# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.348 0.264 0.191 0.135 0.051 0.010 0.001 2 G 0.683 0.212 0.067 0.028 0.009 0.002 0.001 3 K 0.715 0.199 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 4 S 0.715 0.209 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 5 I 0.257 0.301 0.257 0.147 0.036 0.003 0.001 6 S 0.128 0.347 0.322 0.159 0.040 0.004 0.001 7 R 0.059 0.255 0.330 0.255 0.085 0.014 0.001 8 L 0.001 0.004 0.021 0.115 0.413 0.415 0.030 9 I 0.001 0.004 0.023 0.117 0.346 0.428 0.080 10 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.433 0.503 11 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.061 0.372 0.555 12 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.317 0.632 13 S 0.001 0.007 0.023 0.088 0.212 0.364 0.305 14 L 0.004 0.036 0.099 0.207 0.296 0.295 0.062 15 I 0.007 0.024 0.059 0.150 0.304 0.355 0.100 16 D 0.114 0.183 0.208 0.213 0.162 0.100 0.020 17 K 0.149 0.224 0.231 0.194 0.124 0.063 0.015 18 P 0.081 0.115 0.144 0.216 0.227 0.166 0.051 19 T 0.035 0.115 0.162 0.217 0.224 0.186 0.061 20 N 0.014 0.030 0.053 0.127 0.252 0.338 0.187 21 L 0.004 0.012 0.026 0.068 0.173 0.395 0.322 22 G 0.002 0.007 0.023 0.069 0.154 0.323 0.423 23 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.039 0.205 0.742 24 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.165 0.804 25 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.196 0.774 26 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.182 0.774 27 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.123 0.860 28 C 0.001 0.001 0.002 0.009 0.045 0.211 0.732 29 E 0.001 0.003 0.011 0.038 0.093 0.283 0.572 30 V 0.001 0.001 0.004 0.017 0.074 0.322 0.582 31 F 0.001 0.006 0.010 0.027 0.083 0.346 0.526 32 G 0.001 0.009 0.026 0.082 0.183 0.339 0.360 33 A 0.001 0.003 0.009 0.029 0.091 0.354 0.513 34 S 0.001 0.010 0.038 0.126 0.252 0.344 0.230 35 V 0.001 0.003 0.018 0.081 0.213 0.400 0.285 36 L 0.001 0.002 0.005 0.014 0.068 0.411 0.500 37 V 0.001 0.002 0.006 0.025 0.124 0.462 0.380 38 V 0.001 0.002 0.006 0.032 0.155 0.464 0.340 39 G 0.004 0.027 0.087 0.231 0.339 0.256 0.056 40 S 0.035 0.147 0.232 0.265 0.198 0.106 0.018 41 L 0.047 0.163 0.251 0.272 0.183 0.075 0.009 42 Q 0.148 0.248 0.239 0.190 0.121 0.049 0.005 43 C 0.109 0.126 0.179 0.238 0.225 0.110 0.012 44 I 0.226 0.244 0.200 0.165 0.103 0.052 0.009 45 S 0.258 0.266 0.207 0.157 0.081 0.028 0.004 46 D 0.276 0.311 0.220 0.136 0.046 0.010 0.001 47 K 0.470 0.344 0.131 0.041 0.011 0.002 0.001 48 Q 0.114 0.232 0.290 0.216 0.108 0.037 0.004 49 F 0.021 0.023 0.049 0.180 0.390 0.309 0.029 50 Q 0.061 0.184 0.308 0.291 0.122 0.032 0.003 51 H 0.132 0.235 0.224 0.202 0.125 0.072 0.010 52 L 0.040 0.072 0.114 0.193 