0.025 0.001 56 A 0.822 0.024 0.047 0.054 0.012 0.018 0.010 0.005 0.006 0.002 0.001 57 E 0.854 0.019 0.017 0.098 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.622 0.080 0.062 0.173 0.028 0.010 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 59 W 0.437 0.135 0.115 0.226 0.010 0.033 0.020 0.002 0.021 0.001 0.001 60 L 0.073 0.422 0.314 0.005 0.032 0.016 0.010 0.001 0.127 0.001 0.001 61 P 0.120 0.019 0.738 0.008 0.001 0.093 0.002 0.001 0.004 0.001 0.016 62 L 0.242 0.236 0.416 0.030 0.011 0.046 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 63 V 0.337 0.364 0.054 0.174 0.041 0.011 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 64 E 0.040 0.474 0.342 0.038 0.034 0.045 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 65 V 0.010 0.589 0.243 0.011 0.065 0.031 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 66 K 0.004 0.179 0.611 0.001 0.010 0.085 0.003 0.001 0.106 0.001 0.001 67 P 0.253 0.010 0.655 0.003 0.008 0.018 0.001 0.002 0.006 0.029 0.015 68 P 0.942 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 Q 0.167 0.110 0.134 0.115 0.130 0.110 0.009 0.002 0.219 0.003 0.001 70 L 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 Q 0.943 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.813 0.003 0.022 0.143 0.001 0.006 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 78 K 0.628 0.050 0.159 0.053 0.013 0.036 0.032 0.007 0.014 0.009 0.001 79 T 0.712 0.042 0.075 0.127 0.009 0.013 0.012 0.003 0.004 0.002 0.001 80 E 0.207 0.043 0.113 0.598 0.013 0.004 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 81 G 0.007 0.001 0.009 0.013 0.011 0.001 0.112 0.804 0.001 0.040 0.001 82 Y 0.006 0.225 0.689 0.009 0.030 0.027 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 83 T 0.009 0.330 0.590 0.005 0.008 0.043 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 84 I 0.010 0.614 0.303 0.002 0.010 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 85 I 0.042 0.629 0.210 0.018 0.015 0.046 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 86 G 0.020 0.356 0.289 0.018 0.217 0.059 0.015 0.006 0.015 0.004 0.001 87 V 0.059 0.626 0.130 0.044 0.095 0.020 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 88 E 0.037 0.439 0.264 0.012 0.157 0.030 0.007 0.002 0.043 0.008 0.001 89 Q 0.402 0.074 0.341 0.093 0.012 0.055 0.005 0.002 0.010 0.003 0.004 90 T 0.201 0.260 0.278 0.093 0.097 0.028 0.010 0.004 0.023 0.005 0.001 91 A 0.598 0.069 0.127 0.103 0.027 0.018 0.032 0.009 0.010 0.004 0.002 92 K 0.349 0.075 0.089 0.283 0.069 0.008 0.056 0.045 0.013 0.012 0.001 93 S 0.176 0.141 0.364 0.136 0.051 0.049 0.042 0.014 0.016 0.009 0.003 94 L 0.082 0.551 0.236 0.029 0.050 0.016 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 95 D 0.036 0.072 0.646 0.011 0.009 0.178 0.008 0.001 0.037 0.001 0.002 96 L 0.741 0.070 0.062 0.075 0.008 0.024 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 97 T 0.712 0.087 0.053 0.114 0.015 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 98 Q 0.384 0.150 0.120 0.243 0.039 0.021 0.015 0.003 0.023 0.001 0.001 99 Y 0.258 0.248 0.236 0.147 0.050 0.022 0.015 0.005 0.016 0.003 0.001 100 C 0.159 0.212 0.182 0.203 0.028 0.109 0.050 0.004 0.050 0.003 0.001 101 F 0.035 0.348 0.285 0.007 0.056 0.030 0.023 0.001 0.211 0.003 0.001 102 P 0.228 0.012 0.560 0.046 0.001 0.059 0.003 0.001 0.004 0.001 0.085 103 E 0.147 0.191 0.338 0.108 0.076 0.037 0.054 0.021 0.023 0.004 0.002 104 K 0.133 0.227 0.365 0.116 0.062 0.053 0.018 0.006 0.016 0.002 0.002 105 S 0.038 0.619 0.137 0.073 0.093 0.015 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 106 L 0.001 0.891 0.041 0.001 0.052 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 107 L 0.001 0.851 0.110 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 108 L 0.002 0.708 0.144 0.001 0.013 0.073 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 109 L 0.015 0.642 0.154 0.019 0.028 0.073 0.003 0.001 0.066 0.001 0.001 110 G 0.015 0.084 0.163 0.014 0.548 0.022 0.022 0.017 0.013 0.100 0.002 111 N 0.160 0.092 0.282 0.195 0.046 0.115 0.035 0.009 0.047 0.011 0.009 112 E 0.453 0.092 0.263 0.114 0.026 0.022 0.009 0.006 0.008 0.006 0.001 113 R 0.646 0.033 0.039 0.206 0.018 0.009 0.023 0.011 0.008 0.007 0.001 114 E 0.219 0.057 0.200 0.446 0.021 0.008 0.035 0.004 0.007 0.003 0.001 115 G 0.009 0.001 0.016 0.019 0.016 0.001 0.102 0.715 0.001 0.119 0.001 116 I 0.013 0.258 0.647 0.004 0.016 0.027 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 117 P 0.008 0.006 0.926 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 118 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.945 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 120 L 0.947 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.948 0.003 0.010 0.033 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.974 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.622 0.003 0.005 0.360 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 124 L 0.527 0.038 0.305 0.064 0.003 0.040 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 125 D 0.761 0.004 0.009 0.216 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.122 0.636 0.086 0.050 0.082 0.006 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 127 C 0.140 0.588 0.195 0.018 0.010 0.022 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 128 V 0.039 0.717 0.115 0.014 0.021 0.037 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 129 E 0.034 0.430 0.314 0.011 0.012 0.126 0.008 0.001 0.063 0.001 0.001 130 I 0.023 0.346 0.270 0.004 0.009 0.069 0.005 0.001 0.273 0.001 0.001 131 P 0.091 0.010 0.804 0.007 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 132 Q 0.215 0.211 0.226 0.128 0.058 0.069 0.035 0.010 0.040 0.006 0.002 133 Q 0.158 0.144 0.293 0.130 0.058 0.036 0.112 0.018 0.032 0.016 0.002 134 G 0.053 0.016 0.059 0.018 0.194 0.002 0.041 0.422 0.001 0.193 0.001 135 I 0.207 0.180 0.136 0.303 0.067 0.039 0.036 0.013 0.013 0.005 0.002 136 I 0.039 0.285 0.518 0.007 0.030 0.088 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 137 R 0.864 0.005 0.006 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.100 0.524 0.028 0.023 0.312 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 139 L 0.395 0.443 0.082 0.011 0.024 0.013 0.002 0.001 0.026 0.002 0.001 140 N 0.658 0.070 0.064 0.009 0.007 0.109 0.006 0.001 0.072 0.002 0.001 141 V 0.973 0.004 0.002 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 H 0.987 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 T 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 R 0.970 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.920 0.004 0.007 0.064 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Q 0.797 0.014 0.022 0.150 0.003 0.004 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 157 L 0.458 0.028 0.063 0.330 0.007 0.030 0.056 0.006 0.020 0.001 0.001 158 L 0.210 0.130 0.289 0.235 0.024 0.039 0.035 0.008 0.026 0.004 0.001 159 S 0.187 0.101 0.207 0.079 0.123 0.016 0.059 0.075 0.010 0.142 0.001