# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.814 0.005 0.006 0.005 0.017 0.044 0.095 2 E 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.017 3 L 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 4 K 0.009 0.933 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.016 5 D 0.027 0.886 0.005 0.001 0.001 0.005 0.050 0.025 6 I 0.070 0.842 0.005 0.001 0.001 0.005 0.054 0.024 7 M 0.123 0.589 0.013 0.002 0.001 0.016 0.106 0.150 8 H 0.039 0.281 0.023 0.004 0.003 0.043 0.113 0.494 9 I 0.108 0.250 0.017 0.003 0.002 0.060 0.082 0.478 10 L 0.355 0.069 0.051 0.005 0.003 0.066 0.137 0.315 11 E 0.155 0.045 0.009 0.002 0.002 0.069 0.036 0.681 12 D 0.058 0.023 0.013 0.001 0.002 0.055 0.036 0.813 13 M 0.035 0.039 0.053 0.008 0.011 0.235 0.053 0.567 14 K 0.030 0.037 0.092 0.013 0.027 0.102 0.091 0.607 15 V 0.023 0.033 0.219 0.028 0.053 0.141 0.054 0.450 16 G 0.010 0.008 0.475 0.059 0.108 0.059 0.110 0.171 17 V 0.017 0.014 0.287 0.144 0.165 0.073 0.100 0.200 18 F 0.008 0.012 0.366 0.078 0.158 0.075 0.051 0.252 19 A 0.016 0.016 0.228 0.177 0.229 0.073 0.039 0.222 20 T 0.018 0.015 0.245 0.157 0.235 0.052 0.138 0.140 21 L 0.035 0.010 0.146 0.092 0.145 0.082 0.107 0.382 22 D 0.586 0.005 0.031 0.058 0.056 0.046 0.061 0.158 23 E 0.096 0.003 0.007 0.013 0.016 0.097 0.025 0.742 24 Y 0.003 0.001 0.008 0.005 0.027 0.125 0.007 0.824 25 G 0.034 0.004 0.011 0.016 0.039 0.107 0.029 0.759 26 N 0.189 0.021 0.016 0.097 0.054 0.116 0.065 0.442 27 P 0.025 0.020 0.026 0.032 0.063 0.077 0.022 0.737 28 H 0.031 0.067 0.043 0.102 0.258 0.095 0.045 0.359 29 A 0.012 0.059 0.087 0.117 0.207 0.058 0.055 0.404 30 R 0.018 0.119 0.059 0.270 0.297 0.041 0.061 0.135 31 H 0.013 0.052 0.082 0.158 0.250 0.041 0.235 0.169 32 A 0.007 0.079 0.077 0.263 0.363 0.027 0.107 0.077 33 H 0.036 0.130 0.073 0.162 0.401 0.028 0.057 0.112 34 I 0.023 0.049 0.067 0.274 0.299 0.039 0.093 0.155 35 T 0.040 0.048 0.038 0.277 0.272 0.042 0.056 0.226 36 A 0.048 0.023 0.037 0.104 0.193 0.102 0.101 0.391 37 A 0.025 0.005 0.049 0.053 0.076 0.149 0.103 0.541 38 N 0.613 0.008 0.010 0.018 0.020 0.043 0.064 0.224 39 E 0.071 0.007 0.008 0.008 0.014 0.094 0.031 0.766 40 E 0.002 0.002 0.066 0.016 0.113 0.162 0.016 0.623 41 G 0.005 0.001 0.182 0.105 0.323 0.091 0.093 0.201 42 I 0.003 0.001 0.128 0.333 0.193 0.044 0.083 0.214 43 F 0.001 0.001 0.439 0.177 0.276 0.015 0.036 0.055 44 F 0.004 0.002 0.220 0.212 0.368 0.031 0.039 0.124 45 M 0.005 0.002 0.402 0.200 0.191 0.038 0.030 0.132 46 T 0.025 0.008 0.151 0.078 0.120 0.083 0.186 0.349 47 S 0.149 0.075 0.039 0.035 0.046 0.138 0.223 0.294 48 P 0.098 0.106 0.013 0.007 0.012 0.127 0.037 0.600 49 E 0.089 0.308 0.008 0.007 0.011 0.070 0.093 0.414 50 