# TARGET T0331 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.007 0.008 0.338 0.171 0.459 2 E 0.018 0.007 0.008 0.595 0.067 0.306 3 L 0.006 0.001 0.016 0.890 0.030 0.057 4 K 0.003 0.001 0.024 0.922 0.023 0.026 5 D 0.002 0.001 0.026 0.935 0.021 0.016 6 I 0.004 0.001 0.020 0.917 0.035 0.023 7 M 0.002 0.001 0.032 0.906 0.043 0.016 8 H 0.002 0.001 0.030 0.823 0.095 0.048 9 I 0.003 0.001 0.040 0.686 0.140 0.130 10 L 0.003 0.004 0.103 0.514 0.265 0.111 11 E 0.003 0.003 0.124 0.417 0.333 0.119 12 D 0.008 0.003 0.088 0.163 0.514 0.224 13 M 0.017 0.002 0.045 0.038 0.599 0.300 14 K 0.070 0.006 0.031 0.010 0.477 0.405 15 V 0.583 0.009 0.016 0.005 0.177 0.211 16 G 0.902 0.004 0.004 0.002 0.031 0.057 17 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 18 F 0.969 0.002 0.002 0.001 0.007 0.020 19 A 0.948 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 20 T 0.909 0.003 0.002 0.001 0.029 0.057 21 L 0.862 0.048 0.001 0.001 0.025 0.064 22 D 0.220 0.056 0.002 0.001 0.701 0.020 23 E 0.012 0.001 0.006 0.002 0.970 0.009 24 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 0.010 25 G 0.046 0.099 0.001 0.001 0.824 0.029 26 N 0.270 0.109 0.001 0.001 0.312 0.308 27 P 0.593 0.051 0.001 0.001 0.223 0.130 28 H 0.602 0.009 0.002 0.001 0.284 0.102 29 A 0.831 0.012 0.001 0.001 0.091 0.065 30 R 0.876 0.012 0.001 0.001 0.023 0.086 31 H 0.930 0.004 0.001 0.002 0.012 0.051 32 A 0.957 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 33 H 0.962 0.002 0.001 0.001 0.009 0.025 34 I 0.942 0.002 0.003 0.003 0.021 0.029 35 T 0.924 0.005 0.005 0.006 0.029 0.032 36 A 0.897 0.002 0.010 0.006 0.056 0.028 37 A 0.831 0.013 0.012 0.010 0.097 0.038 38 N 0.531 0.019 0.013 0.013 0.361 0.063 39 E 0.110 0.003 0.026 0.019 0.796 0.047 40 E 0.109 0.002 0.014 0.009 0.785 0.081 41 G 0.603 0.008 0.004 0.002 0.300 0.083 42 I 0.948 0.002 0.001 0.001 0.014 0.036 43 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 44 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 45 M 0.921 0.003 0.001 0.001 0.024 0.050 46 T 0.572 0.011 0.003 0.001 0.123 0.290 47 S 0.086 0.009 0.010 0.006 0.654 0.236 48 P 0.011 0.003 0.083 0.029 0.785 0.090 49 E 0.008 0.003 0.071 0.052 0.777 0.089 50 T 0.021 0.011 0.086 0.171 0.604 0.107 51 H 0.063 0.009 0.024 0.398 0.212 0.294 52 F 0.102 0.020 0.032 0.610 0.095 0.141 53 Y 0.072 0.005 0.040 0.828 0.032 0.023 54 D 0.092 0.003 0.040 0.832 0.022 0.011 55 Q 0.051 0.003 0.059 0.848 0.026 0.012 56 L 0.049 0.002 0.066 0.820 0.040 0.023 57 M 0.055 0.005 0.035 0.810 0.064 0.031 58 G 0.032 0.014 0.033 0.746 0.094 0.080 59 D 0.036 0.007 0.009 0.061 0.652 0.236 60 Q 0.029 0.001 0.012 0.010 0.661 0.286 61 R 0.441 0.018 0.006 0.003 0.392 0.140 62 V 0.910 0.011 0.001 0.001 0.051 0.027 63 A 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 64 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 65 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 66 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 67 I 0.943 0.003 0.001 0.001 0.020 0.034 68 S 0.698 0.022 0.002 0.001 0.161 0.117 69 E 0.082 0.005 0.025 0.004 0.775 0.110 70 E 0.009 0.002 0.140 0.014 0.813 0.022 71 G 0.013 0.004 0.155 0.021 0.787 0.020 72 Y 0.108 0.012 0.127 0.045 0.617 0.091 73 L 0.580 0.038 0.034 0.020 0.185 0.142 74 I 0.844 0.003 0.006 