# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.069 0.311 0.133 0.052 0.135 0.034 0.040 0.082 0.049 0.061 0.034 2 G 0.074 0.094 0.117 0.172 0.083 0.067 0.026 0.074 0.069 0.137 0.087 3 K 0.065 0.187 0.065 0.017 0.132 0.018 0.037 0.174 0.187 0.090 0.028 4 S 0.096 0.095 0.039 0.014 0.124 0.018 0.063 0.149 0.151 0.184 0.066 5 I 0.134 0.151 0.057 0.015 0.166 0.013 0.035 0.077 0.119 0.167 0.066 6 S 0.066 0.260 0.147 0.021 0.193 0.023 0.053 0.087 0.065 0.058 0.026 7 R 0.222 0.111 0.037 0.011 0.316 0.015 0.043 0.051 0.046 0.079 0.068 8 L 0.205 0.144 0.009 0.002 0.618 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 9 I 0.192 0.056 0.002 0.001 0.736 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 10 V 0.299 0.040 0.002 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 11 V 0.220 0.087 0.005 0.003 0.637 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.036 12 A 0.356 0.086 0.017 0.010 0.397 0.010 0.010 0.009 0.004 0.011 0.090 13 S 0.073 0.093 0.034 0.033 0.142 0.055 0.136 0.116 0.096 0.139 0.083 14 L 0.205 0.174 0.071 0.009 0.281 0.005 0.009 0.029 0.035 0.097 0.085 15 I 0.136 0.154 0.032 0.013 0.236 0.016 0.026 0.107 0.137 0.078 0.065 16 D 0.020 0.042 0.051 0.085 0.035 0.128 0.270 0.117 0.122 0.105 0.025 17 K 0.151 0.225 0.146 0.018 0.271 0.006 0.015 0.032 0.028 0.027 0.081 18 P 0.040 0.152 0.052 0.019 0.097 0.030 0.039 0.190 0.270 0.077 0.036 19 T 0.020 0.085 0.057 0.036 0.034 0.095 0.182 0.206 0.146 0.119 0.020 20 N 0.048 0.074 0.033 0.020 0.047 0.011 0.034 0.340 0.125 0.230 0.037 21 L 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 0.008 0.015 0.741 0.202 0.018 0.002 22 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.858 0.120 0.005 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.078 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.071 0.003 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.014 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.858 0.130 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.891 0.051 0.007 0.001 31 F 0.001 0.557 0.383 0.003 0.046 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 32 G 0.245 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.111 0.622 33 A 0.272 0.122 0.023 0.001 0.473 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.084 34 S 0.003 0.001 0.001 0.016 0.009 0.251 0.579 0.101 0.029 0.008 0.002 35 V 0.288 0.065 0.008 0.002 0.613 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 36 L 0.121 0.029 0.001 0.001 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 V 0.227 0.028 0.002 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 38 V 0.270 0.134 0.032 0.008 0.314 0.004 0.004 0.003 0.002 0.035 0.194 39 G 0.028 0.275 0.195 0.160 0.095 0.057 0.070 0.018 0.013 0.069 0.020 40 S 0.106 0.267 0.172 0.025 0.216 0.012 0.012 0.038 0.042 0.044 0.066 41 L 0.039 0.056 0.025 0.012 0.069 0.026 0.037 0.149 0.453 0.104 0.028 42 Q 0.060 0.074 0.052 0.030 0.093 0.030 0.101 0.165 0.165 0.186 0.043 43 C 0.073 0.153 0.068 0.014 0.148 0.011 0.023 0.134 0.122 0.214 0.040 44 I 0.071 0.211 0.065 0.011 0.143 0.022 0.056 0.229 0.087 0.070 0.035 45 S 0.055 0.127 0.082 0.018 0.102 0.022 0.041 0.099 0.086 0.302 0.067 46 D 0.134 0.236 0.098 0.004 0.377 0.001 0.004 0.063 0.026 0.029 0.027 47 K 0.005 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.660 0.285 0.027 0.004 48 Q 0.004 0.009 0.003 0.001 0.008 0.002 0.016 0.871 0.063 0.022 0.002 49 F 0.012 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.828 0.080 0.042 0.003 50 Q 0.005 0.006 0.001 0.001 0.015 0.004 0.010 0.869 0.076 0.009 0.003 51 