T 0.073 0.513 0.006 0.007 0.012 0.055 0.077 0.258 51 H 0.039 0.510 0.010 0.020 0.022 0.081 0.049 0.270 52 F 0.019 0.849 0.004 0.006 0.008 0.015 0.020 0.080 53 Y 0.062 0.813 0.009 0.005 0.009 0.012 0.040 0.051 54 D 0.086 0.490 0.043 0.038 0.031 0.032 0.143 0.137 55 Q 0.167 0.151 0.060 0.038 0.036 0.048 0.226 0.275 56 L 0.311 0.060 0.037 0.017 0.023 0.102 0.094 0.356 57 M 0.020 0.016 0.021 0.016 0.023 0.111 0.036 0.759 58 G 0.019 0.012 0.003 0.002 0.004 0.047 0.010 0.903 59 D 0.251 0.120 0.011 0.008 0.008 0.101 0.110 0.391 60 Q 0.061 0.111 0.040 0.017 0.035 0.177 0.056 0.504 61 R 0.026 0.027 0.095 0.016 0.063 0.111 0.174 0.489 62 V 0.012 0.030 0.181 0.109 0.133 0.091 0.214 0.229 63 A 0.022 0.019 0.262 0.100 0.241 0.064 0.093 0.198 64 M 0.012 0.008 0.181 0.189 0.247 0.058 0.081 0.224 65 T 0.010 0.009 0.210 0.176 0.242 0.063 0.060 0.231 66 A 0.019 0.010 0.083 0.163 0.286 0.092 0.060 0.288 67 I 0.016 0.007 0.054 0.074 0.108 0.127 0.068 0.546 68 S 0.556 0.023 0.012 0.025 0.024 0.060 0.052 0.247 69 E 0.364 0.038 0.004 0.012 0.016 0.060 0.041 0.465 70 E 0.017 0.015 0.008 0.010 0.044 0.094 0.015 0.798 71 G 0.025 0.012 0.022 0.064 0.230 0.096 0.083 0.466 72 Y 0.028 0.007 0.016 0.268 0.189 0.072 0.077 0.342 73 L 0.017 0.006 0.030 0.178 0.311 0.054 0.060 0.343 74 I 0.005 0.002 0.028 0.159 0.450 0.045 0.034 0.277 75 Q 0.002 0.001 0.045 0.314 0.555 0.011 0.016 0.056 76 V 0.001 0.001 0.051 0.266 0.563 0.013 0.017 0.090 77 V 0.001 0.001 0.052 0.373 0.520 0.008 0.009 0.037 78 R 0.003 0.001 0.098 0.351 0.415 0.017 0.029 0.087 79 V 0.014 0.001 0.078 0.338 0.306 0.035 0.041 0.188 80 E 0.022 0.001 0.067 0.118 0.289 0.051 0.029 0.422 81 G 0.027 0.001 0.049 0.181 0.270 0.056 0.024 0.393 82 T 0.006 0.001 0.044 0.222 0.399 0.044 0.016 0.269 83 A 0.006 0.001 0.022 0.091 0.168 0.054 0.009 0.649 84 R 0.006 0.002 0.039 0.400 0.280 0.054 0.019 0.200 85 P 0.011 0.007 0.014 0.032 0.035 0.076 0.014 0.813 86 V 0.195 0.196 0.032 0.076 0.039 0.072 0.069 0.322 87 E 0.134 0.533 0.006 0.008 0.008 0.026 0.023 0.262 88 N 0.178 0.697 0.002 0.002 0.003 0.012 0.025 0.082 89 D 0.044 0.405 0.012 0.020 0.018 0.062 0.178 0.259 90 Y 0.029 0.594 0.004 0.006 0.010 0.038 0.166 0.153 91 L 0.057 0.785 0.005 0.005 0.008 0.017 0.053 0.070 92 K 0.085 0.532 0.010 0.024 0.041 0.042 0.068 0.197 93 T 0.078 0.159 0.023 0.033 0.050 0.057 0.192 0.408 94 V 0.125 0.077 0.030 0.053 0.082 0.129 0.105 0.399 95 F 0.166 0.023 0.023 0.037 0.055 0.125 0.063 0.508 96 A 0.013 0.009 0.008 0.016 0.023 0.118 0.021 0.793 97 D 0.026 0.016 0.009 0.007 0.014 0.088 0.020 0.820 98 N 0.233 0.081 0.011 0.023 0.017 0.131 0.052 0.453 99 P 0.073 0.073 0.017 0.009 0.011 0.107 0.038 0.672 100 Y 0.180 0.241 0.012 