0.003 0.057 0.087 75 Q 0.958 0.004 0.001 0.001 0.014 0.022 76 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.008 0.022 77 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 78 R 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 79 V 0.957 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 80 E 0.926 0.001 0.001 0.001 0.016 0.055 81 G 0.892 0.002 0.001 0.001 0.027 0.078 82 T 0.913 0.003 0.001 0.001 0.027 0.056 83 A 0.909 0.004 0.001 0.001 0.019 0.066 84 R 0.900 0.004 0.001 0.002 0.019 0.074 85 P 0.733 0.008 0.001 0.004 0.040 0.214 86 V 0.271 0.010 0.002 0.008 0.092 0.617 87 E 0.048 0.004 0.002 0.016 0.179 0.751 88 N 0.006 0.001 0.021 0.473 0.220 0.279 89 D 0.004 0.001 0.021 0.844 0.093 0.038 90 Y 0.004 0.001 0.023 0.904 0.053 0.016 91 L 0.005 0.001 0.009 0.928 0.023 0.034 92 K 0.004 0.001 0.004 0.976 0.009 0.007 93 T 0.004 0.001 0.005 0.977 0.010 0.004 94 V 0.003 0.001 0.006 0.975 0.010 0.004 95 F 0.003 0.001 0.016 0.951 0.021 0.008 96 A 0.004 0.001 0.013 0.945 0.027 0.011 97 D 0.004 0.001 0.009 0.879 0.053 0.055 98 N 0.009 0.004 0.005 0.313 0.176 0.494 99 P 0.013 0.008 0.043 0.213 0.258 0.464 100 Y 0.016 0.012 0.183 0.220 0.346 0.223 101 Y 0.011 0.004 0.537 0.130 0.241 0.076 102 Q 0.037 0.005 0.393 0.116 0.317 0.133 103 H 0.094 0.011 0.261 0.134 0.275 0.226 104 I 0.195 0.037 0.095 0.152 0.233 0.289 105 Y 0.214 0.017 0.077 0.135 0.251 0.307 106 K 0.279 0.022 0.059 0.145 0.192 0.303 107 D 0.214 0.029 0.036 0.135 0.246 0.340 108 E 0.118 0.017 0.038 0.141 0.359 0.326 109 S 0.072 0.012 0.023 0.058 0.614 0.221 110 S 0.058 0.012 0.061 0.076 0.665 0.128 111 D 0.063 0.011 0.057 0.113 0.580 0.176 112 T 0.154 0.017 0.043 0.107 0.450 0.230 113 M 0.241 0.032 0.023 0.141 0.207 0.356 114 Q 0.278 0.032 0.018 0.204 0.116 0.351 115 V 0.389 0.018 0.037 0.253 0.113 0.190 116 F 0.262 0.013 0.041 0.278 0.134 0.271 117 Q 0.176 0.011 0.033 0.335 0.143 0.302 118 I 0.023 0.001 0.030 0.835 0.057 0.054 119 Y 0.010 0.001 0.021 0.880 0.050 0.039 120 A 0.006 0.001 0.017 0.916 0.035 0.025 121 G 0.004 0.001 0.005 0.952 0.016 0.022 122 H 0.003 0.001 0.003 0.969 0.013 0.012 123 G 0.002 0.001 0.003 0.968 0.014 0.013 124 F 0.002 0.001 0.005 0.954 0.017 0.021 125 Y 0.003 0.001 0.006 0.940 0.023 0.026 126 H 0.004 0.001 0.008 0.918 0.032 0.037 127 S 0.003 0.001 0.009 0.905 0.038 0.044 128 L 0.005 0.001 0.014 0.880 0.045 0.054 129 T 0.006 0.002 0.030 0.825 0.068 0.069 130 Q 0.007 0.003 0.056 0.708 0.123 0.104 131 G 0.013 0.009 0.068 0.459 0.228 0.221 132 H 0.016 0.013 0.058 0.196 0.360 0.357 133 K 0.012 0.010 0.045 0.074 0.553 0.306 134 Y 0.009 0.008 0.080 0.051 0.602 0.250 135 I 0.033 0.011 0.061 0.031 0.613 0.252 136 F 0.073 0.041 0.052 0.018 0.396 0.419 137 S 0.092 0.065 0.014 0.019 0.197 0.613 138 I 0.052 0.028 0.008 0.018 0.140 0.753 139 G 0.037 0.068 0.012 0.026 0.206 0.651 140 Q 0.022 0.014 0.118 0.049 0.576 0.222 141 G 0.021 0.008 0.278 0.048 0.512 0.132 142 E 0.045 0.009 0.224 0.025 0.580 0.117 143 H 0.149 0.041 0.107 0.012 0.570 0.122 144 S 0.182 0.015 0.037 0.007 0.418 0.341 145 E 0.450 0.011 0.027 0.008 0.194 0.310 146 V 0.614 0.023 0.018 0.007 0.103 0.234 147 R 0.658 0.023 0.005 0.005 0.060 0.248 148 A 0.632 0.021 0.003 0.005 0.036 0.303 149 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.981