H 0.015 0.014 0.004 0.001 0.028 0.003 0.023 0.823 0.065 0.019 0.005 52 L 0.018 0.030 0.012 0.005 0.040 0.009 0.042 0.644 0.107 0.081 0.011 53 S 0.054 0.060 0.013 0.007 0.079 0.005 0.023 0.485 0.127 0.110 0.037 54 V 0.012 0.044 0.018 0.011 0.025 0.049 0.163 0.470 0.148 0.048 0.012 55 S 0.060 0.108 0.090 0.036 0.074 0.015 0.033 0.213 0.099 0.210 0.060 56 A 0.036 0.044 0.012 0.005 0.042 0.005 0.009 0.321 0.349 0.155 0.021 57 E 0.008 0.019 0.005 0.004 0.016 0.018 0.043 0.466 0.397 0.020 0.004 58 Q 0.021 0.045 0.014 0.010 0.054 0.009 0.080 0.479 0.178 0.095 0.016 59 W 0.085 0.027 0.011 0.004 0.079 0.010 0.073 0.148 0.165 0.362 0.038 60 L 0.089 0.406 0.125 0.005 0.259 0.003 0.006 0.057 0.019 0.010 0.022 61 P 0.047 0.458 0.122 0.005 0.222 0.004 0.013 0.072 0.028 0.018 0.012 62 L 0.184 0.086 0.024 0.004 0.209 0.009 0.037 0.132 0.158 0.089 0.067 63 V 0.062 0.262 0.050 0.010 0.304 0.019 0.044 0.123 0.081 0.028 0.017 64 E 0.173 0.174 0.028 0.001 0.410 0.002 0.013 0.035 0.025 0.079 0.060 65 V 0.106 0.353 0.119 0.004 0.343 0.003 0.015 0.012 0.007 0.015 0.023 66 K 0.073 0.385 0.217 0.014 0.211 0.007 0.012 0.013 0.008 0.014 0.046 67 P 0.030 0.271 0.134 0.022 0.117 0.010 0.007 0.193 0.162 0.027 0.027 68 P 0.001 0.008 0.005 0.004 0.005 0.050 0.099 0.524 0.250 0.050 0.004 69 Q 0.019 0.120 0.048 0.003 0.031 0.001 0.005 0.361 0.078 0.324 0.013 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.145 0.022 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.059 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.051 0.007 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.105 0.005 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.865 0.100 0.010 0.001 76 Q 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.050 0.754 0.103 0.075 0.001 77 K 0.020 0.022 0.007 0.002 0.032 0.003 0.017 0.582 0.174 0.126 0.013 78 K 0.021 0.027 0.016 0.005 0.015 0.006 0.041 0.609 0.214 0.034 0.013 79 T 0.013 0.022 0.027 0.012 0.018 0.014 0.096 0.530 0.188 0.072 0.009 80 E 0.001 0.485 0.317 0.043 0.026 0.020 0.055 0.035 0.010 0.007 0.001 81 G 0.038 0.007 0.008 0.015 0.008 0.004 0.003 0.005 0.012 0.520 0.381 82 Y 0.072 0.468 0.045 0.001 0.399 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 83 T 0.081 0.207 0.011 0.001 0.685 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 84 I 0.518 0.029 0.003 0.001 0.421 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 85 I 0.145 0.118 0.024 0.028 0.554 0.041 0.031 0.013 0.004 0.008 0.034 86 G 0.297 0.118 0.026 0.003 0.467 0.001 0.002 0.005 0.002 0.013 0.065 87 V 0.143 0.236 0.072 0.029 0.267 0.021 0.025 0.030 0.018 0.074 0.086 88 E 0.086 0.372 0.191 0.022 0.248 0.009 0.009 0.016 0.008 0.014 0.026 89 Q 0.114 0.141 0.045 0.019 0.150 0.024 0.033 0.171 0.153 0.091 0.061 90 T 0.032 0.218 0.165 0.068 0.078 0.032 0.040 0.110 0.111 0.125 0.019 91 A 0.057 0.084 0.036 0.030 0.078 0.035 0.083 0.295 0.195 0.077 0.031 92 K 0.042 0.101 0.039 0.020 0.099 0.024 0.063 0.231 0.171 0.163 0.046 93 S 0.163 0.075 0.024 0.005 0.188 0.009 0.038 0.105 0.114 0.203 0.077 94 L 0.057 0.402 0.183 0.012 0.243 0.008 0.012 0.037 0.017 0.014 0.016 95 D 0.182 0.319 0.078 0.002 0.329 0.001 0.004 0.015 0.006 0.013 0.053 96 L 0.051 0.024 0.005 0.002 0.046 0.005 0.007 0.178 0.526 0.114 0.041 97 T 0.007 0.024 0.010 0.009 0.019 0.023 0.075 0.432 0.362 0.034 0.004 98 Q 0.056 0.044 0.011 0.003 0.093 0.003 0.028 0.277 0.244 0.222 0.019 99 Y 0.180 0.106 0.033 0.008 0.286 0.011 0.039 0.102 0.082 0.094 0.059 100 C 0.160 0.081 0.053 0.026 0.159 0.040 0.044 0.061 0.062 0.167 0.148 101 F 0.100 0.357 0.174 