0.262 0.261 0.058 53 S 0.036 0.059 0.111 0.201 0.254 0.251 0.087 54 V 0.202 0.254 0.187 0.152 0.101 0.071 0.033 55 S 0.135 0.246 0.207 0.180 0.124 0.083 0.025 56 A 0.029 0.041 0.072 0.175 0.307 0.300 0.076 57 E 0.072 0.178 0.242 0.255 0.159 0.077 0.018 58 Q 0.136 0.258 0.228 0.184 0.117 0.063 0.015 59 W 0.033 0.071 0.151 0.256 0.278 0.182 0.029 60 L 0.025 0.032 0.067 0.149 0.285 0.347 0.094 61 P 0.074 0.196 0.241 0.233 0.150 0.086 0.020 62 L 0.050 0.081 0.130 0.203 0.268 0.221 0.047 63 V 0.037 0.072 0.120 0.225 0.315 0.204 0.027 64 E 0.060 0.181 0.260 0.243 0.161 0.083 0.011 65 V 0.019 0.046 0.109 0.249 0.367 0.183 0.027 66 K 0.187 0.429 0.227 0.101 0.041 0.014 0.002 67 P 0.036 0.148 0.274 0.327 0.167 0.045 0.002 68 P 0.561 0.292 0.091 0.036 0.015 0.005 0.001 69 Q 0.126 0.325 0.311 0.168 0.056 0.013 0.001 70 L 0.011 0.013 0.037 0.201 0.430 0.292 0.018 71 I 0.055 0.237 0.370 0.248 0.076 0.013 0.001 72 D 0.206 0.528 0.211 0.046 0.007 0.001 0.001 73 Y 0.008 0.026 0.098 0.334 0.401 0.129 0.004 74 L 0.006 0.018 0.083 0.275 0.457 0.156 0.005 75 Q 0.195 0.523 0.228 0.047 0.006 0.001 0.001 76 Q 0.221 0.492 0.223 0.057 0.007 0.001 0.001 77 K 0.029 0.113 0.209 0.324 0.250 0.074 0.002 78 K 0.114 0.286 0.306 0.213 0.071 0.009 0.001 79 T 0.560 0.277 0.106 0.044 0.012 0.001 0.001 80 E 0.352 0.369 0.199 0.066 0.013 0.001 0.001 81 G 0.260 0.488 0.181 0.060 0.010 0.002 0.001 82 Y 0.003 0.019 0.089 0.325 0.434 0.126 0.005 83 T 0.008 0.044 0.179 0.345 0.302 0.111 0.011 84 I 0.002 0.004 0.012 0.044 0.194 0.594 0.151 85 I 0.001 0.003 0.005 0.019 0.105 0.510 0.357 86 G 0.001 0.004 0.009 0.032 0.111 0.381 0.462 87 V 0.001 0.005 0.014 0.056 0.187 0.433 0.304 88 E 0.008 0.059 0.118 0.209 0.254 0.257 0.093 89 Q 0.010 0.043 0.103 0.246 0.320 0.234 0.044 90 T 0.121 0.220 0.216 0.206 0.148 0.076 0.014 91 A 0.283 0.290 0.213 0.135 0.059 0.017 0.003 92 K 0.344 0.313 0.189 0.103 0.038 0.012 0.002 93 S 0.134 0.176 0.217 0.249 0.160 0.058 0.005 94 L 0.216 0.295 0.247 0.149 0.065 0.023 0.003 95 D 0.209 0.337 0.233 0.140 0.057 0.021 0.003 96 L 0.022 0.046 0.112 0.252 0.339 0.207 0.023 97 T 0.063 0.156 0.223 0.237 0.185 0.117 0.018 98 Q 0.109 0.273 0.266 0.186 0.103 0.053 0.011 99 Y 0.023 0.065 0.139 0.267 0.314 0.174 0.019 100 C 0.064 0.191 0.246 0.246 0.168 0.077 0.008 101 F 0.024 0.062 0.151 0.330 0.335 0.094 0.004 102 P 0.300 0.394 0.198 0.081 0.023 0.004 0.001 103 E 0.125 0.339 0.280 0.183 0.061 0.011 0.001 104 K 0.013 0.093 0.229 0.344 0.235 0.079 0.006 105 S 0.001 0.001 0.012 0.083 0.358 0.490 0.055 106 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.064 0.513 0.414 107 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.217 0.764 108 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.177 