0.009 0.015 0.080 0.041 0.422 101 Y 0.105 0.219 0.031 0.019 0.027 0.077 0.092 0.431 102 Q 0.066 0.270 0.027 0.030 0.053 0.081 0.042 0.431 103 H 0.067 0.110 0.076 0.061 0.106 0.080 0.105 0.395 104 I 0.089 0.095 0.042 0.087 0.093 0.112 0.045 0.437 105 Y 0.071 0.028 0.052 0.073 0.115 0.074 0.100 0.487 106 K 0.030 0.015 0.020 0.044 0.055 0.126 0.088 0.623 107 D 0.120 0.024 0.019 0.033 0.047 0.118 0.102 0.538 108 E 0.074 0.009 0.005 0.009 0.011 0.099 0.039 0.753 109 S 0.155 0.043 0.006 0.007 0.012 0.092 0.065 0.620 110 S 0.101 0.071 0.007 0.007 0.013 0.124 0.035 0.641 111 D 0.043 0.136 0.016 0.022 0.051 0.105 0.038 0.589 112 T 0.039 0.210 0.028 0.034 0.065 0.089 0.055 0.481 113 M 0.014 0.238 0.057 0.124 0.132 0.069 0.074 0.292 114 Q 0.030 0.472 0.039 0.061 0.086 0.041 0.058 0.213 115 V 0.041 0.619 0.037 0.052 0.044 0.027 0.070 0.110 116 F 0.018 0.699 0.024 0.031 0.044 0.021 0.053 0.110 117 Q 0.030 0.629 0.019 0.025 0.040 0.017 0.156 0.083 118 I 0.045 0.681 0.013 0.025 0.023 0.023 0.119 0.071 119 Y 0.056 0.672 0.009 0.021 0.026 0.021 0.087 0.110 120 A 0.025 0.592 0.009 0.014 0.022 0.043 0.060 0.235 121 G 0.018 0.793 0.007 0.010 0.016 0.019 0.047 0.090 122 H 0.052 0.779 0.005 0.009 0.011 0.019 0.039 0.086 123 G 0.033 0.530 0.027 0.026 0.028 0.038 0.173 0.145 124 F 0.044 0.686 0.011 0.012 0.020 0.032 0.080 0.114 125 Y 0.088 0.140 0.042 0.018 0.023 0.042 0.479 0.169 126 H 0.038 0.170 0.031 0.047 0.046 0.076 0.308 0.283 127 S 0.063 0.103 0.031 0.016 0.033 0.075 0.112 0.567 128 L 0.154 0.086 0.023 0.035 0.032 0.106 0.058 0.505 129 T 0.182 0.051 0.015 0.014 0.023 0.075 0.061 0.578 130 Q 0.027 0.017 0.016 0.012 0.018 0.134 0.034 0.741 131 G 0.031 0.013 0.038 0.018 0.031 0.134 0.076 0.658 132 H 0.170 0.017 0.037 0.027 0.020 0.104 0.110 0.516 133 K 0.073 0.012 0.048 0.022 0.031 0.113 0.062 0.639 134 Y 0.030 0.006 0.040 0.016 0.034 0.092 0.050 0.732 135 I 0.017 0.004 0.070 0.057 0.080 0.123 0.041 0.608 136 F 0.023 0.003 0.065 0.053 0.081 0.106 0.040 0.628 137 S 0.032 0.006 0.057 0.065 0.070 0.135 0.048 0.587 138 I 0.024 0.006 0.053 0.036 0.042 0.130 0.028 0.683 139 G 0.131 0.013 0.024 0.023 0.031 0.105 0.063 0.610 140 Q 0.148 0.019 0.024 0.019 0.026 0.120 0.131 0.513 141 G 0.086 0.019 0.028 0.021 0.042 0.168 0.092 0.543 142 E 0.062 0.028 0.028 0.031 0.078 0.132 0.067 0.574 143 H 0.018 0.015 0.054 0.050 0.148 0.155 0.056 0.504 144 S 0.016 0.012 0.085 0.133 0.331 0.076 0.050 0.297 145 E 0.015 0.008 0.090 0.214 0.403 0.053 0.053 0.164 146 V 0.004 0.003 0.105 0.180 0.375 0.041 0.033 0.258 147 R 0.001 0.001 0.095 0.399 0.447 0.011 0.015 0.030 148 A 0.003 0.003 0.105 0.219 0.395 0.035 0.044 0.197 149 L 0.014 0.005 0.131 0.378 0.304 0.028 0.044 0.097