0.025 0.217 0.005 0.009 0.036 0.021 0.025 0.031 102 P 0.045 0.206 0.300 0.056 0.085 0.020 0.022 0.082 0.074 0.088 0.023 103 E 0.025 0.228 0.139 0.028 0.116 0.039 0.142 0.179 0.076 0.020 0.008 104 K 0.181 0.058 0.013 0.009 0.167 0.017 0.038 0.080 0.076 0.208 0.154 105 S 0.154 0.153 0.026 0.015 0.579 0.014 0.016 0.007 0.006 0.016 0.015 106 L 0.108 0.076 0.003 0.001 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.236 0.031 0.001 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 108 L 0.388 0.030 0.005 0.001 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 109 L 0.161 0.051 0.022 0.099 0.122 0.060 0.084 0.027 0.015 0.179 0.180 110 G 0.007 0.146 0.244 0.370 0.026 0.085 0.016 0.014 0.018 0.063 0.011 111 N 0.111 0.177 0.118 0.019 0.269 0.009 0.010 0.058 0.051 0.117 0.062 112 E 0.072 0.153 0.069 0.021 0.119 0.034 0.073 0.162 0.165 0.091 0.041 113 R 0.036 0.095 0.096 0.159 0.079 0.107 0.112 0.119 0.089 0.080 0.026 114 E 0.006 0.107 0.119 0.123 0.033 0.074 0.243 0.106 0.089 0.087 0.013 115 G 0.010 0.018 0.060 0.028 0.007 0.016 0.016 0.022 0.058 0.679 0.086 116 I 0.021 0.594 0.248 0.006 0.099 0.002 0.004 0.006 0.004 0.005 0.011 117 P 0.002 0.822 0.135 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.532 0.461 0.002 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.085 0.015 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.773 0.157 0.067 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.782 0.205 0.009 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.779 0.188 0.009 0.001 123 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.099 0.492 0.156 0.240 0.001 124 L 0.090 0.145 0.031 0.004 0.174 0.004 0.023 0.310 0.111 0.061 0.047 125 D 0.005 0.002 0.001 0.005 0.005 0.037 0.139 0.546 0.202 0.051 0.006 126 V 0.054 0.286 0.071 0.004 0.291 0.002 0.011 0.150 0.059 0.061 0.011 127 C 0.293 0.063 0.004 0.001 0.557 0.002 0.005 0.026 0.011 0.012 0.026 128 V 0.127 0.092 0.007 0.003 0.720 0.004 0.006 0.021 0.004 0.003 0.014 129 E 0.251 0.073 0.005 0.002 0.509 0.002 0.005 0.012 0.007 0.031 0.103 130 I 0.109 0.321 0.113 0.012 0.317 0.007 0.018 0.039 0.010 0.023 0.031 131 P 0.125 0.265 0.078 0.012 0.222 0.016 0.060 0.071 0.032 0.063 0.057 132 Q 0.116 0.218 0.177 0.033 0.201 0.024 0.027 0.047 0.040 0.058 0.058 133 Q 0.016 0.084 0.055 0.113 0.037 0.172 0.197 0.172 0.100 0.041 0.013 134 G 0.020 0.052 0.083 0.158 0.029 0.045 0.026 0.108 0.139 0.287 0.052 135 I 0.051 0.050 0.016 0.014 0.070 0.026 0.074 0.341 0.182 0.143 0.033 136 I 0.117 0.084 0.017 0.007 0.211 0.016 0.030 0.283 0.110 0.061 0.064 137 R 0.031 0.040 0.013 0.028 0.053 0.078 0.124 0.444 0.100 0.063 0.027 138 S 0.093 0.148 0.051 0.010 0.216 0.006 0.019 0.324 0.057 0.050 0.026 139 L 0.004 0.009 0.004 0.002 0.006 0.004 0.007 0.847 0.110 0.006 0.002 140 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.052 0.003 0.001 141 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.056 0.001 0.001 142 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.043 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.033 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.937 0.050 0.003 0.001 154 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.865 0.098 0.016 0.001 155 Q 0.004 0.015 0.005 0.002 0.009 0.008 0.064 0.739 0.133 0.018 0.002 156 Q 0.017 0.036 0.017 0.007 0.029 0.011 0.096 0.570 0.129 0.074 0.013 157 L 0.053 0.052 0.019 0.009 0.062 0.019 0.088 0.370 0.135 0.155 0.039 158 L 0.072 0.168 0.054 0.024 0.141 0.027 0.048 0.193 0.105 0.116 0.053 159 S 0.068 0.158 0.092 0.032 0.130 0.029 0.053 0.181 0.106 0.109 0.043