0.799 109 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.244 0.712 110 G 0.001 0.007 0.027 0.103 0.237 0.402 0.222 111 N 0.012 0.082 0.156 0.243 0.260 0.197 0.050 112 E 0.015 0.044 0.105 0.242 0.344 0.222 0.027 113 R 0.191 0.270 0.234 0.165 0.096 0.039 0.005 114 E 0.216 0.284 0.240 0.162 0.070 0.024 0.004 115 G 0.329 0.289 0.174 0.118 0.058 0.027 0.005 116 I 0.077 0.126 0.190 0.286 0.217 0.094 0.009 117 P 0.273 0.331 0.219 0.117 0.045 0.013 0.002 118 A 0.647 0.255 0.072 0.020 0.005 0.001 0.001 119 N 0.551 0.307 0.103 0.031 0.007 0.001 0.001 120 L 0.065 0.117 0.214 0.328 0.215 0.058 0.002 121 I 0.089 0.151 0.231 0.301 0.181 0.045 0.002 122 Q 0.412 0.409 0.133 0.037 0.007 0.001 0.001 123 Q 0.151 0.276 0.278 0.203 0.073 0.017 0.002 124 L 0.022 0.047 0.100 0.244 0.359 0.210 0.018 125 D 0.101 0.265 0.285 0.213 0.096 0.034 0.007 126 V 0.078 0.208 0.240 0.248 0.151 0.068 0.007 127 C 0.018 0.061 0.165 0.268 0.293 0.171 0.024 128 V 0.013 0.019 0.032 0.092 0.240 0.465 0.138 129 E 0.036 0.128 0.209 0.270 0.213 0.111 0.033 130 I 0.016 0.029 0.049 0.120 0.268 0.384 0.135 131 P 0.048 0.135 0.176 0.226 0.198 0.160 0.057 132 Q 0.051 0.102 0.165 0.262 0.254 0.143 0.023 133 Q 0.180 0.247 0.239 0.182 0.104 0.038 0.009 134 G 0.161 0.254 0.243 0.193 0.104 0.038 0.007 135 I 0.108 0.201 0.228 0.213 0.150 0.082 0.019 136 I 0.015 0.033 0.069 0.176 0.349 0.293 0.066 137 R 0.012 0.040 0.097 0.193 0.274 0.269 0.114 138 S 0.005 0.016 0.034 0.072 0.151 0.385 0.336 139 L 0.001 0.002 0.006 0.023 0.085 0.325 0.559 140 N 0.001 0.002 0.006 0.020 0.076 0.265 0.631 141 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.159 0.807 142 H 0.001 0.001 0.002 0.007 0.037 0.207 0.747 143 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.208 0.747 144 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.187 0.775 145 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.158 0.814 146 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.178 0.772 147 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.242 0.700 148 L 0.003 0.004 0.008 0.022 0.055 0.240 0.668 149 I 0.008 0.017 0.021 0.047 0.101 0.376 0.430 150 W 0.035 0.053 0.092 0.202 0.241 0.279 0.098 151 E 0.054 0.102 0.149 0.217 0.203 0.226 0.048 152 Y 0.255 0.135 0.111 0.173 0.162 0.145 0.017 153 T 0.391 0.224 0.142 0.125 0.077 0.039 0.002 154 R 0.574 0.227 0.109 0.063 0.021 0.006 0.001 155 Q 0.634 0.187 0.106 0.053 0.017 0.004 0.001 156 Q 0.751 0.151 0.063 0.026 0.008 0.001 0.001 157 L 0.857 0.104 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 158 L 0.877 0.091 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 159 S 0.933 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001